BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051E11
Chromosome18 (Build37)
Map Location 71,180,137 - 71,251,637
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
Downstream geneDcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051E11.bB6Ng01-051E11.g
ACCDH874968DH874969
length1,1821,222
definitionDH874968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051E11, 5' end.DH874969|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051E11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,180,137 - 71,181,350)(71,250,390 - 71,251,637)
sequence
gaattcttccagccttattcctgcgcccatttataaggattttcttctta
cccattgcagcttcattacccttcatttgtagctggcttccagatgagca
ccccaatctaagagtgagacaatgagaaaaaaaaaaaaagaagaactcca
aacagatgatgaatcaatcacttatgctgcattgggctcattagatgtga
gtcacaaagtcccacccaccattagaggagggggtcctaacttcctaatg
ctgcacccctttaatacaatccatgctgtggttatccccaaccataaaat
catctcattgctacttgatacctgtaattttgctactgttatgaactgca
atgtaaatgtctgatagtagggtaccatgtacaaccaaccccctccctgg
gccccaggttgagaactactgtattagagtgtgaatatcggaaatcagcc
aagtcttgggctctctttgaggataagaatgatagaacatcaattatttg
catcatctctgataggtaaaatgttagcacaacaagatgacaagttagag
attatgattcaaatcagtcaaggcaagaatagcaaaatcatttatcatat
gagcacctcttctgtttaaggtttgtgcagatgggaaatccttgaaaaat
gttgcaacccacctcagctggagatattgtacatccattcgtcttgtcct
attcaggaaactactgggattcatgatgtttaaatggagagttaggtttc
caagctgttcaggtttaattctgcctctgctgtttgttatcaaggtatcc
ttgaaatagtcactcagcctccctatgcctcactttcattgattacaaaa
atgcatatcagtttggtcagaatgaaaccttatacaaagacaagttctct
ggacaaagtttacttatagcaagtgctcaatattacccaaactctggcta
tcctatttcctcaccaccacatggtttagacggtagagcaggacagccat
gtcacgttcctctatgcctgtgtcaccaaacattctcattttcaggtatg
gaaccaactcatgatcttttctctttatggtggtagcatgtgagcaggtg
actaccctgctctccacagcaacctggaatggttcaagacatagcagtac
ctggccacagattactgaaacattgctgtgtc
gaattcttttattggactttttaggaaaagcaaaactacaagaaggaaac
agattacctagaaacagaaggtcagagttcagcaaataatagacttcaca
tgataacatgtagggggccatagctgaagaaattgagcagatttaattgt
tctgtattttgaatctgtggtaattttataactggacatttttcaataat
acagtaaaaataaatattagaacacaatattattgtttattacatctccc
cttatttctccttttgaaaatatatattgtatctgcaatatatatcataa
ggctttcattattatgcatgcctacagcctatgtgttgtgccttctagca
ataggtaagaaaacgatttttaaagttgcatcttaaaagagagcagatgt
ctcaaggtggaagagagtcttacctttcaatgaatggtttcctacagtaa
cttttttttttattgtattatattagtgtcattaagtcaaatgctaaact
aagatagtctggatgtgttttaatgctgtgacttgggagcttaaatcaca
tcttcatctccaatcagatgaactctaaatatcctttctttatatatgaa
cacaattaggagagctggtgaatctaaatgccacttggaaataatggcaa
tctgaaaactgaggctgggaccttttcctattcaaaaagagatggtaaca
gttactttgcagtgggctgccaaacccagaaatcaatgaagatgaaggca
tcaggttgctccagcattgagaaagccctaactctacctacagtagtcac
tccagtctgctgaagtatagagatttggaaagtataagatcatagtgcac
agagatacagatatgtagatatagggttgcaagactatagatgacgatag
acactaaaacactggcacatgactgatagaagatagaaagatggataagt
agtagtacattagctattagaatagaaaattaaatatgatagctaagatg
atagaatatctgatgataatggatacctaaaaagataaactctactaaaa
tttattgagcttcgggaaaaatgaaggagattatcacaaacaagttaagc
atcatgttggcaagccagttgggtttcttatggatggtcaggcatagctt
ggtgtgagcatatcttctgcttccagtctacgctatcgctagaacttaac
aatatgaagatttgggaaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_71180137_71181350
seq2: B6Ng01-051E11.b_48_1229

seq1  GAATTCTTCCAGCCTTATTCCTGCGCCCATTTATAAGGATTTTCTTCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCAGCCTTATTCCTGCGCCCATTTATAAGGATTTTCTTCTTA  50

seq1  CCCATTGCAGCTTCATTACCCTTCATTTGTAGCTGGCTTCCAGATGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGCAGCTTCATTACCCTTCATTTGTAGCTGGCTTCCAGATGAGCA  100

seq1  CCCCAATCTAAGAGTGAGACAATGAGAAAAAAAAAAAAAGAAGAACTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAATCTAAGAGTGAGACAATGAGAAAAAAAAAAAAAGAAGAACTCCA  150

seq1  AACAGATGATGAATCAATCACTTATGCTGCATTGGGCTCATTAGATGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATGATGAATCAATCACTTATGCTGCATTGGGCTCATTAGATGTGA  200

seq1  GTCACAAAGTCCCACCCACCATTAGAGGAGGGGGTCCTAACTTCCTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAAGTCCCACCCACCATTAGAGGAGGGGGTCCTAACTTCCTAATG  250

seq1  CTGCACCCCTTTAATACAATCCATGCTGTGGTTATCCCCAACCATAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCCCTTTAATACAATCCATGCTGTGGTTATCCCCAACCATAAAAT  300

seq1  CATCTCATTGCTACTTGATACCTGTAATTTTGCTACTGTTATGAACTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCATTGCTACTTGATACCTGTAATTTTGCTACTGTTATGAACTGCA  350

seq1  ATGTAAATGTCTGATAGTAGGGTACCATGTACAACCAACCCCCTCCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATGTCTGATAGTAGGGTACCATGTACAACCAACCCCCTCCCTGG  400

seq1  GCCCCAGGTTGAGAACTACTGTATTAGAGTGTGAATATCGGAAATCAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGGTTGAGAACTACTGTATTAGAGTGTGAATATCGGAAATCAGCC  450

seq1  AAGTCTTGGGCTCTCTTTGAGGATAAGAATGATAGAACATCAATTATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTGGGCTCTCTTTGAGGATAAGAATGATAGAACATCAATTATTTG  500

seq1  CATCATCTCTGATAGGTAAAATGTTAGCACAACAAGATGACAAGTTAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCTCTGATAGGTAAAATGTTAGCACAACAAGATGACAAGTTAGAG  550

seq1  ATTATGATTCAAATCAGTCAAGGCAAGAATAGCAAAATCATTTATCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGATTCAAATCAGTCAAGGCAAGAATAGCAAAATCATTTATCATAT  600

seq1  GAGCACCTCTTCTGTTTAAGGTTTGTGCAGATGGGAAATCCTTGAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACCTCTTCTGTTTAAGGTTTGTGCAGATGGGAAATCCTTGAAAAAT  650

seq1  GTTGCAACCCACCTCAGCTGGAGATATTGTACATCCATTCGTCTTGTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAACCCACCTCAGCTGGAGATATTGTACATCCATTCGTCTTGTCCT  700

seq1  ATTCAGGAAACTACTGGGATTCATGATGTTTAAATGGAGAGTTAGGTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGAAACTACTGGGATTCATGATGTTTAAATGGAGAGTTAGGTTTC  750

seq1  CAAGCTGTTCAGGTTTAATTCTGCCTCTGCTGTTTGTTATCAAGGTATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTTCAGGTTTAATTCTGCCTCTGCTGTTTGTTATCAAGGTATCC  800

seq1  TTGAAATAGTCACTCAGCCTCCCTATGCCTCACTTTCATTGATTACAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATAGTCACTCAGCCTCCCTATGCCTCACTTTCATTGATTACAAAA  850

seq1  ATGCATATCAGGTTTTGGTCAGAATGAAACCTTATACAAAGACAAAGTTC  900
      |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGCATATCAG--TTTGGTCAGAATGAAACCTTATACAAAGAC-AAGTTC  897

seq1  TCTGGAACAAAGTTTACTTATAGCAAGTGCTCAATATTACCCCAAACTCT  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTGG-ACAAAGTTTACTTATAGCAAGTGCTCAATATTA-CCCAAACTCT  945

seq1  GGCTATTCCTATTTTCCTCACCACCACATGGTTTAAGACGGTAGAGGCAG  1000
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  GGCTA-TCCTA-TTTCCTCACCACCACATGGTTT-AGACGGTAGA-GCAG  991

seq1  GACAGCCATGTCACGTTCCTCTATGCCTGTGTCACCAAACATTCTCATTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCATGTCACGTTCCTCTATGCCTGTGTCACCAAACATTCTCATTT  1041

seq1  TCAGGTTATGGAACCCAAAACTCATGAATCTTTTCTCTATAAGTGGTGGT  1100
      ||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||| ||  |||||||
seq2  TCAGG-TATGGAACC---AACTCATG-ATCTTTTCTCTTTA--TGGTGGT  1084

seq1  AGGCATTGTTGAGCAGGTGACATTACCCTGGCTCTCAACAGCAACTGGAA  1150
      | ||||   ||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||  | |
seq2  A-GCAT--GTGAGCAGGTGAC--TACCCT-GCTCTCCACAGCAACCTGGA  1128

seq1  ATGGTTTTCCAAGACATTAGCAGTACCT-GCCACACAGTAGTCACTTAGA  1199
      ||||||   ||||||| ||||||||||| |||||| | || |      ||
seq2  ATGGTT---CAAGACA-TAGCAGTACCTGGCCACAGATTACT------GA  1168

seq1  AACATTGCTTGTGTC  1214
      |||||||| ||||||
seq2  AACATTGC-TGTGTC  1182

seq1: chr18_71250390_71251637
seq2: B6Ng01-051E11.g_64_1285 (reverse)

seq1  TTCTTTCCCAAAATTCCCTCCAATATTTGTTAAGTTTCTTGACGATAGCT  50
      ||||||||||||  | |     ||| |||||||| |||| | ||||||| 
seq2  TTCTTTCCCAAATCTTC-----ATA-TTGTTAAG-TTCTAG-CGATAGC-  41

seq1  GTTAGGACTGGAAGCCAGAAGATAATGCCTCACAACAAGGCCATG-CTGA  99
      ||   ||||||||| |||||||| ||| |||||| ||| || ||| ||||
seq2  GT--AGACTGGAAG-CAGAAGAT-ATG-CTCACACCAA-GCTATGCCTGA  85

seq1  CCCATCATTAAGAAAACACAAACTTTGCTTTGCCAACATGATGCTTAAAC  149
       |||||  |||| |||| |||    ||  ||||||||||||||||| |||
seq2  -CCATCCATAAG-AAACCCAA---CTGGCTTGCCAACATGATGCTT-AAC  129

seq1  TTGTTTGTGATTAATTCTGCCTTCATGTTTCACTGAAGCTCAAATAAAAT  199
      |||||||||||  | ||| ||||||| |||| | |||||||||   ||||
seq2  TTGTTTGTGAT--AATCT-CCTTCATTTTTC-CCGAAGCTCAA--TAAAT  173

seq1  TTTAGTAGAGGTATATCTTTTTAGGTATCCATTATCATCAGATA-TCTAT  248
      ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTAGTAGA-GTTTATCTTTTTAGGTATCCATTATCATCAGATATTCTAT  222

seq1  CATCTTAGCTATCATATTTAATTTTCTATTCTAATAGCTAATGTACCTAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATCTTAGCTATCATATTTAATTTTCTATTCTAATAGCTAATGTA-CTAC  271

seq1  TACTTATCCATCTTTCTATCTTCTATCAGTCATGTGCCAGTG-TTTAGTG  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACTTATCCATCTTTCTATCTTCTATCAGTCATGTGCCAGTGTTTTAGTG  321

seq1  TCTATCGTCATCTATAGTCTTGCAACCCTATATCTACATATCTGTATCTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCGTCATCTATAGTCTTGCAACCCTATATCTACATATCTGTATCTC  371

seq1  TGTGCACTATGATCTTATACTTTCCAAATCTCTATACTTCAGCAGACTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACTATGATCTTATACTTTCCAAATCTCTATACTTCAGCAGACTGG  421

seq1  AGTGACTACTGTAGGTAGAGTTAGGGCTTTCTCAATGCTGGAGCAACCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTACTGTAGGTAGAGTTAGGGCTTTCTCAATGCTGGAGCAACCTG  471

seq1  ATGCCTTCATCTTCATTGATTTCTGGGTTTGGCAGCCCACTGCAAAGTAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTCATCTTCATTGATTTCTGGGTTTGGCAGCCCACTGCAAAGTAA  521

seq1  CTGTTACCATCTCTTTTTGAATAGGAAAAGGTCCCAGCCTCAGTTTTCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACCATCTCTTTTTGAATAGGAAAAGGTCCCAGCCTCAGTTTTCAG  571

seq1  ATTGCCATTATTTCCAAGTGGCATTTAGATTCACCAGCTCTCCTAATTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCATTATTTCCAAGTGGCATTTAGATTCACCAGCTCTCCTAATTGT  621

seq1  GTTCATATATAAAGAAAGGATATTTAGAGTTCATCTGATTGGAGATGAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATATATAAAGAAAGGATATTTAGAGTTCATCTGATTGGAGATGAAG  671

seq1  ATGTGATTTAAGCTCCCAAGTCACAGCATTAAAACACATCCAGACTATCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTTAAGCTCCCAAGTCACAGCATTAAAACACATCCAGACTATCT  721

seq1  TAGTTTAGCATTTGACTTAATGACACTAATATAATACAATAAAAAAAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAGCATTTGACTTAATGACACTAATATAATACAATAAAAAAAAAA  771

seq1  GTTACTGTAGGAAACCATTCATTGAAAGGTAAGACTCTCTTCCACCTTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGTAGGAAACCATTCATTGAAAGGTAAGACTCTCTTCCACCTTGA  821

seq1  GACATCTGCTCTCTTTTAAGATGCAACTTTAAAAATCGTTTTCTTACCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTGCTCTCTTTTAAGATGCAACTTTAAAAATCGTTTTCTTACCTA  871

seq1  TTGCTAGAAGGCACAACACATAGGCTGTAGGCATGCATAATAATGAAAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGAAGGCACAACACATAGGCTGTAGGCATGCATAATAATGAAAGC  921

seq1  CTTATGATATATATTGCAGATACAATATATATTTTCAAAAGGAGAAATAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGATATATATTGCAGATACAATATATATTTTCAAAAGGAGAAATAA  971

seq1  GGGGAGATGTAATAAACAATAATATTGTGTTCTAATATTTATTTTTACTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGATGTAATAAACAATAATATTGTGTTCTAATATTTATTTTTACTG  1021

seq1  TATTATTGAAAAATGTCCAGTTATAAAATTACCACAGATTCAAAATACAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTGAAAAATGTCCAGTTATAAAATTACCACAGATTCAAAATACAG  1071

seq1  AACAATTAAATCTGCTCAATTTCTTCAGCTATGGCCCCCTACATGTTATC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATTAAATCTGCTCAATTTCTTCAGCTATGGCCCCCTACATGTTATC  1121

seq1  ATGTGAAGTCTATTATTTGCTGAACTCTGACCTTCTGTTTCTAGGTAATC  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAGTCTATTATTTGCTGAACTCTGACCTTCTGTTTCTAGGTAATC  1171

seq1  TGTTTCCTTCTTGTAGTTTTGCTTTTCCTAAAAAGTCCAATAAAAGAATT  1247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTTCTTGTAGTTTTGCTTTTCCTAAAAAGTCCAATAAAAGAATT  1221

seq1  C  1248
      |
seq2  C  1222