BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304O12
Chromosome17 (Build37)
Map Location 51,533,053 - 51,626,528
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043451, LOC100043452
Upstream genePlcl2, EG654432, Tbc1d5
Downstream geneSatb1, EG628919, LOC672987, EG328839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304O12.bB6Ng01-304O12.g
ACCGA098332GA098333
length1,108705
definitionB6Ng01-304O12.b B6Ng01-304O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,625,412 - 51,626,528)(51,533,053 - 51,533,757)
sequence
gaattcagttggactgaacaaggggaggaagagggacaggaaaaaggagg
aggatgcagggagcaacacagcacttgccaactacctttaaatatacttg
gtctaagctaacagatgggtagagactgaagatactcacacccatgatcg
accatgcgttggatagcttattccctgtggatagatagacatattatcta
tactcagacataaagaaatagcttcagagacctaacttccattacttaaa
aaaatagaattattgaaaaattagaaaaatatagatggaaaggatacaca
gggaggagtgtggctgcagagctgtgtgggagatggaagacgctgcttga
taagttatcctctgggactttctgaggcattagcatcacagtgtctgtta
tgttactaaagtcaaagcaagagtgagtacaggcattggagcctttccta
aactcagaacaaactaaggacaaacccaggactcaacagctgatgagcaa
ctggacgtgaacctggttgctgggcagtgagaagacttgaacagtaaagg
ttatatatgtaagtgacaaagcaaccaaggagataagtatgggagagagc
aatccataggaagatggtgccagtccagaacgaaggggatggtctaaact
caacagtcccagcttccattgcagttttgttacaaccatgtgacactttc
tggtggatagttttgaggggatagtttccagcttccaggagaaggtgggt
aaagctggtttgtttcttagtcatttgcaaagtctgtggaagctctgtgc
tgacaccgtgaagccatacaatacaatctgtgggtcagcgcatgcaaaga
ggccattcagcaaagacacccagctcacagggatcttttgcataagtgag
gaatctctgctgtggtaagatactgagacttaggattaagatatgaccac
cccttgtgttatttttggactcttgtcacatgtgttctaaaactttgtgg
ggtttgtttatgtaaaaaacactcctcccatcctctttttaaaaaaattt
atagatatttcattacctgcaatgctatctctaaattccctttatcctcg
cactcccc

gaattctgttgtccctttagaaaatatctaagccgttccaaggcacattg
gcagtggcatggcgctgcagccttctcttggcacggcctcatcctgttgc
tggcaggacagagcatggacctctttagcctcatcctctgttgttctatg
cacgggcgccagacactggggctactcgcaaggcaaggctggcagctgaa
gaacccagatgccaagctctggactggacttctgttctgtttgtggctgg
ccccatccctggcatctgccctggctttgcagcagcctgtgccccgtctg
cagagctgggctcgggattaggcttctgttgctctcatagccgttcggtc
actgtttcccttttgaattatccttgattacgaggaatgtccctttatga
cacattcctccccgggggtccgctcagatgttgtgcctgtgcagctacaa
agcagggttttccagccattgttagaaaggaagctcacagcatgggagca
ctcttccagctttaagaagatgtaaaatgaaacacaaaagcttgtgtttc
aaacacaaacctttgttttcctcaatgagaagaaatattgtgagtttcac
taaaacaaaccactaacacacacacacacacacacacacacacacactcg
gctgtgcatgcactctctctctctctctctctctctctctctctctctct
ctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_51625412_51626528
seq2: B6Ng01-304O12.b_51_1158 (reverse)

seq1  GGGGAGTGCGAGGATAAAGGGGATTTTAGAGATAGCATTTGCAGTGTAAA  50
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| || ||
seq2  GGGGAGTGCGAGGATAAA-GGGAATTTAGAGATAGCA-TTGCAG-GT-AA  46

seq1  TGAAAATATCTAATAAAATTTTTTTTAAAAAAGAAGATGGGAGGAGTGTT  100
      || |||||||| |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TG-AAATATCT-ATAAA---TTTTTTTAAAAAGAGGATGGGAGGAGTGTT  91

seq1  TTTTACATAAACAAACCCCACAAAGTTTTAGAACACATGTGACAAGAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATAAACAAACCCCACAAAGTTTTAGAACACATGTGACAAGAGTC  141

seq1  CAAAAATAACACAAGGGGTGGTCATATCTTAATCCTAAGTCTCAGTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATAACACAAGGGGTGGTCATATCTTAATCCTAAGTCTCAGTATCT  191

seq1  TACCACAGCAGAGATTCCTCACTTATGCAAAAGATCCCTGTGAGCTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAGCAGAGATTCCTCACTTATGCAAAAGATCCCTGTGAGCTGGGT  241

seq1  GTCTTTGCTGAATGGCCTCTTTGCATGCGCTGACCCACAGATTGTATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGCTGAATGGCCTCTTTGCATGCGCTGACCCACAGATTGTATTGT  291

seq1  ATGGCTTCACGGTGTCAGCACAGAGCTTCCACAGACTTTGCAAATGACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCACGGTGTCAGCACAGAGCTTCCACAGACTTTGCAAATGACTA  341

seq1  AGAAACAAACCAGCTTTACCCACCTTCTCCTGGAAGCTGGAAACTATCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAACCAGCTTTACCCACCTTCTCCTGGAAGCTGGAAACTATCCC  391

seq1  CTCAAAACTATCCACCAGAAAGTGTCACATGGTTGTAACAAAACTGCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAACTATCCACCAGAAAGTGTCACATGGTTGTAACAAAACTGCAAT  441

seq1  GGAAGCTGGGACTGTTGAGTTTAGACCATCCCCTTCGTTCTGGACTGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTGGGACTGTTGAGTTTAGACCATCCCCTTCGTTCTGGACTGGCA  491

seq1  CCATCTTCCTATGGATTGCTCTCTCCCATACTTATCTCCTTGGTTGCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTCCTATGGATTGCTCTCTCCCATACTTATCTCCTTGGTTGCTTT  541

seq1  GTCACTTACATATATAACCTTTACTGTTCAAGTCTTCTCACTGCCCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTACATATATAACCTTTACTGTTCAAGTCTTCTCACTGCCCAGCA  591

seq1  ACCAGGTTCACGTCCAGTTGCTCATCAGCTGTTGAGTCCTGGGTTTGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTTCACGTCCAGTTGCTCATCAGCTGTTGAGTCCTGGGTTTGTCC  641

seq1  TTAGTTTGTTCTGAGTTTAGGAAAGGCTCCAATGCCTGTACTCACTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGTTCTGAGTTTAGGAAAGGCTCCAATGCCTGTACTCACTCTTG  691

seq1  CTTTGACTTTAGTAACATAACAGACACTGTGATGCTAATGCCTCAGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTTTAGTAACATAACAGACACTGTGATGCTAATGCCTCAGAAAG  741

seq1  TCCCAGAGGATAACTTATCAAGCAGCGTCTTCCATCTCCCACACAGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAGGATAACTTATCAAGCAGCGTCTTCCATCTCCCACACAGCTCT  791

seq1  GCAGCCACACTCCTCCCTGTGTATCCTTTCCATCTATATTTTTCTAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCACACTCCTCCCTGTGTATCCTTTCCATCTATATTTTTCTAATTT  841

seq1  TTCAATAATTCTATTTTTTTAAGTAATGGAAGTTAGGTCTCTGAAGCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATAATTCTATTTTTTTAAGTAATGGAAGTTAGGTCTCTGAAGCTAT  891

seq1  TTCTTTATGTCTGAGTATAGATAATATGTCTATCTATCCACAGGGAATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTATGTCTGAGTATAGATAATATGTCTATCTATCCACAGGGAATAA  941

seq1  GCTATCCAACGCATGGTCGATCATGGGTGTGAGTATCTTCAGTCTCTACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCAACGCATGGTCGATCATGGGTGTGAGTATCTTCAGTCTCTACC  991

seq1  CATCTGTTAGCTTAGACCAAGTATATTTAAAGGTAGTTGGCAAGTGCTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTAGCTTAGACCAAGTATATTTAAAGGTAGTTGGCAAGTGCTGT  1041

seq1  GTTGCTCCCTGCATCCTCCTCCTTTTTCCTGTCCCTCTTCCTCCCCTTGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCCCTGCATCCTCCTCCTTTTTCCTGTCCCTCTTCCTCCCCTTGT  1091

seq1  TCAGTCCAACTGAATTC  1117
      |||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCAACTGAATTC  1108


seq1: chr17_51533053_51533757
seq2: B6Ng01-304O12.g_69_773

seq1  GAATTCTGTTGTCCCTTTAGAAAATATCTAAGCCGTTCCAAGGCACATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTGTCCCTTTAGAAAATATCTAAGCCGTTCCAAGGCACATTG  50

seq1  GCAGTGGCATGGCGCTGCAGCCTTCTCTTGGCACGGCCTCATCCTGTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGCATGGCGCTGCAGCCTTCTCTTGGCACGGCCTCATCCTGTTGC  100

seq1  TGGCAGGACAGAGCATGGACCTCTTTAGCCTCATCCTCTGTTGTTCTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGACAGAGCATGGACCTCTTTAGCCTCATCCTCTGTTGTTCTATG  150

seq1  CACGGGCGCCAGACACTGGGGCTACTCGCAAGGCAAGGCTGGCAGCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGGCGCCAGACACTGGGGCTACTCGCAAGGCAAGGCTGGCAGCTGAA  200

seq1  GAACCCAGATGCCAAGCTCTGGACTGGACTTCTGTTCTGTTTGTGGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAGATGCCAAGCTCTGGACTGGACTTCTGTTCTGTTTGTGGCTGG  250

seq1  CCCCATCCCTGGCATCTGCCCTGGCTTTGCAGCAGCCTGTGCCCCGTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCCCTGGCATCTGCCCTGGCTTTGCAGCAGCCTGTGCCCCGTCTG  300

seq1  CAGAGCTGGGCTCGGGATTAGGCTTCTGTTGCTCTCATAGCCGTTCGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGGGCTCGGGATTAGGCTTCTGTTGCTCTCATAGCCGTTCGGTC  350

seq1  ACTGTTTCCCTTTTGAATTATCCTTGATTATGAGGAATGTCCCTTTATGA  400
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTCCCTTTTGAATTATCCTTGATTACGAGGAATGTCCCTTTATGA  400

seq1  CACATTCCTCCCCGGGGGTCCGCTCAGATGTTGTGCCTGTGCAGCTACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCCTCCCCGGGGGTCCGCTCAGATGTTGTGCCTGTGCAGCTACAA  450

seq1  AGCAGGGTTTTCCAGCCATTGTTAGAAAGGAAGCTCACAGCATGGGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGTTTTCCAGCCATTGTTAGAAAGGAAGCTCACAGCATGGGAGCA  500

seq1  CTCTTCCAGCTTTAAGAAGATGTAAAATGAAACACAAAAGCTTGTGTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCAGCTTTAAGAAGATGTAAAATGAAACACAAAAGCTTGTGTTTC  550

seq1  AAACACAAACCTTTGTTTTCCTCAATGAGAAGAAATATTGTGAGTTTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAACCTTTGTTTTCCTCAATGAGAAGAAATATTGTGAGTTTCAC  600

seq1  TAAAACAAACCACTAACACACACACACACACACACACACACACACACTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAACCACTAACACACACACACACACACACACACACACACACTCG  650

seq1  GCTGTGCATGCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCATGCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  700

seq1  CTCTC  705
      |||||
seq2  CTCTC  705


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |