BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321F07
Chromosome17 (Build37)
Map Location 83,767,924 - 83,823,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEml4
Upstream geneLOC668836, EG433141, EG625514, LOC100043711, LOC100043900, AW548124, EG545226
Downstream geneCox7a2l, Kcng3, Mta3, Haao, Zfp36l2, Thada
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321F07.bB6Ng01-321F07.g
ACCGA110468GA110469
length6811,168
definitionB6Ng01-321F07.b B6Ng01-321F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,767,924 - 83,768,604)(83,822,615 - 83,823,800)
sequence
gaattcaactgcctgagcagaccagaaggatttatcccctggagctggag
ttacaggtagatatgagctgctgcctaacatgggtactagaaaatgaatt
caagtccactgcaaacactcttaaccacggagccaaatctttagagccca
tttgctttcattactttttgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctgtctgtc
tgcctatccatgactatacgactgccttggtacgtatatggaagtctgag
gacaacttgtcagagttggttctcttgccattttgttgggtctaggattg
aactcaggtcatcctgcttggtagcaagcacctttaacttttacccactg
aacgatctaactgatatgtagcctatgctggcctcctggtgaaccctttt
gctttatcctgcaagtgctgggatcaggcatgtgccactatgccttggct
aattgaatatttattgcacccaacattctgcaccttgaatagtagctgct
cacatttccacgagtggaaaactatggagtgcatgagtgaatcaatagaa
ttgtcttaaactttacatttttatcagttcttattttcttcttcgtgtga
aatgataaacctgtgatgtagtgggagttagcaaactgctacttggtgca
agccatacctgtaccaaggggtgtgtgtgtg

gaattcaatgaccctcaacacaaatggacatactaaccacatagacacgt
acatgaaaactatgttaaaagctacattaaaaaaaagggttattaaatga
aggtgaaccaatttttatagtcattctaattaatatattgttttgcctga
gttttacactccttactctgcctttaaactaagaattatgagcctatagg
catattttctgtaagagagtcaacaaatttgaccagagatgcatcctttg
aaaaggagaaggcttgttctgacaaatgactaaatagtaatacatttcaa
gataaaattacctatgtgtaatttttattaccctacacttgaatctttaa
ttgatttcaattcaattgtacagttgccaagtgtggtggcacatgccttt
aatcctagcacttgggaagcataggtaggcagatctctgttagttagagg
ccaacctggtctacaatgcaagttccaggatagccaatgctattatacaa
aacaaaacaaaacaaaaccctgtctcaaaaagccaaagaccaaaccaaaa
caaaacatgcatgccatacagtctcagctgcatcatgagctactgagcag
ttatgtagaggacagactcaagactcgtgttccaatattaaagggcagaa
aactgcaaacgctctacagtaacttatgcaaagggcatttaaattctgta
agaaggtatgttcaagaatgtcacaagtatatatataaaataaacataca
aatacacacacacacacacacacacacacacacacagactgtcacagact
atgtaactccactattacactgtaaaagttaaaaatatagtgatatcatt
ttgactgtaacatttctgagtctgatcatttctgctatctttgcactggc
cattgactgctgatttttatgttctgtttttaaaaagtgtgtgctaataa
acacattttcaccagcaaatatcagattaaaccttaaaatgaaaactggc
ctggggacgtgagtggggcagtgcttgttgtgcctcagtgtgaggtccga
gtctggatccaagctcgtgaaaagcaagcatgtagctttcagtcactgga
acaaacactgagtgaaccaaggtttgtgtctatctaatctagcaattgca
aactacagggtcataaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_83767924_83768604
seq2: B6Ng01-321F07.b_45_725

seq1  GAATTCAACTGCCTGAGCAGACCAGAAGGATTTATCCCCTGGAGCTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTGCCTGAGCAGACCAGAAGGATTTATCCCCTGGAGCTGGAG  50

seq1  TTACAGGTAGATATGAGCTGCTGCCTAACATGGGTACTAGAAAATGAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGTAGATATGAGCTGCTGCCTAACATGGGTACTAGAAAATGAATT  100

seq1  CAAGTCCACTGCAAACACTCTTAACCACGGAGCCAAATCTTTAGAGCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCACTGCAAACACTCTTAACCACGGAGCCAAATCTTTAGAGCCCA  150

seq1  TTTGCTTTCATTACTTTTTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTCATTACTTTTTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC  200

seq1  TGCCTATCCATGACTATACGACTGCCTTGGTACGTATATGGAAGTCTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATCCATGACTATACGACTGCCTTGGTACGTATATGGAAGTCTGAG  250

seq1  GACAACTTGTCAGAGTTGGTTCTCTTGCCATTTTGTTGGGTCTAGGATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTTGTCAGAGTTGGTTCTCTTGCCATTTTGTTGGGTCTAGGATTG  300

seq1  AACTCAGGTCATCCTGCTTGGTAGCAAGCACCTTTAACTTTTACCCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGTCATCCTGCTTGGTAGCAAGCACCTTTAACTTTTACCCACTG  350

seq1  AACGATCTAACTGATATGTAGCCTATGCTGGCCTCCTGGTGAACCCTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATCTAACTGATATGTAGCCTATGCTGGCCTCCTGGTGAACCCTTTT  400

seq1  GCTTTATCCTGCAAGTGCTGGGATCAGGCATGTGCCACTATGCCTTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATCCTGCAAGTGCTGGGATCAGGCATGTGCCACTATGCCTTGGCT  450

seq1  AATTGAATATTTATTGCACCCAACATTCTGCACCTTGAATAGTAGCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATATTTATTGCACCCAACATTCTGCACCTTGAATAGTAGCTGCT  500

seq1  CACATTTCCACGAGTGGAAAACTATGGAGTGCATGAGTGAATCAATAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTCCACGAGTGGAAAACTATGGAGTGCATGAGTGAATCAATAGAA  550

seq1  TTGTCTTAAACTTTACATTTTTATCAGTTCTTATTTTCTTCTTCGTGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTAAACTTTACATTTTTATCAGTTCTTATTTTCTTCTTCGTGTGA  600

seq1  AATGATAAACCTGTGATGTAGTGGGAGTTAGCAAACTGCTACTTGGTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAAACCTGTGATGTAGTGGGAGTTAGCAAACTGCTACTTGGTGCA  650

seq1  AGCCATACCTGTACCAAGGGGTGTGTGTGTG  681
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATACCTGTACCAAGGGGTGTGTGTGTG  681


seq1: chr17_83822615_83823800
seq2: B6Ng01-321F07.g_67_1234 (reverse)

seq1  TCTTATTGCACCTGTAGTTTGCAATTTTGCCTAGATTAGATGACCACCAA  50
      ||||| ||  ||||||||||||||||    |||||||||||   || |||
seq2  TCTTA-TGACCCTGTAGTTTGCAATT---GCTAGATTAGATAGACA-CAA  45

seq1  ACCCTGGGGTCCACCTCCAGTGTTGGTTCCAGTGACTGAAAGCTACCATG  100
      ||| |  ||| |||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTT--GGTTCAC--TCAGTGTTTGTTCCAGTGACTGAAAGCTA-CATG  90

seq1  CTTGGCTTTTCCACGAGCTGGGATCCAGACTCGGACCCTCACACTGA-GC  149
      ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  CTT-GCTTTT-CACGAGCTTGGATCCAGACTCGGA-CCTCACACTGAGGC  137

seq1  ACAACAAGCACTGCCCCCACTCACCGTCCCCAGGCCCAGGTTTTCATTTT  199
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   |||||||||||
seq2  ACAACAAGCACTG-CCCCACTCA-CGTCCCCAGGCC--AGTTTTCATTTT  183

seq1  AAGGTTTAATCTGATATTTTGCTGGTGAAAATGTGTTTATTAGCACACAC  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTAATCTGATA-TTTGCTGGTGAAAATGTGTTTATTAGCACACAC  232

seq1  TTTTTAAAAAACAGAACATAAAAATCAGCAGTCAATGGCCAGTGCAAAGA  299
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTT-AAAAACAGAACATAAAAATCAGCAGTCAATGGCCAGTGCAAAGA  281

seq1  TAGCAGAAATGATCAGACTCAGAAATGTTACAGTCAAAATGATATCACTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAAATGATCAGACTCAGAAATGTTACAGTCAAAATGATATCACTA  331

seq1  TATTTTTAACTTTTACAGTGTAATAGTGGAGTTACATAGTCTGTGACAGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAACTTTTACAGTGTAATAGTGGAGTTACATAGTCTGTGACAGT  381

seq1  CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGTATGTTTATTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGTATGTTTATTT  431

seq1  TATATATATACTTGTGACATTCTTGAACATACCTTCTTACAGAATTTAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATACTTGTGACATTCTTGAACATACCTTCTTACAGAATTTAAA  481

seq1  TGCCCTTTGCATAAGTTACTGTAGAGCGTTTGCAGTTTTCTGCCCTTTAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTGCATAAGTTACTGTAGAGCGTTTGCAGTTTTCTGCCCTTTAA  531

seq1  TATTGGAACACGAGTCTTGAGTCTGTCCTCTACATAACTGCTCAGTAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAACACGAGTCTTGAGTCTGTCCTCTACATAACTGCTCAGTAGCT  581

seq1  CATGATGCAGCTGAGACTGTATGGCATGCATGTTTTGTTTTGGTTTGGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGCAGCTGAGACTGTATGGCATGCATGTTTTGTTTTGGTTTGGTC  631

seq1  TTTGGCTTTTTGAGACAGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTATAATAGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTTTTGAGACAGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTATAATAGCA  681

seq1  TTGGCTATCCTGGAACTTGCATTGTAGACCAGGTTGGCCTCTAACTAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTATCCTGGAACTTGCATTGTAGACCAGGTTGGCCTCTAACTAACA  731

seq1  GAGATCTGCCTACCTATGCTTCCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGTGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTGCCTACCTATGCTTCCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGTGCC  781

seq1  ACCACACTTGGCAACTGTACAATTGAATTGAAATCAATTAAAGATTCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACTTGGCAACTGTACAATTGAATTGAAATCAATTAAAGATTCAAG  831

seq1  TGTAGGGTAATAAAAATTACACATAGGTAATTTTATCTTGAAATGTATTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGTAATAAAAATTACACATAGGTAATTTTATCTTGAAATGTATTA  881

seq1  CTATTTAGTCATTTGTCAGAACAAGCCTTCTCCTTTTCAAAGGATGCATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTAGTCATTTGTCAGAACAAGCCTTCTCCTTTTCAAAGGATGCATC  931

seq1  TCTGGTCAAATTTGTTGACTCTCTTACAGAAAATATGCCTATAGGCTCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCAAATTTGTTGACTCTCTTACAGAAAATATGCCTATAGGCTCAT  981

seq1  AATTCTTAGTTTAAAGGCAGAGTAAGGAGTGTAAAACTCAGGCAAAACAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTAGTTTAAAGGCAGAGTAAGGAGTGTAAAACTCAGGCAAAACAA  1031

seq1  TATATTAATTAGAATGACTATAAAAATTGGTTCACCTTCATTTAATAACC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAATTAGAATGACTATAAAAATTGGTTCACCTTCATTTAATAACC  1081

seq1  CTTTTTTTTAATGTAGCTTTTAACATAGTTTTCATGTACGTGTCTATGTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTTAATGTAGCTTTTAACATAGTTTTCATGTACGTGTCTATGTG  1131

seq1  GTTAGTATGTCCATTTGTGTTGAGGGTCATTGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTATGTCCATTTGTGTTGAGGGTCATTGAATTC  1168


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |