BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078P22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 55,214,768 - 55,390,174
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043089
Upstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608
Downstream geneLOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057, LOC100043104
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078P22.bB6Ng01-078P22.g
ACCDH894541DH894542
length1,0151,143
definitionDH894541|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078P22, 5' end.DH894542|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078P22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,389,159 - 55,390,174)(55,214,768 - 55,215,937)
sequence
gaattctaagctttgagattgtctgtccttagctaatttgaatttgtgtt
ctccagattttatcctaaaaagacctatgttgcttgctgacattctgggt
tgtcaacccaatgtcagttatgatgtctactcacagtcctatcttgaaat
gaatatggaaggtaaaaataatggacactgtagcaaaattgtgctggctt
cctgaagatcagaacaatcacaacaataatggaataatctactgtggatg
caaatactttgtagttgatattgcctgtcagtgctgtgtactacatgcag
agtctaaatagaagaacctcacatgtaagacagattatgggcttgcgcaa
aagtgctcatcaaaccgtaatcctgttgtatgttggctgtcctcattaat
ttttattgttgtaataaggcactatgaccaagcaacttgtaaaagacaac
atttgtttggggcttacggtttcagagagtgagaccatgtccatcacggt
gtggattgtgacatcaggaaggcagacatgccactaggtcagcagtcaag
agctcacatcttgggacattactaagaaacaaagagagttaactggaaag
ggtgtaagccttttgaaacctcaaaaatcatgtcacacctactccaacta
ggccatattctaaattctttccaaacagttccaccaactgaggaccaagt
atccaaataaatgagcctatgggagcagttctcctttaaagtgccacatt
ggctgtgttcatcagaatggatgccatagatttagatgtaggtgtagcta
tacctatacacgattctctggtcctgagtactcctgaagttagtaacata
gcattggtccacactcctcattgtaagaaacctttccatgatgacataca
tacatcatctctaatgaccaccttcatgttcttctcccctgaaagattca
tccattagtctctctctgtctctgtctctgtccctgtctctgtctctgtc
tctgtctcgtctctg
gaattccaaatatcacacaacctcagaaactagctgcagctggcaaaatc
atgcctctgctagagcactagataaatcatagtcagctgatgtgggctgc
aacagtcccagatctcatacctggggttaaaatgaaaacatattcttaca
atataatatttcctttcttttatttaaaaaacaaaacaacaaaattatcc
ctacaacacagcattataaggtttatgatagacactgatcttcagaggat
gctactcagtcctctacagaagacagagatagtctacatatgtctatgta
ggccacatggctaagtgctaccaattactccttaacacaatttcagaaat
ggcccttgaggactcaaatttctgggctttgcatagagtcctaagactta
aaatatccatgggaaagagagtgggagaaaatgttaattaatgtggctct
agttggagctttccacttggcaagtttggtagtacagaactgaaaaacag
ccaatgagcattttcatccagggtaataaaacaggagaaatgtgtccacg
ttgtggtcgttaaaaagaaaatggcttttcatttaggttcacagagagtg
agtgacactcttaggaggtgtgaccttgttggaagaagtgtgtcaccagg
gtcaggctttgaggtctcagatgttcaagccaggccggtgactcacttcc
tacttcctgagaatccagatgtagaactctcagattcttgtccagccact
atgtctgcctgtgtgacaccatgcttcctaccatgatgataatcctctga
actcttaaccacccccaatgaaatgtgttttataagtgctgcatggtctt
ggattctctttacagcagtgacttattaagacaggttaacttatgaatga
gcaatgacagagacaccaatggggcaatgagatgggaagtttcagagttc
agagacaggacagagtctagtgactagtgagcaccatgtctgggtgctca
gagcatgtagatggcacaaataaagattggatcactttttgctgtttgct
ttaacttcatcagcttgaatgtttagcttactgatgaattaaaatgtttt
aacatactatatgaagccattaattcagctattctctggctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_55389159_55390174
seq2: B6Ng01-078P22.b_48_1062 (reverse)

seq1  CAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACA  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGAGAC-GAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGGGACAGAGACAGAGACA  49

seq1  GAGAGAGACTAATGGATGAATCTTTCAGGGGAGAAGAACATGAAGGTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGACTAATGGATGAATCTTTCAGGGGAGAAGAACATGAAGGTGGT  99

seq1  CATTAGAGATGATGTATGTATGTCATCATGGAAAGGTTTCTTACAATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAGATGATGTATGTATGTCATCATGGAAAGGTTTCTTACAATGAG  149

seq1  GAGTGTGGACCAATGCTATGTTACTAACTTCAGGAGTACTCAGGACCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGGACCAATGCTATGTTACTAACTTCAGGAGTACTCAGGACCAGA  199

seq1  GAATCGTGTATAGGTATAGCTACACCTACATCTAAATCTATGGCATCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGTGTATAGGTATAGCTACACCTACATCTAAATCTATGGCATCCAT  249

seq1  TCTGATGAACACAGCCAATGTGGCACTTTAAAGGAGAACTGCTCCCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGAACACAGCCAATGTGGCACTTTAAAGGAGAACTGCTCCCATAG  299

seq1  GCTCATTTATTTGGATACTTGGTCCTCAGTTGGTGGAACTGTTTGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTTATTTGGATACTTGGTCCTCAGTTGGTGGAACTGTTTGGAAAG  349

seq1  AATTTAGAATATGGCCTAGTTGGAGTAGGTGTGACATGATTTTTGAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGAATATGGCCTAGTTGGAGTAGGTGTGACATGATTTTTGAGGTT  399

seq1  TCAAAAGGCTTACACCCTTTCCAGTTAACTCTCTTTGTTTCTTAGTAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGGCTTACACCCTTTCCAGTTAACTCTCTTTGTTTCTTAGTAATG  449

seq1  TCCCAAGATGTGAGCTCTTGACTGCTGACCTAGTGGCATGTCTGCCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGATGTGAGCTCTTGACTGCTGACCTAGTGGCATGTCTGCCTTCC  499

seq1  TGATGTCACAATCCACACCGTGATGGACATGGTCTCACTCTCTGAAACCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCACAATCCACACCGTGATGGACATGGTCTCACTCTCTGAAACCG  549

seq1  TAAGCCCCAAACAAATGTTGTCTTTTACAAGTTGCTTGGTCATAGTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCCAAACAAATGTTGTCTTTTACAAGTTGCTTGGTCATAGTGCCT  599

seq1  TATTACAACAATAAAAATTAATGAGGACAGCCAACATACAACAGGATTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAACAATAAAAATTAATGAGGACAGCCAACATACAACAGGATTAC  649

seq1  GGTTTGATGAGCACTTTTGCGCAAGCCCATAATCTGTCTTACATGTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGATGAGCACTTTTGCGCAAGCCCATAATCTGTCTTACATGTGAGG  699

seq1  TTCTTCTATTTAGACTCTGCATGTAGTACACAGCACTGACAGGCAATATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTATTTAGACTCTGCATGTAGTACACAGCACTGACAGGCAATATC  749

seq1  AACTACAAAGTATTTGCATCCACAGTAGATTATTCCATTATTGTTGTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAAAGTATTTGCATCCACAGTAGATTATTCCATTATTGTTGTGAT  799

seq1  TGTTCTGATCTTCAGGAAGCCAGCACAATTTTGCTACAGTGTCCATTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGATCTTCAGGAAGCCAGCACAATTTTGCTACAGTGTCCATTATT  849

seq1  TTTACCTTCCATATTCATTTCAAGATAGGACTGTGAGTAGACATCATAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTTCCATATTCATTTCAAGATAGGACTGTGAGTAGACATCATAAC  899

seq1  TGACATTGGGTTGACAACCCAGAATGTCAGCAAGCAACATAGGTCTTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTGGGTTGACAACCCAGAATGTCAGCAAGCAACATAGGTCTTTTT  949

seq1  AGGATAAAATCTGGAGAACACAAATTCAAATTAGCTAAGGACAGACAATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAAATCTGGAGAACACAAATTCAAATTAGCTAAGGACAGACAATC  999

seq1  TCAAAGCTTAGAATTC  1016
      ||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCTTAGAATTC  1015

seq1: chr18_55214768_55215937
seq2: B6Ng01-078P22.g_68_1210

seq1  GAATTCCAAATATCACACAACCTCAGAAACTAGCTGCAGCTGGCAAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATATCACACAACCTCAGAAACTAGCTGCAGCTGGCAAAATC  50

seq1  ATGCCTCTGCTAGAGCACTAGATAAATCATAGTCAGCTGATGTGGGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTGCTAGAGCACTAGATAAATCATAGTCAGCTGATGTGGGCTGC  100

seq1  AACAGTCCCAGATCTCATACCTGGGGTTAAAATGAAAACATATTCTTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCCCAGATCTCATACCTGGGGTTAAAATGAAAACATATTCTTACA  150

seq1  ATATAATATTTCCTTTCTTTTATTTAAAAAACAAAACAACAAAATTATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATATTTCCTTTCTTTTATTTAAAAAACAAAACAACAAAATTATCC  200

seq1  CTACAACACAGCATTATAAGGTTTATGATAGACACTGATCTTCAGAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACACAGCATTATAAGGTTTATGATAGACACTGATCTTCAGAGGAT  250

seq1  GCTACTCAGTCCTCTACAGAAGACAGAGATAGTCTACATATGTCTATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTCAGTCCTCTACAGAAGACAGAGATAGTCTACATATGTCTATGTA  300

seq1  GGCCACATGGCTAAGTGCTACCAATTACTCCTTAACACAATTTCAGAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATGGCTAAGTGCTACCAATTACTCCTTAACACAATTTCAGAAAT  350

seq1  GGCCCTTGAGGACTCAAATTTCTGGGCTTTGCATAGAGTCCTAAGACTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTGAGGACTCAAATTTCTGGGCTTTGCATAGAGTCCTAAGACTTA  400

seq1  AAATATCCATGGGAAAGAGAGTGGGAGAAAATGTTAATTAATGTGGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCCATGGGAAAGAGAGTGGGAGAAAATGTTAATTAATGTGGCTCT  450

seq1  AGTTGGAGCTTTCCACTTGGCAAGTTTGGTAGTACAGAACTGAAAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGAGCTTTCCACTTGGCAAGTTTGGTAGTACAGAACTGAAAAACAG  500

seq1  CCAATGAGCATTTTCATCCAGGGTAATAAAACAGGAGAAATGTGTCCACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAGCATTTTCATCCAGGGTAATAAAACAGGAGAAATGTGTCCACG  550

seq1  TTGTGGTCGTTAAAAAGAAAATGGCTTTTCATTTAGGTTCACAGAGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTCGTTAAAAAGAAAATGGCTTTTCATTTAGGTTCACAGAGAGTG  600

seq1  AGTGACACTCTTAGGAGGTGTGACCTTGTTGGAAGAAGTGTGTCACCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACACTCTTAGGAGGTGTGACCTTGTTGGAAGAAGTGTGTCACCAGG  650

seq1  GTCAGGCTTTGAGGTCTCAGATGTTCAAGCCAGGCCGGTGACTCACTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCTTTGAGGTCTCAGATGTTCAAGCCAGGCCGGTGACTCACTTCC  700

seq1  TACTTCCTGAGAATCCAGATGTAGAACTCTCAGATTCTTGTCCAGCCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTGAGAATCCAGATGTAGAACTCTCAGATTCTTGTCCAGCCACT  750

seq1  ATGTCTGCCTGTGTGACACCATGCTTCCTACCATGATGATAATCCTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGCCTGTGTGACACCATGCTTCCTACCATGATGATAATCCTCTGA  800

seq1  ACTCTTAACCACCCCCAATGAAATGTGTTTTATAAGTGCTGCATGGTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTAACCACCCCCAATGAAATGTGTTTTATAAGTGCTGCATGGTCTT  850

seq1  GGATTCTCTTTACAGCAGTGACTTATTAAGACAGGTTAACTTATGAATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGATTCTCTTTACAGCAGTGACTTATTAAGACAGGTTAACTTATGAATG-  899

seq1  AGCAATGACAGAGACACCAATGGGGCAATGAGATGGGAAGGTTTCAAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  AGCAATGACAGAGACACCAATGGGGCAATGAGATGGGAA-GTTTC-AGAG  947

seq1  TTCAGAGACAGGACAAGAAGTCTAGTTGACCTAGTGAGCACCATGTTCTT  1000
      |||||||||||||||   ||||||| ||| ||||||||||||||||   |
seq2  TTCAGAGACAGGACA--GAGTCTAG-TGA-CTAGTGAGCACCATGT--CT  991

seq1  GGGTGCTCAGAAGCATGTAAGAAGGGCACAAATAAAGATTGGGAATCACT  1050
      |||||||||| ||||||||   | ||||||||||||||||||  ||||||
seq2  GGGTGCTCAG-AGCATGTA--GATGGCACAAATAAAGATTGG--ATCACT  1036

seq1  TTTTTGGCTGTTTGCCTTAACTGCAAATCAGCTTTAAATGTTTAAGCCTT  1100
      ||||  ||||||||| |||||| |  |||||| || ||||||||   |||
seq2  TTTT--GCTGTTTGCTTTAACTTC--ATCAGC-TTGAATGTTTA--GCTT  1079

seq1  ACTGATGGATTTATAAATGTTATAAACATACTATATAGAAGCCAGTGAAA  1150
      ||||||| |||   ||||||| | |||||||||||| ||||||| |  ||
seq2  ACTGATGAATT--AAAATGTT-TTAACATACTATAT-GAAGCCATT--AA  1123

seq1  TTTTCTAGCTATTCT---GCTAA  1170
      ||    |||||||||   |||||
seq2  TT---CAGCTATTCTCTGGCTAA  1143