BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037M17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 31,701,266 - 31,873,175
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc25a46, Sap130
Upstream geneLOC433168, Rit2, EG666130, Syt4, LOC383420
Downstream geneLOC640549, Ammecr1l, Polr2d, EG626327, Wdr33, Sft2d3, Lims2, Gpr17, Myo7b, Iws1, Proc, LOC546710, Map3k2, Ercc3, Bin1, Gypc, LOC100041160, LOC100041170
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037M17.bB6Ng01-037M17.g
ACCDH865549DH865550
length994614
definitionDH865549|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037M17, 5' end.DH865550|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037M17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,872,182 - 31,873,175)(31,701,266 - 31,701,875)
sequence
gaattccacaggaagactggccctctgaatgtaggtgggtcagttgatat
ttgcatgccaaaaattaaaaagaaaactctgtctgagcatgtacagactt
acttcttcttgtcattagtccttaagtagtttatcaactatttatacatt
tttcttgtggtttgaatgtgaaatattccctatagactcatgtttgtttg
tttgttcgggtcccatgtagtccaggctagcctccgaaatacaaacccat
ctgttcccatcctcttaagcactggccacacagggctttaccagtgctgg
agacaaccccacaggcactctgcgagtcctcagctctcaggcctcacagg
tttcaacacttggtctccagccagtggcactgttttcggaggttgtggaa
ccttgcacatgcacacaaaccatgacacgtgagctcattagctatgaatg
tggcctaatgaaaaaccacaaacctacttaaaataccacattactttttt
ttttgaggcactctgatctttgacataagacagtaaactgctccaatcag
actcattgtgagaccatttaagtctccaagttgaatttatgaaaacagaa
cagtatgattgatttctgaaaatgcatagctcaccatgtatttattatat
tggatatgaagatacttaaaagaccactaagtaaaatatcaaccattggg
ctataataattaaccaatggtttatcaaccattctcattaaatgtaggcc
tattaaaattgtcatactagggctggagagatggctcagcagttgggagc
atgggcttatcttctagaggacttaggtccagctcccagcaccatgtatc
agcttacaactgcctgtaactcccgtttcaggatcttacacctcgcacag
acatatgtgcagggcaacacaaatattgttaaataaaacaaaaacaaact
atgctcaacaaaccaaaataatagcatttacccgtgagcaggct
gaattctttggcaagttttacgatcactctcttaagtcctatgtcctgga
gttcatctgaacaattctcattggcaaacatttctactggactggcagac
tttggagagaagatgctggcttggcctttcatctggttggtattcctgtg
atgtgatatgggcatgtggactttcattatttgttttgagttgtttatgg
attaaaaaaacaagttgggggaaaaaaaactgaaggttgggtctagagac
tgagaatttcttgagtgtaatgaagtctagtagacagaagggactgggct
ggtataccaggtgtgcttcccattccaaaacaatgtaatgtgttggggta
gataggcctgaatagaaagattggctatgatgtgggagagtcctgtagtt
tcatggagaggtggagagaatcctgacttaagtctctataggctttgtag
tgagggcagggaaagccagaacaagctggcacactggttgtgagtcccag
gaatggggtggtagagactagattaaagagctgagtagatgcagaagggg
tgtgtcctgattcaacctaagatgttgaaacgaggaggtggtcagagtgg
gcagagacactggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_31872182_31873175
seq2: B6Ng01-037M17.b_38_1032 (reverse)

seq1  AGCCTGCTCCGGGGTAAATGCTTATTATTTTGTTTTGTTGAGCCTTAGTT  50
      |||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||| |
seq2  AGCCTGCTCACGGGTAAATGC-TATTATTTTGGTTTGTTGAG-CATAG-T  47

seq1  TTGTTTTTGTTTTTTTTAAC-ATATTGGTGTTTGCCTGCACATGTGTCTG  99
      ||||||||||||| |||||| ||||| |||||  ||||||||| ||||||
seq2  TTGTTTTTGTTTTATTTAACAATATTTGTGTTGCCCTGCACATATGTCTG  97

seq1  TGCGAGGTGTCAGATCCTGAAACGGGAGTTACAGGCAGTTGTAAGCTGAT  149
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAGGTGTAAGATCCTGAAACGGGAGTTACAGGCAGTTGTAAGCTGAT  147

seq1  ACATGGTGCTGGGAGCTGGACCTAAGTCCTCTAGAAGATAAGCCCATGCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTGCTGGGAGCTGGACCTAAGTCCTCTAGAAGATAAGCCCATGCT  197

seq1  CCCAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCTAGTATGAC-ATTTTAATAGGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCTAGTATGACAATTTTAATAGGC  247

seq1  CTACATTTAATGAGAATGGTTGAT-AACCATTGGTTAATTATTATAG-CC  296
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTACATTTAATGAGAATGGTTGATAAACCATTGGTTAATTATTATAGCCC  297

seq1  AATGGTTGATATTTTACTTAGTGGTCTTTTAAGTATCTTCATATCCAATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTGATATTTTACTTAGTGGTCTTTTAAGTATCTTCATATCCAATA  347

seq1  TAATAAATACATGGTGAGCTATGCATTTTCAGAAATCAATCATACTGTTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATACATGGTGAGCTATGCATTTTCAGAAATCAATCATACTGTTC  397

seq1  TGTTTTCATAAATTCAACTTGGAGACTTAAATGGTCTCACAATGAGTCTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCATAAATTCAACTTGGAGACTTAAATGGTCTCACAATGAGTCTG  447

seq1  ATTGGAGCAGTTTACTGTCTTATGTCAAAGATCAGAGTGCCTCAAAAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGCAGTTTACTGTCTTATGTCAAAGATCAGAGTGCCTCAAAAAAA  497

seq1  AAAGTAATGTGGTATTTTAAGTAGGTTTGTGGTTTTTCATTAGGCCACAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATGTGGTATTTTAAGTAGGTTTGTGGTTTTTCATTAGGCCACAT  547

seq1  TCATAGCTAATGAGCTCACGTGTCATGGTTTGTGTGCATGTGCAAGGTTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCTAATGAGCTCACGTGTCATGGTTTGTGTGCATGTGCAAGGTTC  597

seq1  CACAACCTCCGAAAACAGTGCCACTGGCTGGAGACCAAGTGTTGAAACCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCTCCGAAAACAGTGCCACTGGCTGGAGACCAAGTGTTGAAACCT  647

seq1  GTGAGGCCTGAGAGCTGAGGACTCGCAGAGTGCCTGTGGGGTTGTCTCCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCCTGAGAGCTGAGGACTCGCAGAGTGCCTGTGGGGTTGTCTCCA  697

seq1  GCACTGGTAAAGCCCTGTGTGGCCAGTGCTTAAGAGGATGGGAACAGATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGTAAAGCCCTGTGTGGCCAGTGCTTAAGAGGATGGGAACAGATG  747

seq1  GGTTTGTATTTCGGAGGCTAGCCTGGACTACATGGGACCCGAACAAACAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTATTTCGGAGGCTAGCCTGGACTACATGGGACCCGAACAAACAA  797

seq1  ACAAACATGAGTCTATAGGGAATATTTCACATTCAAACCACAAGAAAAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACATGAGTCTATAGGGAATATTTCACATTCAAACCACAAGAAAAAT  847

seq1  GTATAAATAGTTGATAAACTACTTAAGGACTAATGACAAGAAGAAGTAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAATAGTTGATAAACTACTTAAGGACTAATGACAAGAAGAAGTAAG  897

seq1  TCTGTACATGCTCAGACAGAGTTTTCTTTTTAATTTTTGGCATGCAAATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACATGCTCAGACAGAGTTTTCTTTTTAATTTTTGGCATGCAAATA  947

seq1  TCAACTGACCCACCTACATTCAGAGGGCCAGTCTTCCTGTGGAATTCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGACCCACCTACATTCAGAGGGCCAGTCTTCCTGTGGAATTCC  995

seq1: chr18_31701266_31701875
seq2: B6Ng01-037M17.g_73_683

seq1  TTCTTTGGCAAGTTTTACGATCACTCTCTTAAGTCCTATGTCCTGGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGCAAGTTTTACGATCACTCTCTTAAGTCCTATGTCCTGGAGTT  50

seq1  CATCTGAACAATTCTCATTGGCAAACATTTCTACTGGACTGGCAGACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAACAATTCTCATTGGCAAACATTTCTACTGGACTGGCAGACTTT  100

seq1  GGAGAGAAGATGCTGGCTTGGCCTTTCATCTGGTTGGTATTCCTGTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAAGATGCTGGCTTGGCCTTTCATCTGGTTGGTATTCCTGTGATG  150

seq1  TGATATGGGCATGTGGACTTTCATTATTTGTTTTGAGTTGTTTATGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGGGCATGTGGACTTTCATTATTTGTTTTGAGTTGTTTATGGATT  200

seq1  AAAAAAACAAGTTGGGGGAAAAAAAACTGAAGGTTGGGTCTAGAGACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAAGTTGGGGGAAAAAAAACTGAAGGTTGGGTCTAGAGACTGA  250

seq1  GAATTTCTTGAGTGTAATGAAGTCTAGTAGACAGAAGGGACTGGGCTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTTGAGTGTAATGAAGTCTAGTAGACAGAAGGGACTGGGCTGGT  300

seq1  ATACCAGGTGTGCTTCCCATTCCAAAACAATGTAATGTGTTGGGGTAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGGTGTGCTTCCCATTCCAAAACAATGTAATGTGTTGGGGTAGAT  350

seq1  AGGCCTGAATAGAAAGATTGGCTATGATGTGGGAGAGTCCTGTAGTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGAATAGAAAGATTGGCTATGATGTGGGAGAGTCCTGTAGTTTCA  400

seq1  TGGAGAGGTGGAGAGAATCCTGACTTAAGTCTCTATAGGCTTTGTAGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGGTGGAGAGAATCCTGACTTAAGTCTCTATAGGCTTTGTAGTGA  450

seq1  GGGCAGGGAAAGCCAGAACAAGCTGGCACACTGGTTGTGAGTCCCAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGAAAGCCAGAACAAGCTGGCACACTGGTTGTGAGTCCCAGGAA  500

seq1  TGGGGTGGTAGAGACTAGATT-AAGAGCTGAGTAGATGCAGAAGGGGTGG  549
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGGGTGGTAGAGACTAGATTAAAGAGCTGAGTAGATGCAGAAGGGGTGT  550

seq1  GTCCTGATACAACCTAAGAGGTTGAAACGAGGAGGTGGTCAGAGTGGGCA  599
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGATTCAACCTAAGATGTTGAAACGAGGAGGTGGTCAGAGTGGGCA  600

seq1  GAGACACTGGC  610
      |||||||||||
seq2  GAGACACTGGC  611