BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334F17
Chromosome17 (Build37)
Map Location 52,171,348 - 52,292,467
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTbc1d5, LOC100043451, LOC100043452, Satb1, EG628919
Downstream geneLOC672987, EG328839, Kcnh8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334F17.bB6Ng01-334F17.g
ACCGA119879GA119880
length1,0751,073
definitionB6Ng01-334F17.b B6Ng01-334F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,171,348 - 52,172,435)(52,291,390 - 52,292,467)
sequence
gaattctataggaagcctgaacaagttgggttaggaaaacacagaaacta
ttctccttgaaatccagtgacagacatcagccattagagaataaaagttt
ccacacagcagttatccagagaagcacatctgatcctggtgtagtactca
attcaagaatccagaggtagggcaagcctacaaatgggatgccgtgtggg
cagtccaacataagtcattgaaagagcaggaaacttaaggtaggaatcag
aagtgctagccccatagcaagtcagcactgaaacaagagtgttaggaagg
ggcagagcaaactagttttgtagatagttaacttacataagcaatacaag
actatgaaacaaatcctaaagtctctgtatgacaaggtgaaggggagcgt
tctgctcatatagaatctgcttttaaaagatgagttttattattattttg
tatatatgtgggcctgtatatatgtatccacatatgcctgcaagtagcca
aaaagtcctgaacaggtatttgattccctcaaagtgagatactggtgggt
gtgagttgcatgacatgggtgctgggaactgaatgggtcttctgtaagag
ctgcaagtactcttagccactgatccagctctccagttttgcttgtatac
catctcatgtttcaaacatttcatctgtaggtctaattctaatatattat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctgtct
gtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtccgt
ccgtccgtccgtccgtccgtccgtccatccatccatccatccatccatcc
atccatccatccatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctgagtgaatggtaatctagataaaatgtatacatgatcttcattc
ttggggtgtatatagaccctaactagactcaggagactactatgagagac
gactgacattagacttattaagatgtcacaccagcagacatgctagtctc
agagcaattcaatctgtagttaaaa

gaattcatacatgggtgagactgaacatgtagaaaaatatttattaacat
ggtaagcagtgataaatatatttaatatttgagactgagcatgaaagata
tcaaatgattcattcagagatactttctctttgcagtaatcaattgagca
agatatggctctggctgacacacagtccttagagcttaagggactgggag
aaggaggaagggcgaagagcacccactcctaaccaagacattttaagaac
acacatagaaaataatcttcatcccaaaatgcatatgcaaccatatgggt
tgaatgtgtgtttgtatgcagagaagaaagagtgcagaaaagccttgttg
gtttgctcagaaggcatgggcattgtaacattgttaccctgagtatggcc
aaggggatctactatagctgaatttctgcactggcctaattctctagatg
agaccagacagtcctgcaggaccagatgcctgtccccagtgggatgggag
attagggcagggccagggcttctgttccactgggcccagggctccctgag
agaccaggaatcctgcctcagtgtgggactgaggttctaatttataagat
cccaatggtcaccgtaggacctagagtttatacattagtggctctagagg
tcaccttgggtccagagttctaactatagtttctagcctgttcagaaata
aagccagaaacttatcttcaaatggactcactgaaatctattgggtccat
gatggtagctagagagtgacttgtagctttcagctctattgcaataccac
cttcattctatatggcacgccccctgggcaccatgacagttgacaattgc
catagcaacaactagataaaacctgaaaagaggggaaattttgaattcct
ggaaactctctacccattaccaggaaagacaggagcacactccttatatt
tcctatactctattcatagcttgtagactgcatggtagagatgcataatg
catgcttactttcttctttgctaggtccctgactattgaatggtactcag
ttttgtttgttctgtctgttctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_52171348_52172435
seq2: B6Ng01-334F17.b_46_1120

seq1  GAATTCTATAGGAAGCCTGAACAAGTTGGGTTAGGAAAACACAGAAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAGGAAGCCTGAACAAGTTGGGTTAGGAAAACACAGAAACTA  50

seq1  TTCTCCTTGAAATCCAGTGACAGACATCAGCCATTAGAGAATAAAAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTGAAATCCAGTGACAGACATCAGCCATTAGAGAATAAAAGTTT  100

seq1  CCACACAGCAGTTATCCAGAGAAGCACATCTGATCCTGGTGTAGTACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACAGCAGTTATCCAGAGAAGCACATCTGATCCTGGTGTAGTACTCA  150

seq1  ATTCAAGAATCCAGAGGTAGGGCAAGCCTACAAATGGGATGCCGTGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGAATCCAGAGGTAGGGCAAGCCTACAAATGGGATGCCGTGTGGG  200

seq1  CAGTCCAACATAAGTCATTGAAAGAGCAGGAAACTTAAGGTAGGAATCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCAACATAAGTCATTGAAAGAGCAGGAAACTTAAGGTAGGAATCAG  250

seq1  AAGTGCTAGCCCCATAGCAAGTCAGCACTGAAACAAGAGTGTTAGGAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTAGCCCCATAGCAAGTCAGCACTGAAACAAGAGTGTTAGGAAGG  300

seq1  GGCAGAGCAAACTAGTTTTGTAGATAGTTAACTTACATAAGCAATACAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGCAAACTAGTTTTGTAGATAGTTAACTTACATAAGCAATACAAG  350

seq1  ACTATGAAACAAATCCTAAAGTCTCTGTATGACAAGGTGAAGGGGAGCGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAAACAAATCCTAAAGTCTCTGTATGACAAGGTGAAGGGGAGCGT  400

seq1  TCTGCTCATATAGAATCTGCTTTTAAAAGATGAGTTTTATTATTATTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCATATAGAATCTGCTTTTAAAAGATGAGTTTTATTATTATTTTG  450

seq1  TATATATGTGGGCCTGTATATATGTATCCACATATGCCTGCAAGTAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGTGGGCCTGTATATATGTATCCACATATGCCTGCAAGTAGCCA  500

seq1  AAAAGTCCTGAACAGGTATTTGATTCCCTCAAAGTGAGATACTGGTGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCCTGAACAGGTATTTGATTCCCTCAAAGTGAGATACTGGTGGGT  550

seq1  GTGAGTTGCATGACATGGGTGCTGGGAACTGAATGGGTCTTCTGTAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTGCATGACATGGGTGCTGGGAACTGAATGGGTCTTCTGTAAGAG  600

seq1  CTGCAAGTACTCTTAGCCACTGATCCAGCTCTCCAGTTTTGCTTGTATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGTACTCTTAGCCACTGATCCAGCTCTCCAGTTTTGCTTGTATAC  650

seq1  CATCTCATGTTTCAAACATTTCATCTGTAGGTCTAATTCTAATATATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCATGTTTCAAACATTTCATCTGTAGGTCTAATTCTAATATATTAT  700

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCT  750

seq1  GTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCCGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCCGT  800

seq1  CCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCC  850

seq1  ATCCATCCATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCCATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  900

seq1  CTATCTGAGTGAATGGTAATCTAGATAAAAATGTATAACAGGATCCTCAT  950
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||
seq2  CTATCTGAGTGAATGGTAATCTAGAT-AAAATGTAT-ACATGATCTTCAT  948

seq1  --CTGGGGTGAATATAGACCCTAAACAAGACACAAGGAGGACAAACTATG  998
         ||||||| ||||||||||| ||| |||| | |||| |||  ||||||
seq2  TCTTGGGGTGTATATAGACCCT-AACTAGACTC-AGGA-GAC-TACTATG  994

seq1  AAGAAAAGGACTGACATTAGACTTTATTAAGATGTCACCAACAAGAAGAC  1048
      |   | | |||||||||||||| |||||||||||||||  || || ||||
seq2  A--GAGACGACTGACATTAGAC-TTATTAAGATGTCAC--ACCAGCAGAC  1039

seq1  AATGTAGCCTCCAGAGGCAATTCAAATCTGTAGTATAAAA  1088
      |   ||| || |||| ||||||| |||||||||| |||||
seq2  ATGCTAGTCT-CAGA-GCAATTC-AATCTGTAGT-TAAAA  1075


seq1: chr17_52291390_52292467
seq2: B6Ng01-334F17.g_67_1139 (reverse)

seq1  CAGAACAGAACAGAACAAAACAAAACTGAGTACCAATTCAATAGTCAGGG  50
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CAGAACAG-ACAGAAC-AAACAAAACTGAGTACC-ATTCAATAGTCA-GG  46

seq1  GACCTAGCCAAAGAGAAAGGTAAGCATGCA-TATGCATCTCTACCCATGC  99
      ||||||| ||||||  || ||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  GACCTAG-CAAAGAAGAAAGTAAGCATGCATTATGCATCTCTA-CCATGC  94

seq1  AGTCTACAAGCTATGAATAGAGTATAGGAAATATAAGGAGTGTGCTCCTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACAAGCTATGAATAGAGTATAGGAAATATAAGGAGTGTGCTCCTG  144

seq1  TCTTTCCTGGTAATGGGTAGAGAGTTTCCAGGAATTCAAAATTTCCCCTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTGGTAATGGGTAGAGAGTTTCCAGGAATTCAAAATTTCCCCTC  194

seq1  TTTTCAGGTTTTATCTAGTTGTTGCTATGGCAATTGTCAACTGTCATGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGGTTTTATCTAGTTGTTGCTATGGCAATTGTCAACTGTCATGGT  244

seq1  GCCCAGGGGGCGTGCCATATAGAATGAAGGTGGTATTGCAATAGAGCTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGGGGCGTGCCATATAGAATGAAGGTGGTATTGCAATAGAGCTGA  294

seq1  AAGCTACAAGTCACTCTCTAGCTACCATCATGGACCCAATAGATTTCAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACAAGTCACTCTCTAGCTACCATCATGGACCCAATAGATTTCAGT  344

seq1  GAGTCCATTTGAAGATAAGTTTCTGGCTTTATTTCTGAACAGGCTAGAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCATTTGAAGATAAGTTTCTGGCTTTATTTCTGAACAGGCTAGAAA  394

seq1  CTATAGTTAGAACTCTGGACCCAAGGTGACCTCTAGAGCCACTAATGTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTTAGAACTCTGGACCCAAGGTGACCTCTAGAGCCACTAATGTAT  444

seq1  AAACTCTAGGTCCTACGGTGACCATTGGGATCTTATAAATTAGAACCTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTAGGTCCTACGGTGACCATTGGGATCTTATAAATTAGAACCTCA  494

seq1  GTCCCACACTGAGGCAGGATTCCTGGTCTCTCAGGGAGCCCTGGGCCCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACACTGAGGCAGGATTCCTGGTCTCTCAGGGAGCCCTGGGCCCAG  544

seq1  TGGAACAGAAGCCCTGGCCCTGCCCTAATCTCCCATCCCACTGGGGACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAGAAGCCCTGGCCCTGCCCTAATCTCCCATCCCACTGGGGACAG  594

seq1  GCATCTGGTCCTGCAGGACTGTCTGGTCTCATCTAGAGAATTAGGCCAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGGTCCTGCAGGACTGTCTGGTCTCATCTAGAGAATTAGGCCAGT  644

seq1  GCAGAAATTCAGCTATAGTAGATCCCCTTGGCCATACTCAGGGTAACAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAATTCAGCTATAGTAGATCCCCTTGGCCATACTCAGGGTAACAAT  694

seq1  GTTACAATGCCCATGCCTTCTGAGCAAACCAACAAGGCTTTTCTGCACTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAATGCCCATGCCTTCTGAGCAAACCAACAAGGCTTTTCTGCACTC  744

seq1  TTTCTTCTCTGCATACAAACACACATTCAACCCATATGGTTGCATATGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTCTGCATACAAACACACATTCAACCCATATGGTTGCATATGCA  794

seq1  TTTTGGGATGAAGATTATTTTCTATGTGTGTTCTTAAAATGTCTTGGTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGATGAAGATTATTTTCTATGTGTGTTCTTAAAATGTCTTGGTTA  844

seq1  GGAGTGGGTGCTCTTCGCCCTTCCTCCTTCTCCCAGTCCCTTAAGCTCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGGTGCTCTTCGCCCTTCCTCCTTCTCCCAGTCCCTTAAGCTCTA  894

seq1  AGGACTGTGTGTCAGCCAGAGCCATATCTTGCTCAATTGATTACTGCAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGTGTGTCAGCCAGAGCCATATCTTGCTCAATTGATTACTGCAAA  944

seq1  GAGAAAGTATCTCTGAATGAATCATTTGATATCTTTCATGCTCAGTCTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGTATCTCTGAATGAATCATTTGATATCTTTCATGCTCAGTCTCA  994

seq1  AATATTAAATATATTTATCACTGCTTACCATGTTAATAAATATTTTTCTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAAATATATTTATCACTGCTTACCATGTTAATAAATATTTTTCTA  1044

seq1  CATGTTCAGTCTCACCCATGTATGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCAGTCTCACCCATGTATGAATTC  1073


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |