BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075A05
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,087,019 - 70,243,876
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc68, Rab27b
Upstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4
Downstream gene2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075A05.bB6Ng01-075A05.g
ACCDH891697DH891698
length877658
definitionDH891697|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075A05, 5' end.DH891698|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,087,019 - 70,087,894)(70,243,219 - 70,243,876)
sequence
gaattccacattaacttggggagtgttgttctagtttgtgtagattgggg
gaaagcttagggtttttgaattctaggtttaatattactagcatagaaga
attaaactaaaactgaagcatcagtttcatgaaaaataactgaaaattaa
atgtgttgctttggatatcagtgattctggaggggaataggaatacaaaa
ttgaaatttaacaaaattctatccagtaattttttttcatcctttaaatt
agaaaaacaaaatgattactgttctctatagggggcaaatcaggtatgtt
attcttgcttttattcaatttccttgaaaacagttttattgggggtgaga
gcaaattactctagaacatatccaagtgtataatttaggaattctttgca
aacgtgttggacagcatggttgtcaccgtagtacagtgtccgattaggtc
actgtccctaaatgactgcagtctcattgtccccctcttcaggcccaggt
gactctcatccaccttatgtgtcttcaactttaccttttctggacatttc
aagctaatggaatcaaacaatgtttgttccttaacatttggtttctttta
catagaatacagattttgaggcacattcaggctgtagcatgtatctgtgt
tttgctctgttttatggtcaaccaacatctattccatttgatgggattgc
ttttaatatattattacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacatgcatacactccatacatacaacatatacacatatatagtgtaa
aatatataatatgcatttatatagtgtgtgtaataatatatatagtatat
aataatatatattgtatatgtgtgtgt
gaattctacagagatctgtataagacatcacaacaaacaaacaacaacaa
caacaaacaggaactggcaaaataaaagtctcctcaccattgttagtcag
tgatgagacaatcatgatgagattgatatctaactaatggcttgagcccc
ataaatgatatggaagtcgtgtgaataattcatgccatgtgtcctgttga
ccttgatactttccacaacagtttaaatttgcttaaagttccaggaaaac
atctcatttaaagccatgctggttcagcaatatctgaagctacccaatct
tcaactgcctaaggaccctggtatagctgtctcgtgtgaagctatgccag
tgcctggcaaacacaggagtggatgctcacagtcatctatagtatggaac
agagggcccccaatggagaagctagagaaagcacccaaggagctgaaggg
gtctgcaaaccctataggtggaacaacaatatgaactaaccagtaccccc
agagctcgtgtctctagctgcatatgtagcagaagatagcctagtcaacc
attattgggaagagaggccccttggtcttgcaaactttatatgccccagt
acaggggaatgccagggccaagaagtgggaatgggtgggtaggggagcag
ggtggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70087019_70087894
seq2: B6Ng01-075A05.b_46_922

seq1  GAATTCCACATTAACTTGGGGAGTGTTGTTCTAGTTTGTGTAGATTGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATTAACTTGGGGAGTGTTGTTCTAGTTTGTGTAGATTGGGG  50

seq1  GAAAGCTTAGGGTTTTTGAATTCTAGGTTTAATATTACTAGCATAGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTTAGGGTTTTTGAATTCTAGGTTTAATATTACTAGCATAGAAGA  100

seq1  ATTAAACTAAAACTGAAGCATCAGTTTCATGAAAAATAACTGAAAATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTAAAACTGAAGCATCAGTTTCATGAAAAATAACTGAAAATTAA  150

seq1  ATGTGTTGCTTTGGATATCAGTGATTCTGGAGGGGAATAGGAATACAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGCTTTGGATATCAGTGATTCTGGAGGGGAATAGGAATACAAAA  200

seq1  TTGAAATTTAACAAAATTCTATCCAGTAATTTTTTTTCATCCTTTAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATTTAACAAAATTCTATCCAGTAATTTTTTTTCATCCTTTAAATT  250

seq1  AGAAAAACAAAATGATTACTGTTCTCTATAGGGGGCAAATCAGGTATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACAAAATGATTACTGTTCTCTATAGGGGGCAAATCAGGTATGTT  300

seq1  ATTCTTGCTTTTATTCAATTTCCTTGAAAACAGTTTTATTGGGGGTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGCTTTTATTCAATTTCCTTGAAAACAGTTTTATTGGGGGTGAGA  350

seq1  GCAAATTACTCTAGAACATATCCAAGTGTATAATTTAGGAATTCTTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTACTCTAGAACATATCCAAGTGTATAATTTAGGAATTCTTTGCA  400

seq1  AACGTGTTGGACAGCATGGTTGTCACCGTAGTACAGTGTCCGATTAGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGTTGGACAGCATGGTTGTCACCGTAGTACAGTGTCCGATTAGGTC  450

seq1  ACTGTCCCTAAATGACTGCAGTCTCATTGTCCCCCTCTTCAGGCCCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCCTAAATGACTGCAGTCTCATTGTCCCCCTCTTCAGGCCCAGGT  500

seq1  GACTCTCATCCACCTTATGTGTCTTCAACTTTACCTTTTCTGGACATTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCATCCACCTTATGTGTCTTCAACTTTACCTTTTCTGGACATTTC  550

seq1  AAGCTAATGGAATCAAACAATGTTTGTTCCTTAACATTTGGTTTCTTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAATGGAATCAAACAATGTTTGTTCCTTAACATTTGGTTTCTTTTA  600

seq1  CATAGAATACAGATTTTGAGGCACATTCAGGCTGTAGCATGTATCTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAATACAGATTTTGAGGCACATTCAGGCTGTAGCATGTATCTGTGT  650

seq1  TTTGCTCTGTTTTATGGTCAACCAACATCTATTCCATTTGATGGGATTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTGTTTTATGGTCAACCAACATCTATTCCATTTGATGGGATTGC  700

seq1  TTTTAATATATTATTACACACACACACACACACACACACACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATATATTATTACACACACACACACACACACACACACACACACACA  750

seq1  CACACATGCATACACTCCATACATACAACATATACACATATATAGTGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCATACACTCCATACATACAACATATACACATATATAGTGTAA  800

seq1  AATATATAATATGCA-TTATATAGTGTGTGTAATAATATATATAGTATAT  849
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAATATGCATTTATATAGTGTGTGTAATAATATATATAGTATAT  850

seq1  AATAATATATATTGTATATGTGTGTGT  876
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATATATATTGTATATGTGTGTGT  877

seq1: chr18_70243219_70243876
seq2: B6Ng01-075A05.g_71_728 (reverse)

seq1  TCACCACCCTGCTCCCCTACCCACCCATTCCCACTTCTTGGCCCTGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACCCTGCTCCCCTACCCACCCATTCCCACTTCTTGGCCCTGGCAT  50

seq1  TCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTC  100

seq1  CCAATAATGGTTGACTAGGCTATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAATGGTTGACTAGGCTATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACA  150

seq1  CGAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGT  200

seq1  TTGCAGACCCCTTCAGCTCCTTGGGTGCTTTCTCTAGCTTCTCCATTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGACCCCTTCAGCTCCTTGGGTGCTTTCTCTAGCTTCTCCATTGGG  250

seq1  GGCCCTCTGTTCCATACTATAGATGACTGTGAGCATCCACTCCTGTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTCTGTTCCATACTATAGATGACTGTGAGCATCCACTCCTGTGTTT  300

seq1  GCCAGGCACTGGCATAGCTTCACACGAGACAGCTATACCAGGGTCCTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCACTGGCATAGCTTCACACGAGACAGCTATACCAGGGTCCTTAG  350

seq1  GCAGTTGAAGATTGGGTAGCTTCAGATATTGCTGAACCAGCATGGCTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGAAGATTGGGTAGCTTCAGATATTGCTGAACCAGCATGGCTTTA  400

seq1  AATGAGATGTTTTCCTGGAACTTTAAGCAAATTTAAACTGTTGTGGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGATGTTTTCCTGGAACTTTAAGCAAATTTAAACTGTTGTGGAAAG  450

seq1  TATCAAGGTCAACAGGACACATGGCATGAATTATTCACACGACTTCCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGGTCAACAGGACACATGGCATGAATTATTCACACGACTTCCATA  500

seq1  TCATTTATGGGGCTCAAGCCATTAGTTAGATATCAATCTCATCATGATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATGGGGCTCAAGCCATTAGTTAGATATCAATCTCATCATGATTG  550

seq1  TCTCATCACTGACTAACAATGGTGAGGAGACTTTTATTTTGCCAGTTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCACTGACTAACAATGGTGAGGAGACTTTTATTTTGCCAGTTCCT  600

seq1  GTTTGTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGTTGTGATGTCTTATACAGATCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGTTGTGATGTCTTATACAGATCTCTG  650

seq1  TAGAATTC  658
      ||||||||
seq2  TAGAATTC  658