BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343E12
Chromosome17 (Build37)
Map Location 90,544,618 - 90,695,121
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream geneFshr, LOC100043904, LOC100043906
Downstream geneEG668871, LOC668872, LOC627235
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343E12.bB6Ng01-343E12.g
ACCGA126100GA126101
length9921,178
definitionB6Ng01-343E12.b B6Ng01-343E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,694,133 - 90,695,121)(90,544,618 - 90,545,797)
sequence
gaattcacaagtgttacttgcagtaaacggtgaaatagttatataaggat
aagggtcatttggggtaattaatatattctgctgacttatagaagctctg
gggaatatacacaccaccaatctgagtgatactctgatctcagaatgtgg
acagtttgtaagatggcatggacaggcaggcaggcaggtggggcaaatat
catggaataatagtatcagtgtctgtgggctatagttccttgacctattc
cagaagcactgtctgatgtattcttcatgaaatctgtaagagctacagct
tgtatttctcatcttgtagaaaaggaaagtgagtttccaaaattttaagt
taattacaaagtcttctgggatagtatcagaaatgaggtttacaactaga
tatgtcctatttcagaacaataggagacaggctaactcctcatatttcca
cagcagtttgcatccttctatctaactttgagctccttagctgaacacta
ttatgatttccccactgtctatatgacagttctccacaggcagacaacca
gcagtaccttcctacctggagaatgtggggatgatagaggaagttgtttc
ataggtcctttcatcaactactattcattctcctgattttggaaacctac
aagggagaattaggcatccacttctgcttgtagttgtgggtgttttgaaa
acagagagatgatttaatcttagtcttggggaatcattggttattaatca
caggtgactactggacacgttatactcaaccttatgatttcagagatctg
attgatgtactgttaagtcatttttctttctctgaatttgcagttaaaat
gactattttttatggacctatagattaatggagttgttcattttataatt
aaagtaacatccccagaatactagggataggaaagaaaaaccacttggca
ctattctagcaagaaggacaattgttacaacaatatatgatt

gaattcttcactccatacaaaaaatattcacaatatccagtttaagtttg
gacagatagatatattttctatctctccatcctaaggcttcacgaaaata
ggttcatatacatttaaataaaatgttaagaaacccaggttgttctcata
cccaagtggaaagctgggaatggttgagaatgaattggtgaatgaaatag
tcaatgtcaccagtcaacagtcaatgaatgtgcttgagagtggagggcac
agagacatgcacatatacacatatgtgtatgcggttggttgaatgtgtct
agtccagcgagtggcactattaggaggtgtggccttgttggaataggtgt
ggccttgttgggagaagtgtgtcacaatgggagctttgagagagcttctt
cctggctgcccgaggatactactcttcttttagcggccttatatcaagat
atagaactctcagctcacccagtcctatgcctgcctggatgttgccatgc
ccctgccttgatgataatgaactgaacttctgaacctgtaagccagtccc
cattaaatgttctttataaaagttgcctttttaatggtgtctgttcacag
cagtaaaacactaactactatagtttgcctgtacagtaacacaactgcac
acacacatgccctcatacagatacatataattgagccttctagtccatct
ttaacctaacaaaagaccctaagtcaaaggcatgttactaagtttgatct
agatttttatgccatggaaatatcaatgttatcaatgtttgctattttaa
gccattcaaattggggattatttattatacagggacaaaactaataccac
catgtaaaatatagaagagtggcttctccaagcaaaatccaaaatcaaac
aaaaattgaaatgaacacatcaattcttttaaagtaaatgaaattttccc
tccaaaaaggcatgttctcacttaaaagtattctatcaactacactcaaa
gcaaatctctcactatccttgctgcactatggttgactttcttttttata
ctatagataacatattcccactgatgtttatgaacaaaataaaattgaga
acataggatttgtacaatggtgaacagaataacaggttgcgactaagaag
cttaacaaagagagtgtgagacaaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_90694133_90695121
seq2: B6Ng01-343E12.b_46_1037 (reverse)

seq1  AATC-TATATTGTTTGTAC-ATTGTCCTTCTTTGCTAGAATAGTGCCAGT  48
      |||| |||||||||   || |||||||||| |||||||||||||||||  
seq2  AATCATATATTGTTGTAACAATTGTCCTTC-TTGCTAGAATAGTGCCAAG  49

seq1  TGGTTTTTCTTTCCTTTCCCTAGTATTCTTGGGATGTTACTTTAATTATA  98
      ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTTCTTTCCTATCCCTAGTATTCTGGGGATGTTACTTTAATTATA  99

seq1  AAATGAACAACTCCATTAATCTTTAGGTCCAT-AAAAATAGTCATTTT-A  146
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  AAATGAACAACTCCATTAATCTATAGGTCCATAAAAAATAGTCATTTTAA  149

seq1  CTGCAAATTCAGAGAAAGAAAAATGACTTAACAGTACATCAATCAGATCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATTCAGAGAAAGAAAAATGACTTAACAGTACATCAATCAGATCT  199

seq1  CTGAAATCATAAGGTTGAGTATAACGTGTCCAGTAGTCACCTGTGATTAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATCATAAGGTTGAGTATAACGTGTCCAGTAGTCACCTGTGATTAA  249

seq1  TAACCAATGATTCCCCAAGACTAAGATTAAATCATCTCTCTGTTTTCAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAATGATTCCCCAAGACTAAGATTAAATCATCTCTCTGTTTTCAAA  299

seq1  ACACCCACAACTACAAGCAGAAGTGGATGCCTAATTCTCCCTTGTAGGTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCACAACTACAAGCAGAAGTGGATGCCTAATTCTCCCTTGTAGGTT  349

seq1  TCCAAAATCAGGAGAATGAATAGTAGTTGATGAAAGGACCTATGAAACAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAATCAGGAGAATGAATAGTAGTTGATGAAAGGACCTATGAAACAA  399

seq1  CTTCCTCTATCATCCCCACATTCTCCAGGTAGGAAGGTACTGCTGGTTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTATCATCCCCACATTCTCCAGGTAGGAAGGTACTGCTGGTTGT  449

seq1  CTGCCTGTGGAGAACTGTCATATAGACAGTGGGGAAATCATAATAGTGTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTGGAGAACTGTCATATAGACAGTGGGGAAATCATAATAGTGTT  499

seq1  CAGCTAAGGAGCTCAAAGTTAGATAGAAGGATGCAAACTGCTGTGGAAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAAGGAGCTCAAAGTTAGATAGAAGGATGCAAACTGCTGTGGAAAT  549

seq1  ATGAGGAGTTAGCCTGTCTCCTATTGTTCTGAAATAGGACATATCTAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAGTTAGCCTGTCTCCTATTGTTCTGAAATAGGACATATCTAGTT  599

seq1  GTAAACCTCATTTCTGATACTATCCCAGAAGACTTTGTAATTAACTTAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCTCATTTCTGATACTATCCCAGAAGACTTTGTAATTAACTTAAA  649

seq1  ATTTTGGAAACTCACTTTCCTTTTCTACAAGATGAGAAATACAAGCTGTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGAAACTCACTTTCCTTTTCTACAAGATGAGAAATACAAGCTGTA  699

seq1  GCTCTTACAGATTTCATGAAGAATACATCAGACAGTGCTTCTGGAATAGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTACAGATTTCATGAAGAATACATCAGACAGTGCTTCTGGAATAGG  749

seq1  TCAAGGAACTATAGCCCACAGACACTGATACTATTATTCCATGATATTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAACTATAGCCCACAGACACTGATACTATTATTCCATGATATTTG  799

seq1  CCCCACCTGCCTGCCTGCCTGTCCATGCCATCTTACAAACTGTCCACATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTGCCTGCCTGCCTGTCCATGCCATCTTACAAACTGTCCACATT  849

seq1  CTGAGATCAGAGTATCACTCAGATTGGTGGTGTGTATATTCCCCAGAGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATCAGAGTATCACTCAGATTGGTGGTGTGTATATTCCCCAGAGCT  899

seq1  TCTATAAGTCAGCAGAATATATTAATTACCCCAAATGACCCTTATCCTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGTCAGCAGAATATATTAATTACCCCAAATGACCCTTATCCTTA  949

seq1  TATAACTATTTCACCGTTTACTGCAAGTAACACTTGTGAATTC  989
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTATTTCACCGTTTACTGCAAGTAACACTTGTGAATTC  992


seq1: chr17_90544618_90545797
seq2: B6Ng01-343E12.g_66_1243

seq1  GAATTCTTCACTCCATACAAAAAATATTCACAATATCCAGTTTAAGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACTCCATACAAAAAATATTCACAATATCCAGTTTAAGTTTG  50

seq1  GACAGATAGATATATTTTCTATCTCTCCATCCTAAGGCTTCACGAAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATAGATATATTTTCTATCTCTCCATCCTAAGGCTTCACGAAAATA  100

seq1  GGTTCATATACATTTAAATAAAATGTTAAGAAACCCAGGTTGTTCTCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATATACATTTAAATAAAATGTTAAGAAACCCAGGTTGTTCTCATA  150

seq1  CCCAAGTGGAAAGCTGGGAATGGTTGAGAATGAATTGGTGAATGAAATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTGGAAAGCTGGGAATGGTTGAGAATGAATTGGTGAATGAAATAG  200

seq1  TCAATGTCACCAGTCAACAGTCAATGAATGTGCTTGAGAGTGGAGGGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTCACCAGTCAACAGTCAATGAATGTGCTTGAGAGTGGAGGGCAC  250

seq1  AGAGACATGCACATATACACATATGTGTATGCGGTTGGTTGAATGTGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATGCACATATACACATATGTGTATGCGGTTGGTTGAATGTGTCT  300

seq1  AGTCCAGCGAGTGGCACTATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGCGAGTGGCACTATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGT  350

seq1  GGCCTTGTTGGGAGAAGTGTGTCACAATGGGAGCTTTGAGAGAGCTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTTGGGAGAAGTGTGTCACAATGGGAGCTTTGAGAGAGCTTCTT  400

seq1  CCTGGCTGCCCGAGGATACTACTCTTCTTTTAGCGGCCTTATATCAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGCCCGAGGATACTACTCTTCTTTTAGCGGCCTTATATCAAGAT  450

seq1  ATAGAACTCTCAGCTCACCCAGTCCTATGCCTGCCTGGATGTTGCCATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACTCTCAGCTCACCCAGTCCTATGCCTGCCTGGATGTTGCCATGC  500

seq1  CCCTGCCTTGATGATAATGAACTGAACTTCTGAACCTGTAAGCCAGTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCTTGATGATAATGAACTGAACTTCTGAACCTGTAAGCCAGTCCC  550

seq1  CATTAAATGTTCTTTATAAAAGTTGCCTTTTTAATGGTGTCTGTTCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATGTTCTTTATAAAAGTTGCCTTTTTAATGGTGTCTGTTCACAG  600

seq1  CAGTAAAACACTAACTACTATAGTTTGCCTGTACAGTAACACAACTGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAACACTAACTACTATAGTTTGCCTGTACAGTAACACAACTGCAC  650

seq1  ACACACATGCCCTCATACAGATACATATAATTGAGCCTTCTAGTCCATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGCCCTCATACAGATACATATAATTGAGCCTTCTAGTCCATCT  700

seq1  TTAACCTAACAAAAGACCCTAAGTCAAAGGCATGTTACTAAGTTTGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTAACAAAAGACCCTAAGTCAAAGGCATGTTACTAAGTTTGATCT  750

seq1  AGATTTTTATGCCATGGAAATATCAATGTTATCAATGTTTGCTATTTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTATGCCATGGAAATATCAATGTTATCAATGTTTGCTATTTTAA  800

seq1  GCCATTCAAATTGGGGATTATTTATTATACAGGGACAAAACTAATACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCAAATTGGGGATTATTTATTATACAGGGACAAAACTAATACCAC  850

seq1  CATGTAAAATATAGAAGAGTGGCTTCTCCAAGCAAAATCCAAAATCAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAATATAGAAGAGTGGCTTCTCCAAGCAAAATCCAAAATCAAAC  900

seq1  AAAAATTGAAATGAACACATCAATTCTTTTAAAGTAAATGAAATTTTCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGAAATGAACACATCAATTCTTTTAAAGTAAATGAAATTTTCCC  950

seq1  TCCAAAAAGGCATGTTCTCACTTAAAAGTATTCTTATCAACTACACTCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAAGGCATGTTCTCACTTAAAAGTATTC-TATCAACTACACTCAA  999

seq1  AGCAAAATCTCTCACTATCCCTGCTGCCACTATGGTTGACTTTC-TTTTT  1049
      ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  AGC-AAATCTCTCACTATCCTTGCTG-CACTATGGTTGACTTTCTTTTTT  1047

seq1  ATACTATAGATTAACATATTCACACTGATGTTTATGAACAAAAATAAAAA  1099
      |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||
seq2  ATACTATAGA-TAACATATTCCCACTGATGTTTATGAACAAAA--TAAAA  1094

seq1  TAGAGAACATAGGATTTTGTACAAT-GTG-ACAGAAT-ACAAGGTGCGAC  1146
      | |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| | ||||||
seq2  TTGAGAACATAGGA-TTTGTACAATGGTGAACAGAATAACAGGTTGCGAC  1143

seq1  TAAGAAGCTAACAAAAGAGAGTGT-AGACAAATGG  1180
      ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAGAAGCTTAACAAAGAGAGTGTGAGACAAATGG  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |