BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065N20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 61,692,835 - 61,821,413
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsnk1a1
Upstream geneDctn4, Rbm22, Myoz3, Synpo, LOC100042675, Ndst1, Rps14, LOC667619, Cd74, Tcof1, LOC100042699, Arsi, Camk2a, Slc6a7, Cdx1, Pdgfrb, Csf1r, A630042L21Rik, Slc26a2, Pde6a, EG667279, Ppargc1b, LOC667675, 4933429F08Rik
Downstream geneIl17b, Pcyox1l, LOC100042730, Grpel2, Afap1l1, LOC100042738, Ablim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065N20.bB6Ng01-065N20.g
ACCDH885216DH885217
length8751,039
definitionDH885216|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065N20, 5' end.DH885217|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065N20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,692,835 - 61,693,712)(61,820,363 - 61,821,413)
sequence
gaattcagagattcacctatctgcctctgcctactgaatgctggggttaa
aggtatgtgtcaccacctgagttctgttcatttaccaatatccactaatc
gctccagtgtttcctatctgaaagaccacctaagttctcactctaccttc
ttcctgaaagagtatgacagattcctgactggaatcatggcagcagcatg
ccatgatctttaaaacatgaaaacttggactcatctttgagagacatctt
tcatagggggctggagagatggataagtggttaagaacactggctgctct
tccagtgaactcaggtttgattcccagaaccacagggcagctcacaactc
cagtcccaggggatcgataatctcttcttgactccttgggtactaagcac
acacgtggtgcacaggcatacacacaggcaaaaattcatacaaataaaac
taaataaataaaaattttaaaaatagatacatcttgggattggaaagatg
gctcagcagataagagcactaactgctcttccagaggtcctgagttcaat
tcccagcaaccacatggtggcttacaaccatctgtaatgagatctggcac
cctcttctggtatggtgtgcaagcatatatgcaggcagagcactgtgtac
atataaataaataaatctttaaaaaaaaaaaaaaggtaccaaagtcactt
tcctgaagaagaagaaaaaaaaagactcctttgagttaagaagagagtga
tacagaagtgaaaaagagcaaagatcccccctctctctctccctctctct
cctctctcttcccctctcttctcttccctctcttctcttccctctcttct
cttcccctcccttccccttcccctt
gaattctatcttcttggatactaaggaataatatgcttttgttccttcac
aagtaacaattcttaacacaatacacgtgtctgtcatggcagctctcagg
aggtagagaatggaagatcaggaattcatggccatacttagctactcagt
gagcttaaggccagcctgggctacatgggatcctgtctcagaaaacagtt
gtcacactggggatgtgttagctcacggtactatgttagagcgcttgcta
ggctccaggtcatgtgttctgtttccatcatgtccatctcttacataacc
caaattgctatgtatcaaggcctccctgcccaataccccgaggtaagtac
cttcatcctttgcgtaagtcaggtgctcagagagatagacctgatcattt
gctcaaagccaggcaggctaataggcaaaattgggactctgctccaaatc
tggcttagctgctattttcgagaaccagccacggctatgaatctgaacca
gttccagcattcaccttctttatggggcacatgatattttgggaggaagc
tatgtgccttctagattaagaataattatgctgacggaataaaaagagtc
tcctcacccccaccgcctccactctcaaccacagcccagctgagggtaga
aaatgcagaccctggccagaccactctaaggcacacctgctgggtggtct
gtgtcttcttggagacctcatcagctctttctccacacagcctttggagt
cctgcagagggaacagtgagcgagggcaagactaggacctcctcaagagc
cacgtcaatctatatccctagggagccccggctgtatcacagagagggtg
atcgatagaaccctgccctcctgccaactctctcttcccttcttctctgc
tctctagcaaacaggaatggggacgagttaaaacaggctgctgcctagat
agcataagtagtggcatgattacactgcaccttgcctgcctcctggagca
gtagcttctcaagcatcagcccccaaccttgaaagccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_61692835_61693712
seq2: B6Ng01-065N20.b_51_925

seq1  GAATTCAGAGATTCACCTATCTGCCTCTGCCTACTGAATGCTGGGGTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGATTCACCTATCTGCCTCTGCCTACTGAATGCTGGGGTTAA  50

seq1  AGGTATGTGTCACCACCTGAGTTCTGTTCATTTACCAATATCCACTAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGTGTCACCACCTGAGTTCTGTTCATTTACCAATATCCACTAATC  100

seq1  GCTCCAGTGTTTCCTATCTGAAAGACCACCTAAGTTCTCACTCTACCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGTGTTTCCTATCTGAAAGACCACCTAAGTTCTCACTCTACCTTC  150

seq1  TTCCTGAAAGAGTATGACAGATTCCTGACTGGAATCATGGCAGCAGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAAAGAGTATGACAGATTCCTGACTGGAATCATGGCAGCAGCATG  200

seq1  CCATGATCTTTAAAACATGAAAACTTGGACTCATCTTTGAGAGACATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATCTTTAAAACATGAAAACTTGGACTCATCTTTGAGAGACATCTT  250

seq1  TCATAGGGGGCTGGAGAGATGGATAAGTGGTTAAGAACACTGGCTGCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGGGGCTGGAGAGATGGATAAGTGGTTAAGAACACTGGCTGCTCT  300

seq1  TCCAGTGAACTCAGGTTTGATTCCCAGAACCACAGGGCAGCTCACAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGAACTCAGGTTTGATTCCCAGAACCACAGGGCAGCTCACAACTC  350

seq1  CAGTCCCAGGGGATCGATAATCTCTTCTTGACTCCTTGGGTACTAAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCAGGGGATCGATAATCTCTTCTTGACTCCTTGGGTACTAAGCAC  400

seq1  ACACGTGGTGCACAGGCATACACACAGGCAAAAATTCATACAAATAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTGGTGCACAGGCATACACACAGGCAAAAATTCATACAAATAAAAC  450

seq1  TAAATAAATAAAAATTTTAAAAATAGATACATCTTGGGATTGGAAAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATAAAAATTTTAAAAATAGATACATCTTGGGATTGGAAAGATG  500

seq1  GCTCAGCAGATAAGAGCACTAACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCAGATAAGAGCACTAACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAT  550

seq1  TCCCAGCAACCACATGGTGGCTTACAACCATCTGTAATGAGATCTGGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCAACCACATGGTGGCTTACAACCATCTGTAATGAGATCTGGCAC  600

seq1  CCTCTTCTGGTATGGTGTGCAAGCATATATGCAGGCAGAGCACTGTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTGGTATGGTGTGCAAGCATATATGCAGGCAGAGCACTGTGTAC  650

seq1  ATATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAGGTACCAAAGTCACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAGGTACCAAAGTCACTT  700

seq1  TCCTGAAGAAGAAGAAAAAAAAAGACTCCTTTGAGTTAAGAAGAGAGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAGAAGAAGAAAAAAAAAGACTCCTTTGAGTTAAGAAGAGAGTGA  750

seq1  TACAGAAGTGAAAAAGAGCAAAGATCCCCCCTCTCTCTCTCCCTCTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGTGAAAAAGAGCAAAGATCCCCCCTCTCTCTCTCCCTCTCTCT  800

seq1  CCCTCTCTCTTCCCCTCTCTTCTCCTCCCCTCTCTTCTCTTCCCCTCTCT  850
       |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
seq2  -CCTCTCTCTTCCCCTCTCTTCT-CTTCCCTCTCTTCTCTT-CCCTCTCT  847

seq1  TCTCTTCCCCTCCCTTCCCCTTCCCCTT  878
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCCCTCCCTTCCCCTTCCCCTT  875

seq1: chr18_61820363_61821413
seq2: B6Ng01-065N20.g_71_1109 (reverse)

seq1  TAGGCTTTTCAAGGTTGGTGGCTGAATGCTTGAG-AGCTACTGGCTCCAG  49
      ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TAGGC-TTTCAAGGTTGGGGGCTG-ATGCTTGAGAAGCTACT-GCTCCAG  47

seq1  GAAGGCAGGCAAGTGGCAGTTGTTATCATGGCCACTACTTATGCTATCTA  99
      | |||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  G-AGGCAGGCAAGGTGCAG-TGTAATCAT-GCCACTACTTATGCTATCTA  94

seq1  GGGCAGCAGCCTGTTTTAACTCGTCCCCATTCCTGTTTGGCTAGGAGAAG  149
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||
seq2  -GGCAGCAGCCTGTTTTAACTCGTCCCCATTCCTGTTT-GCTA-GAG-AG  140

seq1  CAGAGGAAGAAGGGAAGAGAGAGTTGGGCAGGAGGGGCAGGGTTCTATCG  199
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGA-GAAGAAGGGAAGAGAGAGTT-GGCAGGA-GGGCAGGGTTCTATCG  187

seq1  ATCACCCTCTCTGTGATACAGCCGGGGCTCCCTAGGGATATAGATTGACG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCTCTCTGTGATACAGCCGGGGCTCCCTAGGGATATAGATTGACG  237

seq1  TGGCTCTTGAGGAGGTCCTAGTCTTGCCCTCGCTCACTGTTCCCTCTGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTTGAGGAGGTCCTAGTCTTGCCCTCGCTCACTGTTCCCTCTGCA  287

seq1  GGACTCCAAAGGCTGTGTGGAGAAAGAGCTGATGAGGTCTCCAAGAAGAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCAAAGGCTGTGTGGAGAAAGAGCTGATGAGGTCTCCAAGAAGAC  337

seq1  ACAGACCACCCAGCAGGTGTGCCTTAGAGTGGTCTGGCCAGGGTCTGCAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCACCCAGCAGGTGTGCCTTAGAGTGGTCTGGCCAGGGTCTGCAT  387

seq1  TTTCTACCCTCAGCTGGGCTGTGGTTGAGAGTGGAGGCGGTGGGGGTGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACCCTCAGCTGGGCTGTGGTTGAGAGTGGAGGCGGTGGGGGTGAG  437

seq1  GAGACTCTTTTTATTCCGTCAGCATAATTATTCTTAATCTAGAAGGCACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTCTTTTTATTCCGTCAGCATAATTATTCTTAATCTAGAAGGCACA  487

seq1  TAGCTTCCTCCCAAAATATCATGTGCCCCATAAAGAAGGTGAATGCTGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCCTCCCAAAATATCATGTGCCCCATAAAGAAGGTGAATGCTGGA  537

seq1  ACTGGTTCAGATTCATAGCCGTGGCTGGTTCTCGAAAATAGCAGCTAAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTCAGATTCATAGCCGTGGCTGGTTCTCGAAAATAGCAGCTAAGC  587

seq1  CAGATTTGGAGCAGAGTCCCAATTTTGCCTATTAGCCTGCCTGGCTTTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTGGAGCAGAGTCCCAATTTTGCCTATTAGCCTGCCTGGCTTTGA  637

seq1  GCAAATGATCAGGTCTATCTCTCTGAGCACCTGACTTACGCAAAGGATGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGATCAGGTCTATCTCTCTGAGCACCTGACTTACGCAAAGGATGA  687

seq1  AGGTACTTACCTCGGGGTATTGGGCAGGGAGGCCTTGATACATAGCAATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACTTACCTCGGGGTATTGGGCAGGGAGGCCTTGATACATAGCAATT  737

seq1  TGGGTTATGTAAGAGATGGACATGATGGAAACAGAACACATGACCTGGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTATGTAAGAGATGGACATGATGGAAACAGAACACATGACCTGGAG  787

seq1  CCTAGCAAGCGCTCTAACATAGTACCGTGAGCTAACACATCCCCAGTGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAAGCGCTCTAACATAGTACCGTGAGCTAACACATCCCCAGTGTG  837

seq1  ACAACTGTTTTCTGAGACAGGATCCCATGTAGCCCAGGCTGGCCTTAAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTTTTCTGAGACAGGATCCCATGTAGCCCAGGCTGGCCTTAAGC  887

seq1  TCACTGAGTAGCTAAGTATGGCCATGAATTCCTGATCTTCCATTCTCTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGTAGCTAAGTATGGCCATGAATTCCTGATCTTCCATTCTCTAC  937

seq1  CTCCTGAGAGCTGCCATGACAGACACGTGTATTGTGTTAAGAATTGTTAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGAGCTGCCATGACAGACACGTGTATTGTGTTAAGAATTGTTAC  987

seq1  TTGTGAAGGAACAAAAGCATATTATTCCTTAGTATCCAAGAAGATAGAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAGGAACAAAAGCATATTATTCCTTAGTATCCAAGAAGATAGAAT  1037

seq1  TC  1051
      ||
seq2  TC  1039