BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314E17
Chromosome17 (Build37)
Map Location 15,246,987 - 15,338,724
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDact2, Smoc2, LOC664856, Thbs2, LOC100041236, Wdr27, LOC664893, 1600012H06Rik, Phf10, LOC100041586, LOC100041574, LOC100041289, LOC100041639, LOC100041621, LOC100041301, 9030025P20Rik, Tcte3
Downstream geneC330048F19, LOC664953, Dll1, LOC100041314, 4932442K08Rik, Psmb1, Tbp, Pdcd2, LOC636398, Prdm9, EG626573, LOC665017, LOC100041775, 5830433I10Rik, Chd1, Rgmb, LOC100041365, Eif3s6-ps3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314E17.bB6Ng01-314E17.g
ACCGA105270GA105271
length537564
definitionB6Ng01-314E17.b B6Ng01-314E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,246,987 - 15,247,529)(15,338,158 - 15,338,724)
sequence
taaaatgccacgaaaggatggtggtgggaccatctacagcagaggttctc
aacctgtgggtcacgacccctgaatagcacatatttacattacggttcat
aacagtagcaaaattacagttataaaggagcaacaaaataattttatggt
tgaggactcaccacaacatgaggaactgtattaaaaggccacagtgtccg
gaagattgaggactgctgatctacagagacctaaagttggactttgttac
agacacttctgtcaccccaactttgcagcgggtggaacagacaagctgag
tgggacataccaattgcttgcccatgtgcaaatccttggcacacgtgggt
tctcatgacacaggaaggcagagggatatactctatagcaccctctcctc
ccagagcacctgtctgtgactggcagcagactccaataagcctgtccttc
ctcctccgcctcctcctcctcctcctctgcctcctcgtcctcctccttcc
ttcctctctctctctctctctctctctctctctcgct
agctgtgcttgtggtacagagctccttagggacaagaggatgctgctgtc
aggactttaggaagtatggagaggatcattaggagggtccacataacggg
ctggtccttcaggaatacatggggtgcctgcccttggtctaatttcttca
caggcccagcatctttgctactagcctagctgagcaggtgctacaggaca
ctctcacagtctgcttctgctgagtacctgcttggcttcctggttctctc
ctcaggtagaaggatggaagccgtcacattgataaactgtgacttggctc
tctctgggtttgtatctcccaatggcaaattagctgagctcagcatagtt
tctatgatctgacctaggcttacttgttttgccctaagagtccatgtgga
caggagcttgacatacacaccccctatggacaaggtgatagcagacagat
gttctgtcacaaaggagaggctgctcatgacacgtctattggtcaataaa
cttttttccttttgaaaaggtgccatttgtgagttagattggactgccaa
aatcttcatcttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_15246987_15247529
seq2: B6Ng01-314E17.b_46_588

seq1  GAATTCTAAAATGCCACGAAAGGATGGTGGTGGGACCATCTACAGCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAATGCCACGAAAGGATGGTGGTGGGACCATCTACAGCAGAG  50

seq1  GTTCTCAACCTGTGGGTCACGACCCCTGAATAGCACATATTTACATTACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAACCTGTGGGTCACGACCCCTGAATAGCACATATTTACATTACG  100

seq1  GTTCATAACAGTAGCAAAATTACAGTTATAAAGGAGCAACAAAATAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAACAGTAGCAAAATTACAGTTATAAAGGAGCAACAAAATAATTT  150

seq1  TATGGTTGAGGACTCACCACAACATGAGGAACTGTATTAAAAGGCCACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTGAGGACTCACCACAACATGAGGAACTGTATTAAAAGGCCACAG  200

seq1  TGTCCGGAAGATTGAGGACTGCTGATCTACAGAGACCTAAAGTTGGACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCGGAAGATTGAGGACTGCTGATCTACAGAGACCTAAAGTTGGACTT  250

seq1  TGTTACAGACACTTCTGTCACCCCAACTTTGCAGCGGGTGGAACAGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACAGACACTTCTGTCACCCCAACTTTGCAGCGGGTGGAACAGACAA  300

seq1  GCTGAGTGGGACATACCAATTGCTTGCCCATGTGCAAATCCTTGGCACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTGGGACATACCAATTGCTTGCCCATGTGCAAATCCTTGGCACAC  350

seq1  GTGGGTTCTCATGACACAGGAAGGCAGAGGGATATACTCTATAGCACCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTCTCATGACACAGGAAGGCAGAGGGATATACTCTATAGCACCCT  400

seq1  CTCCTCCCAGAGCACCTGTCTGTGACTGGCAGCAGACTCCAATAAGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCAGAGCACCTGTCTGTGACTGGCAGCAGACTCCAATAAGCCTG  450

seq1  TCCTTCCTCCTCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCCCTCCTCCTCCTCCT  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TCCTTCCTCCTCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTGCCTCCTCGTCCTCCT  500

seq1  CCTTCCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCTTCCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCT  543

seq1: chr17_15338158_15338724
seq2: B6Ng01-314E17.g_67_636 (reverse)

seq1  GCAAGATG-AGA-TTTGGCAGTCCAAACTAACTC-CAAATGGCACCTTTT  47
      |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GCAAGATGAAGATTTTGGCAGTCCAATCTAACTCACAAATGGCACCTTTT  50

seq1  CAAAAGGAAAAAAGTTTATTGACCAATAGACGTTTCATGAGCAGCCTCTC  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAAAAAAGTTTATTGACCAATAGACGTGTCATGAGCAGCCTCTC  100

seq1  CTTTGTGACAGAACATCTGTCTGCTATCACCTTGTCCATAGGGGGTGTGT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGACAGAACATCTGTCTGCTATCACCTTGTCCATAGGGGGTGTGT  150

seq1  ATGTCAAGCTCCTGTCCACATGGACTCTTAGGGCAAAACAAGTAAGCCTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAGCTCCTGTCCACATGGACTCTTAGGGCAAAACAAGTAAGCCTA  200

seq1  GGTCAGATCATAGAAACTATGCTGAGCTCAGCTAATTTGCCATTGGGAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGATCATAGAAACTATGCTGAGCTCAGCTAATTTGCCATTGGGAGA  250

seq1  TACAAACCCAGAGAGAGCCAAGTCACAGTTTATCAATGTGACGGCTTCCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACCCAGAGAGAGCCAAGTCACAGTTTATCAATGTGACGGCTTCCA  300

seq1  TCCTTCTACCTGAGGAGAGAACCAGGAAGCCAAGCAGGTACTCAGCAGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTACCTGAGGAGAGAACCAGGAAGCCAAGCAGGTACTCAGCAGAA  350

seq1  GCAGACTGTGAGAGTGTCCTGTAGCACCTGCTCAGCTAGGCTAGTAGCAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTGTGAGAGTGTCCTGTAGCACCTGCTCAGCTAGGCTAGTAGCAA  400

seq1  AGATGCTGGGCCTGTGAAGAAATTAGACCAAGGGCAGGCACCCCATGTAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGGGCCTGTGAAGAAATTAGACCAAGGGCAGGCACCCCATGTAT  450

seq1  TCCTGAAGGACCAGCCCGTTATGTGGACCCTCCTAATGATCCTCTCCATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAGGACCAGCCCGTTATGTGGACCCTCCTAATGATCCTCTCCATA  500

seq1  CTTCCTAAAGTCCTGACAGCAGCATCCTCTTGTCCCTAAGGAGCTCTGTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAAAGTCCTGACAGCAGCATCCTCTTGTCCCTAAGGAGCTCTGTA  550

seq1  CCACAAGCACAGCTGAATTC  567
      ||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGCACAGCTGAATTC  570