BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038F05
Chromosome18 (Build37)
Map Location 68,988,881 - 69,032,618
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667939, D18Ertd653e, 4933403F05Rik, Rnmt, Mc5r, Mc2r
Downstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038F05.bB6Ng01-038F05.g
ACCDH865917DH865918
length1,089737
definitionDH865917|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038F05, 5' end.DH865918|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,988,881 - 68,989,975)(69,031,882 - 69,032,618)
sequence
gaattctgtgaaaatgagcattcactaagaccttactaggaaggactgca
ttcacaaaatccccttgatgttgctcatgtttcctgtaattgtgccctga
tctgtaattcacagtgaattgtttaggctcacacagggccaggtcagaga
gtccctgggactctccgttaagggtcccattgtcgttctcttcctgttat
gatgtaggaactaatccggaggtaagtatctggggactccataggttccc
agagtcagtcactgtgcctctgttcaggaatggtaacagtaaagaggaag
tgccactgcaaggtactagtggctcctttgcaattgtcaccgtgaagaga
ctttcctttccatgtgatggcaatgacacagagggaatgaatgctctggt
cacaggggcaggacagatggctgcctatggccatttaataaagtccccga
ggtatgtcctttgcttttgttttactctcctttgctttagagtccctctc
ttccttgtccccaaagttttgcagctcacaaataaaatctcaaagaaagt
taggctcttttgtatgcagatacacaactgattttaaaagttttccatgc
caaagagttgataatttttgtcctttttcagaaacattttgactcctcaa
agagaatatttcaattcctcattctactaaagccaaactttaggcattgt
aacagaagacactttacttagagtgggcatttgttaatgtcctttctcac
tgctgtggcaaaatacctgacataaaaaagcaattgattttgtctcgtgg
attgagtcatccacgagcatgggtgccaaggcaacagatgcacgaggttg
ctggttacaggtatccttgggttggaaacagagaggaattcatgttactc
cttttttctccttttgattggggccagaaccccagaccatgggatagggc
tgccaacaatcacagtggcttttcttatctcacttagcgttaccataaac
atcctcacagacatacccagaggtcactctacgatgatctcaaacttatc
aggttgcagtagtcttacatgatcagaagctgtagagga
gaattccctcgtccttctttacatcttcattgaaactttccagtggagca
gttagacgagagccctgctctacccactgtaagagagaggcctgcagttt
ggccagggtctgttgccttcggtttggggagagtagagtctcattctcca
aggtgtctctgtctccgtagctttgtattacctcacagaagagaatgctg
cagttaaactttgggggcagcttgggagggctacagaagggacacttggt
ttgactggttgtcacattctctcttgccatgaagcttcagaggatggtgg
tatctatcagggctcatagcttttcctaatgaggcttcaccatatctagg
gtggatagagtctgcaagctgtagtcagtctatttgcaagtaaaggctaa
ccaatacagattagaaggtgaaagtattgtgttaatcagtagaggaccaa
tttctcttgtccttgttcatctaaatacagtccagaataatcattatttc
tctatctaacccctatgtgcattgccaaacatctttggtacagcctgcta
ggctttaatcctaaaacctcttagactggtggtggtggtggtgacgacga
caacgacgacgacgatgatggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcatgcac
atatgcatgcatgtggggccaggaatgaacatagactgtttcctctatag
ctttgaaccttatttttgagacagggtctcttactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_68988881_68989975
seq2: B6Ng01-038F05.b_47_1135

seq1  GAATTCTGTGAAAATGAGCATTCACTAAGACCTTACTAGGAAGGACTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGAAAATGAGCATTCACTAAGACCTTACTAGGAAGGACTGCA  50

seq1  TTCACAAAATCCCCTTGATGTTGCTCATGTTTCCTGTAATTGTGCCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAAATCCCCTTGATGTTGCTCATGTTTCCTGTAATTGTGCCCTGA  100

seq1  TCTGTAATTCACAGTGAATTGTTTAGGCTCACACAGGGCCAGGTCAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATTCACAGTGAATTGTTTAGGCTCACACAGGGCCAGGTCAGAGA  150

seq1  GTCCCTGGGACTCTCCGTTAAGGGTCCCATTGTCGTTCTCTTCCTGTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGGGACTCTCCGTTAAGGGTCCCATTGTCGTTCTCTTCCTGTTAT  200

seq1  GATGTAGGAACTAATCCGGAGGTAAGTATCTGGGGACTCCATAGGTTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGGAACTAATCCGGAGGTAAGTATCTGGGGACTCCATAGGTTCCC  250

seq1  AGAGTCAGTCACTGTGCCTCTGTTCAGGAATGGTAACAGTAAAGAGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGTCACTGTGCCTCTGTTCAGGAATGGTAACAGTAAAGAGGAAG  300

seq1  TGCCACTGCAAGGTACTAGTGGCTCCTTTGCAATTGTCACCGTGAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTGCAAGGTACTAGTGGCTCCTTTGCAATTGTCACCGTGAAGAGA  350

seq1  CTTTCCTTTCCATGTGATGGCAATGACACAGAGGGAATGAATGCTCTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTCCATGTGATGGCAATGACACAGAGGGAATGAATGCTCTGGT  400

seq1  CACAGGGGCAGGACAGATGGCTGCCTATGGCCATTTAATAAAGTCCCCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGGCAGGACAGATGGCTGCCTATGGCCATTTAATAAAGTCCCCGA  450

seq1  GGTATGTCCTTTGCTTTTGTTTTACTCTCCTTTGCTTTAGAGTCCCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTCCTTTGCTTTTGTTTTACTCTCCTTTGCTTTAGAGTCCCTCTC  500

seq1  TTCCTTGTCCCCAAAGTTTTGCAGCTCACAAATAAAATCTCAAAGAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGTCCCCAAAGTTTTGCAGCTCACAAATAAAATCTCAAAGAAAGT  550

seq1  TAGGCTCTTTTGTATGCAGATACACAACTGATTTTAAAAGTTTTCCATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCTTTTGTATGCAGATACACAACTGATTTTAAAAGTTTTCCATGC  600

seq1  CAAAGAGTTGATAATTTTTGTCCTTTTTCAGAAACATTTTGACTCCTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTTGATAATTTTTGTCCTTTTTCAGAAACATTTTGACTCCTCAA  650

seq1  AGAGAATATTTCAATTCCTCATTCTACTAAAGCCAAACTTTAGGCATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATATTTCAATTCCTCATTCTACTAAAGCCAAACTTTAGGCATTGT  700

seq1  AACAGAAGACACTTTACTTAGAGTGGGCATTTGTTAATGTCCTTTCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGACACTTTACTTAGAGTGGGCATTTGTTAATGTCCTTTCTCAC  750

seq1  TGCTGTGGCAAAATACCTGACATAAAAAAGCAATTGATTTTGTCTCGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGGCAAAATACCTGACATAAAAAAGCAATTGATTTTGTCTCGTGG  800

seq1  ATTGAGTCATCCACGAGCATGGGTGCCAAGGCAACAGATGCACGAGGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTCATCCACGAGCATGGGTGCCAAGGCAACAGATGCACGAGGTTG  850

seq1  CTGGTTACAGGTATCCTTGGGTTGGAAACAGAGAGGAATTCATGTTACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTACAGGTATCCTTGGGTTGGAAACAGAGAGGAATTCATGTTACTC  900

seq1  C-TTTTTCTCCTTTTGATTGGGGCCAGAACCCCAGACCATGGGATAGGGC  949
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTCTCCTTTTGATTGGGGCCAGAACCCCAGACCATGGGATAGGGC  950

seq1  TGCCAACAATCACAGTGGCTTTTCTTATCTCACTTAAGCGTTACCATAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCAACAATCACAGTGGCTTTTCTTATCTCACTT-AGCGTTACCATAAA  999

seq1  CATCCTCACAGACATACCCAGAGGTCCAACTCTACGATGATTCTCAAACT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||
seq2  CATCCTCACAGACATACCCAGAGGTC--ACTCTACGATGA-TCTCAAACT  1046

seq1  TATCAGGTTGCCAGTTAGTCTTACATGATCAGAAAGCTGTAGAGGA  1095
      |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATCAGGTTG-CAG-TAGTCTTACATGATCAG-AAGCTGTAGAGGA  1089

seq1: chr18_69031882_69032618
seq2: B6Ng01-038F05.g_67_802 (reverse)

seq1  CAGTAAGAGACCCTGTCTCAAAAATAAGGTTCAAAGCTATAGAGGAATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGTAAGAGACCCTGTCTCAAAAATAAGGTTCAAAGCTATAGAGGAA-AC  49

seq1  AGTCTATGTTCATTCCTGGCCCCACATGCATGCATATGTGCATGCGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATGTTCATTCCTGGCCCCACATGCATGCATATGTGCATGCGCACA  99

seq1  CACACACACACACACCCCATCATCGTCGTCGTCGTTGTCGTCGTCACCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACCCCATCATCGTCGTCGTCGTTGTCGTCGTCACCAC  149

seq1  CACCACCACCAGTCTAAGAGGTTTTAGGATTAAAGCCTAGCAGGCTGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCACCAGTCTAAGAGGTTTTAGGATTAAAGCCTAGCAGGCTGTAC  199

seq1  CAAAGATGTTTGGCAATGCACATAGGGGTTAGATAGAGAAATAATGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGTTTGGCAATGCACATAGGGGTTAGATAGAGAAATAATGATTA  249

seq1  TTCTGGACTGTATTTAGATGAACAAGGACAAGAGAAATTGGTCCTCTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACTGTATTTAGATGAACAAGGACAAGAGAAATTGGTCCTCTACT  299

seq1  GATTAACACAATACTTTCACCTTCTAATCTGTATTGGTTAGCCTTTACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACACAATACTTTCACCTTCTAATCTGTATTGGTTAGCCTTTACTT  349

seq1  GCAAATAGACTGACTACAGCTTGCAGACTCTATCCACCCTAGATATGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAGACTGACTACAGCTTGCAGACTCTATCCACCCTAGATATGGTG  399

seq1  AAGCCTCATTAGGAAAAGCTATGAGCCCTGATAGATACCACCATCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCATTAGGAAAAGCTATGAGCCCTGATAGATACCACCATCCTCTG  449

seq1  AAGCTTCATGGCAAGAGAGAATGTGACAACCAGTCAAACCAAGTGTCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCATGGCAAGAGAGAATGTGACAACCAGTCAAACCAAGTGTCCCT  499

seq1  TCTGTAGCCCTCCCAAGCTGCCCCCAAAGTTTAACTGCAGCATTCTCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGCCCTCCCAAGCTGCCCCCAAAGTTTAACTGCAGCATTCTCTTC  549

seq1  TGTGAGGTAATACAAAGCTACGGAGACAGAGACACCTTGGAGAATGAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGTAATACAAAGCTACGGAGACAGAGACACCTTGGAGAATGAGAC  599

seq1  TCTACTCTCCCCAAACCGAAGGCAACAGACCCTGGCCAAACTGCAGGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCTCCCCAAACCGAAGGCAACAGACCCTGGCCAAACTGCAGGCCT  649

seq1  CTCTCTTACAGTGGGTAGAGCAGGGCTCTCGTCTAACTGCTCCACTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTACAGTGGGTAGAGCAGGGCTCTCGTCTAACTGCTCCACTGGAA  699

seq1  AGTTTCAATGAAGATGTAAAGAAGGACGAGGGAATTC  737
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAATGAAGATGTAAAGAAGGACGAGGGAATTC  736