BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049O22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 81,716,107 - 81,844,952
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039336, A430076E10Rik, LOC100039348, Nfatc1, Atp9b, Sall3, LOC665124
Downstream geneLOC100039458, LOC100040871, B020010K11Rik, Galr1, Mbp, EG637748, Zfp236
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049O22.bB6Ng01-049O22.g
ACCDH874039DH874040
length9741,005
definitionDH874039|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049O22, 5' end.DH874040|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049O22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,843,956 - 81,844,952)(81,716,107 - 81,717,127)
sequence
gaattctgcatgcacagataatgctacagaagatcaaagcaattatccat
gtcaattttatcgcgggcatatggggtttctgccgacttccgaaagaaca
catgtttatcttccctgttaggcacccaggtgtggacagttgtcagacat
cctaacccaggcaggaagatgtttcatagaaacacgcacgttgctcgtag
actcccaaccacgtcggggcttatacttctcagtgttctaaggttaagga
tcctgtagtgttacaatcttttcctctctcgattcacccagcttcagttt
gatcttaaggttgccagccagactagactgtaaagccagctgtgtgagct
gttggtgcagcgtgtggcatgccttagatatctgtgctgcgtacggcgaa
acattaggagcacatccattgtgccctcaggcagggaggtgacactttga
tccctccggccccttccttccagttaggagaactctgaactctaccatgt
ttccccctatcaaaaacaatggggagaatcctgacccctgcctgaccctt
ggcacaagtaaaatgcgattttatgacattccatcagggaaaaacaattc
cctgtcagaaggagctggcgtggctggagctggcgtggctggactccagg
caaacactgagcagagacaagtgcagctactactactggtatttgcagtt
aattttgggccagaactccctgttaactctctttacacacaaggaatatt
cacctctcaatatattgaataaatcaataaataaggtttatcaaaaattt
taagtagacacaattaaataagcatattccttgtgaggaggagcaatgtg
cattttaataagtctatattttgtgctaagtaatattgtttgctctcaga
tctggctttttaactatgtatatttagaatcgctgtgtttaacgactgga
tataaaatccacactttatatata
gaattcagcaccaaggctgcaatgaagctgtggggtggaacagaagccac
caagccccgcaaagaagctcagatctgttaggtatctgattttagatgaa
atttggcctctgaatggtcagaaacctttccccgacccttacattgagtt
acgtgacccacagtataggaagctgtgtgctccaaattgtttatttccac
caaaggcaattctgctttctctgcatcatttaaatggatcaacatgacct
gaattgaaaactgtatcatctacctatcaaacattgtcaaaaattattga
ctatttcccaggggatggagcaattgggtctactctacacgtcccctact
tgttcccagcacccaagaaacctagcagctcctgagggtcaagtgaaaaa
ctcttggttgatttgtgctgagaacagccttaacccccttctcttcagtt
tgtcagtacggcagattgccaacgactgagctggtgtgaaagcccgtggt
gtatatgaagccccttagtgttgcccacccatttatgggcttgtttccat
gtctgaatcaaatagtaagttaatggttatttctaatttatttaacctta
ctattaagacttatggatttgatttttccctaaagagaattctttgtgac
acagccaggtgcgtgcctgtaatatcacatgatttcaagagtagaggcga
gtctcacttgctgggaactctactgatgagctcatgaaccctctgaggta
cctttgggttttggataaaaatgagaaacatggctgcaattgttgatctc
acataaagcctccctctgcccatgacttgaagatgtcttacagctgctgc
ttagccaacggtctctgttcattatggacgcttagcacacagatgtgttt
atcaacttggcagtgatatataatgctgtgttacctgctactctgagacg
atttctttttaaagcatagtttggtatacaatagtctctaatgataagtt
aaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_81843956_81844952
seq2: B6Ng01-049O22.b_46_1019 (reverse)

seq1  TATAAATAAAGTGTGGGATTTTTATATCCCCAGTCTGTAAAACACAGCGA  50
      |||| |||||||||||   ||||||||  |||||| || |||||||||||
seq2  TATATATAAAGTGTGG--ATTTTATAT--CCAGTC-GTTAAACACAGCGA  45

seq1  TTTCTAAAAATAATACCTTAGTTTTAAAAAAGCCAGAATCTGAAGAGCAA  100
       ||||||| |||    | |||||   |||||||||| ||||| |||||||
seq2  -TTCTAAATATA----CATAGTT---AAAAAGCCAG-ATCTG-AGAGCAA  85

seq1  ACAAATATTAACTTAGCACAAAATATAGGACTTATTAAAATGCAACAATT  150
      || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||
seq2  AC-AATATT-ACTTAGCACAAAATATA-GACTTATTAAAATGCA--CATT  130

seq1  GCTTCTCCTCAC-AGGAATATGCTTATTTATTTGTGTCTACTTTAAAATT  199
      ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |
seq2  GCTCCTCCTCACAAGGAATATGCTTATTTAATTGTGTCTACTT--AAAAT  178

seq1  TTTTGATAATCCTTATTTATTGATTTATTCAATATATTTGAGAGGTGAAT  249
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTTGATAAACCTTATTTATTGATTTATTCAATATA-TTGAGAGGTGAAT  227

seq1  ATTCCTTGTGTGTTAAGGAGAGTTAACAGGGAGTTCTGGCCCAAAATTAA  299
      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTGTGTG-TAAAGAGAGTTAACAGGGAGTTCTGGCCCAAAATTAA  276

seq1  CTGCAAATACCAGTAGTAGTAGCTGCACTTGTCTCTGCTCAGTGTTTGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATACCAGTAGTAGTAGCTGCACTTGTCTCTGCTCAGTGTTTGCC  326

seq1  TGGAGTCCAGCCACGCCAGCTCCAGCCACGCCAGCTCCTTCTGACAGGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCAGCCACGCCAGCTCCAGCCACGCCAGCTCCTTCTGACAGGGA  376

seq1  ATTGTTTTTCCCTGATGGAATGTCATAAAATCGCATTTTACTTGTGCCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTTCCCTGATGGAATGTCATAAAATCGCATTTTACTTGTGCCAA  426

seq1  GGGTCAGGCAGGGGTCAGGATTCTCCCCATTGTTTTTGATAGGGGGAAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGGCAGGGGTCAGGATTCTCCCCATTGTTTTTGATAGGGGGAAAC  476

seq1  ATGGTAGAGTTCAGAGTTCTCCTAACTGGAAGGAAGGGGCCGGAGGGATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGAGTTCAGAGTTCTCCTAACTGGAAGGAAGGGGCCGGAGGGATC  526

seq1  AAAGTGTCACCTCCCTGCCTGAGGGCACAATGGATGTGCTCCTAATGTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTCACCTCCCTGCCTGAGGGCACAATGGATGTGCTCCTAATGTTT  576

seq1  CGCCGTACGCAGCACAGATATCTAAGGCATGCCACACGCTGCACCAACAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCGTACGCAGCACAGATATCTAAGGCATGCCACACGCTGCACCAACAG  626

seq1  CTCACACAGCTGGCTTTACAGTCTAGTCTGGCTGGCAACCTTAAGATCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACAGCTGGCTTTACAGTCTAGTCTGGCTGGCAACCTTAAGATCAA  676

seq1  ACTGAAGCTGGGTGAATCGAGAGAGGAAAAGATTGTAACACTACAGGATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGCTGGGTGAATCGAGAGAGGAAAAGATTGTAACACTACAGGATC  726

seq1  CTTAACCTTAGAACACTGAGAAGTATAAGCCCCGACGTGGTTGGGAGTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCTTAGAACACTGAGAAGTATAAGCCCCGACGTGGTTGGGAGTCT  776

seq1  ACGAGCAACGTGCGTGTTTCTATGAAACATCTTCCTGCCTGGGTTAGGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGCAACGTGCGTGTTTCTATGAAACATCTTCCTGCCTGGGTTAGGAT  826

seq1  GTCTGACAACTGTCCACACCTGGGTGCCTAACAGGGAAGATAAACATGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGACAACTGTCCACACCTGGGTGCCTAACAGGGAAGATAAACATGTG  876

seq1  TTCTTTCGGAAGTCGGCAGAAACCCCATATGCCCGCGATAAAATTGACAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCGGAAGTCGGCAGAAACCCCATATGCCCGCGATAAAATTGACAT  926

seq1  GGATAATTGCTTTGATCTTCTGTAGCATTATCTGTGCATGCAGAATTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATTGCTTTGATCTTCTGTAGCATTATCTGTGCATGCAGAATTC  974

seq1: chr18_81716107_81717127
seq2: B6Ng01-049O22.g_66_1070

seq1  GAATTCAGCACCAAGGCTGCAATGAAGCTGTGGGGTGGAACAGAAGCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCACCAAGGCTGCAATGAAGCTGTGGGGTGGAACAGAAGCCAC  50

seq1  CAAGCCCCGCAAAGAAGCTCAGATCTGTTAGGTATCTGATTTTAGATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCCGCAAAGAAGCTCAGATCTGTTAGGTATCTGATTTTAGATGAA  100

seq1  ATTTGGCCTCTGAATGGTCAGAAACCTTTCCCCGACCCTTACATTGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCCTCTGAATGGTCAGAAACCTTTCCCCGACCCTTACATTGAGTT  150

seq1  ACGTGACCCACAGTATAGGAAGCTGTGTGCTCCAAATTGTTTATTTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGACCCACAGTATAGGAAGCTGTGTGCTCCAAATTGTTTATTTCCAC  200

seq1  CAAAGGCAATTCTGCTTTCTCTGCATCATTTAAATGGATCAACATGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCAATTCTGCTTTCTCTGCATCATTTAAATGGATCAACATGACCT  250

seq1  GAATTGAAAACTGTATCATCTACCTATCAAACATTGTCAAAAATTATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGAAAACTGTATCATCTACCTATCAAACATTGTCAAAAATTATTGA  300

seq1  CTATTTCCCAGGGGATGGAGCAATTGGGTCTACTCTACACGTCCCCTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCCCAGGGGATGGAGCAATTGGGTCTACTCTACACGTCCCCTACT  350

seq1  TGTTCCCAGCACCCAAGAAACCTAGCAGCTCCTGAGGGTCAAGTGAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCAGCACCCAAGAAACCTAGCAGCTCCTGAGGGTCAAGTGAAAAA  400

seq1  CTCTTGGTTGATTTGTGCTGAGAACAGCCTTAACCCCCTTCTCTTCAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGTTGATTTGTGCTGAGAACAGCCTTAACCCCCTTCTCTTCAGTT  450

seq1  TGTCAGTACGGCAGATTGCCAACGACTGAGCTGGTGTGAAAGCCCGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTACGGCAGATTGCCAACGACTGAGCTGGTGTGAAAGCCCGTGGT  500

seq1  GTATATGAAGCCCCTTAGTGTTGCCCACCCATTTATGGGCTTGTTTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGAAGCCCCTTAGTGTTGCCCACCCATTTATGGGCTTGTTTCCAT  550

seq1  GTCTGAATCAAATAGTAAGTTAATGGTTATTTCTAATTTATTTAACCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAATCAAATAGTAAGTTAATGGTTATTTCTAATTTATTTAACCTTA  600

seq1  CTATTAAGACTTATGGATTTGATTTTTCCCTAAAGAGAATTCTTTGTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAGACTTATGGATTTGATTTTTCCCTAAAGAGAATTCTTTGTGAC  650

seq1  ACAGCCAGGTGCGTGCCTGTAATATCACATGATTTCAAGAGTAGAGGCGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAGGTGCGTGCCTGTAATATCACATGATTTCAAGAGTAGAGGCGA  700

seq1  GTCTCACTTGCTGGGAACTCTACTGATGAGCTCATGAACCCTCTGAGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACTTGCTGGGAACTCTACTGATGAGCTCATGAACCCTCTGAGGTA  750

seq1  CCTTTGGGTTTTGGATAAAAATGAGAAACATGGCTGCAATTGTTGATCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGTTTTGGATAAAAATGAGAAACATGGCTGCAATTGTTGATCTC  800

seq1  ACATAAAGCCTCCCTCTGCCCATGACTTGAAGATGTCTTACAGCTGCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAGCCTCCCTCTGCCCATGACTTGAAGATGTCTTACAGCTGCTGC  850

seq1  TTAGCCAACGGTCTCTGTTCATTATGGACGCTTAGCACACCAGGATTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||
seq2  TTAGCCAACGGTCTCTGTTCATTATGGACGCTTAGCACA-CAG--ATGTG  897

seq1  TTTATTCAACTTGGCAGTGATATATAATGCTTGTGTTTACCCTGCTACTC  950
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||
seq2  TTTA-TCAACTTGGCAGTGATATATAATGC-TGTGTT--ACCTGCTACTC  943

seq1  TGAAGACAGATTTCTTTTTTAAAGCATAGTTTTGGTATACAAATAGTCTT  1000
      || |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| 
seq2  TG-AGAC-GATTTC-TTTTTAAAGCATAG-TTTGGTATAC-AATAGTCT-  987

seq1  CTTAATAGATACAGTTAAAAA  1021
        |||| |||| |||||||||
seq2  -CTAAT-GATA-AGTTAAAAA  1005