BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075C02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 45,486,308 - 45,631,309
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMyot, Dcp2, Mcc, LOC100042883, Ythdc2, LOC626309, LOC225457, LOC100042900
Downstream geneKcnn2, Trim36, LOC100042905, Pggt1b, Ccdc112, EG225468, LOC100042916, Mospd4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075C02.bB6Ng01-075C02.g
ACCDH891774DH891775
length1,1981,100
definitionDH891774|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075C02, 5' end.DH891775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,486,308 - 45,487,496)(45,630,201 - 45,631,309)
sequence
gaattcctcaccttagaacagagatcatcacccttcaaatggcagtacat
gtgtgggtgtttgtcttttcatgcccattgagcctttgttgccttgtcct
gtggggtatgctttgattattgagctgttaacatcccaacatacataact
acaacacagtctccaacgtatgacacttaagagtttttgactttgtgatg
gtatgaagaaactgtgcattgagttttgaatatttacttcttgcactggt
taatgatattctcaatgatactgttgaagctgtgcagaggaatcctttat
aggcttggtagccactcagtgatgagagaactgccaagccttcacagtgc
accatgatgccacattatgatgttcactgcattggaggaataaaaagcat
ttctcaattctgtattttcaacttgtcctggggttcatgaggtggaagta
ttgtgttggaaggaatatatacaattattacaggaggcttttaaatttat
atatgacagtgtctacacaatcaaaagctaaggtaggaaagcatgctaga
gtcttatagggtctcccctgacagtctcattggctgtgagcattattcat
ttaacatcaatgcaactcattggtaagacaaccaaaattgaattagtaaa
ataatcgatctgttgacatagaaattacaaatcttcaaattgtgaaaaat
tcatagacttcagatgttttgaaaagttgtaagtattttgaaattaaaag
catattccagactttcttatgaaatgaattaatctacacagtccaaactg
ggattgttatgtttttatttataacaatgtttgtgtaatatttcatgtat
gtaatcaaatgagcttatagtttagttttgaaatcgaatacatttcacat
tattttgctgtcaaagagccagcatgattttttggtaatgaattatcata
ttaccttttttaattaggttcatgaaattttcataaattaatgttagctc
tgagtgaagttcatgagtgtctaatgttgtactgtagtaagtcctcaatc
tgcagccattttttattaggccaataaacttattcctttaaccaaggtgg
actggaaagaaaaattcattcattctactgtgttaacaaattcttggtta
taagttatggtagagaatattttaatttcttctaaattttttatggtt
gaattcatacgataggttaggtttcctatatgtccaaactaggtgtcagg
agaaagaagcaagaaaggactaggaataaagaccatgaaagaatgatcat
tataaagtcctgattacaagtcacatgcagaaaagctcacacaatgatta
taattcatgaccatgtctcaagtctgaagaaaatgcatataaacttaaaa
atgatgaaaaagatagataatctggaagttctaggagaaaatgagctgtt
cttaactataaagacagaatgaattacctaaacatcttcagatggatctt
aaaatacttgcctaattggaggatgttttctcatccacagatctactctc
catgcactccctccttatgcatatcacacagctattggtaagttgtgttc
tccctatgttcttgcctctggctcagctcattgtgaacaaggaggttgtc
tgaggatctctttgtgcttccatgttatgtattgctgtaatggtaacttc
tttgctacaaagacactccccgtttctctacttttctggaagattagagg
taaacatataggtaatgaggtggggttttttttagctattacattatttg
ctcactgagttactctaaaagagggagatttaccacatgagataaaacaa
acaatgtatttgtttttcttgttttttaaaggttttaatggaaaacaatt
gtgttgtcttgttagaagagggtttggcttagctctagatcataaaaagc
acctaggaagaaccaggttgaaaataggtcaaaagaataggattttcagt
gagctggagagatggctcagtggttaagagcattgtctgttcttccagag
tttaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatggggtc
tgatgccctcttctggtgtgtcagaagacagtagcagtgtactcatctat
acataaaataaatgaataatctaaaaaaaaagataggtttttagagaagt
gggattggagaaaaaaaattcatatacattgactaaataaaccagtggta
ccacataaatttttatctgttaattaaaaaaatatatagtagcgaactga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_45486308_45487496
seq2: B6Ng01-075C02.b_47_1244

seq1  GAATTCCTCACCTTAGAACAGAGATCATCACCCTTCAAATGGCAGTACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACCTTAGAACAGAGATCATCACCCTTCAAATGGCAGTACAT  50

seq1  GTGTGGGTGTTTGTCTTTTCATGCCCATTGAGCCTTTGTTGCCTTGTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGTGTTTGTCTTTTCATGCCCATTGAGCCTTTGTTGCCTTGTCCT  100

seq1  GTGGGGTATGCTTTGATTATTGAGCTGTTAACATCCCAACATACATAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTATGCTTTGATTATTGAGCTGTTAACATCCCAACATACATAACT  150

seq1  ACAACACAGTCTCCAACGTATGACACTTAAGAGTTTTTGACTTTGTGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACAGTCTCCAACGTATGACACTTAAGAGTTTTTGACTTTGTGATG  200

seq1  GTATGAAGAAACTGTGCATTGAGTTTTGAATATTTACTTCTTGCACTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAGAAACTGTGCATTGAGTTTTGAATATTTACTTCTTGCACTGGT  250

seq1  TAATGATATTCTCAATGATACTGTTGAAGCTGTGCAGAGGAATCCTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATATTCTCAATGATACTGTTGAAGCTGTGCAGAGGAATCCTTTAT  300

seq1  AGGCTTGGTAGCCACTCAGTGATGAGAGAACTGCCAAGCCTTCACAGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGGTAGCCACTCAGTGATGAGAGAACTGCCAAGCCTTCACAGTGC  350

seq1  ACCATGATGCCACATTATGATGTTCACTGCATTGGAGGAATAAAAAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGATGCCACATTATGATGTTCACTGCATTGGAGGAATAAAAAGCAT  400

seq1  TTCTCAATTCTGTATTTTCAACTTGTCCTGGGGTTCATGAGGTGGAAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAATTCTGTATTTTCAACTTGTCCTGGGGTTCATGAGGTGGAAGTA  450

seq1  TTGTGTTGGAAGGAATATATACAATTATTACAGGAGGCTTTTAAATTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTGGAAGGAATATATACAATTATTACAGGAGGCTTTTAAATTTAT  500

seq1  ATATGACAGTGTCTACACAATCAAAAGCTAAGGTAGGAAAGCATGCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACAGTGTCTACACAATCAAAAGCTAAGGTAGGAAAGCATGCTAGA  550

seq1  GTCTTATAGGGTCTCCCCTGACAGTCTCATTGGCTGTGAGCATTATTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATAGGGTCTCCCCTGACAGTCTCATTGGCTGTGAGCATTATTCAT  600

seq1  TTAACATCAATGCAACTCATTGGTAAGACAACCAAAATTGAATTAGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATCAATGCAACTCATTGGTAAGACAACCAAAATTGAATTAGTAAA  650

seq1  ATAATCGATCTGTTGACATAGAAATTACAAATCTTCAAATTGTGAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCGATCTGTTGACATAGAAATTACAAATCTTCAAATTGTGAAAAAT  700

seq1  TCATAGACTTCAGATGTTTTGAAAAGTTGTAAGTATTTTGAAATTAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGACTTCAGATGTTTTGAAAAGTTGTAAGTATTTTGAAATTAAAAG  750

seq1  CATATTCCAGACTTTCTTATGAAATGAATTAATCTACACAGTCCAAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCCAGACTTTCTTATGAAATGAATTAATCTACACAGTCCAAACTG  800

seq1  GGATTGTTATGTTTTTATTTATAACAATGTTTGTGTAATATTTCATGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTTATGTTTTTATTTATAACAATGTTTGTGTAATATTTCATGTAT  850

seq1  GTAATCAAATGAGCTTATAGTTTAGTTTTGAAATCGAATACATTTCACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCAAATGAGCTTATAGTTTAGTTTTGAAATCGAATACATTTCACAT  900

seq1  TATTTTGCTGTCAAAGAGCCAGCATGATTTTTTGGTAATGAATTATCATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGCTGTCAAAGAGCCAGCATGATTTTTTGGTAATGAATTATCATA  950

seq1  TTACCTTTTTTAATTAGGTTCATGAAATTTTCATAAATTAATGTTAGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTTTTAATTAGGTTCATGAAATTTTCATAAATTAATGTTAGCTC  1000

seq1  TGAGTGAAGTTCATGAGTGTCTAATGTTGTACTGTAGTAAGTCCTCAATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAAGTTCATGAGTGTCTAATGTTGTACTGTAGTAAGTCCTCAATC  1050

seq1  TGCAGCCATTTTT--ATAGGCCACATAAACTTATTTCCTTTAACCAA-GT  1097
      |||||||||||||   ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TGCAGCCATTTTTTATTAGGCCA-ATAAACTTA-TTCCTTTAACCAAGGT  1098

seq1  TGACT-GAAAG-AGAATTCA-TCATTCTTACCTGTGTTAAC-AATTCTT-  1142
       |||| ||||| | |||||| |||||||   |||||||||| ||||||| 
seq2  GGACTGGAAAGAAAAATTCATTCATTCT--ACTGTGTTAACAAATTCTTG  1146

seq1  GTTAT-AGTTAT-GTAGAG-ATATTTTTATTTC-TCTAAA-TTTTTATGG  1187
      ||||| |||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||
seq2  GTTATAAGTTATGGTAGAGAATATTTTAATTTCTTCTAAATTTTTTATGG  1196

seq1  TT  1189
      ||
seq2  TT  1198

seq1: chr18_45630201_45631309
seq2: B6Ng01-075C02.g_67_1166 (reverse)

seq1  TCAGTT-GCTACTTATATATTTTTTTTAATTTAACAGTATAAAATATATG  49
      |||||| ||||| |||||||||||||  | |||||||   ||||| ||||
seq2  TCAGTTCGCTAC-TATATATTTTTTT--AATTAACAGATAAAAATTTATG  47

seq1  TGGTACAACTGGTTTAATTTAGTCAATGTATGATGAATTTTTTTTCTCCA  99
      |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGTACCACTGGTTT-ATTTAGTCAATGTAT-ATGAATTTTTTTTCTCCA  95

seq1  ATCCCACTCTCCTAAAAACCTATTCTTTTTTTTTTTAAGATTTATTCATT  149
      ||||||||   ||||||||||| |||||||||||   ||| |||||||||
seq2  ATCCCACTTCTCTAAAAACCTA-TCTTTTTTTTT---AGA-TTATTCATT  140

seq1  TATTTTATGTATAGATGAGTACACTGCTACTGTCTTCTGACACACCAGAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGTATAGATGAGTACACTGCTACTGTCTTCTGACACACCAGAA  190

seq1  GAGGGCATCAGACCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCATCAGACCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCT  240

seq1  GGGAATTAAACTCTGGAAGAACAGACAATGCTCTTAACCACTGAGCCATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTAAACTCTGGAAGAACAGACAATGCTCTTAACCACTGAGCCATC  290

seq1  TCTCCAGCTCACTGAAAATCCTATTCTTTTGACCTATTTTCAACCTGGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCTCACTGAAAATCCTATTCTTTTGACCTATTTTCAACCTGGTT  340

seq1  CTTCCTAGGTGCTTTTTATGATCTAGAGCTAAGCCAAACCCTCTTCTAAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAGGTGCTTTTTATGATCTAGAGCTAAGCCAAACCCTCTTCTAAC  390

seq1  AAGACAACACAATTGTTTTCCATTAAAACCTTTAAAAAACAAGAAAAACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACACAATTGTTTTCCATTAAAACCTTTAAAAAACAAGAAAAACA  440

seq1  AATACATTGTTTGTTTTATCTCATGTGGTAAATCTCCCTCTTTTAGAGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTGTTTGTTTTATCTCATGTGGTAAATCTCCCTCTTTTAGAGTA  490

seq1  ACTCAGTGAGCAAATAATGTAATAGCTAAAAAAAACCCCACCTCATTACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGAGCAAATAATGTAATAGCTAAAAAAAACCCCACCTCATTACC  540

seq1  TATATGTTTACCTCTAATCTTCCAGAAAAGTAGAGAAACGGGGAGTGTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTTACCTCTAATCTTCCAGAAAAGTAGAGAAACGGGGAGTGTCT  590

seq1  TTGTAGCAAAGAAGTTACCATTACAGCAATACATAACATGGAAGCACAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCAAAGAAGTTACCATTACAGCAATACATAACATGGAAGCACAAA  640

seq1  GAGATCCTCAGACAACCTCCTTGTTCACAATGAGCTGAGCCAGAGGCAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCTCAGACAACCTCCTTGTTCACAATGAGCTGAGCCAGAGGCAAG  690

seq1  AACATAGGGAGAACACAACTTACCAATAGCTGTGTGATATGCATAAGGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGGGAGAACACAACTTACCAATAGCTGTGTGATATGCATAAGGAG  740

seq1  GGAGTGCATGGAGAGTAGATCTGTGGATGAGAAAACATCCTCCAATTAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCATGGAGAGTAGATCTGTGGATGAGAAAACATCCTCCAATTAGG  790

seq1  CAAGTATTTTAAGATCCATCTGAAGATGTTTAGGTAATTCATTCTGTCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATTTTAAGATCCATCTGAAGATGTTTAGGTAATTCATTCTGTCTT  840

seq1  TATAGTTAAGAACAGCTCATTTTCTCCTAGAACTTCCAGATTATCTATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTAAGAACAGCTCATTTTCTCCTAGAACTTCCAGATTATCTATCT  890

seq1  TTTTCATCATTTTTAAGTTTATATGCATTTTCTTCAGACTTGAGACATGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCATTTTTAAGTTTATATGCATTTTCTTCAGACTTGAGACATGG  940

seq1  TCATGAATTATAATCATTGTGTGAGCTTTTCTGCATGTGACTTGTAATCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAATTATAATCATTGTGTGAGCTTTTCTGCATGTGACTTGTAATCA  990

seq1  GGACTTTATAATGATCATTCTTTCATGGTCTTTATTCCTAGTCCTTTCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTATAATGATCATTCTTTCATGGTCTTTATTCCTAGTCCTTTCTT  1040

seq1  GCTTCTTTCTCCTGACACCTAGTTTGGACATATAGGAAACCTAACCTATC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTCTCCTGACACCTAGTTTGGACATATAGGAAACCTAACCTATC  1090

seq1  GTATGAATTC  1109
      ||||||||||
seq2  GTATGAATTC  1100