BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048P11
Chromosome18 (Build37)
Map Location 26,281,899 - 26,331,282
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFhod3, 5730494M16Rik, AW554918, Brunol4, LOC100041241, LOC665916, LOC100041263, LOC100041274
Downstream geneEG665977
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048P11.bB6Ng01-048P11.g
ACCDH873367DH873368
length1,080996
definitionDH873367|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P11, 5' end.DH873368|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,330,178 - 26,331,282)(26,281,899 - 26,282,905)
sequence
gaattctaatatctctggctctggtttgcaatgactatatagtgctttgc
attccttccataaagaagcatctaatataacgaagcataaaacatagtag
ctaccacccagggtcttttagaacaaggactctctttagaatatgaacac
tgacaacagttggacttccttcataaaatctatagccaatggagtatctt
ccattcactaatgtactgataatgacacagaaaaagcaacatccatctat
ctctccttaaatctagaaaaccctaatgtgcttatctgaacgagaatggt
cacccaaacactcactaactcactaacttctttgttaccagctagtaaaa
ttacttggaaataacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacgattgacttttaaaaaaaaaagttcttctgatcacaatg
aagaagcatacacatagaaaacagaaaagggtcttactactcagacaaac
tggttgagtcagcaagcattgcctgagctggatatggtaccttgaaagca
taaatgatgctaccctagcccatagagactcatttggtaaggggtttgca
gaaatacataggtataaagggatgtgggcataaataactatgaaatttta
aggtttttacatagctttgatatataattttaaaattctattgaaaaaga
atatcctgttacatatttcagattataaaaccaatatttatgcccattgc
tcagcacattaatgtaatcaaaaggaatgggtttatgacactggtttagg
tttttttcagagaagcctttacaccaagtcattctctggcttagctaaac
aacactacattgtttattaggaaaatgccagagtgggtctgggtgcagat
catgggcatgggcatacttaacatacatagagagtttatcagtctttagc
atggggagagggatacatagatgatgactgatggcatggagggagttaat
gagaactgtgatcacatagaggtatgatcagtgatgctcactggagtatc
ttatcacatctgctttactagactgatgga
gaattccaaggacaaaggagggaatggagagatacacagagaagataaca
gattccatgacagtgggtcctctgactactacaaggttaaatattctaga
ttttactgctctgtacagttgagaggtagaatttctttgagtatttaact
atagatagcagtcattattggggaaactggaaaattcacctcttaactaa
accacccatctcttgctgtccctcccaggcccatatctatgatatcccta
catcactatccacagtctttagctacagagaattatcagggacttaatag
tcagttggggtttaatgactcttctgtgcgtcttggaccatcaactcctc
ccggactctcattaatcccaggggcaatggcttagactgtgatcattatt
gctttaacaaacacttctagtagatgagagtaactctccatttatcttcc
atggaaattcatcctgctggactgacactgtcagccagacacacacgctt
ttgtcttgaagttcaaaggaatggtattattgctctctgcatttattata
ttgaaagcaaaagctaattaaatgttaaagttcctggctgcctagtgaca
aggaaaggctggtcaagtttcttttacaaagttttgttaatattgtgagg
agacctttactgttgggaagattagaggcacgtcacaggtaagcagtagg
gaactgacgcctttaaagtggtagtagttcacagaatgaagatcttaaca
gtctaagcaaatgaaaaatactaattaagtagcttgcatataaattccct
ttaaaattcttttattgtcattgatcttagtttcatacttatagacttaa
tttaaaaacaagttgattgttgtaaaacaaaaaagtaaagctgagttcat
gattacacacacatagcagcaactgcctgtcatgtcatttcagttgatca
tcatgaccagatacagtgagaaactcatagtgttattataaataac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_26330178_26331282
seq2: B6Ng01-048P11.b_47_1126 (reverse)

seq1  TCCATCAAAGTCTTAGTAAAGGCAGATGGGTGATATAGGGATACT-CAGT  49
      ||||||  |||| ||||||| ||||||  ||||||    |||||| ||| 
seq2  TCCATC--AGTC-TAGTAAA-GCAGAT--GTGATA---AGATACTCCAG-  40

seq1  TTGAGCATCACTGATCATACCTCTATTGTGAATTCACAGTTTCTCATTTT  99
       |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||| || 
seq2  -TGAGCATCACTGATCATACCTCTA-TGTGA--TCACAG-TTCTCA-TTA  84

seq1  ACTCCCTTCCATGCCATCATGTCATCATCCTATGGTATTCCTTTCTCTCA  149
      |||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||| ||  |||| | 
seq2  ACTCCC-TCCATGCCATCA-GTCATCAT-CTAT-GTATCCC--TCTCCCC  128

seq1  TTGCTAAAGACTGAATACACTCTCTTATGTATGTTAAGTATGCCCATGCC  199
       |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAAGACTG-ATAAACTCTC-TATGTATGTTAAGTATGCCCATGCC  176

seq1  CATTGATCTGCACCCAGACCCACTCTTGGCATTTTCTTAATAAACAATGT  249
      || |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  CA-TGATCTGCACCCAGACCCACTC-TGGCATTTTCCTAATAAACAATGT  224

seq1  AGTGTTGTTTAGCTAAGCCAGAGAATGACTTGGTGTAAAGGCTTCTCTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGTTTAGCTAAGCCAGAGAATGACTTGGTGTAAAGGCTTCTCTGA  274

seq1  AAAAAACCTAAACCAGTGTCATAAACCCATTCCTTTTGATTACATTAATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCTAAACCAGTGTCATAAACCCATTCCTTTTGATTACATTAATG  324

seq1  TGCTGAGCAATGGGCATAAATATTGGTTTTATAATCTGAAATATGTAACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCAATGGGCATAAATATTGGTTTTATAATCTGAAATATGTAACA  374

seq1  GGATATTCTTTTTCAATAGAATTTTAAAATTATATATCAAAGCTATGTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTCTTTTTCAATAGAATTTTAAAATTATATATCAAAGCTATGTAA  424

seq1  AAACCTTAAAATTTCATAGTTATTTATGCCCACATCCCTTTATACCTATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTAAAATTTCATAGTTATTTATGCCCACATCCCTTTATACCTATG  474

seq1  TATTTCTGCAAACCCCTTACCAAATGAGTCTCTATGGGCTAGGGTAGCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGCAAACCCCTTACCAAATGAGTCTCTATGGGCTAGGGTAGCAT  524

seq1  CATTTATGCTTTCAAGGTACCATATCCAGCTCAGGCAATGCTTGCTGACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATGCTTTCAAGGTACCATATCCAGCTCAGGCAATGCTTGCTGACT  574

seq1  CAACCAGTTTGTCTGAGTAGTAAGACCCTTTTCTGTTTTCTATGTGTATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGTTTGTCTGAGTAGTAAGACCCTTTTCTGTTTTCTATGTGTATG  624

seq1  CTTCTTCATTGTGATCAGAAGAACTTTTTTTTTTAAAAGTCAATCGTGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCATTGTGATCAGAAGAACTTTTTTTTTTAAAAGTCAATCGTGTG  674

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATTTCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATTTCC  724

seq1  AAGTAATTTTACTAGCTGGTAACAAAGAAGTTAGTGAGTTAGTGAGTGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTTTACTAGCTGGTAACAAAGAAGTTAGTGAGTTAGTGAGTGTT  774

seq1  TGGGTGACCATTCTCGTTCAGATAAGCACATTAGGGTTTTCTAGATTTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGACCATTCTCGTTCAGATAAGCACATTAGGGTTTTCTAGATTTAA  824

seq1  GGAGAGATAGATGGATGTTGCTTTTTCTGTGTCATTATCAGTACATTAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATAGATGGATGTTGCTTTTTCTGTGTCATTATCAGTACATTAGT  874

seq1  GAATGGAAGATACTCCATTGGCTATAGATTTTATGAAGGAAGTCCAACTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAAGATACTCCATTGGCTATAGATTTTATGAAGGAAGTCCAACTG  924

seq1  TTGTCAGTGTTCATATTCTAAAGAGAGTCCTTGTTCTAAAAGACCCTGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGTGTTCATATTCTAAAGAGAGTCCTTGTTCTAAAAGACCCTGGG  974

seq1  TGGTAGCTACTATGTTTTATGCTTCGTTATATTAGATGCTTCTTTATGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCTACTATGTTTTATGCTTCGTTATATTAGATGCTTCTTTATGGA  1024

seq1  AGGAATGCAAAGCACTATATAGTCATTGCAAACCAGAGCCAGAGATATTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCAAAGCACTATATAGTCATTGCAAACCAGAGCCAGAGATATTA  1074

seq1  GAATTC  1105
      ||||||
seq2  GAATTC  1080

seq1: chr18_26281899_26282905
seq2: B6Ng01-048P11.g_69_1064

seq1  GAATTCCAAGGACAAAGGAGGGAATGGAGAGATACACAGAGAAGATAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGACAAAGGAGGGAATGGAGAGATACACAGAGAAGATAACA  50

seq1  GATTCCATGACAGTGGGTCCTCTGACTACTACAAGGTTAAATATTCTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCATGACAGTGGGTCCTCTGACTACTACAAGGTTAAATATTCTAGA  100

seq1  TTTTACTGCTCTGTACAGTTGAGAGGTAGAATTTCTTTGAGTATTTAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTGCTCTGTACAGTTGAGAGGTAGAATTTCTTTGAGTATTTAACT  150

seq1  ATAGATAGCAGTCATTATTGGGGAAACTGGAAAATTCACCTCTTAACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGCAGTCATTATTGGGGAAACTGGAAAATTCACCTCTTAACTAA  200

seq1  ACCACCCATCTCTTGCTGTCCCTCCCAGGCCCATATCTATGATATCCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCATCTCTTGCTGTCCCTCCCAGGCCCATATCTATGATATCCCTA  250

seq1  CATCACTATCCACAGTCTTTAGCTACAGAGAATTATCAGGGACTTAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTATCCACAGTCTTTAGCTACAGAGAATTATCAGGGACTTAATAG  300

seq1  TCAGTTGGGGTTTAATGACTCTTCTGTGCGTCTTGGACCATCAACTCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGGGGTTTAATGACTCTTCTGTGCGTCTTGGACCATCAACTCCTC  350

seq1  CCGGACTCTCATTAATCCCAGGGGCAATGGCTTAGACTGTGATCATTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACTCTCATTAATCCCAGGGGCAATGGCTTAGACTGTGATCATTATT  400

seq1  GCTTTAACAAACACTTCTAGTAGATGAGAGTAACTCTCCATTTATCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAACAAACACTTCTAGTAGATGAGAGTAACTCTCCATTTATCTTCC  450

seq1  ATGGAAATTCATCCTGCTGGACTGACACTGTCAGCCAGACACACACGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATTCATCCTGCTGGACTGACACTGTCAGCCAGACACACACGCTT  500

seq1  TTGTCTTGAAGTTCAAAGGAATGGTATTATTGCTCTCTGCATTTATTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTGAAGTTCAAAGGAATGGTATTATTGCTCTCTGCATTTATTATA  550

seq1  TTGAAAGCAAAAGCTAATTAAATGTTAAAGTTCCTGGCTGCCTAGTGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGCAAAAGCTAATTAAATGTTAAAGTTCCTGGCTGCCTAGTGACA  600

seq1  AGGAAAGGCTGGTCAAGTTTCTTTTACAAAGTTTTGTTAATATTGTGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGCTGGTCAAGTTTCTTTTACAAAGTTTTGTTAATATTGTGAGG  650

seq1  AGACCTTTACTGTTGGGAAGATTAGAGGCACGTCACAGGTAAGCAGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTTACTGTTGGGAAGATTAGAGGCACGTCACAGGTAAGCAGTAGG  700

seq1  GAACTGACGCCTTTAAAGTGGTAGTAGTTCACAGAATGAAGATCTTAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGACGCCTTTAAAGTGGTAGTAGTTCACAGAATGAAGATCTTAACA  750

seq1  GTCTAAGCAAATGAAAAATACTAATTAAGTAGCTTGCATATAAATT-CCT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTCTAAGCAAATGAAAAATACTAATTAAGTAGCTTGCATATAAATTCCCT  800

seq1  TTAAAATTCCTTTATTGTCATTGATCTTTAGTTTCATACTTATAGACTTA  849
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTCTTTTATTGTCATTGATC-TTAGTTTCATACTTATAGACTTA  849

seq1  ATTTAAAAACAAGTTGATTGTTGTAAAAACAAAAAAGTAAAGCTGAGTTC  899
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAACAAGTTGATTGTTGT-AAAACAAAAAAGTAAAGCTGAGTTC  898

seq1  ATGATTTACACACAACATAGCAGCAACTGCCTGTCATGTTCATTTCAGGT  949
      |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATGA-TTACACAC-ACATAGCAGCAACTGCCTGTCATG-TCATTTCAGTT  945

seq1  GATTCATCAATGACCCAGATTACAGTGAGAAACTTCATAGTGTTTATTAT  999
      || ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  GA-TCATC-ATGA-CCAGA-TACAGTGAGAAAC-TCATAGTG-TTATTAT  989

seq1  AAAATAAC  1007
       |||||||
seq2  -AAATAAC  996