BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335N01
Chromosome17 (Build37)
Map Location 26,424,767 - 26,582,668
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG240055, C230078M08Rik
Upstream genePrss34, Prss28, Prss29, LOC432543, LOC666472, Tpsab1, Mcpt6, Tpsg1, Cacna1h, Tekt4, Sstr5, LOC100042580, Sox8, Tmem112, LOC545396, Gng13, Chtf18, Rpusd1, BC052484, Msln, Narfl, Haghl, Ccdc78, BC008155, Metrn, Fbxl16, Wdr24, 2610003J06Rik, Stub1, Rhbdl1, Rhot2, Wdr90, 9530058B02Rik, 0610011F06Rik, Wfikkn1, Rab40c, LOC100043160, Pigq, F430201B04Rik, D630044L22Rik, Solh, 1700022N22Rik, Rab11fip3, Decr2, Nme4, EG666609, Tmem8, Mrpl28, Axin1, Pdia2, Arhgdig, Rgs11, Itfg3, LOC100042643, Luc7l, EG383229
Downstream geneDusp1, EG666668, Ergic1, Atp6v0e, A930001N09Rik, Bnip1, Nkx2-5, Kifc1, Phf1, Cuta, Syngap1, Zbtb9, Bak1, Ggnbp1, Itpr3, 2900010M23Rik, Ihpk3, Lemd2, LOC100042713, ENSMUSG00000073430, Grm4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335N01.bB6Ng01-335N01.g
ACCGA120923GA120924
length1,078727
definitionB6Ng01-335N01.b B6Ng01-335N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,424,767 - 26,425,846)(26,581,942 - 26,582,668)
sequence
gaattccacagaagctgggatgtaagtgaatagcggaatgtttactttgc
atgaggaaggttcttgcttcagtccccagcactgcaaaaatgaatagaca
gtaagagaaagagataacataaagaactgagattaaaaaaaaaaatgtgt
ctggggaataaaaaaggctatcctttcattctctctatttttttttctct
ttcactccccctccactcatatcttttcttcctcttatgtgtggacagtt
gtcctgctgggatctatgttgtatgctcttctccccgaactgcagcttca
gaaaggtccctgggacaagatactttgactagactctgttggcatgtcaa
ggacacagacaaatcaggtatacgtacacgttactcatactaagaggtgc
aggtgtctaaccagacatagggcatggccatgagccaagagaatgagggc
tgtattacaagtctgaggtttatggtacctggagggttagcattgtcttc
acagcagcaaaaagcttgtctgtggaggtgtgaacctcaggggtggataa
atctggttgtaacttggtcatgcttactggcatgcttggctcaggaacta
tggggaaaggaaccaaaggtcagtggctgtacacaccacaggaggttctc
tcatattaggtgaaggaccaacaatacctcagatcccaggtcacacccct
gcacagccagcagtcacctcagggttgatggagtcctcatgcagagcctc
gacaggaggaaactctgggctgacatgacagtccaaatgttatctaggtg
gcctgccgagttgttgaatgtatatggcacctcttgccttgggctgctcc
ctggccggagagggagtcatgccttagtaagggagtcggtcttgtaggag
gctaaactgtggagtgtcttcaggaagatagagttcagaggcagaggctg
catgagggaaggcagcttgccctcctgcagactggcaggtcagaaaggtc
ccttgcctctcccagggccttctgtgctaacatggccactgtccgtcctg
atcaggaccttacctccattagtaagag
gaattcagggctcttgtgcatccccgttccagtgcctggaagtggcaggg
agttttctgcccagagactccctgtgggtggtcattaactggtgggatct
tggctgtttggcaagggctcactcaccataaagaacacccctaaggtagg
tgcagaaagtattgtgggcatctatttagatggatccaaggcaatagaat
ggtcaagaaagcccacatgctccaccctgtcttgccctgctgaaggtacc
actcaggcatcagggctgggtgcttgctctctgttgccccttatagcagc
tggcatcctgagggcactcagcaaatgtttgttgagtgactttgtgtcca
tatatatataatggatgctatttcaccaaccccctgaccactcctaacct
ggctcctgatctgatctgcagtcttttactgagcacctactatgtgctag
cacaagccccaactccagagtgatcaaatcagtttatgatctcttgcctg
agagctgcccacaggccttgccttttgtcccagtcttcaacctcatgttc
tgaccatgagccatgctggtaagtggatgctgaacaagtgaaaatgtgtg
tcgcagcctgcacaggacagctgcccaagagggccaaccagtaagaggag
gagcctgcttagcctgggaaacaactattttccagaaattcccagggggc
agggatatggctgctatgtataggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_26424767_26425846
seq2: B6Ng01-335N01.b_47_1124

seq1  GAATTCCACAGAAGCTGGGATGTAAGTGAATAGCGGAATGTTTACTTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGAAGCTGGGATGTAAGTGAATAGCGGAATGTTTACTTTGC  50

seq1  ATGAGGAAGGTTCTTGCTTCAGTCCCCAGCACTGCAAAAATGAATAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAAGGTTCTTGCTTCAGTCCCCAGCACTGCAAAAATGAATAGACA  100

seq1  GTAAGAGAAAGAGATAACATAAAGAACTGAGATTAAAAAAAAAAATGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGAAAGAGATAACATAAAGAACTGAGATTAAAAAAAAAAATGTGT  150

seq1  CTGGGGAATAAAAAAGGCTATCCTTTCATTCTCTCTATTTTTTTTTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAATAAAAAAGGCTATCCTTTCATTCTCTCTATTTTTTTTTCTCT  200

seq1  TTCACTCCCCCTCCACTCATATCTTTTCTTCCTCTTATGTGTGGACAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCCCCCTCCACTCATATCTTTTCTTCCTCTTATGTGTGGACAGTT  250

seq1  GTCCTGCTGGGATCTATGTTGTATGCTCTTCTCCCCGAACTGCAGCTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCTGGGATCTATGTTGTATGCTCTTCTCCCCGAACTGCAGCTTCA  300

seq1  GAAAGGTCCCTGGGACAAGATACTTTGACTAGACTCTGTTGGCATGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTCCCTGGGACAAGATACTTTGACTAGACTCTGTTGGCATGTCAA  350

seq1  GGACACAGACAAATCAGGTATACGTACACGTTACTCATACTAAGAGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACAGACAAATCAGGTATACGTACACGTTACTCATACTAAGAGGTGC  400

seq1  AGGTGTCTAACCAGACATAGGGCATGGCCATGAGCCAAGAGAATGAGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCTAACCAGACATAGGGCATGGCCATGAGCCAAGAGAATGAGGGC  450

seq1  TGTATTACAAGTCTGAGGTTTATGGTACCTGGAGGGTTAGCATTGTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTACAAGTCTGAGGTTTATGGTACCTGGAGGGTTAGCATTGTCTTC  500

seq1  ACAGCAGCAAAAAGCTTGTCTGTGGAGGTGTGAACCTCAGGGGTGGATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGCAAAAAGCTTGTCTGTGGAGGTGTGAACCTCAGGGGTGGATAA  550

seq1  ATCTGGTTGTAACTTGGTCATGCTTACTGGCATGCTTGGCTCAGGAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTTGTAACTTGGTCATGCTTACTGGCATGCTTGGCTCAGGAACTA  600

seq1  TGGGGAAAGGAACCAAAGGTCAGTGGCTGTACACACCACAGGAGGTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAAGGAACCAAAGGTCAGTGGCTGTACACACCACAGGAGGTTCTC  650

seq1  TCATATTAGGTGAAGGACCAACAATACCTCAGATCCCAGGTCACACCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTAGGTGAAGGACCAACAATACCTCAGATCCCAGGTCACACCCCT  700

seq1  GCACAGCCAGCAGTCACCTCAGGGTTGATGGAGTCCTCATGCAGAGCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCCAGCAGTCACCTCAGGGTTGATGGAGTCCTCATGCAGAGCCTC  750

seq1  GACAGGAGGAAACTCTGGGCTGACATGACAGTCCAAATGTTATCTAGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAGGAAACTCTGGGCTGACATGACAGTCCAAATGTTATCTAGGTG  800

seq1  GCCTGCCGAGTTGTTGAATGTATATGGCACCTCTTGCCTTGGGCTGCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCGAGTTGTTGAATGTATATGGCACCTCTTGCCTTGGGCTGCTCC  850

seq1  CTGGCCGGAGAGGGAGTCATGCCTTAGGTAAGGGAGTCGGTCTTGTAGGA  900
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCGGAGAGGGAGTCATGCCTTA-GTAAGGGAGTCGGTCTTGTAGGA  899

seq1  GGCTAAACTGTGGAGTGTCTTCAGGAAGAATAGAGTTCAGAGGCAGAGGC  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAACTGTGGAGTGTCTTCAGGAAG-ATAGAGTTCAGAGGCAGAGGC  948

seq1  TGCATGAGGGAAGGGCAGCTTTGCCCT-CTGCAGACTGGGCAGGGCAGAA  999
      |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||
seq2  TGCATGAGGGAA-GGCAGC-TTGCCCTCCTGCAGACT-GGCAGGTCAGAA  995

seq1  AGGTTCCCTTGCCTCT-CCAGGG-CTTCTGTGCTAACATGGGCACTGTTC  1047
      ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |
seq2  AGG-TCCCTTGCCTCTCCCAGGGCCTTCTGTGCTAACATGGCCACTGTCC  1044

seq1  GTCCTGATCAGGA-CTTACCTTCATTAGTAAGAG  1080
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GTCCTGATCAGGACCTTACCTCCATTAGTAAGAG  1078

seq1: chr17_26581942_26582668
seq2: B6Ng01-335N01.g_71_797 (reverse)

seq1  CCCCCTATACATAGCAGCCATATCCCTGCCCCCTGGGAATTTCTGGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTATACATAGCAGCCATATCCCTGCCCCCTGGGAATTTCTGGAAAA  50

seq1  TAGTTGTTTCCCAGGCTAAGCAGGCTCCTCCTCTTACTGGTTGGCCCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTTTCCCAGGCTAAGCAGGCTCCTCCTCTTACTGGTTGGCCCTCT  100

seq1  TGGGCAGCTGTCCTGTGCAGGCTGCGACACACATTTTCACTTGTTCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGCTGTCCTGTGCAGGCTGCGACACACATTTTCACTTGTTCAGCA  150

seq1  TCCACTTACCAGCATGGCTCATGGTCAGAACATGAGGTTGAAGACTGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTACCAGCATGGCTCATGGTCAGAACATGAGGTTGAAGACTGGGA  200

seq1  CAAAAGGCAAGGCCTGTGGGCAGCTCTCAGGCAAGAGATCATAAACTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGCAAGGCCTGTGGGCAGCTCTCAGGCAAGAGATCATAAACTGAT  250

seq1  TTGATCACTCTGGAGTTGGGGCTTGTGCTAGCACATAGTAGGTGCTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCACTCTGGAGTTGGGGCTTGTGCTAGCACATAGTAGGTGCTCAGT  300

seq1  AAAAGACTGCAGATCAGATCAGGAGCCAGGTTAGGAGTGGTCAGGGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTGCAGATCAGATCAGGAGCCAGGTTAGGAGTGGTCAGGGGGTT  350

seq1  GGTGAAATAGCATCCATTATATATATATGGACACAAAGTCACTCAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAATAGCATCCATTATATATATATGGACACAAAGTCACTCAACAAA  400

seq1  CATTTGCTGAGTGCCCTCAGGATGCCAGCTGCTATAAGGGGCAACAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTGAGTGCCCTCAGGATGCCAGCTGCTATAAGGGGCAACAGAGA  450

seq1  GCAAGCACCCAGCCCTGATGCCTGAGTGGTACCTTCAGCAGGGCAAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCACCCAGCCCTGATGCCTGAGTGGTACCTTCAGCAGGGCAAGACA  500

seq1  GGGTGGAGCATGTGGGCTTTCTTGACCATTCTATTGCCTTGGATCCATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAGCATGTGGGCTTTCTTGACCATTCTATTGCCTTGGATCCATCT  550

seq1  AAATAGATGCCCACAATACTTTCTGCACCTACCTTAGGGGTGTTCTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGATGCCCACAATACTTTCTGCACCTACCTTAGGGGTGTTCTTTAT  600

seq1  GGTGAGTGAGCCCTTGCCAAACAGCCAAGATCCCACCAGTTAATGACCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTGAGCCCTTGCCAAACAGCCAAGATCCCACCAGTTAATGACCAC  650

seq1  CCACAGGGAGTCTCTGGGCAGAAAACTCCCTGCCACTTCCAGGCACTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGAGTCTCTGGGCAGAAAACTCCCTGCCACTTCCAGGCACTGGA  700

seq1  ACGGGGATGCACAAGAGCCCTGAATTC  727
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGGATGCACAAGAGCCCTGAATTC  727