BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340F14
Chromosome17 (Build37)
Map Location 39,754,849 - 39,881,771
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668200
Upstream geneLOC100043297, LOC100043300
Downstream geneLOC672857, LOC627695, LOC634967, Pgk2, Crisp3, Crisp1, LOC668229, LOC100043756, EG433107, EG619517
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340F14.bB6Ng01-340F14.g
ACCGA124082GA124083
length1,141743
definitionB6Ng01-340F14.b B6Ng01-340F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,880,692 - 39,881,771)(39,754,849 - 39,755,591)
sequence
gaattcttgtttagctcatggagtctaatttcttgagttctttatattta
ttggatattaactctctgtaggatgtaggactggtaaagatcttttccca
atctgttggttgcctttttgtcatattgacagtgtcctttgccttacaga
agtttgaaattttatgatctaccatttgtcatttcttgatcttagagcat
aggctataggtgttctgttcagaatttctccctatatccaagtgtctctt
cccattttttttcttctataagtttcactgtatctagttttatatggagg
gccttggtccacttgaacttgagctttgtacaaagagataagaatgaatc
agtttgcattcttccgaaatgctaacagccaattgagacagcatcatttt
tttgaaaatgctgccttttaaacactggattattttagctcctttgtcaa
agataaagtgaccatagttaagatacctgtctgtttgatgcttgcctaac
ctacaaaattaagttccaggattgctaaggttataggcagaaatcatgtc
ttgaaaaccgaaaccccaattcaaaaagaagcatcgagcaaacaaatgaa
caaacaaataaaaaacagccaacatcagaactcaaaggacttaacaattc
attggtattttatcagttttcttacatgatcttgtttaccttccaaaatc
acttccagtatcctgttttactctttggctgcatgcaaatgttcctcaga
tttctttcttcatctgaggttctctgtttcctgctctatagtcgtaattc
catactattttaaggaaaattacacaattgttggataacatgttatttac
ttataattagactcatgctacctctctttctcagatccttaggatttcat
gtgtcagtgtaaaggacttgggcttaagaaaggattatcaggataagtaa
gatataaactataaatatgtctatagtttgtctttctgaagttaatgcta
aatagtgttgttgcagacacattgcacacagattcagattatttgatttg
gatcaaacatgaggcctcttttcagcagattagctaccactgtactaaaa
atattacaaagacttctaagaagaaattaaacactccaata

gaattcattagccaaccaagagccaaagaactccaaatagtctgtagctt
ccactttgtaagttaatatcaatagctcttaaagcttgattgtattgcta
aatattctcccaagactgtttctatatgtacaaattccacatctcttcag
tatggctgcaaggttatatgcattcccatgaagctgatataaccttaaag
ccaaagagagatgttgtccttgtaacttggctctatggtggaatatctat
gccaaaaaacaaaactaaatattttcaacatataaaatatcatattctag
gatatcaatttctttgagctttttgacttccttaatccatttgaggccat
cttataatctatcagcaaagcatgcatttacataggaaagaaaaataatt
gctgtgtgatttgtaatgttttatttagaagctaggttagtaaataattt
gggggggactcatgactattttcacttagtaccacgaccatggatattag
attctgtaggctgtttccttgtgttgtccttgactttctggctcttataa
tcccttctccctctattttgcaaattcctcaagaaaccagggatacatcc
ctgtagaagatgctggaatgaaaatttcaacacaaggaagataagtacac
tcaagaacacacaaggtatcagtcagctcacaatgaacccaaaagaaaat
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_39880692_39881771
seq2: B6Ng01-340F14.b_107_1187 (reverse)

seq1  TATT-GAGTGTTTAATATC-TCTTAGAAGTCTTTGTAATATTTTTAGTAC  48
      |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAGTGTTTAATTTCTTCTTAGAAGTCTTTGTAATATTTTTAGTAC  50

seq1  AGTGGTAGCTAATCTGCTGAAAAGAGGCCCTCATGTTTGATCCAAATCAA  98
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAGCTAATCTGCTGAAAAGAGG-CCTCATGTTTGATCCAAATCAA  99

seq1  AATATCTGAATCCTGTGTGCAATGTGTCTGCAACAACACTATTTAGCATT  148
      |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTGAAT-CTGTGTGCAATGTGTCTGCAACAACACTATTTAGCATT  148

seq1  AACTTCAGAAAGACAAACTATAGACATATTTATAGTTTATATCTTACTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAGAAAGACAAACTATAGACATATTTATAGTTTATATCTTACTTA  198

seq1  TCCTGATAATCCTTTCTTAAGCCCAAGTCC-TTACACTGACACATGAAAT  247
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATAATCCTTTCTTAAGCCCAAGTCCTTTACACTGACACATGAAAT  248

seq1  CCTAAGGATCTGAGAAAGAGAGGTAGCATGAGTCTAATTATAAGTAAATA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGATCTGAGAAAGAGAGGTAGCATGAGTCTAATTATAAGTAAATA  298

seq1  ACATGTTATCCAACAATTGTGTAATTTTCCTTAAAATAGTATGGAATTAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTATCCAACAATTGTGTAATTTTCCTTAAAATAGTATGGAATTAC  348

seq1  GACTATAGAGCAGGAAACAGAGAACCTCAGATGAAGAAAGAAATCTGAGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATAGAGCAGGAAACAGAGAACCTCAGATGAAGAAAGAAATCTGAGG  398

seq1  AACATTTGCATGCAGCCAAAGAGTAAAACAGGATACTGGAAGTGATTTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTGCATGCAGCCAAAGAGTAAAACAGGATACTGGAAGTGATTTTG  448

seq1  GAAGGTAAACAAGATCATGTAAGAAAACTGATAAAATACCAATGAATTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTAAACAAGATCATGTAAGAAAACTGATAAAATACCAATGAATTGT  498

seq1  TAAGTCCTTTGAGTTCTGATGTTGGCTGTTTTTTATTTGTTTGTTCATTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTTTGAGTTCTGATGTTGGCTGTTTTTTATTTGTTTGTTCATTT  548

seq1  GTTTGCTCGATGCTTCTTTTTGAATTGGGGTTTCGGTTTTCAAGACATGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTCGATGCTTCTTTTTGAATTGGGGTTTCGGTTTTCAAGACATGA  598

seq1  TTTCTGCCTATAACCTTAGCAATCCTGGAACTTAATTTTGTAGGTTAGGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCTATAACCTTAGCAATCCTGGAACTTAATTTTGTAGGTTAGGC  648

seq1  AAGCATCAAACAGACAGGTATCTTAACTATGGTCACTTTATCTTTGACAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCAAACAGACAGGTATCTTAACTATGGTCACTTTATCTTTGACAA  698

seq1  AGGAGCTAAAATAATCCAGTGTTTAAAAGGCAGCATTTTCAAAAAAATGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTAAAATAATCCAGTGTTTAAAAGGCAGCATTTTCAAAAAAATGA  748

seq1  TGCTGTCTCAATTGGCTGTTAGCATTTCGGAAGAATGCAAACTGATTCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTCAATTGGCTGTTAGCATTTCGGAAGAATGCAAACTGATTCAT  798

seq1  TCTTATCTCTTTGTACAAAGCTCAAGTTCAAGTGGACCAAGGCCCTCCAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCTCTTTGTACAAAGCTCAAGTTCAAGTGGACCAAGGCCCTCCAT  848

seq1  ATAAAACTAGATACAGTGAAACTTATAGAAGAAAAAAAATGGGAAGAGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTAGATACAGTGAAACTTATAGAAGAAAAAAAATGGGAAGAGAC  898

seq1  ACTTGGATATAGGGAGAAATTCTGAACAGAACACCTATAGCCTATGCTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGATATAGGGAGAAATTCTGAACAGAACACCTATAGCCTATGCTCT  948

seq1  AAGATCAAGAAATGACAAATGGTAGATCATAAAATTTCAAACTTCTGTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAAGAAATGACAAATGGTAGATCATAAAATTTCAAACTTCTGTAA  998

seq1  GGCAAAGGACACTGTCAATATGACAAAAAGGCAACCAACAGATTGGGAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGGACACTGTCAATATGACAAAAAGGCAACCAACAGATTGGGAAA  1048

seq1  AGATCTTTACCAGTCCTACATCCTACAGAGAGT  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTTACCAGTCCTACATCCTACAGAGAGT  1081


seq1: chr17_39754849_39755591
seq2: B6Ng01-340F14.g_67_809

seq1  GAATTCATTAGCCAACCAAGAGCCAAAGAACTCCAAATAGTCTGTAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAGCCAACCAAGAGCCAAAGAACTCCAAATAGTCTGTAGCTT  50

seq1  CCACTTTGTAAGTTAATATCAATAGCTCTTAAAGCTTGATTGTATTGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTGTAAGTTAATATCAATAGCTCTTAAAGCTTGATTGTATTGCTA  100

seq1  AATATTCTCCCAAGACTGTTTCTATATGTACAAATTCCACATCTCTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTCCCAAGACTGTTTCTATATGTACAAATTCCACATCTCTTCAG  150

seq1  TATGGCTGCAAGGTTATATGCATTCCCATGAAGCTGATATAACCTTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTGCAAGGTTATATGCATTCCCATGAAGCTGATATAACCTTAAAG  200

seq1  CCAAAGAGAGATGTTGTCCTTGTAACTTGGCTCTATGGTGGAATATCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAGAGATGTTGTCCTTGTAACTTGGCTCTATGGTGGAATATCTAT  250

seq1  GCCAAAAAACAAAACTAAATATTTTCAACATATAAAATATCATATTCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAAACAAAACTAAATATTTTCAACATATAAAATATCATATTCTAG  300

seq1  GATATCAATTTCTTTGAGCTTTTTGACTTCCTTAATCCATTTGAGGCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCAATTTCTTTGAGCTTTTTGACTTCCTTAATCCATTTGAGGCCAT  350

seq1  CTTATAATCTATCAGCAAAGCATGCATTTACATAGGAAAGAAAAATAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAATCTATCAGCAAAGCATGCATTTACATAGGAAAGAAAAATAATT  400

seq1  GCTGTGTGATTTGTAATGTTTTATTTAGAAGCTAGGTTAGTAAATAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGATTTGTAATGTTTTATTTAGAAGCTAGGTTAGTAAATAATTT  450

seq1  GGGGGGGACTCATGACTATTTTCACTTAGTACCACGACCATGGATATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGACTCATGACTATTTTCACTTAGTACCACGACCATGGATATTAG  500

seq1  ATTCTGTAGGCTGTTTCCTTGTGTTGTCCTTGACTTTCTGGCTCTTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTAGGCTGTTTCCTTGTGTTGTCCTTGACTTTCTGGCTCTTATAA  550

seq1  TCCCTTCTCCCTCTATTTTGCAAATTCCTCAAGAAACCAGGGATACATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTCCCTCTATTTTGCAAATTCCTCAAGAAACCAGGGATACATCC  600

seq1  CTGTAGAAGATGCTGGAATGAAAATTTCAACACAAGGAAGATAAGTACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAAGATGCTGGAATGAAAATTTCAACACAAGGAAGATAAGTACAC  650

seq1  TCAAGAACACACAAGGTATCAGTCAGCTCACAATGAACCCAAAAGAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAACACACAAGGTATCAGTCAGCTCACAATGAACCCAAAAGAAAAT  700

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  743
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  743


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |