BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321A02
Chromosome17 (Build37)
Map Location 64,816,124 - 64,959,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043582, Man2a1
Upstream geneFbxl17, Ppia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677, A930002H24Rik, Fert2, LOC669778, Pja2
Downstream gene4930583I09Rik, LOC100043871, E130009J12Rik, LOC668655, LOC674701, Vapa
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321A02.bB6Ng01-321A02.g
ACCGA110230GA110231
length1,044964
definitionB6Ng01-321A02.b B6Ng01-321A02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,958,210 - 64,959,235)(64,816,124 - 64,817,091)
sequence
gaattcacttgcccagatgccaagagaagcatatttaagaatgcagtgtc
atgcttccttcccaagagggaaagttacctgacacagggaacaacaccat
gctatcaatatttacagtgttcattatgttcaaacactctggtgtattct
gattggtaaacaaaaatcatacacatttaccaggcacaacatgctgcttt
gaaatgcctatacattttggaattttcagtcaagttaacatatgtataac
ctctgtgataagaaccctttgaatctactctgagcagttttgaagagggc
tcttaaccagttattacagtatacaataaatctcttaggctttttcctct
acaggaaattctgtatcctttgtttattggttcccaatctctgtggctga
tcagagaggacaggaagtcctggaattagatgcaagtgacttaaagctga
cggggtaaatcagaacaacaacaaactgctggttccaggaatatggagaa
tgtagagaagacagaatcaaccggaagacgattgaaaacaccactttcct
catctgaccggtaggagtcaggagctcatatctaagggtgacagatcagg
aaggcagatagagatatatccttctaagttattaaggatatcaagcagaa
gaattaagtaccaaactaatatgtatacggcagggagaagagtccttcgt
cttttatacaaggaagcatgggctcaagatggagcaatatgttttccagt
tgtgcaagtgaatgtcagtatgaggaagggagccctcactgaactgaagc
tggactgggttggccaacaaagaagaaagagctgtcaatgcacacctctg
tgcttgtggggtgtgggggaggctgttttctttttattatttaccttcac
ttaaaggagtttaaagacagatcactggtaaggactgccagttctcctga
tccaaggatgaaggttggtcactagaaagagcacagcatatgtctgggtc
taggatccattttgcccttcgagaaggtaatgaaacgaaaggaa
gaattcttaccctgaccctcaagttaaaaggcaattactcagaataacat
gaagcaagcaagcaatgtcatcccagacaccaggagcaaaggattacaca
atccccgcacccgtgtgcgccggatccatgtggtgagagcctccggcaat
ctgggcggtgctttcaactatgatttcgctcagctcttcaaactgggttc
tgtttactgggcttccctccaatgggacttacctgagaacaactcaactg
tagtttgtttgcttgtttgttttgtttcccaaatcagtcgtgggccccag
ggatcccagtgagtccagttgtctctggcaagaatcctagttgcaagccc
cggctttggctgtgtgcctgtttgggcttcggaactactctgcccccagt
cacagcttgggagccgcactgtggttttgccttccttacctgctcctgcc
tgttggcaaaatagtaactaacagaatcagcattcactgctggggtcctg
ggtgctcctgctgttaacacatctccttcccgcgcagcatcaggcacaga
aaggtggagggataaagcgggaccctggctgtgtagttacagaaactgag
caatcttggacatggtggcgagctcttcttccagcctcggagtcttctgc
cttgaggggggtaatttaacctcacctgattgttagggcaattaaacaga
ctagtgtaggtaaaatatctggcaccgaattacacagtacacattagtca
gggtcgacttcccatctcagctccccgctctaattagcgaatcttcatac
ttgtgcacctgaacggttgacaaacttagctcctaaaaactctcagtgat
gcaagtattcatcagctggacacctcccccccctccacccccacccccgc
cgcccaaactgcccacagacatggacaacagatgaggcaatttctatagt
gcataatccgtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_64958210_64959235
seq2: B6Ng01-321A02.b_46_1089 (reverse)

seq1  ----------TTCCTTTCCT--TCGAAGGGCAAAATGGATCCT-GAACCA  37
                ||| || |||  ||||||||||||||||||||| || |||
seq2  TTCCTTTCGTTTCATTACCTTCTCGAAGGGCAAAATGGATCCTAGACCCA  50

seq1  GACCTTATGCTGTGCTCTTTCTAGTGAACCA-CTTCAT-CTTGGATCAGG  85
      || | |||||||||||||||||||||| | | |||||| |||||||||||
seq2  GA-CATATGCTGTGCTCTTTCTAGTGACCAACCTTCATCCTTGGATCAGG  99

seq1  AGAACTGGCAGT-CTTAACAGTGATCTGTCTTTTAACTCCTTT-AGTGAA  133
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  AGAACTGGCAGTCCTTACCAGTGATCTGTCTTTAAACTCCTTTAAGTGAA  149

seq1  GGTAAATAATAAAA--GAAACAGCCTCCCCCACACCCCACAAGCACAGAG  181
      ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATAATAAAAAGAAAACAGCCTCCCCCACACCCCACAAGCACAGAG  199

seq1  GTGTGCATTGACAGCTCTTTCTTCTTTGTTGGCCAACCCAGTCCAGCTTC  231
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATTGACAGCTCTTTCTTCTTTGTTGGCCAACCCAGTCCAGCTTC  249

seq1  AGTTCAGTGAGGGCTCCCTTCCTCATACTGACATTCACTTGCACAACTGG  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGTGAGGGCTCCCTTCCTCATACTGACATTCACTTGCACAACTGG  299

seq1  AAAACATATTGCTCCATCTTGAGCCCATGCTTCCTTGTATAAAAGACGAA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATATTGCTCCATCTTGAGCCCATGCTTCCTTGTATAAAAGACGAA  349

seq1  GGACTCTTCTCCCTGCCGTATACATATTAGTTTGGTACTTAATTCTTCTG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTTCTCCCTGCCGTATACATATTAGTTTGGTACTTAATTCTTCTG  399

seq1  CTTGATATCCTTAATAACTTAGAAGGATATATCTCTATCTGCCTTCCTGA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATATCCTTAATAACTTAGAAGGATATATCTCTATCTGCCTTCCTGA  449

seq1  TCTGTCACCCTTAGATATGAGCTCCTGACTCCTACCGGTCAGATGAGGAA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCACCCTTAGATATGAGCTCCTGACTCCTACCGGTCAGATGAGGAA  499

seq1  AGTGGTGTTTTCAATCGTCTTCCGGTTGATTCTGTCTTCTCTACATTCTC  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGTTTTCAATCGTCTTCCGGTTGATTCTGTCTTCTCTACATTCTC  549

seq1  CATATTCCTGGAACCAGCAGTTTGTTGTTGTTCTGATTTACCCCGTCAGC  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCCTGGAACCAGCAGTTTGTTGTTGTTCTGATTTACCCCGTCAGC  599

seq1  TTTAAGTCACTTGCATCTAATTCCAGGACTTCCTGTCCTCTCTGATCAGC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTCACTTGCATCTAATTCCAGGACTTCCTGTCCTCTCTGATCAGC  649

seq1  CACAGAGATTGGGAACCAATAAACAAAGGATACAGAATTTCCTGTAGAGG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGATTGGGAACCAATAAACAAAGGATACAGAATTTCCTGTAGAGG  699

seq1  AAAAAGCCTAAGAGATTTATTGTATACTGTAATAACTGGTTAAGAGCCCT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCCTAAGAGATTTATTGTATACTGTAATAACTGGTTAAGAGCCCT  749

seq1  CTTCAAAACTGCTCAGAGTAGATTCAAAGGGTTCTTATCACAGAGGTTAT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAACTGCTCAGAGTAGATTCAAAGGGTTCTTATCACAGAGGTTAT  799

seq1  ACATATGTTAACTTGACTGAAAATTCCAAAATGTATAGGCATTTCAAAGC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTTAACTTGACTGAAAATTCCAAAATGTATAGGCATTTCAAAGC  849

seq1  AGCATGTTGTGCCTGGTAAATGTGTATGATTTTTGTTTACCAATCAGAAT  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTTGTGCCTGGTAAATGTGTATGATTTTTGTTTACCAATCAGAAT  899

seq1  ACACCAGAGTGTTTGAACATAATGAACACTGTAAATATTGATAGCATGGT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGAGTGTTTGAACATAATGAACACTGTAAATATTGATAGCATGGT  949

seq1  GTTGTTCCCTGTGTCAGGTAACTTTCCCTCTTGGGAAGGAAGCATGACAC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCCCTGTGTCAGGTAACTTTCCCTCTTGGGAAGGAAGCATGACAC  999

seq1  TGCATTCTTAAATATGCTTCTCTTGGCATCTGGGCAAGTGAATTC  1026
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCTTAAATATGCTTCTCTTGGCATCTGGGCAAGTGAATTC  1044

seq1: chr17_64816124_64817091
seq2: B6Ng01-321A02.g_67_1030

seq1  GAATTCTTACCCTGACCCTCAAGTTAAAAGGCAATTACTCAGAATAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACCCTGACCCTCAAGTTAAAAGGCAATTACTCAGAATAACAT  50

seq1  GAAGCAAGCAAGCAATGTCATCCCAGACACCAGGAGCAAAGGATTACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAGCAAGCAATGTCATCCCAGACACCAGGAGCAAAGGATTACACA  100

seq1  ATCCCCGCACCCGTGTGCGCCGGATCCATGTGGTGAGAGCCTCCGGCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCGCACCCGTGTGCGCCGGATCCATGTGGTGAGAGCCTCCGGCAAT  150

seq1  CTGGGCGGTGCTTTCAACTATGATTTCGCTCAGCTCTTCAAACTGGGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCGGTGCTTTCAACTATGATTTCGCTCAGCTCTTCAAACTGGGTTC  200

seq1  TGTTTACTGGGCTTCCCTCCAATGGGACTTACCTGAGAACAACTCAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTGGGCTTCCCTCCAATGGGACTTACCTGAGAACAACTCAACTG  250

seq1  TAGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTTGTTTCCCAAATCAGTCGTGGGCCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTTGTTTCCCAAATCAGTCGTGGGCCCCAG  300

seq1  GGATCCCAGTGAGTCCAGTTGTCTCTGGCAAGAATCCTAGTTGCAAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCAGTGAGTCCAGTTGTCTCTGGCAAGAATCCTAGTTGCAAGCCC  350

seq1  CGGCTTTGGCTGTGTGCCTGTTTGGGCTTCGGAACTACTCTGCCCCCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTTGGCTGTGTGCCTGTTTGGGCTTCGGAACTACTCTGCCCCCAGT  400

seq1  CACAGCTTGGGAGCCGCACTGTGGTTTTGCCTTCCTTACCTGCTCCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTTGGGAGCCGCACTGTGGTTTTGCCTTCCTTACCTGCTCCTGCC  450

seq1  TGTTGGCAAAATAGTAACTAACAGAATCAGCATTCACTGCTGGGGTCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCAAAATAGTAACTAACAGAATCAGCATTCACTGCTGGGGTCCTG  500

seq1  GGTGCTCCTGCTGTTAACACATCTCCTTCCCGCGCAGCATCAGGCACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCCTGCTGTTAACACATCTCCTTCCCGCGCAGCATCAGGCACAGA  550

seq1  AAGGTGGAGGGATAAAGCGGGACCCTGGCTGTGTAGTTACAGAAACTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGAGGGATAAAGCGGGACCCTGGCTGTGTAGTTACAGAAACTGAG  600

seq1  CAATCTTGGACATGGTGGCGAGCTCTTCTTCCAGCCTCGGAGTCTTCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTGGACATGGTGGCGAGCTCTTCTTCCAGCCTCGGAGTCTTCTGC  650

seq1  CTTGAGGGGGGTAATTTAACCTCACCTGATTGTTAGGGCAATTAAACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGGGGGTAATTTAACCTCACCTGATTGTTAGGGCAATTAAACAGA  700

seq1  CTAGTGTAGGTAAAATATCTGGCACCGAATTACACAGTACACATTAGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTAGGTAAAATATCTGGCACCGAATTACACAGTACACATTAGTCA  750

seq1  GGGTCGACTTCCCATCTCAGCTCCCCGCTCTAATTAGCGAATCTTCATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCGACTTCCCATCTCAGCTCCCCGCTCTAATTAGCGAATCTTCATAC  800

seq1  TTGTGCACCTGAACGGTTGACAAACTTAGCTCCTAAAAACTCTCAGTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCACCTGAACGGTTGACAAACTTAGCTCCTAAAAACTCTCAGTGAT  850

seq1  GCAAGTATTCATCAGCTGGACACCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCGC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  GCAAGTATTCATCAGCTGGACACCTCCCCCCCCTCCACCCCCACCCCCGC  900

seq1  CGCCCCAGACTGCCCACAGACAATGGACAACAGAAGAGGGCAATTTCTAT  950
      || |||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| 
seq2  CG-CCCAAACTGCCCACAGAC-ATGGACAACAGATGA-GGCAATTTCTA-  946

seq1  TAGTGCAGAGTCCGTGAA  968
      ||||||| | ||||||||
seq2  TAGTGCATAATCCGTGAA  964