BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336O14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 26,545,235 - 26,677,205
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG240055, C230078M08Rik, Dusp1
Upstream geneCacna1h, Tekt4, Sstr5, LOC100042580, Sox8, Tmem112, LOC545396, Gng13, Chtf18, Rpusd1, BC052484, Msln, Narfl, Haghl, Ccdc78, BC008155, Metrn, Fbxl16, Wdr24, 2610003J06Rik, Stub1, Rhbdl1, Rhot2, Wdr90, 9530058B02Rik, 0610011F06Rik, Wfikkn1, Rab40c, LOC100043160, Pigq, F430201B04Rik, D630044L22Rik, Solh, 1700022N22Rik, Rab11fip3, Decr2, Nme4, EG666609, Tmem8, Mrpl28, Axin1, Pdia2, Arhgdig, Rgs11, Itfg3, LOC100042643, Luc7l, EG383229
Downstream geneEG666668, Ergic1, Atp6v0e, A930001N09Rik, Bnip1, Nkx2-5, Kifc1, Phf1, Cuta, Syngap1, Zbtb9, Bak1, Ggnbp1, Itpr3, 2900010M23Rik, Ihpk3, Lemd2, LOC100042713, ENSMUSG00000073430, Grm4, LOC677010
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336O14.bB6Ng01-336O14.g
ACCGA121693GA121694
length878685
definitionB6Ng01-336O14.b B6Ng01-336O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,676,331 - 26,677,205)(26,545,235 - 26,545,918)
sequence
gaattctttttgtctactactgtgtggttctgggggttgacctccgctca
actttagctgtctgttagttaatccctatgccgattccatattgatttgt
gtggtcggttgaatgcatttttatatttgacgggtcagttctctgctcag
ctaagggagtctccatggaggcaagggcttctccattgagccacattccc
agcccagactctcaattttcactggcttaccagggatgacattgcatttc
cttgtggcttcgatttgtatttctatgagtaatgagactgactattttgt
cacatgtcccttggtcacatttgtttcctcttatggaagatatatttagg
tttctttacctgtttctaatggattacctgttttagttttaaggtgtttt
aacctatcctgaatcttaattagttattgattatccattgcaaatgtctt
atacattttttctttttcatttaatcccttgtgatgcttttttttttttt
tttggacagacagcaattatttcaaagtgagcaaatgtagttgttctttc
tgtattttaagacccctgtctctacctgagatgatacatatagtctatat
tttcttgtaagaatttcaaggtttttctttacacacaagacttggagcca
cctggaattgtgtgtgtgtgtgtaggggtatttgtacatgcatttgtgtg
tatgagtttgtgtgcacatgttttgtatgtgcgtgtgtatgaatgtatgt
gtgcatatgtgtgtatatgtctacattttgtgcatgtatgtgtgtgtata
tgtgagtgtacatgtgtgagtgtgtgtaactgggtaactttttgatacag
aatcatgacatatagcctttaacagaaa
gaattctttgtttttgttttactgctgttttggaatgccctgtgtagcag
actcctgcttctatcacctgaacatgggatttcaggtgtgtgccatgcct
gacgtgaagatattttttgtgtgcccacctgcatggtttttgtttttgtg
agtgagagggataggatctcatgtagctcaggctggcctcaaactctgtg
tcgagccgaaggtgaccttgaatttctgatcttcttgcctccccacccca
agtgctggcgctgggattatgggtgtgtatagtcatgcccagttcatgag
gtgctggggtttgaacttgaagtgttgtgcatgccagacgagcactttat
ggactgacctgcactctatctccgaagatattcttccatgtcgctctttc
ctttagcctagatccttctgccgccgctgtgatggtgtgggcagggttct
gctcctctatggacagccagctggaccaacactagtcattaaagactgtc
cttatcctatgcttagcacaaaccgcacgtctgtttgtgtctgtcttctg
tcttctacccaacaggtctggtcatttatccaaacacgaagccacagtgt
tttagttagtcttatgattggcattaatatacaggaaagttagagagggc
tttgggcatgggggaggtggtgaagggagagaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_26676331_26677205
seq2: B6Ng01-336O14.b_45_922 (reverse)

seq1  TTTCTGTTAAAGGCTATATGTCATGATTCTGTATC-AAAAGTTACCCAGT  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTAAAGGCTATATGTCATGATTCTGTATCAAAAAGTTACCCAGT  50

seq1  TACACACACTCACACATGTACACTCACATATACACACACATACATGCAC-  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACACACACTCACACATGTACACTCACATATACACACACATACATGCACA  100

seq1  AAATGTAGACATATACACACATATGCACACATACATTCATACACACGCAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAGACATATACACACATATGCACACATACATTCATACACACGCAC  150

seq1  ATAC-AAACATGTGCACACAAACTCATACACACAAATGCATGTACAAATA  197
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAACATGTGCACACAAACTCATACACACAAATGCATGTACAAATA  200

seq1  CCCCTACACACACACACACAATTCCAGGTGGCTCCAAGTCTTGTGTGTAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACACACACACACACAATTCCAGGTGGCTCCAAGTCTTGTGTGTAA  250

seq1  AGAAAAACCTTGAAATTCTTACAAGAAAATATAGACTATATGTATCATCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACCTTGAAATTCTTACAAGAAAATATAGACTATATGTATCATCT  300

seq1  CAGGTAGAGACAGGGGTCTTAAAATACAGAAAGAACAACTACATTTGCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGAGACAGGGGTCTTAAAATACAGAAAGAACAACTACATTTGCTC  350

seq1  ACTTTGAAATAATTGCTGTCTGTCCAAAAAAAAAAAAAAAAGCATCACAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAAATAATTGCTGTCTGTCCAAAAAAAAAAAAAAAAGCATCACAA  400

seq1  GGGATTAAATGAAAAAGAAAAAATGTATAAGACATTTGCAATGGATAATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTAAATGAAAAAGAAAAAATGTATAAGACATTTGCAATGGATAATC  450

seq1  AATAACTAATTAAGATTCAGGATAGGTTAAAACACCTTAAAACTAAAACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTAATTAAGATTCAGGATAGGTTAAAACACCTTAAAACTAAAACA  500

seq1  GGTAATCCATTAGAAACAGGTAAAGAAACCTAAATATATCTTCCATAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATCCATTAGAAACAGGTAAAGAAACCTAAATATATCTTCCATAAGA  550

seq1  GGAAACAAATGTGACCAAGGGACATGTGACAAAATAGTCAGTCTCATTAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAAATGTGACCAAGGGACATGTGACAAAATAGTCAGTCTCATTAC  600

seq1  TCATAGAAATACAAATCGAAGCCACAAGGAAATGCAATGTCATCCCTGGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGAAATACAAATCGAAGCCACAAGGAAATGCAATGTCATCCCTGGT  650

seq1  AAGCCAGTGAAAATTGAGAGTCTGGGCTGGGAATGTGGCTCAATGGAGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGTGAAAATTGAGAGTCTGGGCTGGGAATGTGGCTCAATGGAGAA  700

seq1  GCCCTTGCCTCCATGGAGACTCCCTTAGCTGAGCAGAGAACTGACCCGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGCCTCCATGGAGACTCCCTTAGCTGAGCAGAGAACTGACCCGTC  750

seq1  AAATATAAAAATGCATTCAACCGACCACACAAATCAATATGGAATCGGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAAAATGCATTCAACCGACCACACAAATCAATATGGAATCGGCA  800

seq1  TAGGGATTAACTAACAGACAGCTAAAGTTGAGCGGAGGTCAACCCCCAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATTAACTAACAGACAGCTAAAGTTGAGCGGAGGTCAACCCCCAGA  850

seq1  ACCACACAGTAGTAGACAAAAAGAATTC  875
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACAGTAGTAGACAAAAAGAATTC  878

seq1: chr17_26545235_26545918
seq2: B6Ng01-336O14.g_71_755

seq1  GAATTCTTTG-TTTGGTTTTACTGCTGTTTTGGAATGCCCTGTGTAGCAG  49
      |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTTTGTTTTACTGCTGTTTTGGAATGCCCTGTGTAGCAG  50

seq1  ACTCCTGCTTCTATCACCTGAACATGGGATTTCAGGTGTGTGCCATGCCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGCTTCTATCACCTGAACATGGGATTTCAGGTGTGTGCCATGCCT  100

seq1  GACGTGAAGATATTTTTTGTGTGCCCACCTGCATGGTTTTTGTTTTTGTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGAAGATATTTTTTGTGTGCCCACCTGCATGGTTTTTGTTTTTGTG  150

seq1  AGTGAGAGGGATAGGATCTCATGTAGCTCAGGCTGGCCTCAAACTCTGTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGGGATAGGATCTCATGTAGCTCAGGCTGGCCTCAAACTCTGTG  200

seq1  TCGAGCCGAAGGTGACCTTGAATTTCTGATCTTCTTGCCTCCCCACCCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCCGAAGGTGACCTTGAATTTCTGATCTTCTTGCCTCCCCACCCCA  250

seq1  AGTGCTGGCGCTGGGATTATGGGTGTGTATAGTCATGCCCAGTTCATGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGGCGCTGGGATTATGGGTGTGTATAGTCATGCCCAGTTCATGAG  300

seq1  GTGCTGGGGTTTGAACTTGAAGTGTTGTGCATGCCAGACGAGCACTTTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGGTTTGAACTTGAAGTGTTGTGCATGCCAGACGAGCACTTTAT  350

seq1  GGACTGACCTGCACTCTATCTCCGAAGATATTCTTCCATGTCGCTCTTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGACCTGCACTCTATCTCCGAAGATATTCTTCCATGTCGCTCTTTC  400

seq1  CTTTAGCCTAGATCCTTCTGCCGCCGCTGTGATGGTGTGGGCAGGGTTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCCTAGATCCTTCTGCCGCCGCTGTGATGGTGTGGGCAGGGTTCT  450

seq1  GCTCCTCTATGGACAGCCAGCTGGACCAACACTAGTCATTAAAGACTGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCTATGGACAGCCAGCTGGACCAACACTAGTCATTAAAGACTGTC  500

seq1  CTTATCCTATGCTTAGCACAAACCGCACGTCTGTTTGTGTCTGTCTTCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCTATGCTTAGCACAAACCGCACGTCTGTTTGTGTCTGTCTTCTG  550

seq1  TCTTCTACCCAACAGGTCTGGTCATTTATCCAAACACGAAGCCACAGTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTACCCAACAGGTCTGGTCATTTATCCAAACACGAAGCCACAGTGT  600

seq1  TTTAGTTAGTCTTATGATTGGCATTAATATACAGGAAAGTTAGAGAGGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTAGTCTTATGATTGGCATTAATATACAGGAAAGTTAGAGAGGGC  650

seq1  TTTGGGCATGGGGGAGGTGGTGAAGGGAGAGAAGG  684
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGCATGGGGGAGGTGGTGAAGGGAGAGAAGG  685