BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006P02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 54,623,686 - 54,713,119
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePrdm6, Ccdc100, Csnk1g3, EG433184, LOC667360
Downstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608, LOC100043089
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006P02.bB6Ng01-006P02.g
ACCDH843662DH843663
length1,1261,026
definitionDH843662|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006P02, 5' end.DH843663|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006P02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,711,985 - 54,713,119)(54,623,686 - 54,624,717)
sequence
gaattctcagcttcatcccactcccattgttgctcaagactcttcagcga
gacctagatgacctctagctcctgtcctagtcccctgacacaaccatgtc
ttgggaagtcacattgcttttcccccgatttctgatcctaggcacccacc
ggtgggatggcagatcttggacgttgccacctataaaactgacagaaaca
actgtctgatgtctaacttaccaagtctgtggccctttgttatagcagct
ggagcagactaatactcccaggagcatgtacctgtcacaggttgaataca
actgttgcaaatgcctcctttctgatttcttctgtcctctgcttgcactg
aattaggtaatggctgtgttcatgatggtatccttggcaactggactgca
tcttcataagagcttcagatgtgcttcaacagatggtatcaacttgtggc
tctacctgcaactgtagagtagatctcatccaacattgtgtggtttctat
ctacacaagaggaataaaaataccttggtttatttctctcctgcatatat
atatatatatatatatatatatacacacacatatatatatatatatatag
tcgtctcttggttattgtagatccttgataataccatgccaaagagctca
gcattgtgcttgctggtcagaaaaactaagtgatttcttattagtaagcg
gcttctctccttagtgaatcagcctgaggttgcatttgccatccactcat
gtcaccttgtagaattcacaagcctttgcttccaggaatatttaaatacc
ccccccccccaaaaaaaagagaaaggaatcattagtcacactgagcttgc
ttacaagtaaatgctaagcaagtttaaattacaagctttcccaataagcc
agaatgtgattacccaaagcaccatttgaagaaacatagctcagttgcac
ccagagcttcattttttaccctttaatttagtcccacttctgaaggtccc
atttctttataaggaagaaactgtctggaagctacaatgctatgacgtgt
aacaagggtcctccacagaccacagattctcaatcatgaacaggtgcgag
tcacacccctccaaacaaagaaattt
gaattctactaagaacatgatgtggtctttggggatagcatatgggatta
tgaccattccacaataagacaaattttacctggtaatccattcccacctt
agaaggagagaagcctgcagaaaacaaagctcaagtagagttctatatgg
aacactgacttagtacatgcatgatcttggactcaaccccagcatggcca
tagagacaacaaaaggaaagatagagggatgggacttaaaggcactacta
aaacggactattataagaaatacgtatttgctgaataaacaacacaaaac
tgggattagatggaagaaagtgggctataaacatagaactatggaaaaca
aaaaacaaaaactggtgcctaatagagatttctgagcagtggtagaagga
gaaaggtcaacaggtgctgagatataactcaaaacgttgaaagatgagta
agaaaagattgctcccccaaacctgttacttgtaaaaatagctcactaaa
gaaaaacaaattgtagctgtttccacattttctgtgctttttgctttagc
aactaataatgtgattaataggttccagaacttggtggagaagatgggtg
tggtggattgaatgtaaaacgagcctcattagctctggtatttgaacact
tggtcaccagggaatggggtcttgctgcaggaagtatttctctggggatg
agctctggggttttatagacttgatccatttccagttaactctccctact
cagagtctgttgtgaagatttccttctctcagtttcctgttccagatact
tgctgccatgcctctcccactgaggactcagcatacgccaacaataaact
atgtcttacagaagtcacttccacttcatggtattttatcgcagcacaag
tgtaattaatggcctaggccttcggaaatagtcacatgagactcttcttg
acgtttacttgatttttttttaaagaagtataaagatgacaaaaataagc
ttggatagacaattttaaaaaagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_54711985_54713119
seq2: B6Ng01-006P02.b_44_1169 (reverse)

seq1  AAATATCTTTGTTTGTGGAGGGGGTGTGACT-GCACCTGTTCATGATTGG  49
      |||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  AAATTTCTTTGTT--TGGA-GGGGTGTGACTCGCACCTGTTCATGATT-G  46

seq1  AGAATCTGTGGCCTGTGGAGGACCCCTTGTTACCACGTCATAGCAATTGT  99
      ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  AGAATCTGTGGTCTGTGGAGGA-CCCTTGTTA-CACGTCATAGC-ATTGT  93

seq1  AGCTTCCAGACAGTGTCTT-CTTATAAAAGAAATGGGGACCTCAGAAAGT  148
      |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  | |||| ||||
seq2  AGCTTCCAGACAGTTTCTTCCTTAT-AAAGAAATGGGACCTTCAG-AAGT  141

seq1  GGGACTAAAATTAAAAGGGGTAAAAAATGAAGCTCTGGGTGCAACTGAGC  198
      |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACT-AAATTAAA--GGGTAAAAAATGAAGCTCTGGGTGCAACTGAGC  188

seq1  TATGGTTTCTTCAAATGGTGCTTTGGGTAATCACATTCTGGCTTATTGGG  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAT-GTTTCTTCAAATGGTGCTTTGGGTAATCACATTCTGGCTTATTGGG  237

seq1  AAAGCTTGTAATTTAAACTTGCTTAGCATTTACTTGTAAGCAAGCTCAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTGTAATTTAAACTTGCTTAGCATTTACTTGTAAGCAAGCTCAGT  287

seq1  GTGACTAATGATTCC-TTCTCTTTTTTTT-GGGGGGGGGGGTATTTAAAT  346
      ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTAATGATTCCTTTCTCTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGTATTTAAAT  337

seq1  ATTCCTGGAAGCAAAGGCTTGTGAATTCTACAAGGTGACATGAGTGGATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGGAAGCAAAGGCTTGTGAATTCTACAAGGTGACATGAGTGGATG  387

seq1  GCAAATGCAACCTCAGGCTGATTCACTAAGGAGAGAAGCCGCTTACTAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGCAACCTCAGGCTGATTCACTAAGGAGAGAAGCCGCTTACTAAT  437

seq1  AAGAAATCACTTAGTTTTTCTGACCAGCAAGCACAATGCTGAGCTCTTTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATCACTTAGTTTTTCTGACCAGCAAGCACAATGCTGAGCTCTTTG  487

seq1  GCATGGTATTATCAAGGATCTACAATAACCAAGAGACGACTATATATATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTATTATCAAGGATCTACAATAACCAAGAGACGACTATATATATA  537

seq1  TATATATATGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATGCAGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATGCAGG  587

seq1  AGAGAAATAAACCAAGGTATTTTTATTCCTCTTGTGTAGATAGAAACCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATAAACCAAGGTATTTTTATTCCTCTTGTGTAGATAGAAACCAC  637

seq1  ACAATGTTGGATGAGATCTACTCTACAGTTGCAGGTAGAGCCACAAGTTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTTGGATGAGATCTACTCTACAGTTGCAGGTAGAGCCACAAGTTG  687

seq1  ATACCATCTGTTGAAGCACATCTGAAGCTCTTATGAAGATGCAGTCCAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATCTGTTGAAGCACATCTGAAGCTCTTATGAAGATGCAGTCCAGT  737

seq1  TGCCAAGGATACCATCATGAACACAGCCATTACCTAATTCAGTGCAAGCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGGATACCATCATGAACACAGCCATTACCTAATTCAGTGCAAGCA  787

seq1  GAGGACAGAAGAAATCAGAAAGGAGGCATTTGCAACAGTTGTATTCAACC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAGAAGAAATCAGAAAGGAGGCATTTGCAACAGTTGTATTCAACC  837

seq1  TGTGACAGGTACATGCTCCTGGGAGTATTAGTCTGCTCCAGCTGCTATAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGGTACATGCTCCTGGGAGTATTAGTCTGCTCCAGCTGCTATAA  887

seq1  CAAAGGGCCACAGACTTGGTAAGTTAGACATCAGACAGTTGTTTCTGTCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCCACAGACTTGGTAAGTTAGACATCAGACAGTTGTTTCTGTCA  937

seq1  GTTTTATAGGTGGCAACGTCCAAGATCTGCCATCCCACCGGTGGGTGCCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATAGGTGGCAACGTCCAAGATCTGCCATCCCACCGGTGGGTGCCT  987

seq1  AGGATCAGAAATCGGGGGAAAAGCAATGTGACTTCCCAAGACATGGTTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCAGAAATCGGGGGAAAAGCAATGTGACTTCCCAAGACATGGTTGT  1037

seq1  GTCAGGGGACTAGGACAGGAGCTAGAGGTCATCTAGGTCTCGCTGAAGAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGGACTAGGACAGGAGCTAGAGGTCATCTAGGTCTCGCTGAAGAG  1087

seq1  TCTTGAGCAACAATGGGAGTGGGATGAAGCTGAGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGCAACAATGGGAGTGGGATGAAGCTGAGAATTC  1126

seq1: chr18_54623686_54624717
seq2: B6Ng01-006P02.g_65_1090

seq1  GAATTCTACTAAGAACATGATGTGGTCTTTGGGGATAGCATATGGGATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTAAGAACATGATGTGGTCTTTGGGGATAGCATATGGGATTA  50

seq1  TGACCATTCCACAATAAGACAAATTTTACCTGGTAATCCATTCCCACCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTCCACAATAAGACAAATTTTACCTGGTAATCCATTCCCACCTT  100

seq1  AGAAGGAGAGAAGCCTGCAGAAAACAAAGCTCAAGTAGAGTTCTATATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGAGAAGCCTGCAGAAAACAAAGCTCAAGTAGAGTTCTATATGG  150

seq1  AACACTGACTTAGTACATGCATGATCTTGGACTCAACCCCAGCATGGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGACTTAGTACATGCATGATCTTGGACTCAACCCCAGCATGGCCA  200

seq1  TAGAGACAACAAAAGGAAAGATAGAGGGATGGGACTTAAAGGCACTACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACAACAAAAGGAAAGATAGAGGGATGGGACTTAAAGGCACTACTA  250

seq1  AAACGGACTATTATAAGAAATACGTATTTGCTGAATAAACAACACAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGGACTATTATAAGAAATACGTATTTGCTGAATAAACAACACAAAAC  300

seq1  TGGGATTAGATGGAAGAAAGTGGGCTATAAACATAGAACTATGGAAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAGATGGAAGAAAGTGGGCTATAAACATAGAACTATGGAAAACA  350

seq1  AAAAACAAAAACTGGTGCCTAATAGAGATTTCTGAGCAGTGGTAGAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAAACTGGTGCCTAATAGAGATTTCTGAGCAGTGGTAGAAGGA  400

seq1  GAAAGGTCAACAGGTGCTGAGATATAACTCAAAACGTTGAAAGATGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTCAACAGGTGCTGAGATATAACTCAAAACGTTGAAAGATGAGTA  450

seq1  AGAAAAGATTGCTCCCCCAAACCTGTTACTTGTAAAAATAGCTCACTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGATTGCTCCCCCAAACCTGTTACTTGTAAAAATAGCTCACTAAA  500

seq1  GAAAAACAAATTGTAGCTGTTTCCACATTTTCTGTGCTTTTTGCTTTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAAATTGTAGCTGTTTCCACATTTTCTGTGCTTTTTGCTTTAGC  550

seq1  AACTAATAATGTGATTAATAGGTTCCAGAACTTGGTGGAGAAGATGGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATAATGTGATTAATAGGTTCCAGAACTTGGTGGAGAAGATGGGTG  600

seq1  TGGTGGATTGAATGTAAAACGAGCCTCATTAGCTCTGGTATTTGAACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGATTGAATGTAAAACGAGCCTCATTAGCTCTGGTATTTGAACACT  650

seq1  TGGTCACCAGGGAATGGGGTCTTGCTGCAGGAAGTATTTCTCTGGGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACCAGGGAATGGGGTCTTGCTGCAGGAAGTATTTCTCTGGGGATG  700

seq1  AGCTCTGGGGTTTTATAGACTTGATCCATTTCCAGTTAACTCTCCCTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGGGTTTTATAGACTTGATCCATTTCCAGTTAACTCTCCCTACT  750

seq1  CAGAGTCTGTTGTTGAAGATTT-CTTCTCTCAGTTTCCTGTTCCAGATAC  799
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCTGTTG-TGAAGATTTCCTTCTCTCAGTTTCCTGTTCCAGATAC  799

seq1  TTGCTGCCATGCCTCTCCCACTGTGGACTCAGCATACGCC-ACAATAAAC  848
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGCTGCCATGCCTCTCCCACTGAGGACTCAGCATACGCCAACAATAAAC  849

seq1  TATGTCTTACAGAAGTCACTTCCAC-TCATGGTATTTTATCGCAGCAACA  897
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   
seq2  TATGTCTTACAGAAGTCACTTCCACTTCATGGTATTTTATCGCAGCA--C  897

seq1  AAGTGTAATTAATGCCCTAGGCCTTCGGAAATAAGTCACATGAGACTCTT  947
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGTGTAATTAATGGCCTAGGCCTTCGGAAAT-AGTCACATGAGACTCTT  946

seq1  CTTGACGTTTACTTTGATTTTTTTTTAAAGCAAGTATAAAAGAAGACACA  997
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |
seq2  CTTGACGTTTAC-TTGATTTTTTTTTAAAG-AAGTAT-AAAGATGACA-A  992

seq1  AAATAAGCTTGATTAGGACAATTTTTAAAAAGAAA  1032
      |||||||||||  || ||||||||| |||||||||
seq2  AAATAAGCTTGGATA-GACAATTTTAAAAAAGAAA  1026