BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321J16
Chromosome17 (Build37)
Map Location 41,754,352 - 41,878,199
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG619517, Crisp2, Rhag, 9130008F23Rik, EG435528, Cenpq, Mut, Ldha-ps3, LOC627577
Downstream geneLOC627626, Opn5, Gpr115, Gpr111, EG546797
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321J16.bB6Ng01-321J16.g
ACCGA110664GA110665
length1,1171,128
definitionB6Ng01-321J16.b B6Ng01-321J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,754,352 - 41,755,472)(41,877,063 - 41,878,199)
sequence
gaattcagtgttcattccctgtggacttgacttctaaagtctcttttttg
gcgtgtatgtgttctttctgtgagccaatcttgtcctcttcctcaattcc
tctccaccattattttgcttatatattttaaattttcaaaatttatacac
actgtattggtcttcattctaccattttcaaacaagattccttcttgttg
atttttttctaatgtctctcacataacctcccttatcttactttctttct
tttacttttgcatcagctctctataacttcctttaagctttcatatcacc
tactaccctactatcccctcccccaccttctttatagacacagaaactct
catcaaacttggtgctcactgatgcatctagccttctgccagcaaaaatt
atgcatcctcatcctcattttggcaattgcaatcagtagccatctcacag
gaatatagctgacttcttgcagaggttctgtatttgtgctgaggatagaa
cttaagttgtgtaacagtctctttaccaactgattcagcttcccatatgg
tcagttataaaatatttgaaagatgtaattattaattttgcaggattgtg
aaagcatcctcccagttccatgctcccagaaataagatcgatactcaaaa
tacatttacacataccttggacatacaactagtttcttctctgcttagat
tctaatgtaaagtaattttaacccacattcttctacatgactgagttacc
tgtgctcaggtaccatgcatccatctcattacatcctgatgggtgaatat
cttgcctagcactattccagaattatttctgtcttctagatatcccacct
cctatttcctgcctacactataagccgtcatatttgttactgacagatgc
cacatccatagagatataagatattctgtctacatatttatcattgacat
ccacattaagagaaatccaaaaccactttaaagtgactggataaatcaca
gtggattgtaaatttggtgccacaatgttatgctgattttgtgtgatgaa
attgtttagatactcaatttcacttgctaatcttcacattaatagctact
ctaacatccatactatt
gaattccattccagtaatttatacgtctgctgataagaattttgttgcta
tacaataaatcaagcctgcattgaaattaaattcaaatttgagaggttat
gaactatcctttatggttagctcattccttaaaaactcgtttgtggctca
aagcagaactagtgaatttcttggaggaatgtgagaaattgaagatagca
gaacatcaacttctttaatcagagttatattctacagactcagctttgta
tggtaagaataggcatagtagtaccttatttcctggttctccaatttcaa
aatgcctttgtaacattttactgttttgtaaaatgcgtttatttaatttt
atgtgtattactatttgcctgaatgtatgtttgtatactacatgtgtgcc
tggtgtctgtggagaccagaagaaggcatcagatccctggtaatggagtt
gttgatgtttgtgaagtcctatgtggatgcttcaaacttcctcttcaaaa
tcaaatttccttaactgttgtgccatttctccagcaccaagtgtttactt
atttatgggtgataagtgacttatggacagaaaatatccaaaactacata
tcaatcaacccactataaaacatagtcataacattttacaagcctgtatt
tgttacacgaattataatttctataatcctttgtattatttcatgttagt
attttactaaatagttccaccatacaagataatctgctattagagtatta
tgactctcactgcatagacaatctttccatccattctcttgactgctgag
tactcctagctatcctgagcagcatcctgtttatgcccacacagctctat
tttctgaccacctggctgaaaaccattaccagtcctgcaacaccagggac
ataaaagttagattcctatcctgctatccacaattcactaccctctttgc
tttgtgtggcacattcagctgctaagcaacttgtactgacccctgattcc
attgcttagctcaaggctgcctacagaggactgctagaccaggatatctt
gcttaggcctgcttcagtacctctacaacaggaacattcagagaccgaag
catcagatggaataaacgtcttgaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_41754352_41755472
seq2: B6Ng01-321J16.b_44_1160

seq1  GAATTCAGTGTTCATTCCCTGTGGACTTGACTTCTAAAGTCTCTTTTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTCATTCCCTGTGGACTTGACTTCTAAAGTCTCTTTTTTG  50

seq1  GCGTGTATGTGTTCTTTCTGTGAGCCAATCTTGTCCTCTTCCTCAATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTATGTGTTCTTTCTGTGAGCCAATCTTGTCCTCTTCCTCAATTCC  100

seq1  TCTCCACCATTATTTTGCTTATATATTTTAAATTTTCAAAATTTATACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACCATTATTTTGCTTATATATTTTAAATTTTCAAAATTTATACAC  150

seq1  ACTGTATTGGTCTTCATTCTACCATTTTCAAACAAGATTCCTTCTTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTGGTCTTCATTCTACCATTTTCAAACAAGATTCCTTCTTGTTG  200

seq1  ATTTTTTTCTAATGTCTCTCACATAACCTCCCTTATCTTACTTTCTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTCTAATGTCTCTCACATAACCTCCCTTATCTTACTTTCTTTCT  250

seq1  TTTACTTTTGCATCAGCTCTCTATAACTTCCTTTAAGCTTTCATATCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTTGCATCAGCTCTCTATAACTTCCTTTAAGCTTTCATATCACC  300

seq1  TACTACCCTACTATCCCCTCCCCCACCTTCTTTATAGACACAGAAACTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACCCTACTATCCCCTCCCCCACCTTCTTTATAGACACAGAAACTCT  350

seq1  CATCAAACTTGGTGCTCACTGATGCATCTAGCCTTCTGCCAGCAAAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAACTTGGTGCTCACTGATGCATCTAGCCTTCTGCCAGCAAAAATT  400

seq1  ATGCATCCTCATCCTCATTTTGGCAATTGCAATCAGTAGCCATCTCACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCCTCATCCTCATTTTGGCAATTGCAATCAGTAGCCATCTCACAG  450

seq1  GAATATAGCTGACTTCTTGCAGAGGTTCTGTATTTGTGCTGAGGATAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAGCTGACTTCTTGCAGAGGTTCTGTATTTGTGCTGAGGATAGAA  500

seq1  CTTAAGTTGTGTAACAGTCTCTTTACCAACTGATTCAGCTTCCCATATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTGTGTAACAGTCTCTTTACCAACTGATTCAGCTTCCCATATGG  550

seq1  TCAGTTATAAAATATTTGAAAGATGTAATTATTAATTTTGCAGGATTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTATAAAATATTTGAAAGATGTAATTATTAATTTTGCAGGATTGTG  600

seq1  AAAGCATCCTCCCAGTTCCATGCTCCCAGAAATAAGATCGATACTCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATCCTCCCAGTTCCATGCTCCCAGAAATAAGATCGATACTCAAAA  650

seq1  TACATTTACACATACCTTGGACATACAACTAGTTTCTTCTCTGCTTAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTACACATACCTTGGACATACAACTAGTTTCTTCTCTGCTTAGAT  700

seq1  TCTAATGTAAAGTAATTTTAACCCACATTCTTCTACATGACTGAGTTACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGTAAAGTAATTTTAACCCACATTCTTCTACATGACTGAGTTACC  750

seq1  TGTGCTCAGGTACCATGCATCCATCTCATTACATCCTGATGGGTGAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCAGGTACCATGCATCCATCTCATTACATCCTGATGGGTGAATAT  800

seq1  CTTGCCTAGCACTATTCCAGAATTATTTCTGTCTTCTAGATATCCCACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTAGCACTATTCCAGAATTATTTCTGTCTTCTAGATATCCCACCT  850

seq1  CCTATTTCCTGCCTACACTATAAGCCGTCATATTTGTTACTGACAGATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTCCTGCCTACACTATAAGCCGTCATATTTGTTACTGACAGATGC  900

seq1  CACATCCATAGAGATATAAGATATTCTGTCTACATATTTATCATTGACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCATAGAGATATAAGATATTCTGTCTACATATTTATCATTGACAT  950

seq1  CCACATTAAGAGAAATCCAAAACCACTTTAAAGTGACTGGATAAATCACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTAAGAGAAATCCAAAACCACTTTAAAGTGACTGGATAAATCACA  1000

seq1  GTGGATTGTAAA-TTGGTGCCACAAATGTTATGCTGATTTTGTGTGGATG  1049
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGGATTGTAAATTTGGTGCCAC-AATGTTATGCTGATTTTGTGT-GATG  1048

seq1  AAATTGTTTAGATTACTCAATTTCAACTTGCTAATCTCAACATTAATAGC  1099
      |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||
seq2  AAATTGTTTAGA-TACTCAATTTC-ACTTGCTAATCTTCACATTAATAGC  1096

seq1  TACTCTACCATCCATTACTATT  1121
      ||||||| |||||| |||||||
seq2  TACTCTAACATCCA-TACTATT  1117

seq1: chr17_41877063_41878199
seq2: B6Ng01-321J16.g_64_1191 (reverse)

seq1  TCTTTCAAGGCCCTTTTATCCATCTTGATTGCTTTGGTCTCTGAATGTTC  50
      |||||||| | | |||  |||||| ||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TCTTTCAA-GACGTTTATTCCATC-TGA-TGCTTCGGTCTCTGAATGTTC  47

seq1  CTGTTGTAGAGGTACTGGAAAGGCAGGCCTAAGCAAGATATTCCTGGTCT  100
      |||||||||||||||||   | |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGTTGTAGAGGTACTG---AAGCAGGCCTAAGCAAGATA-TCCTGGTCT  93

seq1  AGCAGTCCTCTTGTAGGCAGCCTTGGGCTAAGCAATGGAATTCAGGGGTC  150
      |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCAGTCCTC-TGTAGGCAGCCTTGAGCTAAGCAATGGAA-TCAGGGGTC  141

seq1  AGTACAAGTTGCTTAGCAGCTGAATGTGCCACACAAAGCAAAGAGGGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAGTTGCTTAGCAGCTGAATGTGCCACACAAAGCAAAGAGGGTAG  191

seq1  TGAATTGTGGATAGCAGGATAGGAATCTAACTTTTATGTCCCTGGTGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGTGGATAGCAGGATAGGAATCTAACTTTTATGTCCCTGGTGTTG  241

seq1  CAGGACTGGTAATGGTTTTCAGCCAGGTGGTCAGAAAATAGAGCTGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGGTAATGGTTTTCAGCCAGGTGGTCAGAAAATAGAGCTGTGTG  291

seq1  GGCATAAACAGGATGCTGCTCAGGATAGCTAGGAGTACTCAGCAGTCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAAACAGGATGCTGCTCAGGATAGCTAGGAGTACTCAGCAGTCAAG  341

seq1  AGAATGGATGGAAAGATTGTCTATGCAGTGAGAGTCATAATACTCTAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGATGGAAAGATTGTCTATGCAGTGAGAGTCATAATACTCTAATA  391

seq1  GCAGATTATCTTGTATGGTGGAACTATTTAGTAAAATACTAACATGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTATCTTGTATGGTGGAACTATTTAGTAAAATACTAACATGAAAT  441

seq1  AATACAAAGGATTATAGAAATTATAATTCGTGTAACAAATACAGGCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAAGGATTATAGAAATTATAATTCGTGTAACAAATACAGGCTTGT  491

seq1  AAAATGTTATGACTATGTTTTATAGTGGGTTGATTGATATGTAGTTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTATGACTATGTTTTATAGTGGGTTGATTGATATGTAGTTTTGG  541

seq1  ATATTTTCTGTCCATAAGTCACTTATCACCCATAAATAAGTAAACACTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCTGTCCATAAGTCACTTATCACCCATAAATAAGTAAACACTTG  591

seq1  GTGCTGGAGAAATGGCACAACAGTTAAGGAAATTTGATTTTGAAGAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGAGAAATGGCACAACAGTTAAGGAAATTTGATTTTGAAGAGGAA  641

seq1  GTTTGAAGCATCCACATAGGACTTCACAAACATCAACAACTCCATTACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGCATCCACATAGGACTTCACAAACATCAACAACTCCATTACCA  691

seq1  GGGATCTGATGCCTTCTTCTGGTCTCCACAGACACCAGGCACACATGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTGATGCCTTCTTCTGGTCTCCACAGACACCAGGCACACATGTAG  741

seq1  TATACAAACATACATTCAGGCAAATAGTAATACACATAAAATTAAATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAACATACATTCAGGCAAATAGTAATACACATAAAATTAAATAAA  791

seq1  CGCATTTTACAAAACAGTAAAATGTTACAAAGGCATTTTGAAATTGGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATTTTACAAAACAGTAAAATGTTACAAAGGCATTTTGAAATTGGAGA  841

seq1  ACCAGGAAATAAGGTACTACTATGCCTATTCTTACCATACAAAGCTGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGAAATAAGGTACTACTATGCCTATTCTTACCATACAAAGCTGAGT  891

seq1  CTGTAGAATATAACTCTGATTAAAGAAGTTGATGTTCTGCTATCTTCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAATATAACTCTGATTAAAGAAGTTGATGTTCTGCTATCTTCAAT  941

seq1  TTCTCACATTCCTCCAAGAAATTCACTAGTTCTGCTTTGAGCCACAAACG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACATTCCTCCAAGAAATTCACTAGTTCTGCTTTGAGCCACAAACG  991

seq1  AGTTTTTAAGGAATGAGCTAACCATAAAGGATAGTTCATAACCTCTCAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTAAGGAATGAGCTAACCATAAAGGATAGTTCATAACCTCTCAAA  1041

seq1  TTTGAATTTAATTTCAATGCAGGCTTGATTTATTGTATAGCAACAAAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATTTAATTTCAATGCAGGCTTGATTTATTGTATAGCAACAAAATT  1091

seq1  CTTATCAGCAGACGTATAAATTACTGGAATGGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAGCAGACGTATAAATTACTGGAATGGAATTC  1128