BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304F18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 13,823,226 - 13,984,236
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcte2, Mllt4
Upstream geneSlc22a1, Igf2r, Air, EG635617, Mas1, Mrgprh, Pnldc1, Mrpl18, Tcp1, Acat3, Acat2, Wtap, Sod2, Gpr31c, Tcp10c, Ttll2, Unc93a, Smok2a, Smok2b, LOC667359, LOC100041352, LOC667372, LOC667384, Smok4a
Downstream geneLOC100041464, EG635895, EG664821, EG664831, 4930488N24Rik, Dact2, Smoc2, LOC664856, Thbs2, LOC100041236, Wdr27
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304F18.bB6Ng01-304F18.g
ACCGA097937GA097938
length1,2021,140
definitionB6Ng01-304F18.b B6Ng01-304F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,983,042 - 13,984,236)(13,823,226 - 13,824,367)
sequence
gaattcttaccagggtgagagaattccaccttaatgagaagtttaccctc
cagcccactaactctacagacacactgtcaagaatacatatgtgcaaatg
cacccaacaccacaggctcattacaaaaaagcaagtgcctcacactaaaa
aactaagaaagtggaccccagggcctgtggaaagagagaatgactatcct
tgctacactggagaaacactcttagggtagagctgcacacaccagaatgc
agatgacagtatactgtgtgaatttcatttcaataatttaaagaaaattc
agaaaataacctgaccaccctctaagcactctctcacatgtactataatt
tcagggtatttttcacaagtgttgggttacagtttatcttcattttctct
acaatttacagagaagaaattttttagaacaaggtgttattttctttcaa
ctttaaaatctatgcatttaaaaaaaaaaaaaaaagacccccccaggctg
tacaggcaaaacttgtcaccagatcagaagtgtcacagaaactaacaaga
tggctgccatcctcccagcacttgctgggctgccactcacctggatgacc
ccttccatcatgctcaccatcttgttgacaacagcaatggccttatgtgt
acgctctgtaggactgatgtcgggcctgtgctggctggacaatacatacc
ggcatgccatgtataacacatatgtaggtgacaacttaaaatgaactgta
gaactattggtatagtttataatggcagataaaaaagagtcttcagctgt
aaaacaagaaaaaaaaatgaacataaagtatgcaagtcacctggagaaaa
tggagcaagaactcatccactaataatagaatctaaaatcacttacagct
ttccctgaattcaatgctggcaggcagtatcagtttcaggctccagtagc
atccctgagtcctgaaaaaaaaaaaccctgacatcattgaacctggctta
ggagctgatcccacctctcctcactgctgcgtgcactcttaagctagttt
gtatccacatggagttgcagtggtgacatagcagtacaggcttctcaagc
ctcaatcagttaacgaggtccaccatccagacagaacaggaagcctgact
tctcagtagctatcatggcagctttaaacacaagtctggatattagtgag
ag
gaattccaaaggaaggtggtttgggggtttcaaggcatcctcgggatctt
aggcctctcaatgatgagactgtcctatccaatgaggacaatgttcagga
gaaaagcacacctccccttgaacagcctccaggctttcccaggtctgtcc
tatgcaaagtatgcccagtatgtgccagagcctaagaggaagtaagtagc
atttgtaactggtaagatctgtgcctgcatgtagcatcagagtcccctat
gctacccaagtactctctccattcaatgctgaggacaggccttgctgtaa
gtgctcgctccgagtgttcaagcccagagacgtgagtgaggtcaaactcc
cctgtgcacagtgggagccttggtacttgcatgaaacagccacaaaacct
cagtgtgtgagcctcgctgagccattccctacatctggagcaaaccacag
gcctaagagggctcagtaaggctcaccagagccacttgacagagctggct
gatttagatttgggagtcttcccagggctccatcatagccctgccagaga
gcacccaaccagggaaggaaaagccccagggtctacaatgccactgaagt
tttatggttgtgcgaaccctggacatcctctgcagacaggctctgtggac
acaatctgcgactatgctctatggtgcccatggtgcgtggacatgcccca
tggctatgctctatggacatgctccgtgggcatagttcaaagctatgagc
cactgctatgctctgtaggaatgttttgtggatttaacccatgaccatgc
tgtgtagacatgttctgtgagcatgcttcattgcctgtgctccatggctg
tacccatcctgtgggaaagtgctaaagtgtatgatcccttaagcctcaga
aggaagaggcaccacccccccctgccttccccccatcctactgcaagcaa
atcaagacacgggagcctcagaagtaggaagaaagcatcgaagatataca
aagctttcgttacaaaggaagttcagagcacactgcagtcattacacctt
cagttcaatggcatcaggcagacatgtgactagcttatggatacaacctg
agggaagaccgagagagtgaaccttgggagactcattatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_13983042_13984236
seq2: B6Ng01-304F18.b_47_1248 (reverse)

seq1  CTCTCATTAATAATCCAGACTTGTG-TTATAGCTG-CATGATAGCTACTT  48
      |||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| 
seq2  CTCTCACTAAT-ATCCAGACTTGTGTTTAAAGCTGCCATGATAGCTACT-  48

seq1  GAAGGAGTCAGCCTT-CTG-TCTGTTCTGAATGTTTGA-CTCGGTAACTG  95
        || |||||| ||| ||| |||| |||| ||| | || |||| ||||||
seq2  -GAGAAGTCAGGCTTCCTGTTCTG-TCTGGATGGTGGACCTCGTTAACTG  96

seq1  A-TGAGGC-TGAG-AGGCTGTACTGCTATGTCA-CACTGCAAAACTCCAT  141
      | |||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||  ||||||||
seq2  ATTGAGGCTTGAGAAGCCTGTACTGCTATGTCACCACTGC--AACTCCAT  144

seq1  GTGGATACAAACTAGCTTAGAGGTGCACGCAGCAGTGAGGAGAGGTGGGA  191
      |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATACAAACTAGCTTAAGAGTGCACGCAGCAGTGAGGAGAGGTGGGA  194

seq1  TCAGCTCCTAAGGCAGGTTCAATGATGTCA-GGTTTTTTTTTTTCAGGAC  240
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCTAAGCCAGGTTCAATGATGTCAGGGTTTTTTTTTTTCAGGAC  244

seq1  TCA-GGATGCTACTGG-GCCTG-AACTGATACTGCCTGCCAGCATTGAAT  287
      ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGATGCTACTGGAGCCTGAAACTGATACTGCCTGCCAGCATTGAAT  294

seq1  TCAGGGAAAGCTGTAAGTGATTTTAGATTCTATTATTAGTGGATGAGTTC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAAAGCTGTAAGTGATTTTAGATTCTATTATTAGTGGATGAGTTC  344

seq1  TTGCTCCATTTTCTCCAGGTGACTTGCATACTTTATGTTCATTTTTTTTT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCATTTTCTCCAGGTGACTTGCATACTTTATGTTCATTTTTTTTT  394

seq1  CTTGTTTTACAGCTGAAGACTCTTTTTTATCTGCCATTATAAACTATACC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTACAGCTGAAGACTCTTTTTTATCTGCCATTATAAACTATACC  444

seq1  AATAGTTCTACAGTTCATTTTAAGTTGTCACCTACATATGTGTTATACAT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTCTACAGTTCATTTTAAGTTGTCACCTACATATGTGTTATACAT  494

seq1  GGCATGCCGGTATGTATTGTCCAGCCAGCACAGGCCCGACATCAGTCCTA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCCGGTATGTATTGTCCAGCCAGCACAGGCCCGACATCAGTCCTA  544

seq1  CAGAGCGTACACATAAGGCCATTGCTGTTGTCAACAAGATGGTGAGCATG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCGTACACATAAGGCCATTGCTGTTGTCAACAAGATGGTGAGCATG  594

seq1  ATGGAAGGGGTCATCCAGGTGAGTGGCAGCCCAGCAAGTGCTGGGAGGAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGGGTCATCCAGGTGAGTGGCAGCCCAGCAAGTGCTGGGAGGAT  644

seq1  GGCAGCCATCTTGTTAGTTTCTGTGACACTTCTGATCTGGTGACAAGTTT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCATCTTGTTAGTTTCTGTGACACTTCTGATCTGGTGACAAGTTT  694

seq1  TGCCTGTACAGCCTGGGGGGGTCTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGCATAGA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTACAGCCTGGGGGGGTCTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGCATAGA  744

seq1  TTTTAAAGTTGAAAGAAAATAACACCTTGTTCTAAAAAATTTCTTCTCTG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGTTGAAAGAAAATAACACCTTGTTCTAAAAAATTTCTTCTCTG  794

seq1  TAAATTGTAGAGAAAATGAAGATAAACTGTAACCCAACACTTGTGAAAAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGTAGAGAAAATGAAGATAAACTGTAACCCAACACTTGTGAAAAA  844

seq1  TACCCTGAAATTATAGTACATGTGAGAGAGTGCTTAGAGGGTGGTCAGGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGAAATTATAGTACATGTGAGAGAGTGCTTAGAGGGTGGTCAGGT  894

seq1  TATTTTCTGAATTTTCTTTAAATTATTGAAATGAAATTCACACAGTATAC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTGAATTTTCTTTAAATTATTGAAATGAAATTCACACAGTATAC  944

seq1  TGTCATCTGCATTCTGGTGTGTGCAGCTCTACCCTAAGAGTGTTTCTCCA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTGCATTCTGGTGTGTGCAGCTCTACCCTAAGAGTGTTTCTCCA  994

seq1  GTGTAGCAAGGATAGTCATTCTCTCTTTCCACAGGCCCTGGGGTCCACTT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCAAGGATAGTCATTCTCTCTTTCCACAGGCCCTGGGGTCCACTT  1044

seq1  TCTTAGTTTTTTAGTGTGAGGCACTTGCTTTTTTGTAATGAGCCTGTGGT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTTTTTAGTGTGAGGCACTTGCTTTTTTGTAATGAGCCTGTGGT  1094

seq1  GTTGGGTGCATTTGCACATATGTATTCTTGACAGTGTGTCTGTAGAGTTA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTGCATTTGCACATATGTATTCTTGACAGTGTGTCTGTAGAGTTA  1144

seq1  GTGGGCTGGAGGGTAAACTTCTCATTAAGGTGGAATTCTCTCACCCTGGT  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTGGAGGGTAAACTTCTCATTAAGGTGGAATTCTCTCACCCTGGT  1194

seq1  AAGAATTC  1195
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1202

seq1: chr17_13823226_13824367
seq2: B6Ng01-304F18.g_70_1209

seq1  GAATTCCAAAGGAAGGTGGTTTGGGGGTTTCAAGGCATCCTCGGGATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGGAAGGTGGTTTGGGGGTTTCAAGGCATCCTCGGGATCTT  50

seq1  AGGCCTCTCAATGATGAGACTGTCCTATCCAATGAGGACAATGTTCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCTCAATGATGAGACTGTCCTATCCAATGAGGACAATGTTCAGGA  100

seq1  GAAAAGCACACCTCCCCTTGAACAGCCTCCAGGCTTTCCCAGGTCTGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCACACCTCCCCTTGAACAGCCTCCAGGCTTTCCCAGGTCTGTCC  150

seq1  TATGCAAAGTATGCCCAGTATGTGCCAGAGCCTAAGAGGAAGTAAGTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAAGTATGCCCAGTATGTGCCAGAGCCTAAGAGGAAGTAAGTAGC  200

seq1  ATTTGTAACTGGTAAGATCTGTGCCTGCATGTAGCATCAGAGTCCCCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTAACTGGTAAGATCTGTGCCTGCATGTAGCATCAGAGTCCCCTAT  250

seq1  GCTACCCAAGTACTCTCTCCATTCAATGCTGAGGACAGGCCTTGCTGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCCAAGTACTCTCTCCATTCAATGCTGAGGACAGGCCTTGCTGTAA  300

seq1  GTGCTCGCTCCGAGTGTTCAAGCCCAGAGACGTGAGTGAGGTCAAACTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCGCTCCGAGTGTTCAAGCCCAGAGACGTGAGTGAGGTCAAACTCC  350

seq1  CCTGTGCACAGTGGGAGCCTTGGTACTTGCATGAAACAGCCACAAAACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCACAGTGGGAGCCTTGGTACTTGCATGAAACAGCCACAAAACCT  400

seq1  CAGTGTGTGAGCCTCGCTGAGCCATTCCCTACATCTGGAGCAAACCACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTGAGCCTCGCTGAGCCATTCCCTACATCTGGAGCAAACCACAG  450

seq1  GCCTAAGAGGGCTCAGTAAGGCTCACCAGAGCCACTTGACAGAGCTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGAGGGCTCAGTAAGGCTCACCAGAGCCACTTGACAGAGCTGGCT  500

seq1  GATTTAGATTTGGGAGTCTTCCCAGGGCTCCATCATAGCCCTGCCAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGATTTGGGAGTCTTCCCAGGGCTCCATCATAGCCCTGCCAGAGA  550

seq1  GCACCCAACCAGGGAAGGAAAAGCCCCAGGGTCTACAATGCCACTGAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCAACCAGGGAAGGAAAAGCCCCAGGGTCTACAATGCCACTGAAGT  600

seq1  TTTATGGTTGTGCGAACCCTGGACATCCTCTGCAGACAGGCTCTGTGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGTTGTGCGAACCCTGGACATCCTCTGCAGACAGGCTCTGTGGAC  650

seq1  ACAATCTGCGACTATGCTCTATGGTGCCCATGGTGCGTGGACATGCCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTGCGACTATGCTCTATGGTGCCCATGGTGCGTGGACATGCCCCA  700

seq1  TGGCTATGCTCTATGGACATGCTCCGTGGGCATAGTTCAAAGCTATGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATGCTCTATGGACATGCTCCGTGGGCATAGTTCAAAGCTATGAGC  750

seq1  CACTGCTATGCTCTGTAGGAATGTTTTGTGGATTTAACCCATGACCATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTATGCTCTGTAGGAATGTTTTGTGGATTTAACCCATGACCATGC  800

seq1  TGTGTAGACATGTTCTGTGAGCATGCTTCATTGCCTGTGCTCCATGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGACATGTTCTGTGAGCATGCTTCATTGCCTGTGCTCCATGGCTG  850

seq1  TACCCATCCTGTGGGAAAGTGCTAAAGTGTATGATCCCTTAGGCCTCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  TACCCATCCTGTGGGAAAGTGCTAAAGTGTATGATCCCTTAAGCCTCAGA  900

seq1  AGGAAGAGGCACCACCCCCCCCCTGCCTTCCCCCCATCCTACTGCAAGCA  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGGCACCA-CCCCCCCCTGCCTTCCCCCCATCCTACTGCAAGCA  949

seq1  AATCAAGACACGGGAGCCCCAGAAGTAGGAGGAAAGCATCG-AGATATAC  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  AATCAAGACACGGGAGCCTCAGAAGTAGGAAGAAAGCATCGAAGATATAC  999

seq1  AAAGC-TTCGTTACAAA-GAAGGTCAGAGCACAACCTGCAGCCA-TACAC  1046
      ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||  |||||| || |||||
seq2  AAAGCTTTCGTTACAAAGGAAGTTCAGAGCACA--CTGCAGTCATTACAC  1047

seq1  C-TCAGTTTCCATGGCAACCAGGGCAGACATGTGACCAGC-TATGGATAA  1094
      | |||| ||| |||||| |   |||||||||||||| ||| |||||||| 
seq2  CTTCAG-TTCAATGGCATC--AGGCAGACATGTGACTAGCTTATGGATA-  1093

seq1  CAAACTTGAGGGGAAGACAGAAGAGAGTGACCCT--GGAGACTCATTATT  1142
        ||| ||| |||||||| | ||||||||| |||  ||||||||||||||
seq2  -CAACCTGA-GGGAAGACCG-AGAGAGTGAACCTTGGGAGACTCATTATT  1140