BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006B03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 69,778,386 - 69,941,810
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcf4
Upstream geneLOC100043380, EG225681
Downstream geneCcdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006B03.bB6Ng01-006B03.g
ACCDH843031DH843032
length1,089858
definitionDH843031|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006B03, 5' end.DH843032|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006B03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,940,699 - 69,941,810)(69,778,386 - 69,779,238)
sequence
gaattcctcccagagtgtatacttgatgatacttcttattgctaattcgg
aagtccaggattgctggcaaaaccccaatgctgtgctcatgtcttccact
agccacccactcaactggctttattgcaaggtggggaatgctaattctcc
actatcaccagtggggcccccttcctatatgtactgattgtctgggacaa
atgaactccttaaaccccttcacacagttttccaaagtccattcatttta
aaatacttagttctggtgtctggaatcactgaggcaactgtgtggcaggt
cctctggatggaaactgaggtcaaggataacaaaccagggtcagcagctc
tcttgtctttgtctttgtctgtttatcataagtcttctctttggtccttt
ggggattcatgcctacaattaagatttgagcccatggttcaacactcatt
gtgctgactagttttatgtcaacttgacacagctgaagtaatctgagggg
aaggaacagcaagagaaaacacctacgtaagatcaggctgtaggcaagcc
tgccaagtattttcttgattattgattgctaggggagggcccagcccatt
gtgggttgggccgtccttgggctaaaggtcttgagttctatttaaaaaaa
aaaaaaaagtaggctgagcaaatcagtttgagcaacccagtaagtagcac
ccctccatggcttctgcatcagctcctgctcccaggttccttccccattt
gagttcctgtcttgacctcctttgatgaactgtgaagtggaagtggaagc
cctataaacccttccctccccagcttgctttttggtcatggtatcacagc
aatacaaacactgagacacccatagcatacttcagtctagacagtgcaac
actcagcacgttggtgccagtcaattaaatgcaaattaaatacaaattgt
gtcatgctcccacagacaatattagagatggctctgttgccttcctggtt
ctctccctttagtagcatcatgaggtggggagagaacagcagcgagactg
ggcagaatcagtgtcacttctgctgagttacttgcatca
gaattcagttcaggtctagtatgaacaagtgctagattatagctaaacaa
ggtggatcgaagagtgtcatagatacctctagggtactctgataatgttg
atcccggggaaactggggtctcagaagggtcttgtacaagggcacctttt
ccatacttggaggaatggaagtcaaatgggaaccaaggcagcaaaaccca
gaaatattaactggaagataactagctgacctcttgtttactagggaaaa
taagagggtcgcaatagaaagaattacccaacccgctgcatgaaatatat
gggggggtaaagcaagctaccagtgaggcgggacatgtataaatgccaga
atagtggtctgaacatcagatgaaggggtataggagtggaccatccctga
gaacatagaggtgggaacgggagcgctcttttagagagtgcatgcaacta
ggagttgtgttctgtgctgtcttctaaccagtgaaccctggttctatgtt
ctcatcatatggaagacacccccaaagtgccccataacttcctagcttat
ggatctggtttagtttcagactggagtggggcaagaggtctaacatggtg
gatcaggttgtgattggttgtggcttcatgcaatctttgttctgagaata
tgggttggaacaactgagttccacgtacctacgcttagtgaatgcctttt
gcaggtcagtttggggacagctgtacaaatgcctacctaattttttttat
cagctgtgtttacctctacctgacgtcttctccctcatggaaggacagac
cgttcttacctatggtcccctaaaaaccccattcatgatctgaagacagt
tttcctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_69940699_69941810
seq2: B6Ng01-006B03.b_46_1134 (reverse)

seq1  TGATGCAAAGTAGACACTCAGCAGGAAGTGACACCTTGATGTCCTTGCCC  50
      |||||| |||||   |||||||| ||||||||||  |||| ||  |||||
seq2  TGATGC-AAGTA---ACTCAGCA-GAAGTGACAC--TGAT-TC--TGCCC  40

seq1  AGTCTCTGCCTGGCCTGTTCTCTCCCCACCTTCCATGATGCCTAACTAAA  100
      ||||||   |||  |||||||||||||||||  ||||||||   ||||||
seq2  AGTCTC--GCTG--CTGTTCTCTCCCCACCT--CATGATGC--TACTAAA  82

seq1  GGGAAGAGAACCAGGAAGGCAACAGAGCCATCTTCTAATTATTTGTCTGT  150
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||
seq2  GGG-AGAGAACCAGGAAGGCAACAGAGCCATC-TCTAAT--ATTGTCTGT  128

seq1  GGGAGCATGACCACAATTTGTATTTAATTTGCATTTAATTGACTGGCACC  200
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCATGA-CACAATTTGTATTTAATTTGCATTTAATTGACTGGCACC  177

seq1  AACGTGCTGAGTGTTGCACTGTCTAGACTGAAGTATGCTATGGGTGTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGCTGAGTGTTGCACTGTCTAGACTGAAGTATGCTATGGGTGTCTC  227

seq1  AGTGTTTGTATTGCTGTGATACCATGACCAAAAAGCAAGCTGGGGAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTGTATTGCTGTGATACCATGACCAAAAAGCAAGCTGGGGAGGGA  277

seq1  AGGGTTTATAGGGCTTCCACTTCCACTTCACAGTTCATCAAAGGAGGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTATAGGGCTTCCACTTCCACTTCACAGTTCATCAAAGGAGGTCA  327

seq1  AGACAGGAACTCAAATGGGGAAGGAACCTGGGAGCAGGAGCTGATGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGAACTCAAATGGGGAAGGAACCTGGGAGCAGGAGCTGATGCAGA  377

seq1  AGCCATGGAGGGGTGCTACTTACTGGGTTGCTCAAACTGATTTGCTCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGGAGGGGTGCTACTTACTGGGTTGCTCAAACTGATTTGCTCAGC  427

seq1  CTACTTTTTTTTTTTTTTTAAATAGAACTCAAGACCTTTAGCCCAAGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTTTTTTTTTTTTAAATAGAACTCAAGACCTTTAGCCCAAGGAC  477

seq1  GGCCCAACCCACAATGGGCTGGGCCCTCCCCTAGCAATCAATAATCAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAACCCACAATGGGCTGGGCCCTCCCCTAGCAATCAATAATCAAGA  527

seq1  AAATACTTGGCAGGCTTGCCTACAGCCTGATCTTACGTAGGTGTTTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTGGCAGGCTTGCCTACAGCCTGATCTTACGTAGGTGTTTTCTC  577

seq1  TTGCTGTTCCTTCCCCTCAGATTACTTCAGCTGTGTCAAGTTGACATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTCCTTCCCCTCAGATTACTTCAGCTGTGTCAAGTTGACATAAA  627

seq1  ACTAGTCAGCACAATGAGTGTTGAACCATGGGCTCAAATCTTAATTGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTCAGCACAATGAGTGTTGAACCATGGGCTCAAATCTTAATTGTAG  677

seq1  GCATGAATCCCCAAAGGACCAAAGAGAAGACTTATGATAAACAGACAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAATCCCCAAAGGACCAAAGAGAAGACTTATGATAAACAGACAAAG  727

seq1  ACAAAGACAAGAGAGCTGCTGACCCTGGTTTGTTATCCTTGACCTCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGACAAGAGAGCTGCTGACCCTGGTTTGTTATCCTTGACCTCAGTT  777

seq1  TCCATCCAGAGGACCTGCCACACAGTTGCCTCAGTGATTCCAGACACCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCAGAGGACCTGCCACACAGTTGCCTCAGTGATTCCAGACACCAG  827

seq1  AACTAAGTATTTTAAAATGAATGGACTTTGGAAAACTGTGTGAAGGGGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGTATTTTAAAATGAATGGACTTTGGAAAACTGTGTGAAGGGGTT  877

seq1  TAAGGAGTTCATTTGTCCCAGACAATCAGTACATATAGGAAGGGGGCCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGTTCATTTGTCCCAGACAATCAGTACATATAGGAAGGGGGCCCC  927

seq1  ACTGGTGATAGTGGAGAATTAGCATTCCCCACCTTGCAATAAAGCCAGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGATAGTGGAGAATTAGCATTCCCCACCTTGCAATAAAGCCAGTT  977

seq1  GAGTGGGTGGCTAGTGGAAGACATGAGCACAGCATTGGGGTTTTGCCAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGTGGCTAGTGGAAGACATGAGCACAGCATTGGGGTTTTGCCAGC  1027

seq1  AATCCTGGACTTCCGAATTAGCAATAAGAAGTATCATCAAGTATACACTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGGACTTCCGAATTAGCAATAAGAAGTATCATCAAGTATACACTC  1077

seq1  TGGGAGGAATTC  1112
      ||||||||||||
seq2  TGGGAGGAATTC  1089

seq1: chr18_69778386_69779238
seq2: B6Ng01-006B03.g_69_925

seq1  GAATTCAGTTCAGGTCTAGTATGAACAAGTGCTAGATTATAGCTAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCAGGTCTAGTATGAACAAGTGCTAGATTATAGCTAAACAA  50

seq1  GGTGGATCGAAGAGTGTCATAGATACCTCTAGGGTACTCTGATAATGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATCGAAGAGTGTCATAGATACCTCTAGGGTACTCTGATAATGTTG  100

seq1  ATCCCGGGGAAACTGGGGTCTCAGAAGGGTCTTGTACAAGGGCACCTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGGGGAAACTGGGGTCTCAGAAGGGTCTTGTACAAGGGCACCTTTT  150

seq1  CCATACTTGGAGGAATGGAAGTCAAATGGGAACCAAGGCAGCAAAACCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTTGGAGGAATGGAAGTCAAATGGGAACCAAGGCAGCAAAACCCA  200

seq1  GAAATATTAACTGGAAGATAACTAGCTGACCTCTTGTTTACTAGGGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTAACTGGAAGATAACTAGCTGACCTCTTGTTTACTAGGGAAAA  250

seq1  TAAGAGGGTCGCAATAGAAAGAATTACCCAACCCGCTGCATGAAATATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGGTCGCAATAGAAAGAATTACCCAACCCGCTGCATGAAATATAT  300

seq1  GGGGGGGTAAAGCAAGCTACCAGTGAGGCGGGACATGTATAAATGCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGTAAAGCAAGCTACCAGTGAGGCGGGACATGTATAAATGCCAGA  350

seq1  ATAGTGGTCTGAACATCAGATGAAGGGGTATAGGAGTGGACCATCCCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGTCTGAACATCAGATGAAGGGGTATAGGAGTGGACCATCCCTGA  400

seq1  GAACATAGAGGTGGGAACGGGAGCGCTCTTTTAGAGAGTGCATGCAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAGAGGTGGGAACGGGAGCGCTCTTTTAGAGAGTGCATGCAACTA  450

seq1  GGAGTTGTGTTCTGTGCTGTCTTCTAACCAGTGAACCCTGGTTCTATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGTGTTCTGTGCTGTCTTCTAACCAGTGAACCCTGGTTCTATGTT  500

seq1  CTCATCATATGGAAGACACCCCCAAAGTGCCCCATAACTTCCTAGCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCATATGGAAGACACCCCCAAAGTGCCCCATAACTTCCTAGCTTAT  550

seq1  GGATCTGGTTTAGTTTCAGACTGGAGTGGGGCAAGAGGTCTAACATGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGGTTTAGTTTCAGACTGGAGTGGGGCAAGAGGTCTAACATGGTG  600

seq1  GATCAGGTTGTGATTGGTTGTGGCTTCATGCAATC-TTGTTCTGAGAATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GATCAGGTTGTGATTGGTTGTGGCTTCATGCAATCTTTGTTCTGAGAATA  650

seq1  TGGGTTGGAACAACTGAGTTCCACGTACCTACGC-TAGTGAATGCCTTTT  698
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGGGTTGGAACAACTGAGTTCCACGTACCTACGCTTAGTGAATGCCTTTT  700

seq1  GCAGGTCAGTTTGGGGACAGCTGTAC-AATGCCAACCTAATTTTTTTTAT  747
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCAGTTTGGGGACAGCTGTACAAATGCCTACCTAATTTTTTTTAT  750

seq1  CAGCTGTG-TTACCTCTACCTGACGTCTTCTCCCTCATGGAAGGACAGA-  795
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCTGTGTTTACCTCTACCTGACGTCTTCTCCCTCATGGAAGGACAGAC  800

seq1  CGTTCTTACCTATGGTCCCCTAAAAACCCCATTCATGAGTCTGAAGACAG  845
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CGTTCTTACCTATGGTCCCCTAAAAACCCCATTCATGA-TCTGAAGACAG  849

seq1  TTTTCCTG  853
      ||||||||
seq2  TTTTCCTG  857