BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346J17
Chromosome17 (Build37)
Map Location 77,929,840 - 78,015,055
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG624348, LOC545234
Downstream geneLOC100043887, LOC668795, LOC383275, Crim1, Fez2, LOC100043888, Hdac1-ps, Vit
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346J17.bB6Ng01-346J17.g
ACCGA128457GA128458
length1,2191,044
definitionB6Ng01-346J17.b B6Ng01-346J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,013,823 - 78,015,055)(77,929,840 - 77,930,866)
sequence
gaattcataacttgagtaatagaaaaggacctttgatcatgtattaatga
tggtcatagtttgtccaattggcatctcaaaattcctgttccaagcaccg
caaagaactgttgcctggttccgatgtctgtagcacttctatgtttcctt
tataggctcttctcattcttgtaacttgagtcaccttccccttaagtctg
tgaaattccctgcattatagaaaaggctagaaaggggaaaaccttttata
gaattaaattgaacaaccttggtctcatgttgatcgtgagacagggtgga
aatgataaaactatattttattgttaacaagattctctttgcattctagt
tgtcttaagtgtctttcttggttctcttccctagatgttgatatagttta
ccgtattcagtgtagttcatgtgggaggcagggtacaagaacatggttgt
gtgtcatctgcccatcacttactttggatctgtattattcataaataaga
ctttcttcttcatcaaggctgtgcataagatcccagagatggctgaccga
aggagttatcatccttgtatgcctgcaagaggataaacacttcaagccag
atttcaactgttagactctgattgttgttaatttgtgactcaaattgctg
atgattgaaccaagttctgtttttctcaccttaatttacctgggctggtt
ctctacattcaagccagccctgcataagataaaaagtttgcatactttgc
tgttttttcccacttagatagaaacaaagctaaggaatgttcgttggtga
ttaacactaagcagtatctaaatgtggcctctggcaaagctaagtaagtc
aaaaatattatgagtgcccttcacctccttggggaggtggcctttcttaa
tccctttaccctacacagcatcttcgatctctaactgcccctggtcattc
catcttcaatctctaactgcccctggtcattccatcttcaatctctaact
gcccctggtcatcatctggagtttattggaaactatccacatggagatga
taataataacatgttaactcttcagaaatatttaaataataaaaagagtg
cttgaagaagagtttggaaatttaaagctttcttcttctatatcagtctc
ttgttagaaaaataaattttccatggcaatttaatccaagacaaatttct
taagctgggttttagaaaa

gaattcatttctaatgatgccaagcagctttgttttctgttaagtttctt
gtgcttgctttttgcaatctggtgatctttgttattagttggtctagctg
tatctggctggagcttgtccctgctgtgggcttgtttcagcactcctggg
agaccagctctctcctggtgggacctgtgcacagagggctgtggaatagc
cttagctccagggtacagatggtgaccagaaggatcctgttccagctgtt
ccactgttcctgtgccatgtgtgaccctggatggtccctctttggacagt
tattggagagaaagtgactatctaacctctgagccccggagtgattgcac
tcctgggagaccaggtcactcctggtgggatccatgtacagaggaaataa
atcataaaaatatgcaaagtaatgaatgttaagcatatagggtaatcaat
actcttgggatgatacaaatggaggagatgaagaaaggtatagaaagaat
ctctgagattcaagaaatcttcatcttcctaatctggattgtgataatag
aggttcacattttagataataaatatccctgataggctcatattcaaaag
acttcatcaccagcctgtggcaatattacaaggtgagactgtgtcttcta
gtgaaagaaaatatgatctctggttacatagcattcttgaaagtagtgtt
ggtttcatcgattcaggaacttaactacccaaaacaatagaattattgga
ttctggattggaagctctgaaattgcgacccaagccaccacacaaaaatc
caaaacaaaatcttttctctgtttaaaataaattaatatcttaaatattt
tgagggacaaataacacaacaaatattggctgtttaatcaattgtcaagg
ttgtcatacatgtgtaataatgccttctgttagatttcaccacttttaaa
ggcaattgggaagttttgattattttgtacaattctagcaagttagagaa
cagtttaagactttcattaatcacgttaaacaacatattctcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_78013823_78015055
seq2: B6Ng01-346J17.b_43_1261 (reverse)

seq1  TTTTCTAAAACCCAGCTAAGAAAATTTGTCCTTTGAATAAAAATGCAATG  50
      ||||||||||||||||| |  |||||||||  ||| || ||| ||| |||
seq2  TTTTCTAAAACCCAGCTTAAGAAATTTGTC--TTGGATTAAATTGCCATG  48

seq1  GAAAATATTTATTTTTCT-ACAAGAGACCTGATAATAGGAAGAAGAAAGC  99
      ||||  |||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||
seq2  GAAA--ATTTATTTTTCTAACAAGAGA-CTGAT-ATA-GAAGAAGAAAGC  93

seq1  TTTTAAATTTCCCAAAACTTCCTTTCTCAAGCACTC-TTTTATTATGTAA  148
       |||||||||||  |||||  |||  |||||||||| ||||||||| |||
seq2  -TTTAAATTTCC--AAACT--CTTCTTCAAGCACTCTTTTTATTATTTAA  138

seq1  ATA-TTCTGAAGGAGTTAACATGTTATTATTATCATCTCCATGTGGAATA  197
      ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATATTTCTGAA-GAGTTAACATGTTATTATTATCATCTCCATGTGG-ATA  186

seq1  GTTTCCAATAAACCTCCAGATGGAATGACCAGGGGCAGTTAGAGATTGAA  247
      |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAATAAA-CTCCAGATG--ATGACCAGGGGCAGTTAGAGATTGAA  233

seq1  GATGGAATGACCAGGGGCAGTTAGAGATTGAAGATGGAATGACCAGGGGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAATGACCAGGGGCAGTTAGAGATTGAAGATGGAATGACCAGGGGC  283

seq1  AGTTAGAGATCGAAGATGCTGTGTAGGGTAAAGGGATTAAGAAAGGCCAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGATCGAAGATGCTGTGTAGGGTAAAGGGATTAAGAAAGGCCAC  333

seq1  CTCCCCAAGGAGGTGAAGGGCACTCATAATATTTTTGACTTACTTAGCTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAAGGAGGTGAAGGGCACTCATAATATTTTTGACTTACTTAGCTT  383

seq1  TGCCAGAGGCCACATTTAGATACTGCTTAGTGTTAATCACCAACGAACAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAGGCCACATTTAGATACTGCTTAGTGTTAATCACCAACGAACAT  433

seq1  TCCTTAGCTTTGTTTCTATCTAAGTGGGAAAAAACAGCAAAGTATGCAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGCTTTGTTTCTATCTAAGTGGGAAAAAACAGCAAAGTATGCAAA  483

seq1  CTTTTTATCTTATGCAGGGCTGGCTTGAATGTAGAGAACCAGCCCAGGTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATCTTATGCAGGGCTGGCTTGAATGTAGAGAACCAGCCCAGGTA  533

seq1  AATTAAGGTGAGAAAAACAGAACTTGGTTCAATCATCAGCAATTTGAGTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGGTGAGAAAAACAGAACTTGGTTCAATCATCAGCAATTTGAGTC  583

seq1  ACAAATTAACAACAATCAGAGTCTAACAGTTGAAATCTGGCTTGAAGTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTAACAACAATCAGAGTCTAACAGTTGAAATCTGGCTTGAAGTGT  633

seq1  TTATCCTCTTGCAGGCATACAAGGATGATAACTCCTTCGGTCAGCCATCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTCTTGCAGGCATACAAGGATGATAACTCCTTCGGTCAGCCATCT  683

seq1  CTGGGATCTTATGCACAGCCTTGATGAAGAAGAAAGTCTTATTTATGAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATCTTATGCACAGCCTTGATGAAGAAGAAAGTCTTATTTATGAAT  733

seq1  AATACAGATCCAAAGTAAGTGATGGGCAGATGACACACAACCATGTTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGATCCAAAGTAAGTGATGGGCAGATGACACACAACCATGTTCTT  783

seq1  GTACCCTGCCTCCCACATGAACTACACTGAATACGGTAAACTATATCAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCTGCCTCCCACATGAACTACACTGAATACGGTAAACTATATCAAC  833

seq1  ATCTAGGGAAGAGAACCAAGAAAGACACTTAAGACAACTAGAATGCAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGGAAGAGAACCAAGAAAGACACTTAAGACAACTAGAATGCAAAG  883

seq1  AGAATCTTGTTAACAATAAAATATAGTTTTATCATTTCCACCCTGTCTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTTGTTAACAATAAAATATAGTTTTATCATTTCCACCCTGTCTCA  933

seq1  CGATCAACATGAGACCAAGGTTGTTCAATTTAATTCTATAAAAGGTTTTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCAACATGAGACCAAGGTTGTTCAATTTAATTCTATAAAAGGTTTTC  983

seq1  CCCTTTCTAGCCTTTTCTATAATGCAGGGAATTTCACAGACTTAAGGGGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTAGCCTTTTCTATAATGCAGGGAATTTCACAGACTTAAGGGGA  1033

seq1  AGGTGACTCAAGTTACAAGAATGAGAAGAGCCTATAAAGGAAACATAGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACTCAAGTTACAAGAATGAGAAGAGCCTATAAAGGAAACATAGAA  1083

seq1  GTGCTACAGACATCGGAACCAGGCAACAGTTCTTTGCGGTGCTTGGAACA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTACAGACATCGGAACCAGGCAACAGTTCTTTGCGGTGCTTGGAACA  1133

seq1  GGAATTTTGAGATGCCAATTGGACAAACTATGACCATCATTAATACATGA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTGAGATGCCAATTGGACAAACTATGACCATCATTAATACATGA  1183

seq1  TCAAAGGTCCTTTTCTATTACTCAAGTTATGAATTC  1233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGTCCTTTTCTATTACTCAAGTTATGAATTC  1219


seq1: chr17_77929840_77930866
seq2: B6Ng01-346J17.g_67_1110

seq1  GAATTCATTTCTAATGATGCCAAGCAGCTTTGTTTTCTGTTAAGTTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCTAATGATGCCAAGCAGCTTTGTTTTCTGTTAAGTTTCTT  50

seq1  GTGCTTGCTTTTTGCAATCTGGTGATCTTTGTTATTAGTTGGTCTAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCTTTTTGCAATCTGGTGATCTTTGTTATTAGTTGGTCTAGCTG  100

seq1  TATCTGGCTGGAGCTTGTCCCTGCTGTGGGCTTGTTTCAGCACTCCTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGCTGGAGCTTGTCCCTGCTGTGGGCTTGTTTCAGCACTCCTGGG  150

seq1  AGACCAGCTCTCTCCTGGTGGGACCTGTGCACAGAGGGCTGTGGAATAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGCTCTCTCCTGGTGGGACCTGTGCACAGAGGGCTGTGGAATAGC  200

seq1  CTTAGCTCCAGGGTACAGATGGTGACCAGAAGGATCCTGTTCCAGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTCCAGGGTACAGATGGTGACCAGAAGGATCCTGTTCCAGCTGTT  250

seq1  CCACTGTTCCTGTGCCATGTGTGACCCTGGATGGTCCCTCTTTGGACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTTCCTGTGCCATGTGTGACCCTGGATGGTCCCTCTTTGGACAGT  300

seq1  TATTGGAGAGAAAGTGACTATCTAACCTCTGAGCCCCGGAGTGATTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAGAGAAAGTGACTATCTAACCTCTGAGCCCCGGAGTGATTGCAC  350

seq1  TCCTGGGAGACCAGGTCACTCCTGGTGGGATCCATGTACAGAGGAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAGACCAGGTCACTCCTGGTGGGATCCATGTACAGAGGAAATAA  400

seq1  ATCATAAAAATATGCAAAGTAATGAATGTTAAGCATATAGGGTAATCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAAAATATGCAAAGTAATGAATGTTAAGCATATAGGGTAATCAAT  450

seq1  ACTCTTGGGATGATACAAATGGAGGAGATGAAGAAAGGTATAGAAAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGGGATGATACAAATGGAGGAGATGAAGAAAGGTATAGAAAGAAT  500

seq1  CTCTGAGATTCAAGAAATCTTCATCTTCCTAATCTGGATTGTGATAATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGATTCAAGAAATCTTCATCTTCCTAATCTGGATTGTGATAATAG  550

seq1  AGGTTCACATTTTAGATAATAAATATCCCTGATAGGCTCATATTCAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCACATTTTAGATAATAAATATCCCTGATAGGCTCATATTCAAAAG  600

seq1  ACTTCATCACCAGCCTGTGGCAATATTACAAGGTGAGACTGTGTCTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATCACCAGCCTGTGGCAATATTACAAGGTGAGACTGTGTCTTCTA  650

seq1  GTGAAAGAAAATATGATCTCTGGTTACATAGCATTCTTGAAAGTAGTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGAAAATATGATCTCTGGTTACATAGCATTCTTGAAAGTAGTGTT  700

seq1  GGTTTCATCGATTCAGGAACTTAACTACCCAAAACAATAGAATTATTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCATCGATTCAGGAACTTAACTACCCAAAACAATAGAATTATTGGA  750

seq1  TTCTGGATTGGAAGCTCTGAAATTGCGACCCAAGCCACCACACAAAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATTGGAAGCTCTGAAATTGCGACCCAAGCCACCACACAAAAATC  800

seq1  CAAAACAAAATCTTTTCTCTGTTTAAAATAAATTAATATCTTAAATATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAATCTTTTCTCTGTTTAAAATAAATTAATATCTTAAATATTT  850

seq1  TGAGGGACAAATAACACAACAAATATTGGCTGTTTAATCAATTGTCAA-G  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAGGGACAAATAACACAACAAATATTGGCTGTTTAATCAATTGTCAAGG  900

seq1  TTGTCATACATGTGTAAT-ATGCC-TCTG-TAGATTTTCACACTTT--AA  944
      |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||   ||||||  ||
seq2  TTGTCATACATGTGTAATAATGCCTTCTGTTAGATTTCACCACTTTTAAA  950

seq1  AGCACT--GGAAGTTTTGAT--ATTTGTACA--TCTAGCAAG-TAGAGAA  987
       ||| |  ||||||||||||   ||||||||  ||||||||| |||||||
seq2  GGCAATTGGGAAGTTTTGATTATTTTGTACAATTCTAGCAAGTTAGAGAA  1000

seq1  CAG-TTAAGAC-TTCATT-ATCACG-TAAACAACATATTCTCAA  1027
      ||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAAGACTTTCATTAATCACGTTAAACAACATATTCTCAA  1044


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |