BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056A24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 61,723,902 - 61,877,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsnk1a1, Il17b, Pcyox1l, LOC100042730, Grpel2
Upstream geneRbm22, Myoz3, Synpo, LOC100042675, Ndst1, Rps14, LOC667619, Cd74, Tcof1, LOC100042699, Arsi, Camk2a, Slc6a7, Cdx1, Pdgfrb, Csf1r, A630042L21Rik, Slc26a2, Pde6a, EG667279, Ppargc1b, LOC667675, 4933429F08Rik
Downstream geneAfap1l1, LOC100042738, Ablim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056A24.bB6Ng01-056A24.g
ACCDH878338DH878339
length1,2361,085
definitionDH878338|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056A24, 5' end.DH878339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,875,773 - 61,877,036)(61,723,902 - 61,724,988)
sequence
gaattcctatgaaaaagaaggtcaggcgtgtaactaaccccagtgctggc
ggggaggagacaggctcacagagcacccggtttggctgaaatgtctttgt
ccaatagaagactgtgaaaacccgagagcaaaccatccagtgttgacctg
tgctgactttactggtgtgcacacacaggaaagcatatgcacacagcaca
cacaaaataatcccaatgcaatggtgacaatgcagtcagagactgggcct
tggtgtagcaagaagaacttgggcttctgtttagccagatttccactgct
tcactgacttagaagcatggtctcccctggcagcacgcaggtcagcacag
aagcttgctgctctcacacttgtgccagagggctagagatgccgctcagt
ggccgagcactcacacatgctcagagcggcgggcttgagcatgataggca
gctctgaaaacccacagtccgctctcagtcggggcttgtttctctgaagc
acctctgctcaccctctctctctcctgccccctcctactcaacactggat
gatgccacactgcttcacgtggcactcgggtccattccttccttacgggc
ccatgtgcatgcctgtaagtcagcaggcacggggctaataccactgctgt
tgaactagctccagtcaggttcccactgttccttgctcctctagcctgcc
atgttctggtcagctttctcagatccctcagtcagtgtttttctattgct
tacatgtggctagtctaggtccctgtccataggaaggaaacttgcctcag
ctataggtgcgccataccttcctatctagccagcctcaagaacaagtggc
tcttggcagctttagcataatgttttttctgttcggtattcccaacccat
ggcctcccaatgaaatcttcctatcttacctcttgagatggcccctgcac
aactcagataacctgctttagtctgtttacgtagacttacttagtcaagt
tgtatttcccagtttcccagtaggattcccggagaatagctggctgtctc
ctaaaggaccaacctttgcaaaaaaggcactgacttgtcatggagctgat
gctaagctgagcccgagtcttggtggacgccgttccccctcttcgaatgc
taagaaataagttaccgccacatccttgggccttccgaattcgctaggtc
agtgattccaccctggtgttctggtagggatccaga
gaattccatagcacaaccgaggggagtcggggtaggaacttggaggcaaa
atcaagccatggaggattgctgctgcttggttgctcaaaatgctttacaa
cagcacctaggaccacctaggtgggacttcaaggacctgcaccacaggct
tgcccacagctagtctagtgggagcattttacagattgagattccctctt
ccatatgactctgtcatatgtaaaagctgacataaaacttgccagcattc
aaattcaagggacagataccattaaggttgtctgtttgaatccagtgaag
tgagcctttctcagaccttaaccatgtataataattagccctatgacatg
ggtgaagagatggctcaccatctcttcttgggtaagagcatttgttgctc
tttgagaaaattggagctctattccaagcaccagggtggcagctcacagt
catccatacacacacgtacataaatgcagagttgatggtcttaagttggc
aatcctcgtgcctctgcttcctgaatactgggactacaggtatggcccac
tacttaatactttcaatactgacatgagaaatagttccctcacagcctct
ctcaactgttaaaatattatggtcataagcctccacaaatactcccaact
atccttaagatttctataacttctaattagagtatagaagaaatattaga
aataactttaaatgatagtttgctaatgaaaagcttggcccgtttaatgt
gtatgacttatttttgtcatgtacagagtcgtacagtcattactgtaatc
cagttttggggtattttcatcgcactcctcaaaggtaccctgaacccatt
agcacttattctctatttccttgctggctgcaagacaccaacaattttat
tttctgtatgtgtatggttagttgtctattagagatacagatcaaggggc
ttggacaaacagtagtggtaaagtgcttgcttggcattctggagcccagg
gtttgatcttacagcacccagccaaaagagcaaaacattaataattgtga
ttggaatgcaggatgatagctgtaatttccacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_61875773_61877036
seq2: B6Ng01-056A24.b_44_1279 (reverse)

seq1  TCTGGATCCCTACACAGAAACCAAACACAGGGCTGAGATCAATGCTGACC  50
      ||||||||||||| |||      |||||  || ||  ||||   ||||||
seq2  TCTGGATCCCTAC-CAG------AACACCAGGGTGGAATCA---CTGACC  40

seq1  TCAGGGGCAGAATCTGGAGAAGGCCCAGGGAAGTGGCCGGTACACTTTAT  100
      | ||     ||||  |  ||||||||| ||| |||| ||||| ||||  |
seq2  T-AG----CGAATTCG--GAAGGCCCAAGGATGTGG-CGGTA-ACTTATT  81

seq1  TCCTAGCATTTCTGAGAGGGGG-ACGGCTGTCACACAGGACTCGGGGGCT  149
      || ||||| |||  |||||||| ||||| |||   || |||||  |||||
seq2  TCTTAGCA-TTCGAAGAGGGGGAACGGC-GTCCACCAAGACTC--GGGCT  127

seq1  CAGCTTAAGCATCCCAGCTCCACTGACAAGTCAGTGCCTTTTTTGCAAA-  198
      |||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCTT-AGCAT--CAGCTCCA-TGACAAGTCAGTGCCTTTTTTGCAAAG  173

seq1  GTGTGTCCTTTAGGAGACAGCCAGCTA-TCTCCGGGAATCCTACTGGGAA  247
      ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCCTTTAGGAGACAGCCAGCTATTCTCCGGGAATCCTACTGGGAA  223

seq1  ACTGGGAAATTACAACTTGACTAAGTAAGTCTACGTAAACAGACTAAAAG  297
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTGGGAAA-TACAACTTGACTAAGTAAGTCTACGTAAACAGACT-AAAG  271

seq1  CAGGTTTATCTGAGTTGTGCAGGGGCCATTCTCAAGAGGTAAGATAGGAA  347
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGG-TTATCTGAGTTGTGCAGGGGCCA-TCTCAAGAGGTAAGATAGGAA  319

seq1  GATTTCATTGGGAGGCCATGGGTTGGGAATACCGAACAGAAAAAACATTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCATTGGGAGGCCATGGGTTGGGAATACCGAACAGAAAAAACATTA  369

seq1  TGCTAAAGCTGCCAAGAGCCACTTGTTCTTGAGGCTGGCTAGATAGGAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAGCTGCCAAGAGCCACTTGTTCTTGAGGCTGGCTAGATAGGAAG  419

seq1  GTATGGCGCACCTATAGCTGAGGCAAGTTTCCTTCCTATGGACAGGGACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCGCACCTATAGCTGAGGCAAGTTTCCTTCCTATGGACAGGGACC  469

seq1  TAGACTAGCCACATGTAAGCAATAGAAAAACACTGACTGAGGGATCTGAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTAGCCACATGTAAGCAATAGAAAAACACTGACTGAGGGATCTGAG  519

seq1  AAAGCTGACCAGAACATGGCAGGCTAGAGGAGCAAGGAACAGTGGGAACC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGACCAGAACATGGCAGGCTAGAGGAGCAAGGAACAGTGGGAACC  569

seq1  TGACTGGAGCTAGTTCAACAGCAGTGGTATTAGCCCCGTGCCTGCTGACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGAGCTAGTTCAACAGCAGTGGTATTAGCCCCGTGCCTGCTGACT  619

seq1  TACAGGCATGCACATGGGCCCGTAAGGAAGGAATGGACCCGAGTGCCACG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCATGCACATGGGCCCGTAAGGAAGGAATGGACCCGAGTGCCACG  669

seq1  TGAAGCAGTGTGGCATCATCCAGTGTTGAGTAGGAGGGGGCAGGAGAGAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGTGTGGCATCATCCAGTGTTGAGTAGGAGGGGGCAGGAGAGAG  719

seq1  AGAGGGTGAGCAGAGGTGCTTCAGAGAAACAAGCCCCGACTGAGAGCGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTGAGCAGAGGTGCTTCAGAGAAACAAGCCCCGACTGAGAGCGGA  769

seq1  CTGTGGGTTTTCAGAGCTGCCTATCATGCTCAAGCCCGCCGCTCTGAGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTTTTCAGAGCTGCCTATCATGCTCAAGCCCGCCGCTCTGAGCA  819

seq1  TGTGTGAGTGCTCGGCCACTGAGCGGCATCTCTAGCCCTCTGGCACAAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGTGCTCGGCCACTGAGCGGCATCTCTAGCCCTCTGGCACAAGT  869

seq1  GTGAGAGCAGCAAGCTTCTGTGCTGACCTGCGTGCTGCCAGGGGAGACCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGCAGCAAGCTTCTGTGCTGACCTGCGTGCTGCCAGGGGAGACCA  919

seq1  TGCTTCTAAGTCAGTGAAGCAGTGGAAATCTGGCTAAACAGAAGCCCAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAAGTCAGTGAAGCAGTGGAAATCTGGCTAAACAGAAGCCCAAG  969

seq1  TTCTTCTTGCTACACCAAGGCCCAGTCTCTGACTGCATTGTCACCATTGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTGCTACACCAAGGCCCAGTCTCTGACTGCATTGTCACCATTGC  1019

seq1  ATTGGGATTATTTTGTGTGTGCTGTGTGCATATGCTTTCCTGTGTGTGCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGATTATTTTGTGTGTGCTGTGTGCATATGCTTTCCTGTGTGTGCA  1069

seq1  CACCAGTAAAGTCAGCACAGGTCAACACTGGATGGTTTGCTCTCGGGTTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTAAAGTCAGCACAGGTCAACACTGGATGGTTTGCTCTCGGGTTT  1119

seq1  TCACAGTCTTCTATTGGACAAAGACATTTCAGCCAAACCGGGTGCTCTGT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTCTTCTATTGGACAAAGACATTTCAGCCAAACCGGGTGCTCTGT  1169

seq1  GAGCCTGTCTCCTCCCCGCCAGCACTGGGGTTAGTTACACGCCTGACCTT  1247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGTCTCCTCCCCGCCAGCACTGGGGTTAGTTACACGCCTGACCTT  1219

seq1  CTTTTTCATAGGAATTC  1264
      |||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCATAGGAATTC  1236

seq1: chr18_61723902_61724988
seq2: B6Ng01-056A24.g_64_1148

seq1  GAATTCCATAGCACAACCGAGGGGAGTCGGGGTAGGAACTTGGAGGCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGCACAACCGAGGGGAGTCGGGGTAGGAACTTGGAGGCAAA  50

seq1  ATCAAGCCATGGAGGATTGCTGCTGCTTGGTTGCTCAAAATGCTTTACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCCATGGAGGATTGCTGCTGCTTGGTTGCTCAAAATGCTTTACAA  100

seq1  CAGCACCTAGGACCACCTAGGTGGGACTTCAAGGACCTGCACCACAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCTAGGACCACCTAGGTGGGACTTCAAGGACCTGCACCACAGGCT  150

seq1  TGCCCACAGCTAGTCTAGTGGGAGCATTTTACAGATTGAGATTCCCTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACAGCTAGTCTAGTGGGAGCATTTTACAGATTGAGATTCCCTCTT  200

seq1  CCATATGACTCTGTCATATGTAAAAGCTGACATAAAACTTGCCAGCATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGACTCTGTCATATGTAAAAGCTGACATAAAACTTGCCAGCATTC  250

seq1  AAATTCAAGGGACAGATACCATTAAGGTTGTCTGTTTGAATCCAGTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGGGACAGATACCATTAAGGTTGTCTGTTTGAATCCAGTGAAG  300

seq1  TGAGCCTTTCTCAGACCTTAACCATGTATAATAATTAGCCCTATGACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTTTCTCAGACCTTAACCATGTATAATAATTAGCCCTATGACATG  350

seq1  GGTGAAGAGATGGCTCACCATCTCTTCTTGGGTAAGAGCATTTGTTGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAGAGATGGCTCACCATCTCTTCTTGGGTAAGAGCATTTGTTGCTC  400

seq1  TTTGAGAAAATTGGAGCTCTATTCCAAGCACCAGGGTGGCAGCTCACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAAAATTGGAGCTCTATTCCAAGCACCAGGGTGGCAGCTCACAGT  450

seq1  CATCCATACACACACGTACATAAATGCAGAGTTGATGGTCTTAAGTTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATACACACACGTACATAAATGCAGAGTTGATGGTCTTAAGTTGGC  500

seq1  AATCCTCGTGCCTCTGCTTCCTGAATACTGGGACTACAGGTATGGCCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCGTGCCTCTGCTTCCTGAATACTGGGACTACAGGTATGGCCCAC  550

seq1  TACTTAATACTTTCAATACTGACATGAGAAATAGTTCCCTCACAGCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATACTTTCAATACTGACATGAGAAATAGTTCCCTCACAGCCTCT  600

seq1  CTCAACTGTTAAAATATTATGGTCATAAGCCTCCACAAATACTCCCAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTGTTAAAATATTATGGTCATAAGCCTCCACAAATACTCCCAACT  650

seq1  ATCCTTAAGATTTCTATAACTTCTAATTAGAGTATAGAAGAAATATTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTAAGATTTCTATAACTTCTAATTAGAGTATAGAAGAAATATTAGA  700

seq1  AATAACTTTAAATGATAGTTTGCTAATGAAAAGCTTGGCCCGTTTAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTTTAAATGATAGTTTGCTAATGAAAAGCTTGGCCCGTTTAATGT  750

seq1  GTATGACTTATTTTTGTCATGTACAGAGTCGTACAGTCATTACTGTAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGACTTATTTTTGTCATGTACAGAGTCGTACAGTCATTACTGTAATC  800

seq1  CAGTTTTGGGGTATTTTCATCGCACTCCTCAAAGGTACCCTGAACCCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTGGGGTATTTTCATCGCACTCCTCAAAGGTACCCTGAACCCATT  850

seq1  AGCACTTATTCTCTATTTCCTTGCTGGCTGCAAGACACCAACAATTTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTATTCTCTATTTCCTTGCTGGCTGCAAGACACCAACAATTTTAT  900

seq1  TTTCTGTATGTGTATGGTTAGTTGTCTATTAGGAGAATACAGATC-AGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  TTTCTGTATGTGTATGGTTAGTTGTCTATTA-GAG-ATACAGATCAAGGG  948

seq1  GCTTGGACAAACAGTAGTGGTAAAGTGCTTGCTTGGCATCTGGGAGCCCC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||
seq2  GCTTGGACAAACAGTAGTGGTAAAGTGCTTGCTTGGCATTCTGGAG-CCC  997

seq1  AGGGTTTGATC-TACAGCACCCAAGCAAAAGAGCAAGACAATTAATAATT  1048
      ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| || |||||||| |
seq2  AGGGTTTGATCTTACAGCACCCAGCCAAAAGAGCAAAAC-ATTAATAA-T  1045

seq1  TGTGATTGATATGCA-GATGATAGCTGTATTTTCCACTTC  1087
      ||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTGATTGGAATGCAGGATGATAGCTGTAATTTCCACTTC  1085