BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070H16
Chromosome18 (Build37)
Map Location 62,515,159 - 62,650,584
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHtr4
Upstream genePpargc1b, LOC667675, 4933429F08Rik, Csnk1a1, Il17b, Pcyox1l, LOC100042730, Grpel2, Afap1l1, LOC100042738, Ablim3, Sh3tc2, Adrb2
Downstream geneFbxo38, Spink10, EG408198, 2700046A07Rik, Apcdd1, Napg, 9430028L06Rik, 9030411M15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070H16.bB6Ng01-070H16.g
ACCDH888473DH888474
length4351,198
definitionDH888473|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070H16, 5' end.DH888474|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070H16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,515,159 - 62,515,593)(62,649,367 - 62,650,584)
sequence
gaattccaggccagccagacctatgcagtgagaccctgttccaaagcaac
actaaccaaaagcacccaaggtcttgtttatcctgttgctgtccctttct
cttcccacagactctgtgtccctgagcaggtttcagttactggttttcta
taggggctggctgggtttaagacaagctcaagggttgctaggatagctca
ataggacagaagtgcttgttgtgtggttgtgatgacctgagttcagttcc
ctgatcccctggttgaaggagagaactgactcctgaaaattgtattctga
ccttcacacacagggatgcacacccaacattctctcacacatatgtcacc
cacacatacatgcacatacatgataacatccttccctctctcctctcctc
tcctcccctcccctcccctcccctcccctcccctc
gaattccattccacgattaactgaggactgtttgcccactggtaactgat
cgtacaggtgaaagaaacattcaggatggcacagtagaaaaaggagcacg
aacagggaaggaatcatcacccctcagcttggtgaaggttcccaaagctc
tactgtgggatctacccagaaggctaacccagcaatccagccaacccctg
tgggtgagcagtcatatctcacaagtttcatgacctgaggaaagttactg
ctgtggagcaacatagaggcagctgtctactttgcattaatttattcaaa
cctgacaggagccacattaggtttggtgattatctgaatctacaatttgt
tcgctgagcaatctgtagcaaacttggagcagcctgaatagagcaataat
taatagcataaccgagctccttctccaagcctaggttggcaccactgggg
aaaagcttagattttataacatagggcctcgggcctcctctgggcaacag
cacttgcttaccctcactggggatgcttgcaaaataagaagcagctctgt
ataaattgatcaaacctcaggcagatctgagcccttggaattacttggaa
tctgacatacctcaggggtgaggctattttttctgtgttttcgaaggaac
aggatttttcaaatgctagacatttactaatccaggtagtcattttaaag
tacatcctgtgtatccaccatgattcaggccctgtgccagacctgggagg
acctgaggtgaagacctgagacagtttctggcacaaagagttacagcatg
ctgtgagacccatgagcatgtgggaatttatgaacatatgaaacattaga
ggcagacagtaatcggtaacactgagagcacatgagaaggacatgaaccc
agttggcgggtcggcatagtgttatagggagagtgacagagtgagagcca
caagcagaaaggggtcaccaggccaaggtgatgtgcagagcagaggagag
gggcattcatggaccaatgctgcagcagagacccaggatgatgcaggact
gttgttcttaccctgatagcacaggagccaacaagggtagaaacagaagg
gaagaacctcatgttttgtaggtcaatagacatgtgggatgagtgagctg
aatagacacagtagcaatataggagctaattagcttctgtgtcctgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_62515159_62515593
seq2: B6Ng01-070H16.b_47_481

seq1  GAATTCCAGGCCAGCCAGACCTATGCAGTGAGACCCTGTTCCAAAGCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCCAGACCTATGCAGTGAGACCCTGTTCCAAAGCAAC  50

seq1  ACTAACCAAAAGCACCCAAGGTCTTGTTTATCCTGTTGCTGTCCCTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCAAAAGCACCCAAGGTCTTGTTTATCCTGTTGCTGTCCCTTTCT  100

seq1  CTTCCCACAGACTCTGTGTCCCTGAGCAGGTTTCAGTTACTGGTTTTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCACAGACTCTGTGTCCCTGAGCAGGTTTCAGTTACTGGTTTTCTA  150

seq1  TAGGGGCTGGCTGGGTTTAAGACAAGCTCAAGGGTTGCTAGGATAGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCTGGCTGGGTTTAAGACAAGCTCAAGGGTTGCTAGGATAGCTCA  200

seq1  ATAGGACAGAAGTGCTTGTTGTGTGGTTGTGATGACCTGAGTTCAGTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAGAAGTGCTTGTTGTGTGGTTGTGATGACCTGAGTTCAGTTCC  250

seq1  CTGATCCCCTGGTTGAAGGAGAGAACTGACTCCTGAAAATTGTATTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCCCTGGTTGAAGGAGAGAACTGACTCCTGAAAATTGTATTCTGA  300

seq1  CCTTCACACACAGGGATGCACACCCAACATTCTCTCACACATATGTCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACACACAGGGATGCACACCCAACATTCTCTCACACATATGTCACC  350

seq1  CACACATACATGCACATACATGATAACATCCTTCCCTCTCTCCTCTCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATACATGCACATACATGATAACATCCTTCCCTCTCTCCTCTCCTC  400

seq1  TCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTC  435
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTC  435

seq1: chr18_62649367_62650584
seq2: B6Ng01-070H16.g_66_1263 (reverse)

seq1  TACAGGAGCAACAGGAAGCTAATATAGCTCCTAATATTGCTACTGTGTCC  50
      |||||||   ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TACAGGA--CACA-GAAGCTAAT-TAGCTCCT-ATATTGCTACTGTGTC-  44

seq1  TAATCCAGCCTCACTCATCCCACATG-CTAATGACCCTACAAAACATGAG  99
        || ||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||
seq2  -TATTCAG-CTCACTCATCCCACATGTCTATTGA-CCTACAAAACATGAG  91

seq1  GTTCTTCCC-TCTGGTTCTACCCTTGTCTGGCTCCTGGTTGCTATCAGGG  148
      ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||||
seq2  GTTCTTCCCTTCTGTTTCTACCCTTGT-TGGCTCCTG--TGCTATCAGGG  138

seq1  TAAGGACAACAGTCCTTGGCATCATCCTGGGTCTCTGCCTGCAGCATTGG  198
      |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAAGAACAACAGTCCT--GCATCATCCTGGGTCTCTG-CTGCAGCATTGG  185

seq1  TCCATGAATGCCCCTCTTCCTCTGCTCTGCCACATCACCCTTGGCCTGGT  248
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TCCATGAATGCCCCTC-TCCTCTGCTCTG-CACATCA-CCTTGGCCTGGT  232

seq1  GACCCCTTTCCTGCCTTGTGGCTCTCACCTCCTGTCACTCTCCCTATAAC  298
      ||||||||| ||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  GACCCCTTT-CTG-CTTGTGGCTCTCAC--TCTGTCACTCTCCCTATAAC  278

seq1  ACTATGCCGACCCGCCAACTGGGTTCATGTCCTTCTCATGTGCTCTCAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCCGACCCGCCAACTGGGTTCATGTCCTTCTCATGTGCTCTCAGT  328

seq1  GTTACCGATTACTGTCTGCCTCTAATGTTTCATATGTTCATAAATTCCCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCGATTACTGTCTGCCTCTAATGTTTCATATGTTCATAAATTCCCA  378

seq1  CATGCTCATGGGTCTCACAGCATGCTGTAACTCTTTGTGCCAGAAACTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCATGGGTCTCACAGCATGCTGTAACTCTTTGTGCCAGAAACTGT  428

seq1  CTCAGGTCTTCACCTCAGGTCCTCCCAGGTCTGGCACAGGGCCTGAATCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTCTTCACCTCAGGTCCTCCCAGGTCTGGCACAGGGCCTGAATCA  478

seq1  TGGTGGATACACAGGATGTACTTTAAAATGACTACCTGGATTAGTAAATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGATACACAGGATGTACTTTAAAATGACTACCTGGATTAGTAAATG  528

seq1  TCTAGCATTTGAAAAATCCTGTTCCTTCGAAAACACAGAAAAAATAGCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATTTGAAAAATCCTGTTCCTTCGAAAACACAGAAAAAATAGCCT  578

seq1  CACCCCTGAGGTATGTCAGATTCCAAGTAATTCCAAGGGCTCAGATCTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTGAGGTATGTCAGATTCCAAGTAATTCCAAGGGCTCAGATCTGC  628

seq1  CTGAGGTTTGATCAATTTATACAGAGCTGCTTCTTATTTTGCAAGCATCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTTTGATCAATTTATACAGAGCTGCTTCTTATTTTGCAAGCATCC  678

seq1  CCAGTGAGGGTAAGCAAGTGCTGTTGCCCAGAGGAGGCCCGAGGCCCTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGGGTAAGCAAGTGCTGTTGCCCAGAGGAGGCCCGAGGCCCTAT  728

seq1  GTTATAAAATCTAAGCTTTTCCCCAGTGGTGCCAACCTAGGCTTGGAGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAAAATCTAAGCTTTTCCCCAGTGGTGCCAACCTAGGCTTGGAGAA  778

seq1  GGAGCTCGGTTATGCTATTAATTATTGCTCTATTCAGGCTGCTCCAAGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCGGTTATGCTATTAATTATTGCTCTATTCAGGCTGCTCCAAGTT  828

seq1  TGCTACAGATTGCTCAGCGAACAAATTGTAGATTCAGATAATCACCAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAGATTGCTCAGCGAACAAATTGTAGATTCAGATAATCACCAAAC  878

seq1  CTAATGTGGCTCCTGTCAGGTTTGAATAAATTAATGCAAAGTAGACAGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTGGCTCCTGTCAGGTTTGAATAAATTAATGCAAAGTAGACAGCT  928

seq1  GCCTCTATGTTGCTCCACAGCAGTAACTTTCCTCAGGTCATGAAACTTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTATGTTGCTCCACAGCAGTAACTTTCCTCAGGTCATGAAACTTGT  978

seq1  GAGATATGACTGCTCACCCACAGGGGTTGGCTGGATTGCTGGGTTAGCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATGACTGCTCACCCACAGGGGTTGGCTGGATTGCTGGGTTAGCCT  1028

seq1  TCTGGGTAGATCCCACAGTAGAGCTTTGGGAACCTTCACCAAGCTGAGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTAGATCCCACAGTAGAGCTTTGGGAACCTTCACCAAGCTGAGGG  1078

seq1  GTGATGATTCCTTCCCTGTTCGTGCTCCTTTTTCTACTGTGCCATCCTGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGATTCCTTCCCTGTTCGTGCTCCTTTTTCTACTGTGCCATCCTGA  1128

seq1  ATGTTTCTTTCACCTGTACGATCAGTTACCAGTGGGCAAACAGTCCTCAG  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTTTCACCTGTACGATCAGTTACCAGTGGGCAAACAGTCCTCAG  1178

seq1  TTAATCGTGGAATGGAATTC  1218
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCGTGGAATGGAATTC  1198