BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331J08
Chromosome17 (Build37)
Map Location 15,243,920 - 15,393,313
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC330048F19
Upstream geneDact2, Smoc2, LOC664856, Thbs2, LOC100041236, Wdr27, LOC664893, 1600012H06Rik, Phf10, LOC100041586, LOC100041574, LOC100041289, LOC100041639, LOC100041621, LOC100041301, 9030025P20Rik, Tcte3
Downstream geneLOC664953, Dll1, LOC100041314, 4932442K08Rik, Psmb1, Tbp, Pdcd2, LOC636398, Prdm9, EG626573, LOC665017, LOC100041775, 5830433I10Rik, Chd1, Rgmb, LOC100041365, Eif3s6-ps3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331J08.bB6Ng01-331J08.g
ACCGA117909GA117910
length1,183979
definitionB6Ng01-331J08.b B6Ng01-331J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,392,164 - 15,393,313)(15,243,920 - 15,244,882)
sequence
gaattcataagtgataaaaaaaaaaaaaaagagttcctttagaatcctga
gagcagagaataccttagtcaggacagaaagactggtgaaagggtgaaga
gtaagtgtgccatgtcagtattgcagggtatgtagatgtcatgtaatctg
attggcaatgtgtggaactgagttattattgaggacaaataacgtactct
tcttaggatcggtgaaaaggcctttttacacaacaagaggggaaggaagt
ggtcataaacatgaagaatgtgcaaaagcagaaatgttagtgagcactat
gtgatctcacagaggcagtgtgtgcagtgggaaactcttcacctatctga
ccagaagagatggaaaggcttggcaaaccaccacttgtgcatgaactctt
tcaattacttttggagaagtgtgaattggacctgtagcttgaagggaaat
gtatcagtattagctgaatttaaactgtattgattctacagtccatccac
ccacttctttctccagccttaccctgtggacatttagacaataaatgggg
taagtgaagaatggggcaagtcacccagcagagcagaaacacaggactga
gatgttgacttggggaagatggacctacaggtatgcccccagagtagtga
caatgtatccaggaggtatacacagtatttgtgctgggtgctacagaact
ggttggctagaaatcttggaagaggatcctctgtcctctgccaagttgca
attgccactttttgtgacaacttaactcaagctagagtcattttggaaga
gaaaatctcaagaaaaggcccaccataagatttgcctgtaaacaagtttg
ttaggcatttttcctgattaatgataaatgtgggagagcccaatcactgt
gggagtccactcctgagcaggtgggacctggggtattataagagagcaag
ctgagcaaggccataaggaataagccggttggtggtggttgacccagaga
atgccacctaagccacccgggaggagtctgctttcttgtcttctctctgg
aatgaagaatgtagaactctctagctctcctcccggggccattgccctgc
cctggtatgctgctctaagtctctccacccttgaaggccctacttggacc
gtgatagaccaagcccaattacatgtttgtgct
gaattctttccttaggagtcatagaggtagcaggggaggtgaggtttgca
tcttgatgtgtctgtgagctagcagggagtctccctggctccctgctagc
atttgtgccatccagtggtttttgttttcttttagctttatgagacaggg
tttcactatgtctcccagactggcctagagctgtcatctaacttcccgat
tcttcttcctgggactgcggatgtgtgacactgaacctagtggttgcagc
gtacagaatggacagctgggctagaggctggtggtggcctggctttggga
ctcagaggccacagctttgaggtgatgattggtgttttgcaaaagtagag
acaagatctgaggacggtgaccacaggttggctgtggtgtgaggctgaca
taggcggtgagctgacataggaggaagggacaccccagcggggcagctga
agctgtgagctgaggttgggggtcacaaacacttatctcatctcctgtgc
ggttttgttgtccgaatgcagcatagcctgtgctccacagaccttatctg
caggcttggaaatcccctcagttacaacctgcgttgctgcacccagctgg
ggcatgggctaatgaaacctccagtggtggttggcaaacaccagaagttg
tggtgtaaggcaggggctggccttgactttagctgttgctaacctgagta
tggcagtgtcacttgggacagttcagctttggcttgcttagccatcactt
tctaccatgtgcttctgagctcccctgtaccctgggtggcaggggacaac
ttcttgcactttccttcagttgtcctgtggagttcactctggaaacactc
acatagaattcccacagcaagccgggcgtggttggcgcacgtcctttaat
cccatcatttggggaggcagaggccaggttgattttctgtagttcgaggc
cagcctggtcttacaaagttgatttccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_15392164_15393313
seq2: B6Ng01-331J08.b_48_1230 (reverse)

seq1  AGCAC-AACATGTAATTGGGGCTGG---CTTACAGTCC-AGTAG---CAT  42
      ||||| ||||||||||||||  |||    | || |||| |||||   | |
seq2  AGCACAAACATGTAATTGGGCTTGGTCTATCACGGTCCAAGTAGGGCCTT  50

seq1  CAA-GGTGG-GAGACT---AGCAGCAT-CCA-GGCAGG--CATGG-CACA  82
      ||| ||||| ||||||   |||||||| ||| ||||||   |||| | | 
seq2  CAAGGGTGGAGAGACTTAGAGCAGCATACCAGGGCAGGGCAATGGCCCCG  100

seq1  GGAG--GAGCT-GAGAGTTCTACA-TCTTCA-TCCAGAG-GAAGACAAG-  125
      ||||  ||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| 
seq2  GGAGGAGAGCTAGAGAGTTCTACATTCTTCATTCCAGAGAGAAGACAAGA  150

seq1  AAGCAGACT-CTTCCGGGTGGC-TAGGTGGCATTCTCTGGGTCAACCACC  173
      ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGACTCCTCCCGGGTGGCTTAGGTGGCATTCTCTGGGTCAACCACC  200

seq1  A-CAACCGGCTTATTCCTTATGG-CTTGCTCAGCTTGCTCTCTTATAATA  221
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCGGCTTATTCCTTATGGCCTTGCTCAGCTTGCTCTCTTATAATA  250

seq1  -CCCAGGT-CCACCTGCTCAGGAGTGGACTCCCACAGTGATTGGGCTCTC  269
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGTCCCACCTGCTCAGGAGTGGACTCCCACAGTGATTGGGCTCTC  300

seq1  CCACATTTATCATTAATCAGG-AAAATGCCTAACAAACTTGTTTACAGGC  318
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTTATCATTAATCAGGAAAAATGCCTAACAAACTTGTTTACAGGC  350

seq1  AAATCTTATGGT-GGCCTTTTCTTGAGATTTTCTCTTCCAAAATGACTCT  367
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTATGGTGGGCCTTTTCTTGAGATTTTCTCTTCCAAAATGACTCT  400

seq1  AGCTTGAGTTAAGTTGTCAC-AAAAGTGGCAATTGCAACTTGGCAGAGGA  416
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGTTAAGTTGTCACAAAAAGTGGCAATTGCAACTTGGCAGAGGA  450

seq1  CAGAGGATCCTCTTCCAAGATTTCTAGCCAACCAGTTCTGTAGCACCCAG  466
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGATCCTCTTCCAAGATTTCTAGCCAACCAGTTCTGTAGCACCCAG  500

seq1  CACAAATACTGTGTATACCTCCTGGATACATTGTCACTACTCTGGGGGCA  516
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATACTGTGTATACCTCCTGGATACATTGTCACTACTCTGGGGGCA  550

seq1  TACCTGTAGGTCCATCTTCCCCAAGTCAACATCTCAGTCCTGTGTTTCTG  566
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTAGGTCCATCTTCCCCAAGTCAACATCTCAGTCCTGTGTTTCTG  600

seq1  CTCTGCTGGGTGACTTGCCCCATTCTTCACTTACCCCATTTATTGTCTAA  616
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGGGTGACTTGCCCCATTCTTCACTTACCCCATTTATTGTCTAA  650

seq1  ATGTCCACAGGGTAAGGCTGGAGAAAGAAGTGGGTGGATGGACTGTAGAA  666
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACAGGGTAAGGCTGGAGAAAGAAGTGGGTGGATGGACTGTAGAA  700

seq1  TCAATACAGTTTAAATTCAGCTAATACTGATACATTTCCCTTCAAGCTAC  716
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACAGTTTAAATTCAGCTAATACTGATACATTTCCCTTCAAGCTAC  750

seq1  AGGTCCAATTCACACTTCTCCAAAAGTAATTGAAAGAGTTCATGCACAAG  766
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCAATTCACACTTCTCCAAAAGTAATTGAAAGAGTTCATGCACAAG  800

seq1  TGGTGGTTTGCCAAGCCTTTCCATCTCTTCTGGTCAGATAGGTGAAGAGT  816
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTTGCCAAGCCTTTCCATCTCTTCTGGTCAGATAGGTGAAGAGT  850

seq1  TTCCCACTGCACACACTGCCTCTGTGAGATCACATAGTGCTCACTAACAT  866
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTGCACACACTGCCTCTGTGAGATCACATAGTGCTCACTAACAT  900

seq1  TTCTGCTTTTGCACATTCTTCATGTTTATGACCACTTCCTTCCCCTCTTG  916
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTTTTGCACATTCTTCATGTTTATGACCACTTCCTTCCCCTCTTG  950

seq1  TTGTGTAAAAAGGCCTTTTCACCGATCCTAAGAAGAGTACGTTATTTGTC  966
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAAAAAGGCCTTTTCACCGATCCTAAGAAGAGTACGTTATTTGTC  1000

seq1  CTCAATAATAACTCAGTTCCACACATTGCCAATCAGATTACATGACATCT  1016
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATAATAACTCAGTTCCACACATTGCCAATCAGATTACATGACATCT  1050

seq1  ACATACCCTGCAATACTGACATGGCACACTTACTCTTCACCCTTTCACCA  1066
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCCTGCAATACTGACATGGCACACTTACTCTTCACCCTTTCACCA  1100

seq1  GTCTTTCTGTCCTGACTAAGGTATTCTCTGCTCTCAGGATTCTAAAGGAA  1116
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTGTCCTGACTAAGGTATTCTCTGCTCTCAGGATTCTAAAGGAA  1150

seq1  CTCTTTTTTTTTTTTTTTTATCACTTATGAATTC  1150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTC-TTTTTTTTTTTTTTTATCACTTATGAATTC  1183

seq1: chr17_15243920_15244882
seq2: B6Ng01-331J08.g_69_1047

seq1  GAATTCTTTCCTTAGGAGTCATAGAGGTAGCAGGGGAGGTGAGGTTTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTTAGGAGTCATAGAGGTAGCAGGGGAGGTGAGGTTTGCA  50

seq1  TCTTGATGTGTCTGTGAGCTAGCAGGGAGTCTCCCTGGCTCCCTGCTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATGTGTCTGTGAGCTAGCAGGGAGTCTCCCTGGCTCCCTGCTAGC  100

seq1  ATTTGTGCCATCCAGTGGTTTTTGTTTTCTTTTAGCTTTATGAGACAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCCATCCAGTGGTTTTTGTTTTCTTTTAGCTTTATGAGACAGGG  150

seq1  TTTCACTATGTCTCCCAGACTGGCCTAGAGCTGTCATCTAACTTCCCGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTATGTCTCCCAGACTGGCCTAGAGCTGTCATCTAACTTCCCGAT  200

seq1  TCTTCTTCCTGGGACTGCGGATGTGTGACACTGAACCTAGTGGTTGCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCTGGGACTGCGGATGTGTGACACTGAACCTAGTGGTTGCAGC  250

seq1  GTACAGAATGGACAGCTGGGCTAGAGGCTGGTGGTGGCCTGGCTTTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAATGGACAGCTGGGCTAGAGGCTGGTGGTGGCCTGGCTTTGGGA  300

seq1  CTCAGAGGCCACAGCTTTGAGGTGATGATTGGTGTTTTGCAAAAGTAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGCCACAGCTTTGAGGTGATGATTGGTGTTTTGCAAAAGTAGAG  350

seq1  ACAAGATCTGAGGACGGTGACCACAGGTTGGCTGTGGTGTGAGGCTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATCTGAGGACGGTGACCACAGGTTGGCTGTGGTGTGAGGCTGACA  400

seq1  TAGGCGGTGAGCTGACATAGGAGGAAGGGACACCCCAGCGGGGCAGCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCGGTGAGCTGACATAGGAGGAAGGGACACCCCAGCGGGGCAGCTGA  450

seq1  AGCTGTGAGCTGAGGTTGGGGGTCACAAACACTTATCTCATCTCCTGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGAGCTGAGGTTGGGGGTCACAAACACTTATCTCATCTCCTGTGC  500

seq1  GGTTTTGTTGTCCGAATGCAGCATAGCCTGTGCTCCACAGACCTTATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTTGTCCGAATGCAGCATAGCCTGTGCTCCACAGACCTTATCTG  550

seq1  CAGGCTTGGAAATCCCCTCAGTTACAACCTGCGTTGCTGCACCCAGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGGAAATCCCCTCAGTTACAACCTGCGTTGCTGCACCCAGCTGG  600

seq1  GGCATGGGCTAATGAAACCTCCAGTGGTGGTTGGCAAACACCAGAAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGCTAATGAAACCTCCAGTGGTGGTTGGCAAACACCAGAAGTTG  650

seq1  TGGTGTAAGGCAGGGGCTGGCCTTGACTTTAGCTGTTGCTAACCTGAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTAAGGCAGGGGCTGGCCTTGACTTTAGCTGTTGCTAACCTGAGTA  700

seq1  TGGCAGTGTCAC-TGGGACAGTTCAGC-TTGGCTTGCTTAGCCATCAC-T  747
      |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  TGGCAGTGTCACTTGGGACAGTTCAGCTTTGGCTTGCTTAGCCATCACTT  750

seq1  TCTACCATGTGCTTCTGAGCTCCCCTGTACCCTGGGTGGCAGGGGACAAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATGTGCTTCTGAGCTCCCCTGTACCCTGGGTGGCAGGGGACAAC  800

seq1  T--CTGCAC-TTCCTTCAGTTGTCCTGTGGAGTTCACTCTGGAAACACAC  844
      |   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCTTGCACTTTCCTTCAGTTGTCCTGTGGAGTTCACTCTGGAAACACTC  850

seq1  ACA-AGAATT-CCACAGCAAGCCGGGCGTGG-TGGCGCACG-CCTTTAAT  890
      ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  ACATAGAATTCCCACAGCAAGCCGGGCGTGGTTGGCGCACGTCCTTTAAT  900

seq1  CCCAGCACTT-GGGAGGCAGAGG-CAGGCGGA-TTTCTG-AGTTCGAGGC  936
      |||| || || |||||||||||| ||||  || |||||| ||||||||||
seq2  CCCATCATTTGGGGAGGCAGAGGCCAGGTTGATTTTCTGTAGTTCGAGGC  950

seq1  CAGCCTGGTC-TACAAAG-TGAGTTCCAG  963
      |||||||||| ||||||| ||| ||||||
seq2  CAGCCTGGTCTTACAAAGTTGATTTCCAG  979