BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322K23
Chromosome17 (Build37)
Map Location 64,260,873 - 64,442,165
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFert2
Upstream geneFbxl17, Ppia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677, A930002H24Rik
Downstream geneLOC669778, Pja2, LOC100043582, Man2a1, 4930583I09Rik, LOC100043871
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322K23.bB6Ng01-322K23.g
ACCGA111465GA111466
length9631,098
definitionB6Ng01-322K23.b B6Ng01-322K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,260,873 - 64,261,836)(64,441,061 - 64,442,165)
sequence
gaattctgccaaagagaaatataaagaagccttagcgaaaggtatgacaa
catcagaaaaagtgttcagtgtgatggcttctatttggtcgtctaataga
catctttgtaagcagaattattcagcccagagcagtttacattctaaaaa
tctcacgctctgtcaaaatgggctgttgcactgctgcaagttctctgtgt
attaagagattctgagtagttcacacgagtggagattgtaaaattggtaa
aggatgcacggaatgtatatgttgttcttacattcacttaattagatagt
attacatttactgtctcttttttaatttcatcagctctttatagaaaaaa
aaatgaatccatgtttacagtttgctttttatgttcttccatgcacctta
actactttgagattggcatgtcctaattgatttatagggttcttcaaatt
tcacatacatcatcattatttctttgtattttaaagaatgatttaggtac
agagagcattcctttgagtgctgagacttctcttagcccccagtgtttct
tgttttctaatctgtcagcagagttaacttggtaaagtgactgcttcttc
cttggcagttagttaattacgttataagtccatatgaggaccccagcgcc
agtgatgacttgactgactgtagctggactctgttgctcaagtgactctc
atacctgctggagaatgagtagtaagggaaggcacttacttcatcaccag
tcgtcgagatctgtttctaatgatgtagaccatgtgtgcttaaacacaaa
gtctgttgtgatgttatgacttttcacttaatgcttgtcatatagagata
tgctcacaggagattcttctgagcctggtgaaacacagcaggagggaggc
agtgggctcgtctgaagacagtgcttttaactcccttcctcccttcctcc
ttccctcctccct

gttcttgcagcagagctgtctcagtgcatacagctgggcactcaagcaag
cggcaggagtgacatgaggaggaaggctcaccaagttcttaagtactgcc
taaagtaaagctaaactaagagcatataagttgcttttagcaactaaggc
ctctcagtgattcctgacagactaaaagttcccttactgttatttataac
atcatatagatggcagaacatctaacaagcttgaagagcaaacacattac
tgacctcctactttcttttataaagaaactttaaatatgttatgatatag
aaatttaaatattatataattcaaagaattatacaagaattattacaagt
tactgctaatgcataccatttgattaatgcttaccaactgttgtctgtcc
actggaggacacagtggagaagtcttatgttacagcaagggattattaac
actgccagggaagaaatctgtagctatcagatttattcagtaccgaacaa
ggttatattaagtcaggcttctgaatccacagtccttagagatctttaaa
aagaaagccagcagtcagccattctggatggatggctacatctaaagaca
aagagacccgagggttcctattctaccgctaaaggccatagaactacaaa
tcccactttgtgagatttaacacatcacatttcaagagactaatttagta
caattttttttggtaactcatcttcatctttcttacactcctctcagcaa
acagacattagctatcagtcacaccagagacaggaagcagaatgagaaaa
tattcctgataaaaattcatacactgacagtgagctattaaaattaacct
tacctgcttatttatgcattttaaggtggccatttataaacttttaagtt
atatatatgattcatactgttcagcttggatgtgttaaaggaagctattg
agggattacagagggaacactatgccagtgttgttcagtgcagcaggtag
tgctttgagggagaaatgctgcagttgtttgaataatagggcccgacagg
tcatatatattgatgctagtcacaaagaatgtttaactctttctgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_64260873_64261836
seq2: B6Ng01-322K23.b_45_1007

seq1  GAATTCTGCCAAAGAGAAATATAAAGAAGCCTTAGCGAAAGGTATGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCAAAGAGAAATATAAAGAAGCCTTAGCGAAAGGTATGACAA  50

seq1  CATCAGAAAAAGTGTTCAGTGTGATGGCTTCTATTTGGTCGTCTAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAAAAAGTGTTCAGTGTGATGGCTTCTATTTGGTCGTCTAATAGA  100

seq1  CATCTTTGTAAGCAGAATTATTCAGCCCAGAGCAGTTTACATTCTAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTGTAAGCAGAATTATTCAGCCCAGAGCAGTTTACATTCTAAAAA  150

seq1  TCTCACGCTCTGTCAAAATGGGCTGTTGCACTGCTGCAAGTTCTCTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACGCTCTGTCAAAATGGGCTGTTGCACTGCTGCAAGTTCTCTGTGT  200

seq1  ATTAAGAGATTCTGAGTAGTTCACACGAGTGGAGATTGTAAAATTGGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAGATTCTGAGTAGTTCACACGAGTGGAGATTGTAAAATTGGTAA  250

seq1  AGGATGCACGGAATGTATATGTTGTTCTTACATTCACTTAATTAGATAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCACGGAATGTATATGTTGTTCTTACATTCACTTAATTAGATAGT  300

seq1  ATTACATTTACTGTCTCTTTTTTAATTTCATCAGCTCTTTATAGAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTTACTGTCTCTTTTTTAATTTCATCAGCTCTTTATAGAAAAAA  350

seq1  AAATGAATCCATGTTTACAGTTTGCTTTTTATGTTCTTCCATGCACCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATCCATGTTTACAGTTTGCTTTTTATGTTCTTCCATGCACCTTA  400

seq1  ACTACTTTGAGATTGGCATGTCCTAATTGATTTATAGGGTTCTTCAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTTGAGATTGGCATGTCCTAATTGATTTATAGGGTTCTTCAAATT  450

seq1  TCACATACATCATCATTATTTCTTTGTATTTTAAAGAATGATTTAGGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATACATCATCATTATTTCTTTGTATTTTAAAGAATGATTTAGGTAC  500

seq1  AGAGAGCATTCCTTTGAGTGCTGAGACTTCTCTTAGCCCCCAGTGTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCATTCCTTTGAGTGCTGAGACTTCTCTTAGCCCCCAGTGTTTCT  550

seq1  TGTTTTCTAATCTGTCAGCAGAGTTAACTTGGTAAAGTGACTGCTTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTAATCTGTCAGCAGAGTTAACTTGGTAAAGTGACTGCTTCTTC  600

seq1  CTTGGCAGTTAGTTAATTACGTTATAAGTCCATATGAGGACCCCAGCGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAGTTAGTTAATTACGTTATAAGTCCATATGAGGACCCCAGCGCC  650

seq1  AGTGATGACTTGACTGACTGTAGCTGGACTCTGTTGCTCAAGTGACTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGACTTGACTGACTGTAGCTGGACTCTGTTGCTCAAGTGACTCTC  700

seq1  ATACCTGCTGGAGAATGAGTAGTAAGGGAAGGCACTTACTTCATCACCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGCTGGAGAATGAGTAGTAAGGGAAGGCACTTACTTCATCACCAG  750

seq1  TCGTCGAGATCTGTTTCTAATGATGTAGACCATGTGTGCTTAAACACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCGAGATCTGTTTCTAATGATGTAGACCATGTGTGCTTAAACACAAA  800

seq1  GTCTGTTGTGATGTTATGACTTTTCACTTAATGCTTGTCATATAGAGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTGTGATGTTATGACTTTTCACTTAATGCTTGTCATATAGAGATA  850

seq1  TGCTCACAGGAGATTCTTCTGAGCCTGGTGAAACACAGCAGGAGGGAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACAGGAGATTCTTCTGAGCCTGGTGAAACACAGCAGGAGGGAGGC  900

seq1  AGTGGGCTCGTCTGAAGACAGTGCTTTTAACTCCCTTCCTCCCTCCCTCC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTGGGCTCGTCTGAAGACAGTGCTTTTAACTCCCTTCCTCCCTTCCTCC  950

seq1  TTCCCTCCTTCCCT  964
      |||||||| |||||
seq2  TTCCCTCC-TCCCT  963


seq1: chr17_64441061_64442165
seq2: B6Ng01-322K23.g_79_1176 (reverse)

seq1  CTACAG-AAGAGTTAAACATTCTTTGGTGACTAAGCATTCAAATATATGA  49
      |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||| 
seq2  CTACAGAAAGAGTTAAACATTCTTT-GTGACT-AGCATCAATATATATG-  47

seq1  ACCTGTCGGGCCCTTATTATTCAAACCACTGCAGCATTTCTCCCTCAAAG  99
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCGGGCCC-TATTATTCAAACAACTGCAGCATTTCTCCCTCAAAG  96

seq1  CACTACCCTGCTGCACTGAAC-ACACTGGCATAGTGTTCCCTCTGTTAAT  148
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACTA-CCTGCTGCACTGAACAACACTGGCATAGTGTTCCCTCTG-TAAT  144

seq1  CCCTCAATAGCTTCCTTTAACCACATCCAAAGCTGAAACAGTATGAATCA  198
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  CCCTCAATAGCTTCCTTTAA-CACATCC-AAGCTG-AACAGTATGAATCA  191

seq1  TATATATAACTTAAAAGTTTATAAATGGCCACCTTAAAATGCATAAATAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATAACTTAAAAGTTTATAAATGGCCACCTTAAAATGCATAAATAA  241

seq1  GCAGGTAAGGTTAATTTTAATAGCTCACTGTCAGTGTATGAATTTTTATC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTAAGGTTAATTTTAATAGCTCACTGTCAGTGTATGAATTTTTATC  291

seq1  AGGAATATTTTCTCATTCTGCTTCCTGTCTCTGGTGTGACTGATAGCTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATTTTCTCATTCTGCTTCCTGTCTCTGGTGTGACTGATAGCTAA  341

seq1  TGTCTGTTTGCTGAGAGGAGTGTAAGAAAGATGAAGATGAGTTACCAAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTTGCTGAGAGGAGTGTAAGAAAGATGAAGATGAGTTACCAAAA  391

seq1  AAAATTGTACTAAATTAGTCTCTTGAAATGTGATGTGTTAAATCTCACAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTACTAAATTAGTCTCTTGAAATGTGATGTGTTAAATCTCACAA  441

seq1  AGTGGGATTTGTAGTTCTATGGCCTTTAGCGGTAGAATAGGAACCCTCGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGATTTGTAGTTCTATGGCCTTTAGCGGTAGAATAGGAACCCTCGG  491

seq1  GTCTCTTTGTCTTTAGATGTAGCCATCCATCCAGAATGGCTGACTGCTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTGTCTTTAGATGTAGCCATCCATCCAGAATGGCTGACTGCTGG  541

seq1  CTTTCTTTTTAAAGATCTCTAAGGACTGTGGATTCAGAAGCCTGACTTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTTTAAAGATCTCTAAGGACTGTGGATTCAGAAGCCTGACTTAA  591

seq1  TATAACCTTGTTCGGTACTGAATAAATCTGATAGCTACAGATTTCTTCCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCTTGTTCGGTACTGAATAAATCTGATAGCTACAGATTTCTTCCC  641

seq1  TGGCAGTGTTAATAATCCCTTGCTGTAACATAAGACTTCTCCACTGTGTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTGTTAATAATCCCTTGCTGTAACATAAGACTTCTCCACTGTGTC  691

seq1  CTCCAGTGGACAGACAACAGTTGGTAAGCATTAATCAAATGGTATGCATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTGGACAGACAACAGTTGGTAAGCATTAATCAAATGGTATGCATT  741

seq1  AGCAGTAACTTGTAATAATTCTTGTATAATTCTTTGAATTATATAATATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAACTTGTAATAATTCTTGTATAATTCTTTGAATTATATAATATT  791

seq1  TAAATTTCTATATCATAACATATTTAAAGTTTCTTTATAAAAGAAAGTAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTCTATATCATAACATATTTAAAGTTTCTTTATAAAAGAAAGTAG  841

seq1  GAGGTCAGTAATGTGTTTGCTCTTCAAGCTTGTTAGATGTTCTGCCATCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGTAATGTGTTTGCTCTTCAAGCTTGTTAGATGTTCTGCCATCT  891

seq1  ATATGATGTTATAAATAACAGTAAGGGAACTTTTAGTCTGTCAGGAATCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATGTTATAAATAACAGTAAGGGAACTTTTAGTCTGTCAGGAATCA  941

seq1  CTGAGAGGCCTTAGTTGCTAAAAGCAACTTATATGCTCTTAGTTTAGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGCCTTAGTTGCTAAAAGCAACTTATATGCTCTTAGTTTAGCTT  991

seq1  TACTTTAGGCAGTACTTAAGAACTTGGTGAGCCTTCCTCCTCATGTCACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAGGCAGTACTTAAGAACTTGGTGAGCCTTCCTCCTCATGTCACT  1041

seq1  CCTGCCGCTTGCTTGAGTGCCCAGCTGTATGCACTGAGACAGCTCTGCTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCGCTTGCTTGAGTGCCCAGCTGTATGCACTGAGACAGCTCTGCTG  1091

seq1  CAAGAAC  1105
      |||||||
seq2  CAAGAAC  1098


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |