BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329K06
Chromosome17 (Build37)17 (Build37)
Map Location 62,015,481 - 62,016,51162,333,702 - 62,334,869
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC433129, EG620725, LOC100043560
Downstream geneEfna5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329K06.bB6Ng01-329K06.g
ACCGA116545GA116546
length1,1671,157
definitionB6Ng01-329K06.b B6Ng01-329K06.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,015,481 - 62,016,511)(62,333,702 - 62,334,869)
sequence
gaattccaccagaaagaagagttaataccaatatacctcaaattattcca
caaaatagaagcagtaggaacattttccaattcattttatgaggtgccag
ttaccatgatgtctcaaccatataaagacacaacagagaaagaaaattat
agggtaatttccctattgaacatagatgcaagaatagaaaaattcatttg
atgcctacttagagccttcatccatatgttctagtttctttggtacagga
aggtactctaagtactaacaaaggagaaatataaataccaactcagtcaa
aagctctttgatctacaatggtgtcctaccattctaatatatgcttcagc
aaaggtaatgcaaagattgtaggagaatacaagcaatatttaatttgact
tatggcccagttcacaagatggaacacagatgctacaatgtttgggtgac
ctagaacatgaaactagatagcacaaggacctaggttaaaaccaaatact
tctattataagacagacagacagacagacacacacaaacacacacacaca
cacacacacacacacagagagagagagagagagagagagagagagaggag
agagaaacaaaaagaatcccatagcaatagcacaacttctaatgtttttt
aacaaataacttttgcaagttaaaattgtgacctagatatcaaacgtaaa
aagtgtactaaccagtgatgtattactttggccaagtctcttagggagct
aaaccatccagtggaaaaaagacagcattttcaacaaatgttgctggcac
aactggcggttatcatgtagaagaatgcgaattgatccattcctatgtcc
ttgtataaggtcaaatctaagtggattaaggaactgcacataaaaccaga
gacactgaaacttatagaagagaaagtagggaaaagcctcgaagatatgg
gtacaggggaaaagttcctgaataagaaacatcaatggcttgtgcagtaa
gatcgagaatagataaatggactcataaaggttgcaaagcttctgcagca
aaagaacacatcaacagaacaaaaagaccacaacagattggaagatcttt
aactatccttaatcagaataggactaaaatcgatttatataaggactcaa
gaaggtggctcagaaaa

gaattcaagaaaaactgtagaagtagtgtaataaaagctgtatggtattg
cacaaaacagacctttagaccaatgaataagacagaagacccacaggtga
ctgactactcatacatacaaacatttggtgtttgacaaaaaagacataga
acaaacaatgcttctagaaagactgatgtccacacacagaagaatgaagg
tagggtcatattcctcacacttaacaaaagttagatacatatggaactaa
gatttcaatacagaaagaaaaggagaggagagggacaaataacaccaaat
ttgctttcttgagcctcaaccaaatattgttttatatttatctaaaatgg
tacacaatacatatacacacaagtatatgtgtatacacccatatattaaa
gatagttttgatagtattttattaaatgagatcgtctgtcatctatatag
agattctataatttaggggttttgtttatatatatatgcatatatatgta
tacatatgtatatatgtgcatatagatatgcatatatatataatttactt
tagagaaattataattaaatcactattatatgaaacatagacttaggagt
tattcttggtttttctatgattgtgtttgagtttggatctttttaaagga
tataaaattttaatttaatttgcaaaattgtcatagtaaaaatatcttag
agaaatagattttattttgagttataaattatattatacatacacaatat
gtagtatgattttgtggaataaaattatacaaaattggtctgctatgaac
attgataaagaattggtagaacacagagtcacatcatgttggtaaacaaa
gataaagagtgtagcttcatcactcactcagtataatacttctcaacttg
attcacattgttcgataactttgaaaattatgtcattgtctatggtttct
ataataattccaggaattgatacctgtccaatatacttgggacaggtatc
aatttctattacttcaaaaagaatacagaagatgtaacaggtgggactag
aacacccacagatccagagtcaatttggaagagggaatggaagatttagg
atagaaggactgagttccttggaactgtctctctagacctccaattatgt
gaaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_62015481_62016511
seq2: B6Ng01-329K06.b_191_1211

seq1  TTATAGGGTAATTTCCCTATTGAACATAGATGCAAGAATAGAAAAATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGGTAATTTCCCTATTGAACATAGATGCAAGAATAGAAAAATTCA  50

seq1  TTTGATGCCTACTTAGAGCCTTCATCCATATGTTCTAGTTTCTTTGGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGCCTACTTAGAGCCTTCATCCATATGTTCTAGTTTCTTTGGTAC  100

seq1  AGGAAGGTACTCTAAGTACTAACAAAGGAGAAATATAAATACCAACTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGTACTCTAAGTACTAACAAAGGAGAAATATAAATACCAACTCAG  150

seq1  TCAAAAGCTCTTTGATCTACAATGGTGTCCTACCATTCTAATATATGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCTCTTTGATCTACAATGGTGTCCTACCATTCTAATATATGCTT  200

seq1  CAGCAAAGGTAATGCAAAGATTGTAGGAGAATACAAGCAATATTTAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAAGGTAATGCAAAGATTGTAGGAGAATACAAGCAATATTTAATTT  250

seq1  GACTTATGGCCCAGTTCACAAGATGGAACACAGATGCTACAATGTTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTATGGCCCAGTTCACAAGATGGAACACAGATGCTACAATGTTTGGG  300

seq1  TGACCTAGAACATGAAACTAGATAGCACAAGGACCTAGGTTAAAACCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTAGAACATGAAACTAGATAGCACAAGGACCTAGGTTAAAACCAAA  350

seq1  TACTTCTATTATAAGACAGACAGACAGACAGACACACACAAACACACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTATTATAAGACAGACAGACAGACAGACACACACAAACACACACA  400

seq1  CACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  450

seq1  GGAGAGAGAAACAAAAAGAATCCCATAGCAATAGCACAACTTCTAATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAGAAACAAAAAGAATCCCATAGCAATAGCACAACTTCTAATGTT  500

seq1  TTTTAACAAATAACTTTTGCAAGTTAAAATTGTGACCTAGATATCAAACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACAAATAACTTTTGCAAGTTAAAATTGTGACCTAGATATCAAACG  550

seq1  TAAAAAGTGTACTAACCAGTGATGTATTACTTTGGCCAAGTCTCTTAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTGTACTAACCAGTGATGTATTACTTTGGCCAAGTCTCTTAGGG  600

seq1  AGCTAAACCATCCAGTGGAAAAAAGACAGCATTTTCAACAAATGTTGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAACCATCCAGTGGAAAAAAGACAGCATTTTCAACAAATGTTGCTG  650

seq1  GCACAACTGGCGGTTATCATGTAGAAGAATGCGAATTGATCCATTCCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACTGGCGGTTATCATGTAGAAGAATGCGAATTGATCCATTCCTAT  700

seq1  GTCCTTGTATAAGGTCAAATCTAAGTGGATTAAGGAACTGCACATAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGTATAAGGTCAAATCTAAGTGGATTAAGGAACTGCACATAAAAC  750

seq1  CAGAGACACTGAAACTTATAGAAGAGAAAGTAGGGAAAAGCCTCGAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACACTGAAACTTATAGAAGAGAAAGTAGGGAAAAGCCTCGAAGAT  800

seq1  ATGGGTACAGGGGAAAAGTTCCTGAATA--GAACATCAATGGCTTGTGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTACAGGGGAAAAGTTCCTGAATAAGAAACATCAATGGCTTGTGCA  850

seq1  GTAAGATCGAGAATAGATAAATGGGACCTCATAAA-GTTGCAAAGCTTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||
seq2  GTAAGATCGAGAATAGATAAATGG--ACTCATAAAGGTTGCAAAGCTTCT  898

seq1  GCAAGGCAAAAGACACCATCAACAAGACAAAAAGACCACCAACAGATTGG  947
      |||  ||||||||   ||||||||  |||||||||||| |||||||||||
seq2  GCA--GCAAAAGAACACATCAACAGAACAAAAAGACCA-CAACAGATTGG  945

seq1  GAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGGACTAATATCCAATAT  997
         | |||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||| || | || |
seq2  ---AAGATCTTTAACTATCCTTAATCAGA-ATAGGACTAAAAT-CGATTT  990

seq1  ATATAAAGAACTCAAGAAGGTGGGCTCCAGAAAA  1031
      |||| ||| |||||||||||| |||| |||||||
seq2  ATAT-AAGGACTCAAGAAGGT-GGCT-CAGAAAA  1021


seq1: chr17_62333702_62334869
seq2: B6Ng01-329K06.g_63_1219 (reverse)

seq1  ATATT---CATAATTGAAGTTTCTAGAAGAGACAGTCTCATAGGAAACTT  47
      |||||   |||||||| ||  ||||| ||||||||| ||  ||| |||| 
seq2  ATATTTCACATAATTGGAG-GTCTAG-AGAGACAGT-TCCAAGG-AACT-  45

seq1  CCTGTTCTTCTGGCTCTTAAAATCTTTCCATTCCCTCTTCCAAAATGAAC  97
       | || |||||   || | ||||| ||||||||||||||||||| || ||
seq2  -CAGTCCTTCT--ATCCT-AAATC-TTCCATTCCCTCTTCCAAATTG-AC  89

seq1  TCTGTGATCCTGT-GGTG-TCTAGTCCCAACTGTTACATCTTCTGGTATC  145
      |||| ||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||| 
seq2  TCTG-GAT-CTGTGGGTGTTCTAGTCCCACCTGTTACATCTTCT-GTATT  136

seq1  TTTTTTGAAGTAATAGAAATTTGATACCTGT-CCAAGTATATTTGGACAG  194
       |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CTTTTTGAAGTAATAGAAA-TTGATACCTGTCCCAAGTATA-TTGGACAG  184

seq1  GTATCAAATTTCTGGAATTATATAAGAAACCATAGACAATGACATAATTT  244
      ||||| |||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATC-AATTCCTGGAATTATTATAGAAACCATAGACAATGACATAATTT  233

seq1  TCAAAGTTATCGAACAATGTGAATCAAGTTGAGAAGTATTATACTGAGTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTTATCGAACAATGTGAATCAAGTTGAGAAGTATTATACTGAGTG  283

seq1  AGTGATGAAGCTACACTCTTTATCTTTGTTTACCAACATGATGTGACTCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGAAGCTACACTCTTTATCTTTGTTTACCAACATGATGTGACTCT  333

seq1  GTGTTCTACCAATTCTTTATCAATGTTCATAGCAGACCAATTTTGTATAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTACCAATTCTTTATCAATGTTCATAGCAGACCAATTTTGTATAA  383

seq1  TTTTATTCCACAAAATCATACTACATATTGTGTATGTATAATATAATTTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCCACAAAATCATACTACATATTGTGTATGTATAATATAATTTA  433

seq1  TAACTCAAAATAAAATCTATTTCTCTAAGATATTTTTACTATGACAATTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAAAATAAAATCTATTTCTCTAAGATATTTTTACTATGACAATTT  483

seq1  TGCAAATTAAATTAAAATTTTATATCCTTTAAAAAGATCCAAACTCAAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATTAAATTAAAATTTTATATCCTTTAAAAAGATCCAAACTCAAAC  533

seq1  ACAATCATAGAAAAACCAAGAATAACTCCTAAGTCTATGTTTCATATAAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCATAGAAAAACCAAGAATAACTCCTAAGTCTATGTTTCATATAAT  583

seq1  AGTGATTTAATTATAATTTCTCTAAAGTAAATTATATATATATGCATATC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTTAATTATAATTTCTCTAAAGTAAATTATATATATATGCATATC  633

seq1  TATATGCACATATATACATATGTATACATATATATGCATATATATATAAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCACATATATACATATGTATACATATATATGCATATATATATAAA  683

seq1  CAAAACCCCTAAATTATAGAATCTCTATATAGATGACAGACGATCTCATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCCCTAAATTATAGAATCTCTATATAGATGACAGACGATCTCATT  733

seq1  TAATAAAATACTATCAAAACTATCTTTAATATATGGGTGTATACACATAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAATACTATCAAAACTATCTTTAATATATGGGTGTATACACATAT  783

seq1  ACTTGTGTGTATATGTATTGTGTACCATTTTAGATAAATATAAAACAATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGTGTATATGTATTGTGTACCATTTTAGATAAATATAAAACAATA  833

seq1  TTTGGTTGAGGCTCAAGAAAGCAAATTTGGTGTTATTTGTCCCTCTCCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTGAGGCTCAAGAAAGCAAATTTGGTGTTATTTGTCCCTCTCCTC  883

seq1  TCCTTTTCTTTCTGTATTGAAATCTTAGTTCCATATGTATCTAACTTTTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCTTTCTGTATTGAAATCTTAGTTCCATATGTATCTAACTTTTG  933

seq1  TTAAGTGTGAGGAATATGACCCTACCTTCATTCTTCTGTGTGTGGACATC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTGAGGAATATGACCCTACCTTCATTCTTCTGTGTGTGGACATC  983

seq1  AGTCTTTCTAGAAGCATTGTTTGTTCTATGTCTTTTTTGTCAAACACCAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCTAGAAGCATTGTTTGTTCTATGTCTTTTTTGTCAAACACCAA  1033

seq1  ATGTTTGTATGTATGAGTAGTCAGTCACCTGTGGGTCTTCTGTCTTATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGTATGTATGAGTAGTCAGTCACCTGTGGGTCTTCTGTCTTATTC  1083

seq1  ATTGGTCTAAAGGTCTGTTTTGTGCAATACCATACAGCTTTTATTACACT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTCTAAAGGTCTGTTTTGTGCAATACCATACAGCTTTTATTACACT  1133

seq1  ACTTCTACAGTTTTTCTTGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTACAGTTTTTCTTGAATTC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |