BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321K14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 12,898,909 - 13,095,892
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgf2r, Air, EG635617, Mas1, Mrgprh, Pnldc1
Upstream genePark2, Agpat4, Tdgf1-ps2, Map3k4, 4732491K20Rik, LOC625753, Plg, Slc22a3, LOC100041192, Slc22a2, Slc22a1
Downstream geneMrpl18, Tcp1, Acat3, Acat2, Wtap, Sod2, Gpr31c, Tcp10c, Ttll2, Unc93a, Smok2a, Smok2b, LOC667359, LOC100041352, LOC667372, LOC667384, Smok4a, Tcte2, Mllt4, LOC100041464, EG635895
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321K14.bB6Ng01-321K14.g
ACCGA110708GA110709
length1,101884
definitionB6Ng01-321K14.b B6Ng01-321K14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,898,909 - 12,900,002)(13,095,008 - 13,095,892)
sequence
gaattcacatctcgcacaagtttatcattccatcagataaagcaaatttg
ttttctgacttttttgtttccacaaactctacacacctactcctccccca
caaccactttacagggttaatgaggtaagaacaaattaaggaggcatgta
agtggactggaccctcggcgctacccaagcctggagcctcaccagtcatt
aaatgttccccaatgttaatagagctgggtgggaaatgctttcaaaactc
aagcctcaaaagaacatgatagaaaaatgattaagcattcctagtttaaa
cgagtggtcagcaagtgcagagcaaagtagctacaaaaggaagcaccctg
ctttgtatactgagacggagaggtttcatacacagtagcagcttgccgag
actgcccaccgtggtccctccgcacgtgctaactgagcttccctcccaga
gaaccatcctaggctgagcacggaaccccttctacccaaggaaagggttc
caagagtgccactcaggaggccctgaagcagtgctcactgggaaatcatg
tgctcacacagcccttcaaaacacccacgtggaggacactgaaggctggc
ctgaccaccctcaaggcagcaaacatattcacgaactgcactctgactat
gtctttagccaaccacaatggtccctcccaactggagtcgctggctcact
cgcgcctggaaatggcgtgttagagatatttgtcaccaaggagcctcacc
tccttctgcgctggaaccccttcctatgtttacatttgcagaagcttact
caaaacattttcaattcacttttatctttaatttctaactgccacacact
gtaactagatattcatgggacttgtgatcacatttcagccaaagcatcca
gcaggcggtcaccgcagccctcaagccgagctcagcactcctctctacta
gctactcagaaccacaatcagtgtggtcaacttaactcctgggctggtta
ggagcattacttctttcctacccccgcacaccgctaaccctgctattcaa
cccacccccttcccaccccaagacttctcaacagctctactctactgtct
g
gaattcccaacactcataggctttttaacctacactgagtgtcatgggtg
actcagaagccaatccttttcatctactccaatgcccgttttactgactt
tggggaatccatgccctagtatagcaatgcccagagcctggtctgcggtc
cctttgccatggagtctatgaggtcaaagctgtctccaatgtgttgctca
gctgtgatttgttaatgtgttgttgttgttttcttttgtgtatgggtgtg
tgtgtgttgtgccatttgtcctggtgcagcagtgacgaaggtaaaacctg
cctgccccatggcacaagctatggcaggctcggcctcagctggcagtcac
cgtactcttcccagccggcccatcaggctccaaaaggaagtgctacagga
gaacctccttggtgggaagtagtgctcttagttttatgaagcctcagccc
ttggtcatttcttacttaaattctgtgtgtcagcctgagtgtggaatgat
tagtgtgcagacagcgttgctgctttgggccgcagtagaaaggctgtgtt
ggaattgggcagctggctggcatcttccgctgagaccaggatcagctgag
tacctgtgtgcacacatcggagatcacagtcagggccttgtgtgttctaa
gtaagtgtatctccagccccagctgctgctcctgctggaaaaactggttt
tagtatgtatttacttagtatttcatgtgtatgggtgttgcacctgtgtt
tatgtatgtgcaccatgcgcatgagtgatgtacaggctggcagagagggc
attggatcccttggaactgaagacctagatggttgcagtcaccatgtggg
tgctggggaactaaacacaggtttctctgaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_12898909_12900002
seq2: B6Ng01-321K14.b_43_1143

seq1  GAATTCACATCTCGCACAAGTTTATCATTCCATCAGATAAAGCAAATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCTCGCACAAGTTTATCATTCCATCAGATAAAGCAAATTTG  50

seq1  TTTTCTGACTTTTTTGTTTCCACAAACTCTACACACCTACTCCTCCCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGACTTTTTTGTTTCCACAAACTCTACACACCTACTCCTCCCCCA  100

seq1  CAACCACTTTACAGGGTTAATGAGGTAAGAACAAATTAAGGAGGCATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACTTTACAGGGTTAATGAGGTAAGAACAAATTAAGGAGGCATGTA  150

seq1  AGTGGACTGGACCCTCGGCGCTACCCAAGCCTGGAGCCTCACCAGTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACTGGACCCTCGGCGCTACCCAAGCCTGGAGCCTCACCAGTCATT  200

seq1  AAATGTTCCCCAATGTTAATAGAGCTGGGTGGGAAATGCTTTCAAAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTCCCCAATGTTAATAGAGCTGGGTGGGAAATGCTTTCAAAACTC  250

seq1  AAGCCTCAAAAGAACATGATAGAAAAATGATTAAGCATTCCTAGTTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCAAAAGAACATGATAGAAAAATGATTAAGCATTCCTAGTTTAAA  300

seq1  CGAGTGGTCAGCAAGTGCAGAGCAAAGTAGCTACAAAAGGAAGCACCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTGGTCAGCAAGTGCAGAGCAAAGTAGCTACAAAAGGAAGCACCCTG  350

seq1  CTTTGTATACTGAGACGGAGAGGTTTCATACACAGTAGCAGCTTGCCGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATACTGAGACGGAGAGGTTTCATACACAGTAGCAGCTTGCCGAG  400

seq1  ACTGCCCACCGTGGTCCCTCCGCACGTGCTAACTGAGCTTCCCTCCCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCACCGTGGTCCCTCCGCACGTGCTAACTGAGCTTCCCTCCCAGA  450

seq1  GAACCATCCTAGGCTGAGCACGGAACCCCTTCTACCCAAGGAAAGGGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATCCTAGGCTGAGCACGGAACCCCTTCTACCCAAGGAAAGGGTTC  500

seq1  CAAGAGTGCCACTCAGGAGGCCCTGAAGCAGTGCTCACTGGGAAATCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTGCCACTCAGGAGGCCCTGAAGCAGTGCTCACTGGGAAATCATG  550

seq1  TGCTCACACAGCCCTTCAAAACACCCACGTGGAGGACACTGAAGGCTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACACAGCCCTTCAAAACACCCACGTGGAGGACACTGAAGGCTGGC  600

seq1  CTGACCACCCTCAAGGCAGCAAACATATTCACGAACTGCACTCTGACTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCACCCTCAAGGCAGCAAACATATTCACGAACTGCACTCTGACTAT  650

seq1  GTCTTTAGCCAACCACAATGGTCCCTCCCAACTGGAGTCGCTGGCTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAGCCAACCACAATGGTCCCTCCCAACTGGAGTCGCTGGCTCACT  700

seq1  CGCGCCTGGAAATGGCGTGTTAGAGATATTTGTCACCAAGGAGCCTCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCCTGGAAATGGCGTGTTAGAGATATTTGTCACCAAGGAGCCTCACC  750

seq1  TCCTTCTGCGCTGGAACCCCTTCCTATGTTTACATTTGCAGAAGCTTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGCGCTGGAACCCCTTCCTATGTTTACATTTGCAGAAGCTTACT  800

seq1  CAAAACATTTTCAATTCACTTTTATCTTTAATTTCTAACTGCCACACACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACATTTTCAATTCACTTTTATCTTTAATTTCTAACTGCCACACACT  850

seq1  GTAACTAGATATTCATGGGACTTGTGATCACATTTCAGCCAAAGCATCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAGATATTCATGGGACTTGTGATCACATTTCAGCCAAAGCATCCA  900

seq1  GCAGGCGGTCACCGCAG-CCTCAAGCCGAGCTCAGCACTCCTCTCTACTA  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCGGTCACCGCAGCCCTCAAGCCGAGCTCAGCACTCCTCTCTACTA  950

seq1  GCTACTCAGAACCACAATCAGTGTGGTCAACTTAACTCCTGGGCTGGTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTCAGAACCACAATCAGTGTGGTCAACTTAACTCCTGGGCTGGTTA  1000

seq1  -GAGCATTACT--CTTCCTA-CCCCGCACACCGCTAACCCTGCTATTCAA  1045
       ||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCATTACTTCTTTCCTACCCCCGCACACCGCTAACCCTGCTATTCAA  1050

seq1  ACCCACCCCTCCCCACCCC-AGAC-TCTCAACAGCTCTACTCTACTGTCT  1093
       ||  ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCTTCCCACCCCAAGACTTCTCAACAGCTCTACTCTACTGTCT  1100

seq1  G  1094
      |
seq2  G  1101

seq1: chr17_13095008_13095892
seq2: B6Ng01-321K14.g_66_949 (reverse)

seq1  TCTTACAGAG-AACCTGTGTTT-GGTCCCCAGCACCCACATGGTGACTTA  48
      |||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | 
seq2  TCTTTCAGAGAAACCTGTGTTTAGTTCCCCAGCACCCACATGGTGAC-TG  49

seq1  CAACCATCTGTGTCTTCAGTTCCAGGGGATCCAATGCCCTCTTCTGCCAG  98
      |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAACCATCTAGGTCTTCAGTTCCAAGGGATCCAATGCCCTC-TCTGCCAG  98

seq1  CCTTGTACATCACTCATGCGCATGGTGCACATACATAAACACAGGTGCAA  148
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-TGTACATCACTCATGCGCATGGTGCACATACATAAACACAGGTGCAA  147

seq1  CACCCATACACATGAAATACTAAGTAAATACATACTAAAACCAGTTTTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATACACATGAAATACTAAGTAAATACATACTAAAACCAGTTTTTC  197

seq1  CAGCAGGAGCAGCAGCTGGGGCTGGAGATACACTTACTTAGAACACACAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAGCAGCAGCTGGGGCTGGAGATACACTTACTTAGAACACACAA  247

seq1  GGCCCTGACTGTGATCTCCGATGTGTGCACACAGGTACTCAGCTGATCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGACTGTGATCTCCGATGTGTGCACACAGGTACTCAGCTGATCCT  297

seq1  GGTCTCAGCGGAAGATGCCAGCCAGCTGCCCAATTCCAACACAGCCTTTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAGCGGAAGATGCCAGCCAGCTGCCCAATTCCAACACAGCCTTTC  347

seq1  TACTGCGGCCCAAAGCAGCAACGCTGTCTGCACACTAATCATTCCACACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCGGCCCAAAGCAGCAACGCTGTCTGCACACTAATCATTCCACACT  397

seq1  CAGGCTGACACACAGAATTTAAGTAAGAAATGACCAAGGGCTGAGGCTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGACACACAGAATTTAAGTAAGAAATGACCAAGGGCTGAGGCTTC  447

seq1  ATAAAACTAAGAGCACTACTTCCCACCAAGGAGGTTCTCCTGTAGCACTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTAAGAGCACTACTTCCCACCAAGGAGGTTCTCCTGTAGCACTT  497

seq1  CCTTTTGGAGCCTGATGGGCCGGCTGGGAAGAGTACGGTGACTGCCAGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGGAGCCTGATGGGCCGGCTGGGAAGAGTACGGTGACTGCCAGCT  547

seq1  GAGGCCGAGCCTGCCATAGCTTGTGCCATGGGGCAGGCAGGTTTTACCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCGAGCCTGCCATAGCTTGTGCCATGGGGCAGGCAGGTTTTACCTT  597

seq1  CGTCACTGCTGCACCAGGACAAATGGCACAACACACACACACCCATACAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCACTGCTGCACCAGGACAAATGGCACAACACACACACACCCATACAC  647

seq1  AAAAGAAAACAACAACAACACATTAACAAATCACAGCTGAGCAACACATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAACAACAACAACACATTAACAAATCACAGCTGAGCAACACATT  697

seq1  GGAGACAGCTTTGACCTCATAGACTCCATGGCAAAGGGACCGCAGACCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGCTTTGACCTCATAGACTCCATGGCAAAGGGACCGCAGACCAG  747

seq1  GCTCTGGGCATTGCTATACTAGGGCATGGATTCCCCAAAGTCAGTAAAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGCATTGCTATACTAGGGCATGGATTCCCCAAAGTCAGTAAAAC  797

seq1  GGGCATTGGAGTAGATGAAAAGGATTGGCTTCTGAGTCACCCATGACACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTGGAGTAGATGAAAAGGATTGGCTTCTGAGTCACCCATGACACT  847

seq1  CAGTGTAGGTTAAAAAGCCTATGAGTGTTGGGAATTC  885
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAGGTTAAAAAGCCTATGAGTGTTGGGAATTC  884