BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060I14
Chromosome18 (Build37)
Map Location 62,515,159 - 62,651,239
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHtr4
Upstream genePpargc1b, LOC667675, 4933429F08Rik, Csnk1a1, Il17b, Pcyox1l, LOC100042730, Grpel2, Afap1l1, LOC100042738, Ablim3, Sh3tc2, Adrb2
Downstream geneFbxo38, Spink10, EG408198, 2700046A07Rik, Apcdd1, Napg, 9430028L06Rik, 9030411M15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060I14.bB6Ng01-060I14.g
ACCDH881485DH881486
length1,111412
definitionDH881485|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I14, 5' end.DH881486|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,650,120 - 62,651,239)(62,515,159 - 62,515,576)
sequence
gaattcaggtctcctgcttgcatgtagatccatggagatgccagaattca
tggctcagtttcttcagtgtttctccaagtagagggcccaaacctcagct
gcctgtgagcacactaatgaccatccacacatccctacatcctctggttt
agcaagtatggagagaaaagggaccccacactgctagcaaacaaagcctc
aaacctgtcatctactagttgtgtgacctgaccaaacaagttatccctga
gtacctgacacctttggggggagggtaaagttaacatctatcatgatact
gggtacagagtgggtggaggaatcctcattggtaaagaaaaccgagctca
gagaatagagctttcccaaggttgaagtagatacatatgggatcacaagg
aatatgaaactgatgaatgggaaacctaagaattcttgaagcagaatgct
caagttcaaaccttttctctgcctctcacttattgtgtgaactgtttata
agttttctggagaattgtgaccattaagtgacatgattccattgtaactt
catgaatgccaaccagatattgaataatatgtaacagtgatattctggtt
ataagatgtctaagggcagggcttgaacccaatacttaattcctggttta
gtgcagaattccattccacgattaactgaggactgtttgcccactggtaa
ctgatcgtacaggtgaaagaaacattcaggatggcacagtagaaaaagga
gcacgaacagggaaggaatcatcacccctcagcttggtgaaggttcccaa
agctctactgtgggatctacccagaaggctaacccagcaatccagccaac
ctctgtgggtgagcagtcatatctcacaagtttcatgacctgaggaaagt
tactgctgtgagcaacatagaggcagctgtctactttgcattaatttatt
caaacttgacagagccacattaggtttggtgattatctgaatctacattt
gttccgctgagcatctgtagcaacttggagcacctgaataaagacaatta
ttatagcataaccgagctcttttccagcctagttggcacccactggggaa
gcttagatttt
caggccagccagacctatgcagtgagaccctgttccaaagcaacactaac
caaaagcacccaaggtcttgtttatcctgttgctgtccctttctcttccc
acagactctgtgtccctgagcaggtttcagttactggttttctatagggg
ctggctgggtttaagacaagctcaagggttgctaggatagctcaatagga
cagaagtgcttgttgtgtggttgtgatgacctgagttcagttccctgatc
ccctggttgaaggagagaactgactcctgaaaattgtattctgaccttca
cacacagggatgcacacccaacattctctcacacatatgtcacccacaca
tacatgcacatacatgataacatccttccctctctcctctcctctcctcc
cctcccctcccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_62650120_62651239
seq2: B6Ng01-060I14.b_44_1154 (reverse)

seq1  AAAATCTAAGCTTTTCCCCAGT-GGTGCCAACCTAGGCTTGGAGAAGGAG  49
      |||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||| || |||
seq2  AAAATCTAAGC--TTCCCCAGTGGGTGCCAA-CTAGGC-TGGA-AAAGAG  45

seq1  CTCGGTTATGCTATTAATTATTG-CTCTATTCAGGCTGCTCCAAGTTTGC  98
      ||||||||||||| |||| |||| || |||||||| ||||||||| ||||
seq2  CTCGGTTATGCTA-TAATAATTGTCTTTATTCAGG-TGCTCCAAG-TTGC  92

seq1  TACAGATTGCTCAGC-GAACAAATTGTAGATTCAGATAATCACCAAACCT  147
      |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGA-TGCTCAGCGGAACAAA-TGTAGATTCAGATAATCACCAAACCT  140

seq1  AATGTGGCTCCTGTCAGGTTTGAATAAATTAATGCAAAGTAGACAGCTGC  197
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGCT-CTGTCAAGTTTGAATAAATTAATGCAAAGTAGACAGCTGC  189

seq1  CTCTATGTTGCTCCACAGCAGTAACTTTCCTCAGGTCATGAAACTTGTGA  247
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGTTGCT-CACAGCAGTAACTTTCCTCAGGTCATGAAACTTGTGA  238

seq1  GATATGACTGCTCACCCACAGGGGTTGGCTGGATTGCTGGGTTAGCCTTC  297
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGACTGCTCACCCACAGAGGTTGGCTGGATTGCTGGGTTAGCCTTC  288

seq1  TGGGTAGATCCCACAGTAGAGCTTTGGGAACCTTCACCAAGCTGAGGGGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGATCCCACAGTAGAGCTTTGGGAACCTTCACCAAGCTGAGGGGT  338

seq1  GATGATTCCTTCCCTGTTCGTGCTCCTTTTTCTACTGTGCCATCCTGAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTCCTTCCCTGTTCGTGCTCCTTTTTCTACTGTGCCATCCTGAAT  388

seq1  GTTTCTTTCACCTGTACGATCAGTTACCAGTGGGCAAACAGTCCTCAGTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTCACCTGTACGATCAGTTACCAGTGGGCAAACAGTCCTCAGTT  438

seq1  AATCGTGGAATGGAATTCTGCACTAAACCAGGAATTAAGTATTGGGTTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTGGAATGGAATTCTGCACTAAACCAGGAATTAAGTATTGGGTTCA  488

seq1  AGCCCTGCCCTTAGACATCTTATAACCAGAATATCACTGTTACATATTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGCCCTTAGACATCTTATAACCAGAATATCACTGTTACATATTAT  538

seq1  TCAATATCTGGTTGGCATTCATGAAGTTACAATGGAATCATGTCACTTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATCTGGTTGGCATTCATGAAGTTACAATGGAATCATGTCACTTAA  588

seq1  TGGTCACAATTCTCCAGAAAACTTATAAACAGTTCACACAATAAGTGAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACAATTCTCCAGAAAACTTATAAACAGTTCACACAATAAGTGAGA  638

seq1  GGCAGAGAAAAGGTTTGAACTTGAGCATTCTGCTTCAAGAATTCTTAGGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAAAAGGTTTGAACTTGAGCATTCTGCTTCAAGAATTCTTAGGT  688

seq1  TTCCCATTCATCAGTTTCATATTCCTTGTGATCCCATATGTATCTACTTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATTCATCAGTTTCATATTCCTTGTGATCCCATATGTATCTACTTC  738

seq1  AACCTTGGGAAAGCTCTATTCTCTGAGCTCGGTTTTCTTTACCAATGAGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTGGGAAAGCTCTATTCTCTGAGCTCGGTTTTCTTTACCAATGAGG  788

seq1  ATTCCTCCACCCACTCTGTACCCAGTATCATGATAGATGTTAACTTTACC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCCACCCACTCTGTACCCAGTATCATGATAGATGTTAACTTTACC  838

seq1  CTCCCCCCAAAGGTGTCAGGTACTCAGGGATAACTTGTTTGGTCAGGTCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCCAAAGGTGTCAGGTACTCAGGGATAACTTGTTTGGTCAGGTCA  888

seq1  CACAACTAGTAGATGACAGGTTTGAGGCTTTGTTTGCTAGCAGTGTGGGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTAGTAGATGACAGGTTTGAGGCTTTGTTTGCTAGCAGTGTGGGG  938

seq1  TCCCTTTTCTCTCCATACTTGCTAAACCAGAGGATGTAGGGATGTGTGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTTCTCTCCATACTTGCTAAACCAGAGGATGTAGGGATGTGTGGA  988

seq1  TGGTCATTAGTGTGCTCACAGGCAGCTGAGGTTTGGGCCCTCTACTTGGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATTAGTGTGCTCACAGGCAGCTGAGGTTTGGGCCCTCTACTTGGA  1038

seq1  GAAACACTGAAGAAACTGAGCCATGAATTCTGGCATCTCCATGGATCTAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACTGAAGAAACTGAGCCATGAATTCTGGCATCTCCATGGATCTAC  1088

seq1  ATGCAAGCAGGAGACCTGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGCAGGAGACCTGAATTC  1111

seq1: chr18_62515159_62515576
seq2: B6Ng01-060I14.g_70_487

seq1  GAATTCCAGGCCAGCCAGACCTATGCAGTGAGACCCTGTTCCAAAGCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCCAGACCTATGCAGTGAGACCCTGTTCCAAAGCAAC  50

seq1  ACTAACCAAAAGCACCCAAGGTCTTGTTTATCCTGTTGCTGTCCCTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCAAAAGCACCCAAGGTCTTGTTTATCCTGTTGCTGTCCCTTTCT  100

seq1  CTTCCCACAGACTCTGTGTCCCTGAGCAGGTTTCAGTTACTGGTTTTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCACAGACTCTGTGTCCCTGAGCAGGTTTCAGTTACTGGTTTTCTA  150

seq1  TAGGGGCTGGCTGGGTTTAAGACAAGCTCAAGGGTTGCTAGGATAGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCTGGCTGGGTTTAAGACAAGCTCAAGGGTTGCTAGGATAGCTCA  200

seq1  ATAGGACAGAAGTGCTTGTTGTGTGGTTGTGATGACCTGAGTTCAGTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAGAAGTGCTTGTTGTGTGGTTGTGATGACCTGAGTTCAGTTCC  250

seq1  CTGATCCCCTGGTTGAAGGAGAGAACTGACTCCTGAAAATTGTATTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCCCTGGTTGAAGGAGAGAACTGACTCCTGAAAATTGTATTCTGA  300

seq1  CCTTCACACACAGGGATGCACACCCAACATTCTCTCACACATATGTCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACACACAGGGATGCACACCCAACATTCTCTCACACATATGTCACC  350

seq1  CACACATACATGCACATACATGATAACATCCTTCCCTCTCTCCTCTCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATACATGCACATACATGATAACATCCTTCCCTCTCTCCTCTCCTC  400

seq1  TCCTCCCCTCCCCTCCCC  418
      ||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCTCCCCTCCCC  418