BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010F08
Chromosome18 (Build37)
Map Location 67,887,757 - 68,011,897
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSeh1l
Upstream geneMc4r, Gnal, Chmp1b, Mppe1, Impa2, B430212C06Rik, Cidea, Tubb6, Afg3l2, Slmo1, Spire1, Cep76, Tnfsf5ip1, Ptpn2
Downstream geneLOC667939, D18Ertd653e, 4933403F05Rik, Rnmt, Mc5r, Mc2r
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010F08.bB6Ng01-010F08.g
ACCDH846029DH846030
length1,062919
definitionDH846029|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010F08, 5' end.DH846030|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010F08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,010,825 - 68,011,897)(67,887,757 - 67,888,677)
sequence
gaattcctatagtcaagcattaggcttcagcattaaccgtcacatatact
tcagggtagtgtgactcaatttacaacactggtggcaattcgtagcttag
ttctccgagcatcctgacaaggttgcccacagaacggccattggaaagaa
agtaagggacgcaaatgctacggtacttttgcagacattcttaccttgat
atctagatgaacttcaatattcccagcatttttcaaaggcaagggatgct
ttgttgaggaattcacatcagccaacaaatacacagtctacagggaaatg
cattcaaaaagctgtcacagctaaatacatagtctacaacaaatgcacag
tctacagggaaatgcattcaaaaagctgtcacaactaaaggaatcaacct
ggacacaagagtataagagcagagaggagatgaggctacctgcaaatccc
gaggggcatggatcctagctactcctgctcgtgctcggagggccacgctt
ctcagaacaggaatagggtttgggctgtccacttctatatccactctggc
caagaattcttctgctgagcctagaatttctataaaagttgactttagtt
cagtaaacagatcccaaatctcaccagtcatccacaagcatgtctttagg
gatccacagaaaattcaggaaccagagaaatggcttagtgggtaaaagca
attgccatgcaagtctgatgacctgagtatgattctcagaacccatataa
aggtagaaggagaaaaacaaacaatgtcacacaactgttcactgaccttc
acacacatgcccacagacatacacagtattaatacagtaaacaaattaaa
aagaaacctcagttaagcttttaaacaatctgtactggctggttttgtgt
gtcaacctgacacaagctggagttatcagagaaagagcctcagttaagaa
atgctccatgagatcagctgtaagcatttctaattctgatgaggggagag
gagagcagacaattgtgaatggtgtggatggtgccatcctatgagaagca
tgctgagcaagc
gaattcttattcattcatttcattcatttgtcctaacatctgaatgagct
gcctatctttctttgtttgtttactttaagctccaaattttccctttttt
tcttcattctatttatatacttattgacacaggtctcctcaggaagtgct
ggctagcttggaacttactatgttgactaacctggcttcaactcagagag
acctcccccctctgccttctaagtgcagggattataaagtcttttgctac
tttgcctggcacaaagtgttctctttttaaaagccctttctataagaatg
tttggaccccccccccgaaaaaaaaaaaaaaaacaagctgggtgtggtgg
cacacgcctttaatcccagcactcgggaggcagaagcaggcagatttctg
agttcgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagctagggct
acacagagaaaccctgtctcaaaaaacaaaaaccaaaacaacaacaacaa
caacaaaaagaatgttgtggaccctttgcccactgataccttttaaaatg
ttgtcaagagagggcagtggtgagacagtgctggagtaaagtcagtttct
gggctcctctgcacctcttaagggtaaaccatactctgcagtagccaaca
gtccccaccacacaacgccatcccagtaccctgttccttgggaggttctg
cagcaggatctattcagtgagatattgtcccatgagcagtttccagctga
gatgactggcagcaagctctagagagtggactggtggcctttctaaatat
gccttcctagaacctgtgaatgtggtcttccacgggagaaaaaaaaatga
cttttacagatgtaattaaagtaagtgatttaagatgagatcatcttaga
ttatggggggtgaggggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_68010825_68011897
seq2: B6Ng01-010F08.b_49_1110 (reverse)

seq1  GCTTGCTCAGCATGCCTTCTCATAGGATGGCACCATTCACACCATTCACA  50
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTTGCTCAGCATG-CTTCTCATAGGATGGCACCATCCACACCATTCACA  49

seq1  ATTGTCTGCTCTCCTCTCCCCTCATCACGAATTAAGGAAATGCCTTACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||
seq2  ATTGTCTGCTCTCCTCTCCCCTCATCA-GAATTA--GAAATG-CTTACAG  95

seq1  CTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTTAACTGAGGCTCCTTTCTCTGATAAC  150
      || ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CT-GATCTCATGGA-GCATTT-CTTAACTGAGGCT-CTTTCTCTGATAAC  141

seq1  TCCAGCTTGTGTCAGGTTGACACACAAAACCAGCCAGTACAGATTGTTTT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCAGCTTGTGTCAGGTTGACACACAAAACCAGCCAGTACAGATTG-TTT  190

seq1  AAAAGCCTTAACTGAGGTTTCTTTTTAATTTGTTTACTGTATTAATACTG  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAG-CTTAACTGAGGTTTCTTTTTAATTTGTTTACTGTATTAATACTG  239

seq1  TGTATGTCTGTGGGCATGTGTGTGAAGGTCAGTGAACAGTTGTGTGACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTCTGTGGGCATGTGTGTGAAGGTCAGTGAACAGTTGTGTGACAT  289

seq1  TGTTTGTTTTTCTCCTTCTACCTTTATATGGGTTCTGAGAATCATACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTTTCTCCTTCTACCTTTATATGGGTTCTGAGAATCATACTCA  339

seq1  GGTCATCAGACTTGCATGGCAATTGCTTTTACCCACTAAGCCATTTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCAGACTTGCATGGCAATTGCTTTTACCCACTAAGCCATTTCTCT  389

seq1  GGTTCCTGAATTTTCTGTGGATCCCTAAAGACATGCTTGTGGATGACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTGAATTTTCTGTGGATCCCTAAAGACATGCTTGTGGATGACTGG  439

seq1  TGAGATTTGGGATCTGTTTACTGAACTAAAGTCAACTTTTATAGAAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTGGGATCTGTTTACTGAACTAAAGTCAACTTTTATAGAAATTC  489

seq1  TAGGCTCAGCAGAAGAATTCTTGGCCAGAGTGGATATAGAAGTGGACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCAGCAGAAGAATTCTTGGCCAGAGTGGATATAGAAGTGGACAGC  539

seq1  CCAAACCCTATTCCTGTTCTGAGAAGCGTGGCCCTCCGAGCACGAGCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCTATTCCTGTTCTGAGAAGCGTGGCCCTCCGAGCACGAGCAGG  589

seq1  AGTAGCTAGGATCCATGCCCCTCGGGATTTGCAGGTAGCCTCATCTCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTAGGATCCATGCCCCTCGGGATTTGCAGGTAGCCTCATCTCCTC  639

seq1  TCTGCTCTTATACTCTTGTGTCCAGGTTGATTCCTTTAGTTGTGACAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTTATACTCTTGTGTCCAGGTTGATTCCTTTAGTTGTGACAGCT  689

seq1  TTTTGAATGCATTTCCCTGTAGACTGTGCATTTGTTGTAGACTATGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAATGCATTTCCCTGTAGACTGTGCATTTGTTGTAGACTATGTATT  739

seq1  TAGCTGTGACAGCTTTTTGAATGCATTTCCCTGTAGACTGTGTATTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTGACAGCTTTTTGAATGCATTTCCCTGTAGACTGTGTATTTGTT  789

seq1  GGCTGATGTGAATTCCTCAACAAAGCATCCCTTGCCTTTGAAAAATGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATGTGAATTCCTCAACAAAGCATCCCTTGCCTTTGAAAAATGCTG  839

seq1  GGAATATTGAAGTTCATCTAGATATCAAGGTAAGAATGTCTGCAAAAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTGAAGTTCATCTAGATATCAAGGTAAGAATGTCTGCAAAAGTA  889

seq1  CCGTAGCATTTGCGTCCCTTACTTTCTTTCCAATGGCCGTTCTGTGGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAGCATTTGCGTCCCTTACTTTCTTTCCAATGGCCGTTCTGTGGGCA  939

seq1  ACCTTGTCAGGATGCTCGGAGAACTAAGCTACGAATTGCCACCAGTGTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTCAGGATGCTCGGAGAACTAAGCTACGAATTGCCACCAGTGTTG  989

seq1  TAAATTGAGTCACACTACCCTGAAGTATATGTGACGGTTAATGCTGAAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGAGTCACACTACCCTGAAGTATATGTGACGGTTAATGCTGAAGC  1039

seq1  CTAATGCTTGACTATAGGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTTGACTATAGGAATTC  1062

seq1: chr18_67887757_67888677
seq2: B6Ng01-010F08.g_65_983

seq1  GAATTCTTATTCATTCATTTCATTCATTTGTCCTAACATCTGAATGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATTCATTCATTTCATTCATTTGTCCTAACATCTGAATGAGCT  50

seq1  GCCTATCTTTCTTTGTTTGTTTACTTTAAGCTCCAAATTTTCCCTTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCTTTCTTTGTTTGTTTACTTTAAGCTCCAAATTTTCCCTTTTTT  100

seq1  TCTTCATTCTATTTATATACTTATTGACACAGGTCTCCTCAGGAAGTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTCTATTTATATACTTATTGACACAGGTCTCCTCAGGAAGTGCT  150

seq1  GGCTAGCTTGGAACTTACTATGTTGACTAACCTGGCTTCAACTCAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCTTGGAACTTACTATGTTGACTAACCTGGCTTCAACTCAGAGAG  200

seq1  ACCTCCCCCCTCTGCCTTCTAAGTGCAGGGATTATAAAGTCTTTTGCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCCCTCTGCCTTCTAAGTGCAGGGATTATAAAGTCTTTTGCTAC  250

seq1  TTTGCCTGGCACAAAGTGTTCTCTTTTTAAAAGCCCTTTCTATAAGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGGCACAAAGTGTTCTCTTTTTAAAAGCCCTTTCTATAAGAATG  300

seq1  TTTGGACCCCCCCCCCGAAAAAAAAAAAAAAAACAAGCTGGGTGTGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACCCCCCCCCCGAAAAAAAAAAAAAAAACAAGCTGGGTGTGGTGG  350

seq1  CACACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAAGCAGGCAGATTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAAGCAGGCAGATTTCTG  400

seq1  AGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCTAGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCTAGGGCT  450

seq1  ACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACAAAAACCAAAACAACAACAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACAAAAACCAAAACAACAACAACAA  500

seq1  CAACAAAAAGAATGTTGTGGACCCTTTGCCCACTGATACCTTTTAAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAAAGAATGTTGTGGACCCTTTGCCCACTGATACCTTTTAAAATG  550

seq1  TTGTCAAGAGAGGGCAGTGGTGAGACAGTGCTGGAGTAAAGTCAGTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAGAGAGGGCAGTGGTGAGACAGTGCTGGAGTAAAGTCAGTTTCT  600

seq1  GGGCTCCTCTGCACCTCTTAAGGGTAAACCATACTCTGCAGTAGCCAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCTCTGCACCTCTTAAGGGTAAACCATACTCTGCAGTAGCCAACA  650

seq1  GTCCCCACCACACAACGCCATCCCAGTACCCTGTTCCTTGGGAGGTTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCACCACACAACGCCATCCCAGTACCCTGTTCCTTGGGAGGTTCTG  700

seq1  CAGCAGGATCTATTCAGTGAGATATTGTCCCATGAGCAGTTTCCAGCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGATCTATTCAGTGAGATATTGTCCCATGAGCAGTTTCCAGCTGA  750

seq1  GATGACTGGCAGCAAGCTCTAGAGAGTGGACTGGTGGCCTTTCTAAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTGGCAGCAAGCTCTAGAGAGTGGACTGGTGGCCTTTCTAAATAT  800

seq1  GCCTTCCTAGAACCTGTGAATGTGGTCTTCCACGGGAGAAAAAAAAAATG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCCTTCCTAGAACCTGTGAATGTGGTCTTCCACGGGAG-AAAAAAAAATG  849

seq1  ACTTTTACAGATGTAATTAAAGTAAGTGATTTAAGATGAGATCATCTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTACAGATGTAATTAAAGTAAGTGATTTAAGATGAGATCATCTTAG  899

seq1  ATTATGGGGGGGTGAGGGGAC  921
      ||||| |||||||||||||||
seq2  ATTAT-GGGGGGTGAGGGGAC  919