BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002H04
Chromosome18 (Build37)
Map Location 67,857,399 - 67,957,703
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtpn2, Seh1l
Upstream geneMc4r, Gnal, Chmp1b, Mppe1, Impa2, B430212C06Rik, Cidea, Tubb6, Afg3l2, Slmo1, Spire1, Cep76, Tnfsf5ip1
Downstream geneLOC667939, D18Ertd653e, 4933403F05Rik, Rnmt, Mc5r, Mc2r
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002H04.bB6Ng01-002H04.g
ACCDH840468DH840469
length1,184972
definitionDH840468|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002H04, 5' end.DH840469|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,956,511 - 67,957,703)(67,857,399 - 67,858,351)
sequence
gaattcagagtaatctcactttaaatatcatgtgtagtaagaattttgga
ttctttaaaggtccaggtatgtgaatatctttgttttaaccccgggtgtg
ggataagaggctgcttcacagcaggtggctggtttgcctctttcaccagc
aggggtgtgctgtatgctagctgcacatagtttagttctcaggagtctgg
agagggtatgagagaggctgtggaggctgctgctcctggctactgttgtg
ccttggcatttgtttgtaagcaaaccaatgagaagcgggagatgctaaga
ttggactgccccctcacaccaccaccaaacccagtgccccagtcagcagg
aagttgtcaagaggtctagatcccctttccccttgtaacctttccctcct
acctagtgtctgggattggaagcgaggtagaggtagactaacccaataaa
atagctttattaaaaaaaaatatataccaatcaacagtcgtgttccctga
aaacagccctatttctccaccttagccaacctgtgagaatgccacatccc
ttccacattctcccagctaaggcaagtcagtggttttaagtcagtagtgc
aatcgtgactataaagcagagtccctgttattcactatactacacaagtg
ttttctctcactaaaatgcatctgcaggctgactgatcaccttttttatt
tttcatatatcctctagcgtacaccattagtatactggacatgctagcta
agaaatactcactacattaagttggagaatggtcggtctcaaagtctcat
tctaactctgtaatagagccactgaaatctcgaagacataaactgtttaa
ttctgagaattatcacagcatcccaagtgctggaattacagacatgcacc
accatgtctgacttattttggcattaaacacaactcaaatatttaattaa
actaagatcccttctatctagtctttatcctctccaagttaggatgttct
ataaataatgttttaacaatgtcaccagtattaaaaaaatgtacatgcac
atatgaatgctcttaaacatctctttgccaccaacccagacccctattgc
atatgcaagaagattttgctgaaggacctatttatgctgtctcgatgagt
atgcaaatggcttggcaaatacgattggatgctc
gaattcagtttgcctacataatgccttcccagaccaaggcagggtttaga
cgctaagactagaaaaaagctagcagcttaagcagtggtctctgttcctg
gaattcagatatgttctttcagtctttaacccaaaactttgcagtaatca
tacccaatgactaaaagcacagtgcagtgcactggctactacgtgaaagt
cacccaaggtcctgtgcaactacagggctttgcatcacttcctaacaagt
tatcaagtcagcaaaggaaaactgcattctatggggtttagaaaacaagt
tttaaagttttgttggcagacgaaaatagaaaacagtaagtaatctttag
gaaaacataataggtttttagaattaagcacagctggtgactaaatttat
atgttctttttttttttttaaaagatttatttattgattatatgtaagta
cactgtagctgtcttcagacactccagaagagggagtcagatcttgttac
ggatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactcctgacctt
cggaagagcagtcgggtgctcttacccactgagccatctcaccagcccca
atttatatgttcttatcaggaaatcaaactctcagatacacagcaatgtc
attatttagttctatgaaaaagactgtgagaacagagcatggtgcacaca
ctgttaacactgtcagtgtctatgtctaggccagcctggtctaaatagtg
aattccaggcctttgatacataagaccctgtatcaacacacacacacaaa
cttttattcaaaagagattctaaaaagaaaaccatagacagtttttggtg
ttaattaatatacaccaccctgaaatatctaacaaagagcacacatttat
accattcagaagtgaaattcccaccaaaaccttgtcgaaactgtgacttc
acactttccatttctcacaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_67956511_67957703
seq2: B6Ng01-002H04.b_46_1229 (reverse)

seq1  GAGCATCCACTTGTGTATTTGCC-AGGCACTTGCATAACCTCATACGAGA  49
      ||||||||| |   ||||||||| || || |||||||  ||||| |||||
seq2  GAGCATCCAAT--CGTATTTGCCAAGCCATTTGCATA--CTCAT-CGAGA  45

seq1  CAGCTATAATAGGGTCCCTTCAGCAAAATCTTTCTGGCATATGCAATA-G  98
      ||||   ||||||   |||||||||||||| |||| |||||||||||| |
seq2  CAGCATAAATAGG--TCCTTCAGCAAAATC-TTCTTGCATATGCAATAGG  92

seq1  TGTCTGGGTTTGGTGGCCAAAGAGATGTTTTAAGAAGCATTTCATATGTG  148
       ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||
seq2  GGTCTGGG-TTGGTGG-CAAAGAGATG-TTTAAG-AGCA-TTCATATGTG  137

seq1  CATGTACATTTTTTTTATACTGGTGACATTGTTAAAACATTATTTATAGA  198
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACATTTTTTTAATACTGGTGACATTGTTAAAACATTATTTATAGA  187

seq1  ACATCTTAACTTGGAGAGGATAAAGACTAGATAGAAGGGATCTTAGTTTA  248
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTAACTTGGAGAGGATAAAGACTAGATAGAAGGGATCTTAGTTTA  237

seq1  ATTAAATATTTGAGTTGTGTTTAATGCC-AAATAAGTCAGACATGGTGGT  297
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATTTGAGTTGTGTTTAATGCCAAAATAAGTCAGACATGGTGGT  287

seq1  GCATGTCTGTAATTCCAGCACTTGGGATGCTGTGATAATTCTCAGAATT-  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCATGTCTGTAATTCCAGCACTTGGGATGCTGTGATAATTCTCAGAATTA  337

seq1  AACAGTTTATGTCTTCGAGATTTCAGTGGCTCTATTACAGAGTTAGAATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTTATGTCTTCGAGATTTCAGTGGCTCTATTACAGAGTTAGAATG  387

seq1  AGACTTTGAGACCGACCATTCTCCAACTTAATGTAGTGAGTATTTCTTAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGAGACCGACCATTCTCCAACTTAATGTAGTGAGTATTTCTTAG  437

seq1  CTAGCATGTCCAGTATACTAATGGTGTACGCTAGAGGATATATGAAAAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATGTCCAGTATACTAATGGTGTACGCTAGAGGATATATGAAAAAT  487

seq1  AAAAAAGGTGATCAGTCAGCCTGCAGATGCATTTTAGTGAGAGAAAACAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGGTGATCAGTCAGCCTGCAGATGCATTTTAGTGAGAGAAAACAC  537

seq1  TTGTGTAGTATAGTGAATAACAGGGACTCTGCTTTATAGTCACGATTGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGTATAGTGAATAACAGGGACTCTGCTTTATAGTCACGATTGCA  587

seq1  CTACTGACTTAAAACCACTGACTTGCCTTAGCTGGGAGAATGTGGAAGGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGACTTAAAACCACTGACTTGCCTTAGCTGGGAGAATGTGGAAGGG  637

seq1  ATGTGGCATTCTCACAGGTTGGCTAAGGTGGAGAAATAGGGCTGTTTTCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCATTCTCACAGGTTGGCTAAGGTGGAGAAATAGGGCTGTTTTCA  687

seq1  GGGAACACGACTGTTGATTGGTATATATTTTTTTTTAATAAAGCTATTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACACGACTGTTGATTGGTATATATTTTTTTTTAATAAAGCTATTTT  737

seq1  ATTGGGTTAGTCTACCTCTACCTCGCTTCCAATCCCAGACACTAGGTAGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTTAGTCTACCTCTACCTCGCTTCCAATCCCAGACACTAGGTAGG  787

seq1  AGGGAAAGGTTACAAGGGGAAAGGGGATCTAGACCTCTTGACAACTTCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAGGTTACAAGGGGAAAGGGGATCTAGACCTCTTGACAACTTCCT  837

seq1  GCTGACTGGGGCACTGGGTTTGGTGGTGGTGTGAGGGGGCAGTCCAATCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTGGGGCACTGGGTTTGGTGGTGGTGTGAGGGGGCAGTCCAATCT  887

seq1  TAGCATCTCCCGCTTCTCATTGGTTTGCTTACAAACAAATGCCAAGGCAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTCCCGCTTCTCATTGGTTTGCTTACAAACAAATGCCAAGGCAC  937

seq1  AACAGTAGCCAGGAGCAGCAGCCTCCACAGCCTCTCTCATACCCTCTCCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAGCCAGGAGCAGCAGCCTCCACAGCCTCTCTCATACCCTCTCCA  987

seq1  GACTCCTGAGAACTAAACTATGTGCAGCTAGCATACAGCACACCCCTGCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTGAGAACTAAACTATGTGCAGCTAGCATACAGCACACCCCTGCT  1037

seq1  GGTGAAAGAGGCAAACCAGCCACCTGCTGTGAAGCAGCCTCTTATCCCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAGAGGCAAACCAGCCACCTGCTGTGAAGCAGCCTCTTATCCCAC  1087

seq1  ACCCGGGGTTAAAACAAAGATATTCACATACCTGGACCTTTAAAGAATCC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGGGTTAAAACAAAGATATTCACATACCTGGACCTTTAAAGAATCC  1137

seq1  AAAATTCTTACTACACATGATATTTAAAGTGAGATTACTCTGAATTC  1193
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTTACTACACATGATATTTAAAGTGAGATTACTCTGAATTC  1184

seq1: chr18_67857399_67858351
seq2: B6Ng01-002H04.g_66_1018

seq1  GAATTCAGTTTGCCTACATAATGCCTTCCCAGACCAAGGCAGGGTTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTGCCTACATAATGCCTTCCCAGACCAAGGCAGGGTTTAGA  50

seq1  CGCTAAGACTAGAAAAAAGCTAGCAGCTTAAGCAGTGGTCTCTGTTCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAAGACTAGAAAAAAGCTAGCAGCTTAAGCAGTGGTCTCTGTTCCTG  100

seq1  GAATTCAGATATGTTCTTTCAGTCTTTAACCCAAAACTTTGCAGTAATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATATGTTCTTTCAGTCTTTAACCCAAAACTTTGCAGTAATCA  150

seq1  TACCCAATGACTAAAAGCACAGTGCAGTGCACTGGCTACTACGTGAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAATGACTAAAAGCACAGTGCAGTGCACTGGCTACTACGTGAAAGT  200

seq1  CACCCAAGGTCCTGTGCAACTACAGGGCTTTGCATCACTTCCTAACAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAAGGTCCTGTGCAACTACAGGGCTTTGCATCACTTCCTAACAAGT  250

seq1  TATCAAGTCAGCAAAGGAAAACTGCATTCTATGGGGTTTAGAAAACAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTCAGCAAAGGAAAACTGCATTCTATGGGGTTTAGAAAACAAGT  300

seq1  TTTAAAGTTTTGTTGGCAGACGAAAATAGAAAACAGTAAGTAATCTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTTTTGTTGGCAGACGAAAATAGAAAACAGTAAGTAATCTTTAG  350

seq1  GAAAACATAATAGGTTTTTAGAATTAAGCACAGCTGGTGACTAAATTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATAATAGGTTTTTAGAATTAAGCACAGCTGGTGACTAAATTTAT  400

seq1  ATGTTCTTTTTTTTTTTTTAAAAGATTTATTTATTGATTATATGTAAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTTTTTTTTTTTTAAAAGATTTATTTATTGATTATATGTAAGTA  450

seq1  CACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCTTGTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCTTGTTAC  500

seq1  GGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCCTGACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCCTGACCTT  550

seq1  CGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCA  600

seq1  ATTTATATGTTCTTATCAGGAAATCAAACTCTCAGATACACAGCAATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATGTTCTTATCAGGAAATCAAACTCTCAGATACACAGCAATGTC  650

seq1  ATTATTTAGTTCTATGAAAAAGACTGTGAGAACAGAGCATGGTGCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTAGTTCTATGAAAAAGACTGTGAGAACAGAGCATGGTGCACACA  700

seq1  CTGTTAACACTGTCAGTGTCTATGTCTAGGCCAGCCTGGTCTAAATAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAACACTGTCAGTGTCTATGTCTAGGCCAGCCTGGTCTAAATAGTG  750

seq1  AATTCCAGGCCTTTGATACATAAGACCCTGTATCAACACACACACACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAGGCCTTTGATACATAAGACCCTGTATCAACACACACACACAAA  800

seq1  CTTTTATTCAAAAGAGATTCTAAAAAGAAAACCATAGACAGTTTTTGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTCAAAAGAGATTCTAAAAAGAAAACCATAGACAGTTTTTGGTG  850

seq1  TTAATTAATATACACCACCCTGAAATATCTAACAAAGAGCACACATATAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTAATTAATATACACCACCCTGAAATATCTAACAAAGAGCACACATTTAT  900

seq1  ACATTTCAGGAAGTGAAATTCCCACCAAAACCTTG-CGAAACTGTGACTT  949
      ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACCATTCA-GAAGTGAAATTCCCACCAAAACCTTGTCGAAACTGTGACTT  949

seq1  CACA  953
      ||||
seq2  CACA  953