BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005E18
Chromosome18 (Build37)
Map Location 54,686,084 - 54,839,902
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePrdm6, Ccdc100, Csnk1g3, EG433184, LOC667360
Downstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608, LOC100043089
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005E18.bB6Ng01-005E18.g
ACCDH842470DH842471
length1,137630
definitionDH842470|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005E18, 5' end.DH842471|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,838,757 - 54,839,902)(54,686,084 - 54,686,711)
sequence
gaattcaatgtatgtgctgtaaggaaaatgtagtgtttgggactggcaag
atcggttaatgggtaagagtgcttgctgccaagactgaagacctggatcc
catacgataggaggagagaaccgaatgaaaagttgtcctctaaagtcaac
atgactctcagggagcttgcacactcacatatacagacccatgtaaaaat
gtgtgcaaggcacaaacaaataaatacatgtaatttaaaagaaaacccag
tgttcatattaattatgatatggtgaatagaagcacaacaattagatcca
tttctttttttaaagattatttttattttacatgtattgacattttgtct
acatgcacatgcagacagtaaccttagcctctgagccatccctctagctc
ctaggtccttctctattttatatatttcacttaatttcggagagtcatag
attgtaaccaggccaaggtgcctagaaagcattcaaattaatccttttgt
tttaaggacaaacaggtcaatgttaatagcacgtcatctaggagcaccta
cctactaacttcacagtgctccaggcacaccttggtcccagtagtcacaa
ggtagtgagagcctgtggaatcttccctggctggtagaggtgagagaaca
catcctataagcttccaaagacgctgctttccagtagtgattaaagatca
taaattcagtataggatcagagaaaggcagacttggtttttcctagagga
gttgctggggatgtgacaggagaagagaatcttggtataaggaccctatg
aagggctaaggagctgaagaggccatgagcggtgtctgggattggagcag
gtctcagatgtacctttactcaatccaatatgaatctttcttacagcagc
ttcccccacgcgaccacatgctttttcaattctcttatttgtcactctct
gctggcattgagatttttttattattatatttcatgtctggagcattggt
ttgataacaccaccccaccatatgcctgaaactgagcattctgcttctga
gagcagagaggctaagaccagcccgacctaattgtgaatttgattgggtt
tttcccaagtctattctgattccactgtgaaaaggtg
gaattccaggacagctagggctacacaaagaaaccctgtctcgaaaaaaa
caaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaaattccagtctgactaccttt
aagtacacagttcacaccctggcttctattcagatggtaggaatcttttg
tttgtttatgtcatagctcagtttcattaagtgcactctgcttattatat
aaccatgatcgtggggtggccctggcacattcccacattcctaggtggta
cttattcctcccagactttatactgactgtctctatgcctcacgtcactt
cagggcaactgagtcatgcagcacttgtccgtccatgattggctggtttt
cctgagaatgtcttcaagttgaagttccccaccctttctttagagacaca
ttcttaacagatagcccaggttgccttatgattttacctacagctaagcc
tggatggcctcagacacagtagcttcacccctccgcccattaagtactgg
aattccctgtgtgaataatcgttcttgactttccttcctttttacgggtc
aaaaatatttctctgtgcaaaattttttatttctttgtccacgccttttg
tccactatttgcaatattaacaatttgcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_54838757_54839902
seq2: B6Ng01-005E18.b_48_1184 (reverse)

seq1  CACCTTT--CCAGTGG-ATCAGATCAGACTCTGGGAAAACCCCAAATCAA  47
      |||||||   |||||| ||||||  ||||| |||||||| ||| ||||||
seq2  CACCTTTTCACAGTGGAATCAGAATAGACT-TGGGAAAAACCC-AATCAA  48

seq1  ATTTCCACATTAGGTTCGGCT-GTCTTAGCCTTCCTCTGCTCCTCAG-AG  95
      |||  || |||||||  |||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||
seq2  ATTCACA-ATTAGGTCGGGCTGGTCTTAGCCT--CTCTGCT-CTCAGAAG  94

seq1  CAGAATGCTCAGTTTCAGGCATATGGTGGGGTTGGTTGTTTATCAAACCA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||
seq2  CAGAATGCTCAGTTTCAGGCATATGGTGGGG-TGGT--GTTATCAAACCA  141

seq1  ATGCTCCAGACATGAAATAATAATAATAAAAAAATCTCAAGTGCCAGCAA  195
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  ATGCTCCAGACATGAAAT-ATAATAATAAAAAAATCTCAA-TGCCAGCA-  188

seq1  GAAGAGTGACAAATAAGAGAATTGAAAAAGCATGTGGTCGCGTGGGGGAA  245
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GAGAGTGACAAATAAGAGAATTGAAAAAGCATGTGGTCGCGTGGGGGAA  237

seq1  GCTGCTGTAAGAAAGATTCATATTGGATTGAGTTAAGGTACATCTGAGAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGTAAGAAAGATTCATATTGGATTGAGTAAAGGTACATCTGAGAC  287

seq1  CTGCTCCAATCCCAGACACCGCTCATGGCCTCTTCAGCTCCTTTAGCCCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGCTCCAATCCCAGACACCGCTCATGGCCTCTTCAGCTCC-TTAGCCCT  336

seq1  TCATAGGGTCCTTATACCAAGATTCTCTTCTCCTGTCACATCCCCAGCAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGGTCCTTATACCAAGATTCTCTTCTCCTGTCACATCCCCAGCAA  386

seq1  CTCCTCTAGGAAAAACCAAGTCTGCCTTTCTCTGATCCTATACTGAATTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTAGGAAAAACCAAGTCTGCCTTTCTCTGATCCTATACTGAATTT  436

seq1  ATGATCTTTAATCACTACTGGAAAGCAGCGTCTTTGGAAGCTTATAGGAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTTTAATCACTACTGGAAAGCAGCGTCTTTGGAAGCTTATAGGAT  486

seq1  GTGTTCTCTCACCTCTACCAGCCAGGGAAGATTCCACAGGCTCTCACTAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTCTCACCTCTACCAGCCAGGGAAGATTCCACAGGCTCTCACTAC  536

seq1  CTTGTGACTACTGGGACCAAGGTGTGCCTGGAGCACTGTGAAGTTAGTAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGACTACTGGGACCAAGGTGTGCCTGGAGCACTGTGAAGTTAGTAG  586

seq1  GTAGGTGCTCCTAGATGACGTGCTATTAACATTGACCTGTTTGTCCTTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTGCTCCTAGATGACGTGCTATTAACATTGACCTGTTTGTCCTTAA  636

seq1  AACAAAAGGATTAATTTGAATGCTTTCTAGGCACCTTGGCCTGGTTACAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGGATTAATTTGAATGCTTTCTAGGCACCTTGGCCTGGTTACAA  686

seq1  TCTATGACTCTCCGAAATTAAGTGAAATATATAAAATAGAGAAGGACCTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGACTCTCCGAAATTAAGTGAAATATATAAAATAGAGAAGGACCTA  736

seq1  GGAGCTAGAGGGATGGCTCAGAGGCTAAGGTTACTGTCTGCATGTGCATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAGAGGGATGGCTCAGAGGCTAAGGTTACTGTCTGCATGTGCATG  786

seq1  TAGACAAAATGTCAATACATGTAAAATAAAAATAATCTTTAAAAAAAGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAAATGTCAATACATGTAAAATAAAAATAATCTTTAAAAAAAGAA  836

seq1  ATGGATCTAATTGTTGTGCTTCTATTCACCATATCATAATTAATATGAAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCTAATTGTTGTGCTTCTATTCACCATATCATAATTAATATGAAC  886

seq1  ACTGGGTTTTCTTTTAAATTACATGTATTTATTTGTTTGTGCCTTGCACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTTTTCTTTTAAATTACATGTATTTATTTGTTTGTGCCTTGCACA  936

seq1  CATTTTTACATGGGTCTGTATATGTGAGTGTGCAAGCTCCCTGAGAGTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTACATGGGTCTGTATATGTGAGTGTGCAAGCTCCCTGAGAGTCA  986

seq1  TGTTGACTTTAGAGGACAACTTTTCATTCGGTTCTCTCCTCCTATCGTAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACTTTAGAGGACAACTTTTCATTCGGTTCTCTCCTCCTATCGTAT  1036

seq1  GGGATCCAGGTCTTCAGTCTTGGCAGCAAGCACTCTTACCCATTAACCGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCAGGTCTTCAGTCTTGGCAGCAAGCACTCTTACCCATTAACCGA  1086

seq1  TCTTGCCAGTCCCAAACACTACATTTTCCTTACAGCACATACATTGAATT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCAGTCCCAAACACTACATTTTCCTTACAGCACATACATTGAATT  1136

seq1  C  1146
      |
seq2  C  1137

seq1: chr18_54686084_54686711
seq2: B6Ng01-005E18.g_71_700

seq1  GAATTCCAGGACAGCTAGGGCTACACAAAGAAACCCTGTCTCGAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCTAGGGCTACACAAAGAAACCCTGTCTCGAAAAAAA  50

seq1  CAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAATTCCAGTCTGACTACCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAATTCCAGTCTGACTACCTTT  100

seq1  AAGTACACAGTTCACACCCTGGCTTCTATTCAGATGGTAGGAATCTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACACAGTTCACACCCTGGCTTCTATTCAGATGGTAGGAATCTTTTG  150

seq1  TTTGTTTATGTCATAGCTCAGTTTCATTAAGTGCACTCTGCTTATTATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTATGTCATAGCTCAGTTTCATTAAGTGCACTCTGCTTATTATAT  200

seq1  AACCATGATCGTGGGGTGGCCCTGGCACATTCCCACATTCCTAGGTGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGATCGTGGGGTGGCCCTGGCACATTCCCACATTCCTAGGTGGTA  250

seq1  CTTATTCCTCCCAGACTTTATACTGACTGTCTCTATGCCTCACGTCACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCCTCCCAGACTTTATACTGACTGTCTCTATGCCTCACGTCACTT  300

seq1  CAGGGCAACTGAGTCATGCAGCACTTGTCCGTCCATGATTGGCTGGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAACTGAGTCATGCAGCACTTGTCCGTCCATGATTGGCTGGTTTT  350

seq1  CCTGAGAATGTCTTCAAGTTGAAGTTCCCCACCCTTTCTTTAGAGACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAATGTCTTCAAGTTGAAGTTCCCCACCCTTTCTTTAGAGACACA  400

seq1  TTCTTAACAGATAGCCCAGGTTGCCTTATGATTTTACCTACAGCTAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACAGATAGCCCAGGTTGCCTTATGATTTTACCTACAGCTAAGCC  450

seq1  TGGATGGCCTCAGACACAGTAGCTTCACCCCTCCGCCCATTAAGTACTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGCCTCAGACACAGTAGCTTCACCCCTCCGCCCATTAAGTACTGG  500

seq1  AATTCCCTGTGTGAATAATCGTTCTTGACTTTCCTTCCTTTTTACGGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCTGTGTGAATAATCGTTCTTGACTTTCCTTCCTTTTTACGGGTC  550

seq1  AAAAATATTTCTCTGTGCAAAATTTTTTATTTCTTTGTCCACGCC-TTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAAAATATTTCTCTGTGCAAAATTTTTTATTTCTTTGTCCACGCCTTTTG  600

seq1  TCCACTA-TTGCAATATTAACAATTTGCCA  628
      ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTATTTGCAATATTAACAATTTGCCA  630