BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075F02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 31,254,396 - 31,339,472
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRit2
Upstream genePik3c3, LOC666094, LOC666100, EG666111, EG666114, LOC433168
Downstream geneEG666130, Syt4, LOC383420, Slc25a46, Sap130, LOC640549, Ammecr1l, Polr2d, EG626327, Wdr33, Sft2d3, Lims2, Gpr17, Myo7b, Iws1, Proc, LOC546710, Map3k2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075F02.bB6Ng01-075F02.g
ACCDH891909DH891910
length1,1431,192
definitionDH891909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075F02, 5' end.DH891910|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,254,396 - 31,255,552)(31,338,277 - 31,339,472)
sequence
gaattcttgtctaaaatgcaaagcctaacaacccatcctatgtatgcaga
accgactgagtagcaggaaatccaatctgcttctgaaaattgagcaaatc
tttgtggtgtgttttggaccaaaggtattttctagaccattaatttaaat
gttgtttggccatctgtcactggcatggatgcaggacgtgctatgagtga
gcaaagtcctgcaagagtctaatcactttccctgaatctaaaccagcacc
gctcatctctactttactctcacgttaaatgccaacatttaatcatccct
ggttttcctttagatgcatttaaatcagagtgaaactgttctttcagacc
tttactctaattctccgcattaaaagaaaaaccttacctaactgaaagca
acacattatttcactagatcttttataccacaataaagggaacgcttctg
aatgaagtctgcaaaacgatgttcccttggtgtaatggttagtcattctt
tacaaatatttatttatttacttccttatttgattgattgatctcatctg
tatgtcagagagtctgtatgtgtaccatgcgtatgcgggagcccacagag
atcggaagaggcctcagctcccttggaaatggagtgacagatgatttggg
gagaacttgagaaaatcgaaaatatgatttactatctgaataaaggttaa
tctttattgtcaatgtgacttgacttggaatcaactagcatgcacaaatc
tgtacacatatgagcacagggtacgtgtttgtgtgtgcataagtgcatgt
gtctgtctgtctgtccatctgtgtgtctgtgtgcctggctgactgggtgt
ccagagaggtttaaccaaggagagaagagcatctgtgatgtgaatcaaat
atcctgtgaaacaagggcccagctttaataaaaatggaaagaggagaaag
ccaaatgagcaccagccttaatctcccagtttctagaagtggtgcaagag
cagaaaactagtctccatccttgtagccatgagatgctctgctgcttcta
ttctttcccacatatagactctacccacatggtgtgactaaacaaacttt
gctaatttgtctatcagtatgtgtcacattatggagaaacata
gaattcttgattgctattagtactaatagataaaaaaacagaacttatga
gaaatgatgcaagttgttatgtattttatagaaatgtgattacttgatta
acaagtatttgtagaagatgtattaagagataaatgtgagactctgttgt
attccattaattatattgataaaaactagtagctgagctagtaggctggt
agacacaaaacaagttaaaacatggactctataatgtacaaggagagata
tacatgagacagcttcatgttttttgtgtgttatacacatacacaagatt
gaaacttttgagatggcactccattggaaacacataaagtctgacatgca
gcatttaaactgagccttgaagaatgaaaagaaaaccactaactacagaa
gagaacttcataaataaatgagtgtgtagggcatgcaaatggttctttct
caaacctttgttatttagcttcagctacaccaacgtggaaagatacctta
aaatactagtgctggcttcccagagtgctagtctctgtggttcatacctc
taagacattagtcctagtaggcaaataagaggatgatcagattaattcaa
actgccatgtaaatatatgaaatgtttagcaaataatcctggctagacat
catcctaaaattattatacttatgaaaacttagaggaaaaatagattgtc
ttattctgtttgatacgatgtgatgggctgagagacaagggtggacatat
tgtcctctagttcgctccactgttattgtccctagttttataatttgcct
tgggaaatgagtacagatggtactacagccagttttgtgatgttgtttta
ttacagattattgtatttgtttgaaagggcaagtgtttgggagttaattt
caaatataagtaaaagatttagacataaaatgtcttatttttgcatttag
tatcagattaagtaaaacaccactgtaaaatatatgagtaaaataattcc
ccctgcattatatttaatctgactttaaactaatttgtaacttcagttag
aactagagggatgatagaagggcagatcaaattggcgagtcaacagctat
tcataacaaacagggcgaatttactgttctctctaaggctaaatagaaat
atgcactggacagcagtgtaagctcctcaggttatactatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_31254396_31255552
seq2: B6Ng01-075F02.b_46_1188

seq1  GAATTCTTGTCTAAAATGCAAAGCCTAACAACCCATCCTATGTATGCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTCTAAAATGCAAAGCCTAACAACCCATCCTATGTATGCAGA  50

seq1  ACCGACTGAGTAGCAGGAAATCCAATCTGCTTCTGAAAATTGAGCAAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGACTGAGTAGCAGGAAATCCAATCTGCTTCTGAAAATTGAGCAAATC  100

seq1  TTTGTGGTGTGTTTTGGACCAAAGGTATTTTCTAGACCATTAATTTAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTGTGTTTTGGACCAAAGGTATTTTCTAGACCATTAATTTAAAT  150

seq1  GTTGTTTGGCCATCTGTCACTGGCATGGATGCAGGACGTGCTATGAGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTGGCCATCTGTCACTGGCATGGATGCAGGACGTGCTATGAGTGA  200

seq1  GCAAAGTCCTGCAAGAGTCTAATCACTTTCCCTGAATCTAAACCAGCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTCCTGCAAGAGTCTAATCACTTTCCCTGAATCTAAACCAGCACC  250

seq1  GCTCATCTCTACTTTACTCTCACGTTAAATGCCAACATTTAATCATCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCTCTACTTTACTCTCACGTTAAATGCCAACATTTAATCATCCCT  300

seq1  GGTTTTCCTTTAGATGCATTTAAATCAGAGTGAAACTGTTCTTTCAGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCCTTTAGATGCATTTAAATCAGAGTGAAACTGTTCTTTCAGACC  350

seq1  TTTACTCTAATTCTCCGCATTAAAAGAAAAACCTTACCTAACTGAAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCTAATTCTCCGCATTAAAAGAAAAACCTTACCTAACTGAAAGCA  400

seq1  ACACATTATTTCACTAGATCTTTTATACCACAATAAAGGGAACGCTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTATTTCACTAGATCTTTTATACCACAATAAAGGGAACGCTTCTG  450

seq1  AATGAAGTCTGCAAAACGATGTTCCCTTGGTGTAATGGTTAGTCATTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTCTGCAAAACGATGTTCCCTTGGTGTAATGGTTAGTCATTCTT  500

seq1  TACAAATATTTATTTATTTACTTCCTTATTTGATTGATTGATCTCATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATATTTATTTATTTACTTCCTTATTTGATTGATTGATCTCATCTG  550

seq1  TATGTCAGAGAGTCTGTATGTGTACCATGCGTATGCGGGAGCCCACAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAGAGAGTCTGTATGTGTACCATGCGTATGCGGGAGCCCACAGAG  600

seq1  ATCGGAAGAGGCCTCAGCTCCCTTGGAAATGGAGTGACAGATGATTTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGAAGAGGCCTCAGCTCCCTTGGAAATGGAGTGACAGATGATTTGGG  650

seq1  GAGAACTTGAGAAAATCGAAAATATGATTTACTATCTGAATAAAGGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTGAGAAAATCGAAAATATGATTTACTATCTGAATAAAGGTTAA  700

seq1  TCTTTATTGTCAATGTGACTTGACTTGGAATCAACTAGCATGCACAAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTGTCAATGTGACTTGACTTGGAATCAACTAGCATGCACAAATC  750

seq1  TGTACACATATGAGCACAGGGTACGTGTTTGTGTGTGCATAAGTGCATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACATATGAGCACAGGGTACGTGTTTGTGTGTGCATAAGTGCATGT  800

seq1  GTCTGTCTGTCTGTCCATCTGTGTGTCTGTGTGCCTGGCTGACTGGGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTGTCTGTCCATCTGTGTGTCTGTGTGCCTGGCTGACTGGGTGT  850

seq1  CCAGAGAGGTTTAACCAAGGAGAGAAGAGCATCTGTGATGTGAATCAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGGTTTAACCAAGGAGAGAAGAGCATCTGTGATGTGAATCAAAT  900

seq1  ATCCTGTGAAACAAGGGCCCAGCTTAAATAAAAATGGAAAGAGGAGAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGAAACAAGGGCCCAGCTTTAATAAAAATGGAAAGAGGAGAAAG  950

seq1  CCAAATGAGCACCAGCCTTAATCTCCCCAGTTTCTAGAAGGTGGTGCAAG  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCAAATGAGCACCAGCCTTAATCT-CCCAGTTTCTAGAA-GTGGTGCAAG  998

seq1  AGCAGAAAACTTAGTCTCCCATCCTTGTAGCCATGAGATGCTCTGCTGCC  1050
      |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCAGAAAAC-TAGTCT-CCATCCTTGTAGCCATGAGATGCTCTGCTG-C  1045

seq1  TTCTATTCCTTCCCACCATAATAGACTCTACCCACATGGTGTGAACTAAA  1100
      |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TTCTATTCTTTCCCA-CAT-ATAGACTCTACCCACATGGTGTG-ACT-AA  1091

seq1  ACAAACTTTGCCTTAATTTTGTCTATCAGGTATGTGGTCACATTAATGAG  1150
      |||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| |||||||||  |||
seq2  ACAAACTTTGC--TAA-TTTGTCTATCA-GTATGT-GTCACATTATGGAG  1136

seq1  AAACATA  1157
      |||||||
seq2  AAACATA  1143

seq1: chr18_31338277_31339472
seq2: B6Ng01-075F02.g_66_1257 (reverse)

seq1  ACATAGTAAAACTTGAGGAGCTTTACCACTGCTTGTCCAGTGCATA-TTC  49
      |||||||| ||| ||||||||||   |||||| ||||||||||||| |||
seq2  ACATAGTATAACCTGAGGAGCTT--ACACTGC-TGTCCAGTGCATATTTC  47

seq1  TACTTAGCCTAAGAG---ACAGTAAA-TCGCCTTGTTTGTTATGAATAGG  95
      || ||||||| ||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||| |
seq2  TATTTAGCCTTAGAGAGAACAGTAAATTCGCCCTGTTTGTTATGAATA-G  96

seq1  CTGTTGACTTCGCAATTTGGATCTGCCCCTTCTATCATCCCTTCTAAGTT  145
      |||||||| |||| | || |||||| ||||||||||||||| ||| ||||
seq2  CTGTTGAC-TCGCCAATTTGATCTG-CCCTTCTATCATCCC-TCT-AGTT  142

seq1  CTAACTGAAAGTTACAAATTAGTTTAAAGTCAGATATAATATAATGCAGG  195
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  CTAACTG-AAGTTACAAATTAGTTTAAAGTCAGATTAAATATAATGCAGG  191

seq1  GGGAATTATTTTACTCAATATATTTTACAGTGGTGTTTTACTTAATCTGA  245
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTATTTTACTC-ATATATTTTACAGTGGTGTTTTACTTAATCTGA  240

seq1  TACTAAATGCAAAAATAAGACATTTTATGTCTAAATCTTTTACTTATATT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATGCAAAAATAAGACATTTTATGTCTAAATCTTTTACTTATATT  290

seq1  TGAAATTAACT-CCAAACACTTGCCCTTTCAAACAAATACAATAATCTGT  344
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTAACTCCCAAACACTTGCCCTTTCAAACAAATACAATAATCTGT  340

seq1  AATAAAACAACATCACAAAACTGGCTGTAGTACCATCTGTACTCATTTCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACAACATCACAAAACTGGCTGTAGTACCATCTGTACTCATTTCC  390

seq1  CAAGGCAAATTATAAAACTAGGGACAATAACAGTGGAGCGAACTAGAGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAAATTATAAAACTAGGGACAATAACAGTGGAGCGAACTAGAGGA  440

seq1  CAATATGTCCACCCTTGTCTCTCAGCCCATCACATCGTATCAAACAGAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGTCCACCCTTGTCTCTCAGCCCATCACATCGTATCAAACAGAAT  490

seq1  AAGACAATCTATTTTTCCTCTAAGTTTTCATAAGTATAATAATTTTAGGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATCTATTTTTCCTCTAAGTTTTCATAAGTATAATAATTTTAGGA  540

seq1  TGATGTCTAGCCAGGATTATTTGCTAAACATTTCATATATTTACATGGCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTAGCCAGGATTATTTGCTAAACATTTCATATATTTACATGGCA  590

seq1  GTTTGAATTAATCTGATCATCCTCTTATTTGCCTACTAGGACTAATGTCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAATTAATCTGATCATCCTCTTATTTGCCTACTAGGACTAATGTCT  640

seq1  TAGAGGTATGAACCACAGAGACTAGCACTCTGGGAAGCCAGCACTAGTAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTATGAACCACAGAGACTAGCACTCTGGGAAGCCAGCACTAGTAT  690

seq1  TTTAAGGTATCTTTCCACGTTGGTGTAGCTGAAGCTAAATAACAAAGGTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGTATCTTTCCACGTTGGTGTAGCTGAAGCTAAATAACAAAGGTT  740

seq1  TGAGAAAGAACCATTTGCATGCCCTACACACTCATTTATTTATGAAGTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGAACCATTTGCATGCCCTACACACTCATTTATTTATGAAGTTC  790

seq1  TCTTCTGTAGTTAGTGGTTTTCTTTTCATTCTTCAAGGCTCAGTTTAAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGTAGTTAGTGGTTTTCTTTTCATTCTTCAAGGCTCAGTTTAAAT  840

seq1  GCTGCATGTCAGACTTTATGTGTTTCCAATGGAGTGCCATCTCAAAAGTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGTCAGACTTTATGTGTTTCCAATGGAGTGCCATCTCAAAAGTT  890

seq1  TCAATCTTGTGTATGTGTATAACACACAAAAAACATGAAGCTGTCTCATG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTTGTGTATGTGTATAACACACAAAAAACATGAAGCTGTCTCATG  940

seq1  TATATCTCTCCTTGTACATTATAGAGTCCATGTTTTAACTTGTTTTGTGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTCTCCTTGTACATTATAGAGTCCATGTTTTAACTTGTTTTGTGT  990

seq1  CTACCAGCCTACTAGCTCAGCTACTAGTTTTTATCAATATAATTAATGGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGCCTACTAGCTCAGCTACTAGTTTTTATCAATATAATTAATGGA  1040

seq1  ATACAACAGAGTCTCACATTTATCTCTTAATACATCTTCTACAAATACTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACAGAGTCTCACATTTATCTCTTAATACATCTTCTACAAATACTT  1090

seq1  GTTAATCAAGTAATCACATTTCTATAAAATACATAACAACTTGCATCATT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATCAAGTAATCACATTTCTATAAAATACATAACAACTTGCATCATT  1140

seq1  TCTCATAAGTTCTGTTTTTTTATCTATTAGTACTAATAGCAATCAAGAAT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAAGTTCTGTTTTTTTATCTATTAGTACTAATAGCAATCAAGAAT  1190

seq1  TC  1196
      ||
seq2  TC  1192