BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072D12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 81,227,095 - 81,389,177
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePard6g, Zfp508, LOC665009, LOC100039311, 1110032A13Rik, Txnl4, 1810005K13Rik, Pqlc1, Kcng2, D330025C20Rik, Ctdp1, LOC669389, LOC100039336, A430076E10Rik, LOC100039348, Nfatc1, Atp9b, Sall3, LOC665124
Downstream geneLOC100039458, LOC100040871
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072D12.bB6Ng01-072D12.g
ACCDH889695DH889696
length1,1421,002
definitionDH889695|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072D12, 5' end.DH889696|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072D12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,388,018 - 81,389,177)(81,227,095 - 81,228,097)
sequence
gaattcaacttctggccatggaatagctgtgtgtgctgcctccttcaggg
aatctacacaggaagtttcatgaggccatcattccaggactcgggtccat
tgtccataactcaagggacaataagggcaggtgacccatctgtctggaaa
tcccagcagcatcagaagtggctgagtgtagcagacatagctatggtcac
atgacccactgcgcccttaccagcccttcacctacttggacagtggaacc
agagaccatgggaatgagcttttgtttacacagtatcctggcaaagtcag
tgagccagcagctggttcgtcctgccccaggctacctgtgctctgtactc
aagagaaatcaatcaacatgcccacacaaaagcccgtgcacgaatattca
tctcagaatgtttgtaatggtggagcccagggaattcccaattatccata
ggtaggtgatcagcagactggctttccattctatggaatgctcggtagca
aaggatgttgggtggtgtaccctgtagcacaaatggatctgagaaagaca
ctgaagccattcccataacacatgccagctagcaggtcctgtacatttaa
cactatggaaattcaaacaaatgcacagtttgatttctacagacaaaaag
ggaggaaggaattataaagaactttttttttaaaggaaatgacccattta
tttgatggtggcagtggcttctcaggcatctgcatacctaacttagcaca
ttatatacacatataaatacatagttcattagtgtgcctatacttcacta
cttctgccttttgaaaagttacttatatattaggaagggagaggttagcc
cagagaagatgagggagcaggagacaacagactggtaatagatccaaagg
caaacaagtaaatgcagagtgatagtggcctgtgctccacagatggctcc
ccaaggcccagagcctggtcctcatgctcagatgtatagatagaacagag
caatgaacatgtgaacagagttcactgcttacagaacacgacccagagat
tctgatttctgatgctatgtaacaacgatggctatcttattgttcctccc
ttgatgctcaccttgcatcttcatgcaaataacggctcggcc
gaattcactccatacatgcattctctattaactccacttaggcaaatttt
cgaaaactttacagtaaagattgtgattggtgaaagagttgaaattgagc
cagaatcattcattaaccagactcttttataaagcagaattatttattaa
ccaggatcattcattaattgccagcatctcaagcagtttttcactctcat
aattaagcaagttgacaccagaattcctttgctcattggctgacttcctg
gggaactcttccttgtggagagcagagatcactgtcattcagtagcactc
tagggacgcaagtctttagtccagcctcaggaacatttgtcccctcagtg
gtgaggttttcctgagcagcgtagcccaggctgtgtacagcacaggttta
gaaaaggaagacggagttctgtgttttggacactgtaactaaaggactcc
cagttcagacatcacttggaaggagggcacattgtagttcttgccgttga
tggatagtctgattttcaaggcaggtgtaggtgtgggtgcaggaacggag
catacctccctattttctttcatggttctctgctcaggtgaggggagtcc
tcctgcttcccggagtgagctcaggagtctggatgggtctccttgaggga
catctgagtggcttgaaagaggttttactctatggcagggtgattgagca
gtgcaagtggcttgggcattgtccatgcactttcatggcttcctaggaag
tagtaagcatattctgctgcagacatgccgggtctaggcgaggttcagac
aatcacctcttttggatgttgattattgcatgaagttgatgcttatctat
ccatctatgatttctttgggacttaggagtggcttagcattttgtaataa
cagtggagttgtgtaacagcctggaagcaaatacaagagacagatttgat
atagcttcagaatgctcctgtatgtatattttgtatgtaggtatgtatgt
at
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_81388018_81389177
seq2: B6Ng01-072D12.b_47_1188 (reverse)

seq1  GGCCGAGCCGGTGTTATTGCCATAGAAGATGCAAGTTGAGCATCAGGGGA  50
      |||||||||   ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GGCCGAGCC---GTTATTTGCAT-GAAGATGCAAGGTGAGCATCAAGGGA  46

seq1  GGAAAAAAAAATAAAGATAAACCATCGTTGTTAACCATAGCATCAGAAAT  100
      |||| ||      ||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  GGAACAA-----TAAGAT-AGCCATCGTTGTTA--CATAGCATCAGAAAT  88

seq1  CAGAATCTCCTGGGTCGTTGTTCTGTAAGGCAGTGAACCTCTGTTCACAT  150
      |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| 
seq2  CAGAATCT-CTGGGTCG-TGTTCTGTAA-GCAGTGAA-CTCTGTTCACA-  133

seq1  TGTTCATTGCTCTGTTCTTATCTATACATCTGAGCATGAGGACCGGGCTC  200
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTCATTGCTCTGTTC-TATCTATACATCTGAGCATGAGGACCAGGCTC  182

seq1  TGGGCCTTGGGGAGCCATCTGTGGAGCACAGGCCACTATCACTCTGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTTGGGGAGCCATCTGTGGAGCACAGGCCACTATCACTCTGCATT  232

seq1  TACTTGTTTGCCTTTGGATCTATTACCAGTCTGTTGTCTCCTGCTCCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTTTGCCTTTGGATCTATTACCAGTCTGTTGTCTCCTGCTCCCTC  282

seq1  ATCTTCTCTGGGCTAACCTCTCCCTTCCTAATATATAAGTAACTTTTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTCTGGGCTAACCTCTCCCTTCCTAATATATAAGTAACTTTTCAA  332

seq1  AAGGCAGAAGTAGTGAAGTATAGGCACACTAATGAACTATGTATTTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAAGTAGTGAAGTATAGGCACACTAATGAACTATGTATTTATAT  382

seq1  GTGTATATAATGTGCTAAGTTAGGTATGCAGATGCCTGAGAAGCCACTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATAATGTGCTAAGTTAGGTATGCAGATGCCTGAGAAGCCACTGC  432

seq1  CACCATCAAATAAATGGGTCATTTCCTTTAAAAAAAAAGTTCTTTATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCAAATAAATGGGTCATTTCCTTTAAAAAAAAAGTTCTTTATAAT  482

seq1  TCCTTCCTCCCTTTTTGTCTGTAGAAATCAAACTGTGCATTTGTTTGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTCCCTTTTTGTCTGTAGAAATCAAACTGTGCATTTGTTTGAAT  532

seq1  TTCCATAGTGTTAAATGTACAGGACCTGCTAGCTGGCATGTGTTATGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATAGTGTTAAATGTACAGGACCTGCTAGCTGGCATGTGTTATGGGA  582

seq1  ATGGCTTCAGTGTCTTTCTCAGATCCATTTGTGCTACAGGGTACACCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCAGTGTCTTTCTCAGATCCATTTGTGCTACAGGGTACACCACC  632

seq1  CAACATCCTTTGCTACCGAGCATTCCATAGAATGGAAAGCCAGTCTGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCCTTTGCTACCGAGCATTCCATAGAATGGAAAGCCAGTCTGCTG  682

seq1  ATCACCTACCTATGGATAATTGGGAATTCCCTGGGCTCCACCATTACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTACCTATGGATAATTGGGAATTCCCTGGGCTCCACCATTACAAA  732

seq1  CATTCTGAGATGAATATTCGTGCACGGGCTTTTGTGTGGGCATGTTGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGAGATGAATATTCGTGCACGGGCTTTTGTGTGGGCATGTTGATT  782

seq1  GATTTCTCTTGAGTACAGAGCACAGGTAGCCTGGGGCAGGACGAACCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTCTTGAGTACAGAGCACAGGTAGCCTGGGGCAGGACGAACCAGC  832

seq1  TGCTGGCTCACTGACTTTGCCAGGATACTGTGTAAACAAAAGCTCATTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCTCACTGACTTTGCCAGGATACTGTGTAAACAAAAGCTCATTCC  882

seq1  CATGGTCTCTGGTTCCACTGTCCAAGTAGGTGAAGGGCTGGTAAGGGCGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCTCTGGTTCCACTGTCCAAGTAGGTGAAGGGCTGGTAAGGGCGC  932

seq1  AGTGGGTCATGTGACCATAGCTATGTCTGCTACACTCAGCCACTTCTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTCATGTGACCATAGCTATGTCTGCTACACTCAGCCACTTCTGAT  982

seq1  GCTGCTGGGATTTCCAGACAGATGGGTCACCTGCCCTTATTGTCCCTTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGGGATTTCCAGACAGATGGGTCACCTGCCCTTATTGTCCCTTGA  1032

seq1  GTTATGGACAATGGACCCGAGTCCTGGAATGATGGCCTCATGAAACTTCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGACAATGGACCCGAGTCCTGGAATGATGGCCTCATGAAACTTCC  1082

seq1  TGTGTAGATTCCCTGAAGGAGGCAGCACACACAGCTATTCCATGGCCAGA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGATTCCCTGAAGGAGGCAGCACACACAGCTATTCCATGGCCAGA  1132

seq1  AGTTGAATTC  1160
      ||||||||||
seq2  AGTTGAATTC  1142

seq1: chr18_81227095_81228097
seq2: B6Ng01-072D12.g_69_1070

seq1  GAATTCACTCCATACATGCATTCTCTATTAACTCCACTTAGGCAAATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCATACATGCATTCTCTATTAACTCCACTTAGGCAAATTTT  50

seq1  CGAAAACTTTACAGTAAAGATTGTGATTGGTGAAAGAGTTGAAATTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAACTTTACAGTAAAGATTGTGATTGGTGAAAGAGTTGAAATTGAGC  100

seq1  CAGAATCATTCATTAACCAGACTCTTTTATAAAGCAGAATTATTTATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCATTCATTAACCAGACTCTTTTATAAAGCAGAATTATTTATTAA  150

seq1  CCAGGATCATTCATTAATTGCCAGCATCTCAAGCAGTTTTTCACTCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATCATTCATTAATTGCCAGCATCTCAAGCAGTTTTTCACTCTCAT  200

seq1  AATTAAGCAAGTTGACACCAGAATTCCTTTGCTCATTGGCTGACTTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGCAAGTTGACACCAGAATTCCTTTGCTCATTGGCTGACTTCCTG  250

seq1  GGGAACTCTTCCTTGTGGAGAGCAGAGATCACTGTCATTCAGTAGCACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTCTTCCTTGTGGAGAGCAGAGATCACTGTCATTCAGTAGCACTC  300

seq1  TAGGGACGCAAGTCTTTAGTCCAGCCTCAGGAACATTTGTCCCCTCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACGCAAGTCTTTAGTCCAGCCTCAGGAACATTTGTCCCCTCAGTG  350

seq1  GTGAGGTTTTCCTGAGCAGCGTAGCCCAGGCTGTGTACAGCACAGGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTTTTCCTGAGCAGCGTAGCCCAGGCTGTGTACAGCACAGGTTTA  400

seq1  GAAAAGGAAGACGGAGTTCTGTGTTTTGGACACTGTAACTAAAGGACTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGAAGACGGAGTTCTGTGTTTTGGACACTGTAACTAAAGGACTCC  450

seq1  CAGTTCAGACATCACTTGGAAGGAGGGCACATTGTAGTTCTTGCCGTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAGACATCACTTGGAAGGAGGGCACATTGTAGTTCTTGCCGTTGA  500

seq1  TGGATAGTCTGATTTTCAAGGCAGGTGTAGGTGTGGGTGCAGGAACGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGTCTGATTTTCAAGGCAGGTGTAGGTGTGGGTGCAGGAACGGAG  550

seq1  CATACCTCCCTATTTTCTTTCATGGTTCTCTGCTCAGGTGAGGGGAGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTCCCTATTTTCTTTCATGGTTCTCTGCTCAGGTGAGGGGAGTCC  600

seq1  TCCTGCTTCCCGGAGTGAGCTCAGGAGTCTGGATGGGTCTCCTTGAGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTTCCCGGAGTGAGCTCAGGAGTCTGGATGGGTCTCCTTGAGGGA  650

seq1  CATCTGAGTGGCTTGAAAGAGGTTTTACTCTATGGCAGGGTGATTGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAGTGGCTTGAAAGAGGTTTTACTCTATGGCAGGGTGATTGAGCA  700

seq1  GTGCAAGTGGCTTGGGCATTGTCCATGCACTTTCATGGCTTCCTAGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGTGGCTTGGGCATTGTCCATGCACTTTCATGGCTTCCTAGGAAG  750

seq1  TAGTAAGCATATTCTGCTGCAGACATGCCGGGTCTAGGCGAGGTTCAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGCATATTCTGCTGCAGACATGCCGGGTCTAGGCGAGGTTCAGAC  800

seq1  AATCACCTCTTTTGGATGTTGATTATTGCATGAAGTTGATGCTTATCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCTCTTTTGGATGTTGATTATTGCATGAAGTTGATGCTTATCTAT  850

seq1  CCATCTATGATTTCTTTGGGACTTAGGAGTGGCTTAGCATTTTGTAATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTATGATTTCTTTGGGACTTAGGAGTGGCTTAGCATTTTGTAATAA  900

seq1  CAGTGGAGTTGTGTAACAGCCTGGAAGCAAATACAAGAGACAGATTTTGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGTGGAGTTGTGTAACAGCCTGGAAGCAAATACAAGAGACAGA-TTTGA  949

seq1  TATTAGCTTCAGAATGCTCCTGTATGTATA-TATGTATGTAGGTATGTAT  999
      || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
seq2  TA-TAGCTTCAGAATGCTCCTGTATGTATATTTTGTATGTAGGTATGTAT  998

seq1  GTAT  1003
      ||||
seq2  GTAT  1002