BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333G11
Chromosome17 (Build37)
Map Location 67,452,142 - 67,603,025
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprm
Upstream geneORF19, Ddx11, LOC100043599, LOC100043875, 1110012J17Rik, LOC100043876, Rab12, 9130404H23Rik
Downstream geneLrrc30, Lama1, Arhgap28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333G11.bB6Ng01-333G11.g
ACCGA119223GA119224
length1,1471,062
definitionB6Ng01-333G11.b B6Ng01-333G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,452,142 - 67,453,304)(67,601,957 - 67,603,025)
sequence
gaattccttgctcagagggacggagccatctcatagagtgacatgtccaa
aaccgtgaacctatataaacctttcctgtttataaggtgtcccagaggaa
tctgttacagtaccgcaaagctgactggcacagtggcatcaagttcacaa
gcagaacccctgcacctcaagcctggagacatttgctgtgctgctaaata
cttcagagtttagtgattcataggacatccagatggatctttttgttgag
ctgaacacaggacttctttgaccccatccccagcctctttcagccacaga
cgctgctgagcagctggtatgtgttaggcactttgaggagaacgaaacct
gtctgtccgtcaacaacctgtcaccccagtgaaacccatggtctaagtgt
ttcatcttaagtgtttcaccacagaaagcgtctacagcatcataggggca
cttggacaatctcccaagcgtgccaatatttacatatacgggagtgaaat
agctgcacaaaatcctagatttagggccatcggtcactctataaaaggaa
tctgcaaggcggttatcctacgagagcaacctttaagaggttcctgggaa
gggagggagccctggaaattccatgcagacaagcaacaggatcatctttt
atgtgagaagtgaggctttaatgagaactagattggattttattgtgtca
tttagacaaactgcttcagtgacttagctggaaaaatactaggtgtgtac
tttataatttatatgtgtgaaaacaaagcccaagtaaaacaaacaaaacc
tttaaactctctaaggaagctaatgactgtatctcaggcatgagcctcaa
gtacaacaatcgagctctgacaggcaggctatttagaacattcgcaagag
gctgcttaatttcccatatgtcaagcaccatattgattgacattcttaga
agctagttctctttttgttctaaatctcaaaatgacacaaaccatcacaa
tataaggtaccacttattttccccaaatcaatgtgattcagaagactcat
cttcttcccttccccctctcttcccttcttctttcctccttccctttcta
cctccttctcttcttcttctctcctccctctttccctcccccctcct
gaattcaagtctgagtttgctctgcgttagatgacaccaggcgggagagt
attggttactttcctcaatgtggcactggcatgttcctgatggctctgag
tcatgcggtaactctatgccaaatactagatagattcctgaaagaatgaa
gtccctttcctgtgccaggctttctcctttattttgtgtatgaaatattg
cacacatttttggaggtgtggttccaagcatggctaagaaggaattgtgt
gggaccagaatttggaagtgtcttatttgatcagagagctaattaagttt
tttttttttttttttaaagcattcatttatgattgtgtgcctcaaatccc
ggagactgttgtacattccccagctctggaaggaggctttgtttgcccag
ttactgaagtgcggttaacagaagtagtaaacgctgagtacctctgatct
gaggaatgaaatgctgatgcaggcagtgaaggcactgaaggcccacgggc
tccacctaggagcctgtgtaatgtgataatggcctctccatccctgaagc
tgaagggcagtgatgtgagcagcagcttgctcgaggcagtgtgcagtgtg
caaggtggcaggtttctgtctccaagggacctggtgtgttatgaattctt
cattgatctatggatgctcgaaccatcccaacacaaaatacagatctatt
gttgtggggtaggtatgtaaggaattgtgttcttgggcctatgtttctga
gagatggtattttgtgtagacatagagataccgatcccacgtgatagcat
taatatgcagttggtttgggttctgttagtgtgtggtacgtgtgtggaca
tgtatgcccatgttctcataaacagaggccagaggaagatgctaggagtc
tccctcttctgttcaccaccttcatttttgagacaaggtttcccactaac
tttaacttctctttatttgggtagactgactggctggtaacccagggatg
gccagacttctgcttctcatgctgatgtgagagcatgtggtgactacact
gactcccccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_67452142_67453304
seq2: B6Ng01-333G11.b_46_1192

seq1  GAATTCCTTGCTCAGAGGGACGGAGCCATCTCATAGAGTGACATGTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCTCAGAGGGACGGAGCCATCTCATAGAGTGACATGTCCAA  50

seq1  AACCGTGAACCTATATAAACCTTTCCTGTTTATAAGGTGTCCCAGAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTGAACCTATATAAACCTTTCCTGTTTATAAGGTGTCCCAGAGGAA  100

seq1  TCTGTTACAGTACCGCAAAGCTGACTGGCACAGTGGCATCAAGTTCACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTACAGTACCGCAAAGCTGACTGGCACAGTGGCATCAAGTTCACAA  150

seq1  GCAGAACCCCTGCACCTCAAGCCTGGAGACATTTGCTGTGCTGCTAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACCCCTGCACCTCAAGCCTGGAGACATTTGCTGTGCTGCTAAATA  200

seq1  CTTCAGAGTTTAGTGATTCATAGGACATCCAGATGGATCTTTTTGTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGTTTAGTGATTCATAGGACATCCAGATGGATCTTTTTGTTGAG  250

seq1  CTGAACACAGGACTTCTTTGACCCCATCCCCAGCCTCTTTCAGCCACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACACAGGACTTCTTTGACCCCATCCCCAGCCTCTTTCAGCCACAGA  300

seq1  CGCTGCTGAGCAGCTGGTATGTGTTAGGCACTTTGAGGAGAACGAAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGCTGAGCAGCTGGTATGTGTTAGGCACTTTGAGGAGAACGAAACCT  350

seq1  GTCTGTCCGTCAACAACCTGTCACCCCAGTGAAACCCATGGTCTAAGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCCGTCAACAACCTGTCACCCCAGTGAAACCCATGGTCTAAGTGT  400

seq1  TTCATCTTAAGTGTTTCACCACAGAAAGCGTCTACAGCATCATAGGGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTAAGTGTTTCACCACAGAAAGCGTCTACAGCATCATAGGGGCA  450

seq1  CTTGGACAATCTCCCAAGCGTGCCAATATTTACATATACGGGAGTGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACAATCTCCCAAGCGTGCCAATATTTACATATACGGGAGTGAAAT  500

seq1  AGCTGCACAAAATCCTAGATTTAGGGCCATCGGTCACTCTATAAAAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCACAAAATCCTAGATTTAGGGCCATCGGTCACTCTATAAAAGGAA  550

seq1  TCTGCAAGGCGGTTATCCTACGAGAGCAACCTTTAAGAGGTTCCTGGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGGCGGTTATCCTACGAGAGCAACCTTTAAGAGGTTCCTGGGAA  600

seq1  GGGAGGGAGCCCTGGAAATTCCATGCAGACAAGCAACAGGATCATCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGAGCCCTGGAAATTCCATGCAGACAAGCAACAGGATCATCTTTT  650

seq1  ATGTGAGAAGTGAGGCTTTAATGAGAACTAGATTGGATTTTATTGTGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGAAGTGAGGCTTTAATGAGAACTAGATTGGATTTTATTGTGTCA  700

seq1  TTTAGACAAACTGCTTCAGTGACTTAGCTGGAAAAATACTAGGTGTGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACAAACTGCTTCAGTGACTTAGCTGGAAAAATACTAGGTGTGTAC  750

seq1  TTTATAATTTATATGTGTGAAAACAAAGCCCAAGTAAAACAAACAAAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATTTATATGTGTGAAAACAAAGCCCAAGTAAAACAAACAAAACC  800

seq1  TTTAAACTCTCTAAGGAAGCTAATGACTGTATCTCAGGCATGAGCCTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTCTCTAAGGAAGCTAATGACTGTATCTCAGGCATGAGCCTCAA  850

seq1  GTACAACAATCGAGCTCTGACAGGCAGGCTATTTAGAACATTCGCAAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAACAATCGAGCTCTGACAGGCAGGCTATTTAGAACATTCGCAAGAG  900

seq1  GCTGCTTAATTTCCCATATGTCAAGCACCATATTGATTGACATTCTTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTAATTTCCCATATGTCAAGCACCATATTGATTGACATTCTTAGA  950

seq1  AGCTAGTTCTCTTTTTGTTCTAAATCTCAAAATGACACAAACCATCACAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTTCTCTTTTTGTTCTAAATCTCAAAATGACACAAACCATCACAA  1000

seq1  TATAAGGTACCACTTA-TTTCCCCAAATCAATGTTGATTCAG-AGACTCC  1048
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |
seq2  TATAAGGTACCACTTATTTTCCCCAAATCAATG-TGATTCAGAAGACT-C  1048

seq1  ATCCTTCCTTCCCTTCCCCCTCTCTTCCCCTTCTTCTTTCCTCCTTCCCC  1098
      |||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  ATC--TTCTTCCCTTCCCCCTCTCTT-CCCTTCTTCTTTCCTCCTTCCC-  1094

seq1  TTTCCTACCCTCCTCTCCTCTTCTTCCTTCCTTCCTCCTCCCCTTCCTTT  1148
       || |||||  | |||| ||||||||  |||| ||||           ||
seq2  -TTTCTACCTCCTTCTCTTCTTCTTCTCTCCTCCCTC-----------TT  1132

seq1  CCCCTCCCCTCTCCT  1163
       |||||||| |||||
seq2  TCCCTCCCCCCTCCT  1147

seq1: chr17_67601957_67603025
seq2: B6Ng01-333G11.g_67_1128 (reverse)

seq1  GGGGGGGGAGTTCAGTGTAGTCA-CACATGGCTCTCACATCAGCATTGAG  49
      |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GGGGGGGGAG-TCAGTGTAGTCACCACAT-GCTCTCACATCAGCA-TGAG  47

seq1  AGGCAG-AGTCTGGCCAATCCCCTTGGGTTTACCAGCCAGTCAGTCTACC  98
      | |||| ||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAAGTCTGGCC-ATCCC--TGGG-TTACCAGCCAGTCAGTCTACC  93

seq1  CAAAATAAAGAGAAGTTAAAGTTTAGTGGGAAACCTTGTCTCAAAAATGA  148
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AAATAAAGAGAAGTTAAAG-TTAGTGGGAAACCTTGTCTCAAAAATGA  141

seq1  AGGTGGTGAACAGAAGAGGGAGACTCCTAGCATCTTCCTCTGGCCTCTGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTGAACAGAAGAGGGAGACTCCTAGCATCTTCCTCTGGCCTCTGT  191

seq1  TTATGAGAACATGGGCATACATGTCCACACACGTACCACACACTAACAGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGAACATGGGCATACATGTCCACACACGTACCACACACTAACAGA  241

seq1  ACCCAAACCAACTGCATATTAATGCTATCACGTGGGATCGGTATCTCTAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAACCAACTGCATATTAATGCTATCACGTGGGATCGGTATCTCTAT  291

seq1  GTCTACACAAAATACCATCTCTCAGAAACATAGGCCCAAGAACACAATTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACACAAAATACCATCTCTCAGAAACATAGGCCCAAGAACACAATTC  341

seq1  CTTACATACCTACCCCACAACAATAGATCTGTATTTTGTGTTGGGATGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATACCTACCCCACAACAATAGATCTGTATTTTGTGTTGGGATGGT  391

seq1  TCGAGCATCCATAGATCAATGAAGAATTCATAACACACCAGGTCCCTTGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCATCCATAGATCAATGAAGAATTCATAACACACCAGGTCCCTTGG  441

seq1  AGACAGAAACCTGCCACCTTGCACACTGCACACTGCCTCGAGCAAGCTGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAAACCTGCCACCTTGCACACTGCACACTGCCTCGAGCAAGCTGC  491

seq1  TGCTCACATCACTGCCCTTCAGCTTCAGGGATGGAGAGGCCATTATCACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACATCACTGCCCTTCAGCTTCAGGGATGGAGAGGCCATTATCACA  541

seq1  TTACACAGGCTCCTAGGTGGAGCCCGTGGGCCTTCAGTGCCTTCACTGCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAGGCTCCTAGGTGGAGCCCGTGGGCCTTCAGTGCCTTCACTGCC  591

seq1  TGCATCAGCATTTCATTCCTCAGATCAGAGGTACTCAGCGTTTACTACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAGCATTTCATTCCTCAGATCAGAGGTACTCAGCGTTTACTACTT  641

seq1  CTGTTAACCGCACTTCAGTAACTGGGCAAACAAAGCCTCCTTCCAGAGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAACCGCACTTCAGTAACTGGGCAAACAAAGCCTCCTTCCAGAGCT  691

seq1  GGGGAATGTACAACAGTCTCCGGGATTTGAGGCACACAATCATAAATGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATGTACAACAGTCTCCGGGATTTGAGGCACACAATCATAAATGAA  741

seq1  TGCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTAATTAGCTCTCTGATCAAATAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTAATTAGCTCTCTGATCAAATAAG  791

seq1  ACACTTCCAAATTCTGGTCCCACACAATTCCTTCTTAGCCATGCTTGGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCAAATTCTGGTCCCACACAATTCCTTCTTAGCCATGCTTGGAA  841

seq1  CCACACCTCCAAAAATGTGTGCAATATTTCATACACAAAATAAAGGAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCTCCAAAAATGTGTGCAATATTTCATACACAAAATAAAGGAGAA  891

seq1  AGCCTGGCACAGGAAAGGGACTTCATTCTTTCAGGAATCTATCTAGTATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGCACAGGAAAGGGACTTCATTCTTTCAGGAATCTATCTAGTATT  941

seq1  TGGCATAGAGTTACCGCATGACTCAGAGCCATCAGGAACATGCCAGTGCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAGAGTTACCGCATGACTCAGAGCCATCAGGAACATGCCAGTGCC  991

seq1  ACATTGAGGAAAGTAACCAATACTCTCCCGCCTGGTGTCATCTAACGCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGGAAAGTAACCAATACTCTCCCGCCTGGTGTCATCTAACGCAG  1041

seq1  AGCAAACTCAGACTTGAATTC  1069
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACTCAGACTTGAATTC  1062