BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024P23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 41,060,360 - 41,163,532
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneYipf5, Kctd16, EG225416
Downstream geneLOC677182, LOC100041988, LOC100041997, Prelid2, Gm851
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024P23.bB6Ng01-024P23.g
ACCDH856468DH856469
length1,0791,111
definitionDH856468|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024P23, 5' end.DH856469|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024P23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,060,360 - 41,061,454)(41,162,417 - 41,163,532)
sequence
gaattcacaaactatcgagatctcctaaggagataaatgcagtctagcat
agaacacacaatctgattctctccttaaattttacatttttaactaagga
tagatttcatgactgatgtgaccccagagacagttttttttccttttaaa
ttaaagaaactgcttcttcttttcctacactggacctctctgtcagagac
aattaaataaagaaaatgttgttaccaagatttagtgctaccaagtcttt
agaagataacaattgtcctttatgttcgagattataataaaattacagag
tttctcatttcctttacatcctccaaactgtcccatataaccctccttga
tctctttcaaatccttttatttatttatttatttatttatttatttatca
ttacgtgttgggtaacagttgtcttaatacaggtggcgctctaggagttt
acagtagagctagtcaatccactcagttcccatgtacagaaatcattctt
aaagctaactctaccctctgctgtcacccatcgaagacatagaccttatc
tccactccttttcaatttagtcttccatgctgtttccattaaaaagaaag
catctcttctatgtctgctacataaaatcatgttaagagcaaagctgggg
ctgagtgctaactcattccctgctgaagcttcactgtagagatccatggg
aaatcagtcagtattgtataaatgtggagctgtggttggcattacatagc
acgtacttatggggcagggtggagacagcaaggagaacacaagagtgtag
gaccctgagtcacagcctaaaaattctctctatcagttcacttgtgatgg
tatttggggaaattaattaagtttttttcactagaatctattttcaaagg
attacactaaaataaaggtcttggaaataatgtggcaaacagtatgtacc
ctacaaaattagctgctgtttcacaaacatcacctcttctgactcatagt
atgcctacttgtttgcactcactctgtctctaatggctcattgtaactgg
ctactaactgaattgtagttaactagcct
gaattctctgtttcacactgtatacatatttattattatttgttttattg
atgtctaatatcttgagtttttaaagtacattttggatatagttctttgt
cagagatggacaaaagtaagtgtacacacacaaaagcacatgcacctata
catatgtacaagcacatatataagcacatacacataaatacaaaaccaca
tatacacataagcatacacaaacacacagcacacaaatataaaaacatat
acacacatacacccatacacacacacacacatatacatatatacacacac
acgtgtatttattttgttaaactaacagcccctttcttatcagtttaggt
tgacagtttttctgctctggatgtttgtggttcatgcaggtcaactctga
catgagttggtgagatctttttccattctggaagctgccattttgtccta
ttgaaggtgtcctttgccctatggaagcttttcagtttcatgcagtacaa
ttgattaattgttgatcttagtgcccttgagtcctcaccatatgcaaaac
actacagtcaactaaacagtgctgagagaatgaaaagggcagtactcttt
agtgtaacagttgtatgaacgttctgtgtgaaataatgaatttccaaaaa
agtgtcttagtaattttgggatgacaggagatgactgagtttccccaaaa
taaattcagctttttatcacttttgaaatcatattttgtcgcgtcccact
cgaccagcaagaaagacgcaaccaccggttcttcttaatgcagtttttac
tcggcagctacttacttcaaattcccccagcctctctagttacaagtgct
tttctccactccagccacaaccatgcccccaccaatcaccacaggtcaca
tcacctcaccaggcaggcttgctcagccaatcaggattaagggtgggcca
tccaccaaacatgggcttgtttactacctggagcagacttccatcctgct
gaccaggaagtctgaatggctccctacaaatttgttaaatcagaatacta
aattggtgaagagacttgactcttttcagtttaatatataataattacta
ggaagcaactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_41060360_41061454
seq2: B6Ng01-024P23.b_43_1121

seq1  GAATTCACAAACTATCGAGATCTCCTAAGGAGATAAATGCAGTCTAGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAACTATCGAGATCTCCTAAGGAGATAAATGCAGTCTAGCAT  50

seq1  AGAACACACAATCTGATTCTCTCCTTAAATTTTACATTTTTAACTAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACACAATCTGATTCTCTCCTTAAATTTTACATTTTTAACTAAGGA  100

seq1  TAGATTTCATGACTGATGTGACCCCAGAGACAGTTTTTTTTCCTTTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTCATGACTGATGTGACCCCAGAGACAGTTTTTTTTCCTTTTAAA  150

seq1  TTAAAGAAACTGCTTCTTCTTTTCCTACACTGGACCTCTCTGTCAGAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAACTGCTTCTTCTTTTCCTACACTGGACCTCTCTGTCAGAGAC  200

seq1  AATTAAATAAAGAAAATGTTGTTACCAAGATTTAGTGCTACCAAGTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATAAAGAAAATGTTGTTACCAAGATTTAGTGCTACCAAGTCTTT  250

seq1  AGAAGATAACAATTGTCCTTTATGTTCGAGATTATAATAAAATTACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAACAATTGTCCTTTATGTTCGAGATTATAATAAAATTACAGAG  300

seq1  TTTCTCATTTCCTTTACATCCTCCAAACTGTCCCATATAACCCTCCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCATTTCCTTTACATCCTCCAAACTGTCCCATATAACCCTCCTTGA  350

seq1  TCTCTTTCAAATCCTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCAAATCCTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCA  400

seq1  TTACGTGTTGGGTAACAGTTGTCTTAATACAGGTGGCGCTCTAGGAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTGTTGGGTAACAGTTGTCTTAATACAGGTGGCGCTCTAGGAGTTT  450

seq1  ACAGTAGAGCTAGTCAATCCACTCAGTTCCCATGTACAGAAATCATTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGAGCTAGTCAATCCACTCAGTTCCCATGTACAGAAATCATTCTT  500

seq1  AAAGCTAACTCTACCCTCTGCTGTCACCCATCGAAGACATAGACCTTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAACTCTACCCTCTGCTGTCACCCATCGAAGACATAGACCTTATC  550

seq1  TCCACTCCTTTTCAATTTAGTCTTCCATGCTGTTTCCATTAAAAAGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCCTTTTCAATTTAGTCTTCCATGCTGTTTCCATTAAAAAGAAAG  600

seq1  CATCTCTTCTATGTCTGCTACATAAAATCATGTTAAGAGCAAAGCTGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTTCTATGTCTGCTACATAAAATCATGTTAAGAGCAAAGCTGGGG  650

seq1  CTGAGTGCTAACTCATTCCCTGCTGAAGCTTCACTGTAGAGATCCATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGCTAACTCATTCCCTGCTGAAGCTTCACTGTAGAGATCCATGGG  700

seq1  AAATCAGTCAGTATTGTATAAATGTGGAGCTGTGGTTGGCATTACATAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGTCAGTATTGTATAAATGTGGAGCTGTGGTTGGCATTACATAGC  750

seq1  ACGTACTTATGGGGCAGGGTGGAGACAGCAAGGAGAACACAAGAGTGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTACTTATGGGGCAGGGTGGAGACAGCAAGGAGAACACAAGAGTGTAG  800

seq1  GACCCTGAGTCACAGCCTAAAAATTCTCTCTATCAGTTCACTTGTGATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGAGTCACAGCCTAAAAATTCTCTCTATCAGTTCACTTGTGATGG  850

seq1  TATTTGGGGAAATTAATTAAGTTTTTTTCACTAGAATCTATTTTTCAAAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TATTTGGGGAAATTAATTAAGTTTTTTTCACTAGAATCTA-TTTTCAAAG  899

seq1  GATTACACTAAAATAAAGGTCTTGGAAATAATGTGGCAAACAGTATGTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACACTAAAATAAAGGTCTTGGAAATAATGTGGCAAACAGTATGTAC  949

seq1  CCTACAAAATTAGCTGCTGTTTTCACAAACATCACCTCTTCTGACTCATA  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAAATTAGCTGCTG-TTTCACAAACATCACCTCTTCTGACTCATA  998

seq1  GTATTGCCTTACTTTGTTTTGCCACTCACTCTGTCTCTTAATGGCTTCAT  1050
      ||| |||| ||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  GTA-TGCC-TAC-TTGTTT--GCACTCACTCTGTCTC-TAATGGC-TCAT  1041

seq1  TGTCAACTGGCTTAACCTAACTGAATTTGTTAGTTATACTAGCCT  1095
      ||| ||||||||    |||||||||||   |||||| ||||||||
seq2  TGT-AACTGGCT---ACTAACTGAATT--GTAGTTA-ACTAGCCT  1079

seq1: chr18_41162417_41163532
seq2: B6Ng01-024P23.g_68_1178 (reverse)

seq1  CAGTTGCTTCCTTAGTATATTATTTATATATTAAAACTG--AAGAGTCAA  48
      ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||
seq2  CAGTTGCTTCC-TAGTA-ATTA-TTATATATT-AAACTGAAAAGAGTCAA  46

seq1  GTCTC-TCA-CAATTTAGTTAATCTGATTTAACAAATATTGTAGGGAGCC  96
      ||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTCTCTTCACCAATTTAG-TATTCTGATTTAACAAAT-TTGTAGGGAGCC  94

seq1  ATTCAGGACTTCCTGGTCAGCAGGATGGAAGTCTGCTCCAGGTAGTAAAC  146
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCA-GACTTCCTGGTCAGCAGGATGGAAGTCTGCTCCAGGTAGTAAAC  143

seq1  AAGCCCATGTTTGGTGGATGGCCCACCCTTAATCCTTGATTGGCTGAGCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGCCCATGTTTGGTGGATGGCCCACCCTTAATCC-TGATTGGCTGAGCA  192

seq1  AGCCTGCCTGGTGAGGTGATGTGACCTGTGGTGATTGGTGGGGGCATGGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCCTGGTGAGGTGATGTGACCTGTGGTGATTGGTGGGGGCATGGT  242

seq1  TGTGGCTGGAGTGGAGAAAAGCACTTGTAACTAGAGAGGCTGGGGGAATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGGAGTGGAGAAAAGCACTTGTAACTAGAGAGGCTGGGGGAATT  292

seq1  TGAAGTAAGTAGCTGCCTGAGTAAAAACTGCATTAAGAAGAACCGGTGGT  346
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTAAGTAGCTGCC-GAGTAAAAACTGCATTAAGAAGAACCGGTGGT  341

seq1  TGCGTCTTTCTTGCTGGTCGAGTGGGACGCGACAAAATATGATTTCAAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTCTTTCTTGCTGGTCGAGTGGGACGCGACAAAATATGATTTCAAAA  391

seq1  GTGATAAAAAGCTGAATTTATTTTGGGGAAACTCAGTCATCTCCTGTCAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAAAAGCTGAATTTATTTTGGGGAAACTCAGTCATCTCCTGTCAT  441

seq1  CCCAAAATTACTAAGACACTTTTTTGGAAATTCATTATTTCACACAGAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAATTACTAAGACACTTTTTTGGAAATTCATTATTTCACACAGAAC  491

seq1  GTTCATACAACTGTTACACTAAAGAGTACTGCCCTTTTCATTCTCTCAGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATACAACTGTTACACTAAAGAGTACTGCCCTTTTCATTCTCTCAGC  541

seq1  ACTGTTTAGTTGACTGTAGTGTTTTGCATATGGTGAGGACTCAAGGGCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTAGTTGACTGTAGTGTTTTGCATATGGTGAGGACTCAAGGGCAC  591

seq1  TAAGATCAACAATTAATCAATTGTACTGCATGAAACTGAAAAGCTTCCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCAACAATTAATCAATTGTACTGCATGAAACTGAAAAGCTTCCAT  641

seq1  AGGGCAAAGGACACCTTCAATAGGACAAAATGGCAGCTTCCAGAATGGAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAAAGGACACCTTCAATAGGACAAAATGGCAGCTTCCAGAATGGAA  691

seq1  AAAGATCTCACCAACTCATGTCAGAGTTGACCTGCATGAACCACAAACAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCTCACCAACTCATGTCAGAGTTGACCTGCATGAACCACAAACAT  741

seq1  CCAGAGCAGAAAAACTGTCAACCTAAACTGATAAGAAAGGGGCTGTTAGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCAGAAAAACTGTCAACCTAAACTGATAAGAAAGGGGCTGTTAGT  791

seq1  TTAACAAAATAAATACACGTGTGTGTGTATATATGTATATGTGTGTGTGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAAATAAATACACGTGTGTGTGTATATATGTATATGTGTGTGTGT  841

seq1  GTGTATGGGTGTATGTGTGTATATGTTTTTATATTTGTGTGCTGTGTGTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGGGTGTATGTGTGTATATGTTTTTATATTTGTGTGCTGTGTGTT  891

seq1  TGTGTATGCTTATGTGTATATGTGGTTTTGTATTTATGTGTATGTGCTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGCTTATGTGTATATGTGGTTTTGTATTTATGTGTATGTGCTTA  941

seq1  TATATGTGCTTGTACATATGTATAGGTGCATGTGCTTTTGTGTGTGTACA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGCTTGTACATATGTATAGGTGCATGTGCTTTTGTGTGTGTACA  991

seq1  CTTACTTTTGTCCATCTCTGACAAAGAACTATATCCAAAATGTACTTTAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTTTGTCCATCTCTGACAAAGAACTATATCCAAAATGTACTTTAA  1041

seq1  AAACTCAAGATATTAGACATCAATAAAACAAATAATAATAAATATGTATA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAAGATATTAGACATCAATAAAACAAATAATAATAAATATGTATA  1091

seq1  CAGTGTGAAACAGAGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGAAACAGAGAATTC  1111