BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314C18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 91,003,804 - 91,123,593
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream geneLOC100043906
Downstream geneEG668871, LOC668872, LOC627235, LOC100043741, LOC100043742
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314C18.bB6Ng01-314C18.g
ACCGA105187GA105188
length592981
definitionB6Ng01-314C18.b B6Ng01-314C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,122,999 - 91,123,593)(91,003,804 - 91,004,784)
sequence
ctgatctttccaaaacttttatcatgaatgggtgttggatcttgtgaatt
catcatttaatcttattagactttttttctggttataaaacttgtaaagt
tgttctttgtagaaaacttagaaagcacagaaagcattaaagaaaataag
aaaacaaatagttataacatagcaattatatcaggaactaatcttccttt
caaaagtgtgttcctatctccatgtttatctgtacacacacacacacaca
cacacacacatgaatgtgcatagtgtgtgttatacaatgaatatataatt
ataatgaaacaagatagttaataaatccagtgtttattttccttaatttg
attttaaaagtattttccttcttattataatgtcaataaaaattttagcg
actgatatgttttgtaaaatgtggtatggtgaggtgggagggggtgactt
agtgggcccaggctgaggcatcataaggtttatttgggggcatgggaaga
agggttaagaggggagtagactcagagaaaagagaaagggagagagaagg
acaaacacactcaccatccattcacacacacgcacgcacaca

gaattcacttaataaagtcacctaactggtcaagctcagtgaacagtctt
tggtctcattgctttattcatgtcactgagaaatctgcagcaactctgtt
cttatatgcatttaaagtagatattccaactgggcagaagaatcggtgaa
agccacagcagcctctaagcagtaaacattttactggtaacactgaagga
gatgtatgctttcttgataaatgtttaaatgtgaagacttgtacctttca
aggtatagcagtatgcatagtagaataagcttgaatttggaatttgaaat
ttcagattcactattttactgaactggttgtaaaacattcactctatata
tgaaaattaatttaaaatatattttcaggtgagtcacaaattggtcaaca
aagatgtactcaatcttatgggagcaagaaatgattacatgatactaact
tcagatattttaaaaactgaaaccatatggtcaaatattttgtgaatgct
taagtgttttgtgagcatgggaacggggatacagagaagcaatggaggac
aataaaactaaacgggtggaaccttcaaggaagccagaagagaccactaa
ataaaattcacaattgcctctggaactgaaaggtaatatagctggatcga
gcaaatccaagtatttctgtttgggcttttaataaaattagaattgtgtg
ccagaaggcagaattatgccacaacttttcacatcttttaggtagctatc
tagcacttgtgatagattccaaagatgtcaagtatacagctaggctattt
ctttcacgcacttagtctcttaatcacaaaatacaatttttaaaatattt
tatttatttgtttattatgtgtgcatttggtggtctgcttacatgtatgt
ccctgtgagtgtgttgagtcccctggatctggagttgcagacagttgtga
cccgtcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_91122999_91123593
seq2: B6Ng01-314C18.b_45_642 (reverse)

seq1  TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGAATGGGT-GTGAGTGTGTTTGTCCTTCTCT  49
      ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGAATGGATGGTGAGTGTGTTTGTCCTTCTCT  50

seq1  CTCCC-TTCTC-TTTCTCTGAGTCTACTCCCCTCTTAACCCTTCTTCCCA  97
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTTCTCTTTTCTCTGAGTCTACTCCCCTCTTAACCCTTCTTCCCA  100

seq1  TGCCCCCAAATAAACCTTATGATGCCTCAGCCTGGGCCCACTAAGTCACC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCAAATAAACCTTATGATGCCTCAGCCTGGGCCCACTAAGTCACC  150

seq1  CCCTCCCACCTCACCATACCACATTTTACAAAACATATCAGTCGCTAAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCACCTCACCATACCACATTTTACAAAACATATCAGTCGCTAAAA  200

seq1  TTTTTATTGACATTATAATAAGAAGGAAAATACTTTTAAAATCAAATTAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTGACATTATAATAAGAAGGAAAATACTTTTAAAATCAAATTAA  250

seq1  GGAAAATAAACACTGGATTTATTAACTATCTTGTTTCATTATAATTATAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATAAACACTGGATTTATTAACTATCTTGTTTCATTATAATTATAT  300

seq1  ATTCATTGTATAACACACACTATGCACATTCATGTGTGTGTGTGTGTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTGTATAACACACACTATGCACATTCATGTGTGTGTGTGTGTGTG  350

seq1  TGTGTGTGTACAGATAAACATGGAGATAGGAACACACTTTTGAAAGGAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTACAGATAAACATGGAGATAGGAACACACTTTTGAAAGGAAG  400

seq1  ATTAGTTCCTGATATAATTGCTATGTTATAACTATTTGTTTTCTTATTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTCCTGATATAATTGCTATGTTATAACTATTTGTTTTCTTATTTT  450

seq1  CTTTAATGCTTTCTGTGCTTTCTAAGTTTTCTACAAAGAACAACTTTACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATGCTTTCTGTGCTTTCTAAGTTTTCTACAAAGAACAACTTTACA  500

seq1  AGTTTTATAACCAGAAAAAAAGTCTAATAAGATTAAATGATGAATTCACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATAACCAGAAAAAAAGTCTAATAAGATTAAATGATGAATTCACA  550

seq1  AGATCCAACACCCATTCATGATAAAAGTTTTGGAAAGATCAGGAATTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCAACACCCATTCATGATAAAAGTTTTGGAAAGATCAGGAATTC  598


seq1: chr17_91003804_91004784
seq2: B6Ng01-314C18.g_64_1044

seq1  GAATTCACTTAATAAAGTCACCTAACTGGTCAAGCTCAGTGAACAGTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTAATAAAGTCACCTAACTGGTCAAGCTCAGTGAACAGTCTT  50

seq1  TGGTCTCATTGCTTTATTCATGTCACTGAGAAATCTGCAGCAACTCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCATTGCTTTATTCATGTCACTGAGAAATCTGCAGCAACTCTGTT  100

seq1  CTTATATGCATTTAAAGTAGATATTCCAACTGGGCAGAAGAATCGGTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATGCATTTAAAGTAGATATTCCAACTGGGCAGAAGAATCGGTGAA  150

seq1  AGCCACAGCAGCCTCTAAGCAGTAAACATTTTACTGGTAACACTGAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGCAGCCTCTAAGCAGTAAACATTTTACTGGTAACACTGAAGGA  200

seq1  GATGTATGCTTTCTTGATAAATGTTTAAATGTGAAGACTTGTACCTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATGCTTTCTTGATAAATGTTTAAATGTGAAGACTTGTACCTTTCA  250

seq1  AGGTATAGCAGTATGCATAGTAGAATAAGCTTGAATTTGGAATTTGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATAGCAGTATGCATAGTAGAATAAGCTTGAATTTGGAATTTGAAAT  300

seq1  TTCAGATTCACTATTTTACTGAACTGGTTGTAAAACATTCACTCTATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATTCACTATTTTACTGAACTGGTTGTAAAACATTCACTCTATATA  350

seq1  TGAAAATTAATTTAAAATATATTTTCAGGTGAGTCACAAATTGGTCAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATTAATTTAAAATATATTTTCAGGTGAGTCACAAATTGGTCAACA  400

seq1  AAGATGTACTCAATCTTATGGGAGCAAGAAATGATTACATGATACTAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTACTCAATCTTATGGGAGCAAGAAATGATTACATGATACTAACT  450

seq1  TCAGATATTTTAAAAACTGAAACCATATGGTCAAATATTTTGTGAATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATATTTTAAAAACTGAAACCATATGGTCAAATATTTTGTGAATGCT  500

seq1  TAAGTGTTTTGTGAGCATGGGAACGGGGATACAGAGAAGCAATGGAGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTTTGTGAGCATGGGAACGGGGATACAGAGAAGCAATGGAGGAC  550

seq1  AATAAAACTAAACGGGTGGAACCTTCAAGGAAGCCAGAAGAGACCACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACTAAACGGGTGGAACCTTCAAGGAAGCCAGAAGAGACCACTAA  600

seq1  ATAAAATTCACAATTGCCTCTGGAACTGAAAGGTAATATAGCTGGATCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTCACAATTGCCTCTGGAACTGAAAGGTAATATAGCTGGATCGA  650

seq1  GCAAATCCAAGTATTTCTGTTTGGGCTTTTAATAAAATTAGAATTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATCCAAGTATTTCTGTTTGGGCTTTTAATAAAATTAGAATTGTGTG  700

seq1  CCAGAAGGCAGAATTATGCCACAACTTTTCACATCTTTTAGGTAGCTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGCAGAATTATGCCACAACTTTTCACATCTTTTAGGTAGCTATC  750

seq1  TAGCACTTGTGATAGATTCCAAAGATGTCAAGTATACAGCTAGGCTATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTGTGATAGATTCCAAAGATGTCAAGTATACAGCTAGGCTATTT  800

seq1  CTTTCAGGCACTTAGTCTCTTAATCACAAAATACAATTTTTAAAATATTT  850
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACGCACTTAGTCTCTTAATCACAAAATACAATTTTTAAAATATTT  850

seq1  TATTTATTTGTTTATTATGTGTGCATTTGGTGGTCTGCTTACATGTATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTGTTTATTATGTGTGCATTTGGTGGTCTGCTTACATGTATGT  900

seq1  CCCTGTGAGTGTGTTGAGTCCCCTGGATCTGGAGTTGCAGACAGTTGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGAGTGTGTTGAGTCCCCTGGATCTGGAGTTGCAGACAGTTGTGA  950

seq1  CCCGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  981
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  981


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |