BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052D07
Chromosome18 (Build37)
Map Location 69,118,260 - 69,238,734
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD18Ertd653e, 4933403F05Rik, Rnmt, Mc5r, Mc2r
Downstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4, Ccdc68, Rab27b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052D07.bB6Ng01-052D07.g
ACCDH875629DH875630
length1,0701,055
definitionDH875629|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052D07, 5' end.DH875630|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052D07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,118,260 - 69,119,340)(69,237,675 - 69,238,734)
sequence
gaattcacatatggattcatgtgtgtcggagagggcttgtggacatgtag
agacatgtgggccagggcatctgtggctgagaaggaagcactccccttga
ctataattaaactttctctagtctataacatccacttacagatgtgtttt
tctggttctcagagctcaactagccatgtgaagtgttttgcgcctcagag
tttcccagctctccttctctgacagccagagctccagaaatcctagatca
tactaagcaggaagttactgatctccaaggatgagttaatatggggttaa
aaaaaattacagtgcttagacaatctctagatgccacatacttagacgcc
tggggacagaacatgaaggaaaagagcagtgttgggaaagaaggcaggca
atagaattaaccatgctaaacatcttttcattttataaggtgccaacatg
aagctagctgtattttgtccacacagtaaatacaagattactaggcaatt
atatttaaacattacagaacctccaaaaaaataattgccgtgttcagggc
agtttctcaatcccttgataacagtttagtttaatgggtagaagcaacta
tatcatttattcctcttatataaaacgctgccaaccatgtaagtacatga
tctataataaaggtttacagtgggagcaaagccgtccctggaggtccagt
tccatgttatgcaataagcggtaaagtgagaggcaaaaaatatggtgggg
agaccttcaaggccagggccccagagggaagtgctcaacaagaccaggac
ccatagggaagtgttcaacaaggccaggaccccagaggcctcttaggatc
tttatttttatggtgtacgaggaggaacattgtcaagctaaatgtggcac
ttttgagggatgtattaatacttataacacgggacctttggaacaggagt
ttctatttaggtcttcccatctggttggaatgagcttggaatgacaagag
gacctccttgcactaggtgaaaaggagcttcactgaaatgagaacatttg
cattttgctctagatcatta
gaattctgggaattgaaccattcacccacagaacaggactaagtggaaaa
gggatgctctatacaaatgatacgcattactttttctagcataaaaaaat
gtatggatttcctttttttacttaagtttaacgaacatatatgggacatt
cctagacactggacactaggttcagcaattcacgtgaaaggaatgtgccc
ggaagccaaggaagattcaaagccattggcatgcctcaaaaatctctgtg
ggaaaattagattacatagaaggcacaactaagcagggatgagagaaatg
aggtttctcctccatatctgtagaatccacaccgatggagacaacccttc
gtgggatctgaacgttgatctatacacttgcacagagagagctttagcca
ctgagatgtctccccagctcctttgaaaattcctttcaaagaatttttgg
aaaggccatcggtgctgcgtctgtttctgctttacctcatccctattcgt
tacttcagcaagtttgttccgtcaccccctttgcacagagtacatggcgc
agcacattagcagtactatagggatgcttttaaagaacacaaggaggggt
tggagaggcagcttagcgcttagcagtgattacagctctcacggaggact
tgaggtcagctcccagtcaggtgacccacaaccacctgtaacaccagtcc
ctgtgggtctgttgcccttgactccatgggtatctgccattcatgcatag
atacatatccatgtacactcccccccacataattaaattacagttaaaga
atgttttaaagtgtacatgaggctgttgcatagaaatgcacaactacatg
atatttcatgtacagggcttgagcattccatagatttggtatcctccagg
gttctggaaccaatcccaaactgacacccaaaagtgaccatctagggtaa
attgatgcaatagtaccagggtggagagaagtccttattccttctgtgag
aagaagttttgcacatcactagtgtactcattaccctgggctgctggatg
gggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_69118260_69119340
seq2: B6Ng01-052D07.b_45_1114

seq1  GAATTCACATATGGATTCATGTGTGTCGGAGAGGGCTTGTGGACATGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATATGGATTCATGTGTGTCGGAGAGGGCTTGTGGACATGTAG  50

seq1  AGACATGTGGGCCAGGGCATCTGTGGCTGAGAAGGAAGCACTCCCCTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGTGGGCCAGGGCATCTGTGGCTGAGAAGGAAGCACTCCCCTTGA  100

seq1  CTATAATTAAACTTTCTCTAGTCTATAACATCCACTTACAGATGTGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATTAAACTTTCTCTAGTCTATAACATCCACTTACAGATGTGTTTT  150

seq1  TCTGGTTCTCAGAGCTCAACTAGCCATGTGAAGTGTTTTGCGCCTCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTCTCAGAGCTCAACTAGCCATGTGAAGTGTTTTGCGCCTCAGAG  200

seq1  TTTCCCAGCTCTCCTTCTCTGACAGCCAGAGCTCCAGAAATCCTAGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGCTCTCCTTCTCTGACAGCCAGAGCTCCAGAAATCCTAGATCA  250

seq1  TACTAAGCAGGAAGTTACTGATCTCCAAGGATGAGTTAATATGGGGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGCAGGAAGTTACTGATCTCCAAGGATGAGTTAATATGGGGTTAA  300

seq1  AAAAAATTACAGTGCTTAGACAATCTCTAGATGCCACATACTTAGACGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTACAGTGCTTAGACAATCTCTAGATGCCACATACTTAGACGCC  350

seq1  TGGGGACAGAACATGAAGGAAAAGAGCAGTGTTGGGAAAGAAGGCAGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACAGAACATGAAGGAAAAGAGCAGTGTTGGGAAAGAAGGCAGGCA  400

seq1  ATAGAATTAACCATGCTAAACATCTTTTCATTTTATAAGGTGCCAACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATTAACCATGCTAAACATCTTTTCATTTTATAAGGTGCCAACATG  450

seq1  AAGCTAGCTGTATTTTGTCCACACAGTAAATACAAGATTACTAGGCAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGCTGTATTTTGTCCACACAGTAAATACAAGATTACTAGGCAATT  500

seq1  ATATTTAAACATTACAGAACCTCCAAAAAAATAATTGCCGTGTTCAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAACATTACAGAACCTCCAAAAAAATAATTGCCGTGTTCAGGGC  550

seq1  AGTTTCTCAATCCCTTGATAACAGTTTAGTTTAATGGGTAGAAGCAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTCAATCCCTTGATAACAGTTTAGTTTAATGGGTAGAAGCAACTA  600

seq1  TATCATTTATTCCTCTTATATAAAACGCTGCCAACCATGTAAGTACATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTTATTCCTCTTATATAAAACGCTGCCAACCATGTAAGTACATGA  650

seq1  TCTATAATAAAGGTTTACAGTGGGAGCAAAGCCGTCCCTGGAGGTCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAATAAAGGTTTACAGTGGGAGCAAAGCCGTCCCTGGAGGTCCAGT  700

seq1  TCCATGTTATGCAATAAGCGGTAAAGTGAGAGGCAAAAAATATGGTGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTTATGCAATAAGCGGTAAAGTGAGAGGCAAAAAATATGGTGGGG  750

seq1  AGACCTTCAAGGCCAGGGCCCCAGAGGGAAGTGCTCAACAAGACCAGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTCAAGGCCAGGGCCCCAGAGGGAAGTGCTCAACAAGACCAGGAC  800

seq1  CCATAGGGAAGTGTTCAACAAGGCCAGGACCCCAGAGGCCTCTTAGGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGGAAGTGTTCAACAAGGCCAGGACCCCAGAGGCCTCTTAGGATC  850

seq1  TTTATTTTTATGGTGTACGAGGAGGAACAATGTCAAAGCTAAATGTGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTATGGTGTACGAGGAGGAACATTGTC-AAGCTAAATGTGGCA  899

seq1  CTTTTGAGGGATGTATAAATAACCTATAACACGGTACCTTTGGAACAGGG  950
      |||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CTTTTGAGGGATGTATTAAT-ACTTATAACACGGGACCTTTGGAACA-GG  947

seq1  AGATTTCTATTTCAGGTTCTCCCATCTGGTTGGAAATGAAGCTTGGAATG  1000
      || ||||||||| ||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  AG-TTTCTATTT-AGGTCTTCCCATCTGGTTGG-AATG-AGCTTGGAATG  993

seq1  ACAAGAGGGTCTTCTTAGCACTAGGTGGAGAGGAGGCTCCACTGGAGATG  1050
      ||||||||  || ||| |||||||||| | |||| ||| |||| || |||
seq2  ACAAGAGGACCTCCTT-GCACTAGGTGAAAAGGA-GCTTCACT-GAAATG  1040

seq1  AGAACATTTGTCTTTTGGCTCCAGATCATTA  1081
      |||||||||| | ||| |||| |||||||||
seq2  AGAACATTTG-CATTTTGCTCTAGATCATTA  1070

seq1: chr18_69237675_69238734
seq2: B6Ng01-052D07.g_70_1124 (reverse)

seq1  GGCCCCATCCAGCAGCCCAGTGTTAATGAGTAACACTAGTTGATGTTGCA  50
      |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||| ||| 
seq2  GGCCCCATCCAGCAGCCCAG-GGTAATGAGT-ACACTAG-TGATG-TGC-  45

seq1  AAAACTTCTTCTCACAGATAGGAAAAAGAACTTCTCTCCACCTTGGTACT  100
      |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||
seq2  AAAACTTCTTCTCACAGA-AGGAATAAGGACTTCTCTCCACCCTGGTACT  94

seq1  ATTGCATCAATTAACCCTAGATGGTCACTTTTGGGTGTCAGTTTGGGATT  150
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATCAATTTACCCTAGATGGTCACTTTTGGGTGTCAGTTTGGGATT  144

seq1  GGTTCCAGAACCCTGGAGGATACCAAAATCTATGG-ATGCTCAAGCCCTG  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTTCCAGAACCCTGGAGGATACC-AAATCTATGGAATGCTCAAGCCCTG  193

seq1  TACATGAAATATCATGTAGTTGTGCATTTTCTATGCAACAGCCTCATGTA  249
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAAATATCATGTAGTTGTGCA-TTTCTATGCAACAGCCTCATGTA  242

seq1  CAC-TTAAAACATTCTTTAACTGTAATTTAATTATGTGGGGGGGAGTGTA  298
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTAAAACATTCTTTAACTGTAATTTAATTATGTGGGGGGGAGTGTA  292

seq1  CATGGATATGTATCTATGCATGAATGGCAGATACCCATGGAGTCAAGGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATATGTATCTATGCATGAATGGCAGATACCCATGGAGTCAAGGGC  342

seq1  AACAGACCCACAGGGACTGGTGTTACAGGTGGTTGTGGGTCACCTGACTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACCCACAGGGACTGGTGTTACAGGTGGTTGTGGGTCACCTGACTG  392

seq1  GGAGCTGACCTCAAGTCCTCCGTGAGAGCTGTAATCACTGCTAAGCGCTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGACCTCAAGTCCTCCGTGAGAGCTGTAATCACTGCTAAGCGCTA  442

seq1  AGCTGCCTCTCCAACCCCTCCTTGTGTTCTTT-AAAGCATCCCTATAGTA  497
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCTCTCCAACCCCTCCTTGTGTTCTTTAAAAGCATCCCTATAGTA  492

seq1  CTGCTAATGTGCTGCGCCATGTACTCTGTGCAAAGGGGGTGACGGAACAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAATGTGCTGCGCCATGTACTCTGTGCAAAGGGGGTGACGGAACAA  542

seq1  ACTTGCTGAAGTAACGAATAGGGATGAGGTAAAGCAGAAACAGACGCAGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTGAAGTAACGAATAGGGATGAGGTAAAGCAGAAACAGACGCAGC  592

seq1  ACCGATGGCCTTTCCAAAAATTCTTTGAAAGGAATTTTCAAAGGAGCTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGATGGCCTTTCCAAAAATTCTTTGAAAGGAATTTTCAAAGGAGCTGG  642

seq1  GGAGACATCTCAGTGGCTAAAGCTCTCTCTGTGCAAGTGTATAGATCAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACATCTCAGTGGCTAAAGCTCTCTCTGTGCAAGTGTATAGATCAAC  692

seq1  GTTCAGATCCCACGAAGGGTTGTCTCCATCGGTGTGGATTCTACAGATAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGATCCCACGAAGGGTTGTCTCCATCGGTGTGGATTCTACAGATAT  742

seq1  GGAGGAGAAACCTCATTTCTCTCATCCCTGCTTAGTTGTGCCTTCTATGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGAAACCTCATTTCTCTCATCCCTGCTTAGTTGTGCCTTCTATGT  792

seq1  AATCTAATTTTCCCACAGAGATTTTTGAGGCATGCCAATGGCTTTGAATC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATTTTCCCACAGAGATTTTTGAGGCATGCCAATGGCTTTGAATC  842

seq1  TTCCTTGGCTTCCGGGCACATTCCTTTCACGTGAATTGCTGAACCTAGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGGCTTCCGGGCACATTCCTTTCACGTGAATTGCTGAACCTAGTG  892

seq1  TCCAGTGTCTAGGAATGTCCCATATATGTTCGTTAAACTTAAGTAAAAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGTCTAGGAATGTCCCATATATGTTCGTTAAACTTAAGTAAAAAA  942

seq1  AGGAAATCCATACATTTTTTTATGCTAGAAAAAGTAATGCGTATCATTTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATCCATACATTTTTTTATGCTAGAAAAAGTAATGCGTATCATTTG  992

seq1  TATAGAGCATCCCTTTTCCACTTAGTCCTGTTCTGTGGGTGAATGGTTCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGCATCCCTTTTCCACTTAGTCCTGTTCTGTGGGTGAATGGTTCA  1042

seq1  ATTCCCAGAATTC  1060
      |||||||||||||
seq2  ATTCCCAGAATTC  1055