BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309I17
Chromosome17 (Build37)
Map Location 5,611,146 - 5,780,359
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZdhhc14
Upstream genePpia-ps17_26.1, Arid1b, 5730437N04Rik, Ldhal6b, LOC100040282, LOC666919, LOC100040312
Downstream gene3300005D01Rik, LOC100040342, LOC100040352, Snx9, LOC666951, Synj2, Serac1, Gtf2h5, 2210038L17Rik, LOC545184, Tulp4, EG433058, Tmem181, LOC100040453, LOC100040471, Dynlt1, LOC547127, LOC100040488, LOC100040500, LOC100040531, LOC100040525, LOC100040563, LOC100040546, LOC100040536, LOC100040556
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309I17.bB6Ng01-309I17.g
ACCGA101759GA101760
length1,1061,167
definitionB6Ng01-309I17.b B6Ng01-309I17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,611,146 - 5,612,260)(5,779,215 - 5,780,359)
sequence
gaattcctgcaataaagctggatcataaattgttaaaattgtggtgttac
tgagagtcacagacagattcacctacagataggaaagcagggattaaaaa
aaaagatctatttaatttcatttatatgcatgtgtatatgtcagcggatg
gatatatacacctgcttgtgggtgcctacagagggcagaagggagcagag
gtttcctcacgagctggacatagaggctgtgtaggggtgtactggctggt
tctgtgtgtcaacttgacacaggctggagtcatcacagggaaaggagctt
cagttgggaaagtgcctccatgagatccagctgtaaggcattttctcaat
tagtgatcaagggaagaccccttgtgggtgggaccatctctggactggta
gtcttgggttctataagagagcaggctgagcaaaccaggggaggcaagcc
agtaagtaacatccctccatggcctctgcatcagctcctgcttcctgacc
tgcttgagttccaatccttcatcctttggtgatgaacagcaatgtggaaa
atataagctgaataaaccctttcctcctcaacttgcttcttggtcatgat
gtttgtgcaagaatagaaaccctgactatgacaaggtgccagaaactgaa
ctcagtcatctgcaagagctatgagtgctgttatctgatgtgctatcttt
tcagtcccatagctgggctttttcgttaagttacttgtttgtttgtttgt
tgttttgagacagggcttctctgtgtagctttgactgtcctggaactcac
tttgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctc
ctgagtattgtgattaaaggcatgcgccaccacgcccggctaagttactt
tttaaaactagagtgtaattaaagaaaccttcatcagtgtagagaaaccc
ttagtttctgtagtgaccagagtcagtatttggcttagctcattttgatg
aatgtttgaaagaagatttcacaaacaaccctaatgataggtatagttaa
agagctcaggtggtgaagcatcatgatgaaggttaaacacatgatccagt
cctgtt
gaattctgggaaatggaggcgtgagagattcaggttggaagggtgatgag
atggatgtaaatcagcaggtagctgaactcaggacagaatgaagagggga
ttcaccccaggaactctgaggagacgtacataagaagacaaggagaggac
ttgtgctgagtctggtgtgctatgagtctaagtaaagaaacccaagttca
tagtgaccttataaagtagacactattatctctatttttaagctgaagct
cagagaagttgagtaacatttgcaaggccacacagctaacacaagatcca
ggacctctgacccagctccaatggtcccttttccaaattgttcaacattc
tctcaggggtccctggatgccaggtcattgaattgtgctgagtcagcctc
caaaggacatggtagagactctgtagagaaccaagaagaggaagcaagtc
aggggtgtgtggacagggcatttggcctctgtcctctgaaatgtaaatat
ccagtcctatgagttcacgctggcaccagggcaatgaaaggtttaaaggc
agagcttcatgggcacagtatgctttctggttaaactgtgctgtttccta
cacacacacacacacacacacacacacacacacacactgctgactacaga
ggtggcaggtgcagagccaagtcatttcaacttgggctattttgcaggag
agttgttgggaccctgaatcctgggggaaagtgtcaaatatgctaatatt
ttgctgtgggatgactgatgactgtttttccataagtcaacgttactttt
ccagcaaatacatattacacatgtactatttataagatgccatgcatact
gtgaataaatgattgatgcagtccccatgaagctgtccatcccatagcgt
gatatcaacatgtcctatttttgtttgctttttggctcctgtgatttgat
aggtccattgctgctcttagacaggcaccacctgatgacaaattgtggga
cctaatgtgtgttgactatcttgtgacttcagctgaaggctcctcatgaa
taaagaaaaggcttgtgtcacttgaagcttattatatgaacaagggtgca
caatctttgcaactgtgtccaaaagtatgaataaatataatgtgcaactt
gtgatgctttgcctcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_5611146_5612260
seq2: B6Ng01-309I17.b_49_1154

seq1  GAATTCCTGCAATAAAGCTGGATCATAAATTGTTAAAATTGTGGTGTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAATAAAGCTGGATCATAAATTGTTAAAATTGTGGTGTTAC  50

seq1  TGAGAGTCACAGACAGATTCACCTACAGATAGGAAAGCAGGGATTAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTCACAGACAGATTCACCTACAGATAGGAAAGCAGGGATTAAAAA  100

seq1  AAAAGATCTATTTAATTTCATTTATATGCATGTGTATATGTCAGCGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATCTATTTAATTTCATTTATATGCATGTGTATATGTCAGCGGATG  150

seq1  GATATATACACCTGCTTGTGGGTGCCTACAGAGGGCAGAAGGGAGCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATACACCTGCTTGTGGGTGCCTACAGAGGGCAGAAGGGAGCAGAG  200

seq1  GTTTCCTCACGAGCTGGACATAGAGGCTGTGTAGGGGTGTACTGGCTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTCACGAGCTGGACATAGAGGCTGTGTAGGGGTGTACTGGCTGGT  250

seq1  TCTGTGTGTCAACTTGACACAGGCTGGAGTCATCACAGGGAAAGGAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGTCAACTTGACACAGGCTGGAGTCATCACAGGGAAAGGAGCTT  300

seq1  CAGTTGGGAAAGTGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGGGAAAGTGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAAT  350

seq1  TAGTGATCAAGGGAAGACCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGACTGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATCAAGGGAAGACCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGACTGGTA  400

seq1  GTCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAACCAGGGGAGGCAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAACCAGGGGAGGCAAGCC  450

seq1  AGTAAGTAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACC  500

seq1  TGCTTGAGTTCCAATCCTTCATCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAGTTCCAATCCTTCATCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAA  550

seq1  ATATAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCTCAACTTGCTTCTTGGTCATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCTCAACTTGCTTCTTGGTCATGAT  600

seq1  GTTTGTGCAAGAATAGAAACCCTGACTATGACAAGGTGCCAGAAACTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGCAAGAATAGAAACCCTGACTATGACAAGGTGCCAGAAACTGAA  650

seq1  CTCAGTCATCTGCAAGAGCTATGAGTGCTGTTATCTGATGTGCTATCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCATCTGCAAGAGCTATGAGTGCTGTTATCTGATGTGCTATCTTT  700

seq1  TCAGTCCCATAGCTGGGCTTTTTCGTTAAGTTACTTGTTTGTTTGTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCCATAGCTGGGCTTTTTCGTTAAGTTACTTGTTTGTTTGTTTGT  750

seq1  TGTTTTGAGACAGGGCTTCTCTGTGTAGCTTTGACTGTCCTGGAACTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGAGACAGGGCTTCTCTGTGTAGCTTTGACTGTCCTGGAACTCAC  800

seq1  TTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTC  850

seq1  CTGAGTATTGTGATTAAAGGCATGCGCCACCACGCCCGGCTAAGTTACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTATTGTGATTAAAGGCATGCGCCACCACGCCCGGCTAAGTTACTT  900

seq1  TTTAAAACTAGAGTGTAATTAAAGAAACCTTCATCAGTGTAGAGAAACCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTAGAGTGTAATTAAAGAAACCTTCATCAGTGTAGAGAAACCC  950

seq1  TTAGTTTCTGTAGTGACCAGAGTCAGTATTTGGCTTTAGCTCATTTTTGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TTAGTTTCTGTAGTGACCAGAGTCAGTATTTGGC-TTAGCTCA-TTTTGA  998

seq1  TGAATGTTTGGAAAGAAGAATTCACAAACAAACCCCTTAATGATAGGTAT  1050
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||   || |||||||||||||
seq2  TGAATGTTT-GAAAGAAGATTTCACAAACAA---CCCTAATGATAGGTAT  1044

seq1  AGTT-AAGAGCTCCAGGTGGTGAAGCATTCATTGAATGAAGTTTAAACAC  1099
      |||| ||||||| |||||||||||||| ||||   |||||| ||||||||
seq2  AGTTAAAGAGCT-CAGGTGGTGAAGCA-TCAT--GATGAAGGTTAAACAC  1090

seq1  ATGATCAAGTCCTGTT  1115
      |||||| |||||||||
seq2  ATGATCCAGTCCTGTT  1106

seq1: chr17_5779215_5780359
seq2: B6Ng01-309I17.g_68_1234 (reverse)

seq1  ATGAGGCAAAG--ACACAAG-TGCACATTATATT--ATCATACTTGGGGA  45
      |||||||||||   |||||| |||||||||||||   ||||||||  |||
seq2  ATGAGGCAAAGCATCACAAGTTGCACATTATATTTATTCATACTTTTGGA  50

seq1  CA-AG-TGCAGA---TGTGC-CACCTGTTCAT-TA--TAGC-TCAGTGGA  85
      || || |||| |   ||||| | | ||||||| ||   ||| |||   ||
seq2  CACAGTTGCAAAGATTGTGCACCCTTGTTCATATAATAAGCTTCAAGTGA  100

seq1  CAC-AGCC-TTTCTTTA-TCATGAGAGGCCTTCAGCTG-AGTCACAAGAT  131
      ||| |||| |||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||
seq2  CACAAGCCTTTTCTTTATTCATGAGGAGCCTTCAGCTGAAGTCACAAGAT  150

seq1  -GTCAACACACATTAGGTCCCAACATTTGTCATCA-GTGGTGCCTGTCTA  179
       |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTCAACACACATTAGGTCCCACAATTTGTCATCAGGTGGTGCCTGTCTA  200

seq1  AGAGCAGCAATGGACCTATCAAATCACAGGAGCCAAAAAGCAAACAAAAA  229
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCAATGGACCTATCAAATCACAGGAGCCAAAAAGCAAACAAAAA  250

seq1  TAGGACATGTTGATATCACGCTAT-GGATGGACAGCTTCATGGGGACTGC  278
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACATGTTGATATCACGCTATGGGATGGACAGCTTCATGGGGACTGC  300

seq1  ATCAATCATTTATTCACAGTATGCATGGCATCTTATAAATAGTACATGTG  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCATTTATTCACAGTATGCATGGCATCTTATAAATAGTACATGTG  350

seq1  TAATATGTATTTGCTGGAAAAGTAACGTTGACTTATGGAAAAACAGTCAT  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGTATTTGCTGGAAAAGTAACGTTGACTTATGGAAAAACAGTCAT  400

seq1  CAGTCATCCCACAGCAAAATATTAGCATATTTGACACTTTCCCCCAGGAT  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATCCCACAGCAAAATATTAGCATATTTGACACTTTCCCCCAGGAT  450

seq1  TCAGGGTCCCAACAACTCTCCTGCAAAATAGCCCAAGTTGAAATGACTTG  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTCCCAACAACTCTCCTGCAAAATAGCCCAAGTTGAAATGACTTG  500

seq1  GCTCTGCACCTGCCACCTCTGTAGTCAGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCACCTGCCACCTCTGTAGTCAGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  550

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGAAACAGCACAGTTTAACCAGAAAGCATAC  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGAAACAGCACAGTTTAACCAGAAAGCATAC  600

seq1  TGTGCCCATGAAGCTCTGCCTTTAAACCTTTCATTGCCCTGGTGCCAGCG  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCATGAAGCTCTGCCTTTAAACCTTTCATTGCCCTGGTGCCAGCG  650

seq1  TGAACTCATAGGACTGGATATTTACATTTCAGAGGACAGAGGCCAAATGC  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCATAGGACTGGATATTTACATTTCAGAGGACAGAGGCCAAATGC  700

seq1  CCTGTCCACACACCCCTGACTTGCTTCCTCTTCTTGGTTCTCTACAGAGT  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCACACACCCCTGACTTGCTTCCTCTTCTTGGTTCTCTACAGAGT  750

seq1  CTCTACCATGTCCTTTGGAGGCTGACTCAGCACAATTCAATGACCTGGCA  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCATGTCCTTTGGAGGCTGACTCAGCACAATTCAATGACCTGGCA  800

seq1  TCCAGGGACCCCTGAGAGAATGTTGAACAATTTGGAAAAGGGACCATTGG  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGACCCCTGAGAGAATGTTGAACAATTTGGAAAAGGGACCATTGG  850

seq1  AGCTGGGTCAGAGGTCCTGGATCTTGTGTTAGCTGTGTGGCCTTGCAAAT  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGTCAGAGGTCCTGGATCTTGTGTTAGCTGTGTGGCCTTGCAAAT  900

seq1  GTTACTCAACTTCTCTGAGCTTCAGCTTAAAAATAGAGATAATAGTGTCT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTCAACTTCTCTGAGCTTCAGCTTAAAAATAGAGATAATAGTGTCT  950

seq1  ACTTTATAAGGTCACTATGAACTTGGGTTTCTTTACTTAGACTCATAGCA  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATAAGGTCACTATGAACTTGGGTTTCTTTACTTAGACTCATAGCA  1000

seq1  CACCAGACTCAGCACAAGTCCTCTCCTTGTCTTCTTATGTACGTCTCCTC  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGACTCAGCACAAGTCCTCTCCTTGTCTTCTTATGTACGTCTCCTC  1050

seq1  AGAGTTCCTGGGGTGAATCCCCTCTTCATTCTGTCCTGAGTTCAGCTACC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCCTGGGGTGAATCCCCTCTTCATTCTGTCCTGAGTTCAGCTACC  1100

seq1  TGCTGATTTACATCCATCTCATCACCCTTCCAACCTGAATCTCTCACGCC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATTTACATCCATCTCATCACCCTTCCAACCTGAATCTCTCACGCC  1150

seq1  TCCATTTCCCAGAATTC  1145
      |||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCCCAGAATTC  1167