BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082A18
Chromosome18 (Build37)
Map Location 48,204,367 - 48,409,651
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042301, EG433182, LOC383326
Upstream geneCommd10, EG628438, LOC667120, Sema6a, LOC628477, 9130209A04Rik, A730092B10, LOC383325, LOC100042982, LOC100042284
Downstream geneLOC100042323, LOC545470
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082A18.bB6Ng01-082A18.g
ACCDH896718DH896719
length1,175982
definitionDH896718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082A18, 5' end.DH896719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082A18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,408,472 - 48,409,651)(48,204,367 - 48,205,344)
sequence
gaattcctattagagttcagggggttcctttggccctgacagcttcccta
tcaagcacattaccatcacacccacagactccatgaaatggatgatggca
caaagagtttcaagatgtgggctaaataagatcatgtagctgatgcccta
tacctacagccagtcctagataaattaatacaaatctgaaagtggaagtc
tctctgacattgttcttattaactagcacaatatatgtgactattagaaa
gataaataaatgaacaaacaaataaatatcacacaacaaaaaaagccaag
aaataatataactgggtatagtcatcataaacactcgtggacacagacac
ttaaacagtgcaaatactgaaaatatcaggcaaggaacaggacataacta
aggttaggaagttaagaatgttaatgggcaaagtcatcaacataaaaaaa
aatcagtgaagaatgtaaataaagaagctgtaagaaagtttaaaacatgt
tatgaaggattaagcagtggaagaaacaagacaacatacacacacaggca
ccacacatgcacacacatactctcacatgcccaagtgcatacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacatacacacacacacga
gtcagtgataacctgggaaatctcaggtcaggagaacctttctaagctga
aaagcagaaagggaagcaaaaaaagacaaaaagcagaatggtgtttatta
tccagatcacatgggaagagcaaagggcgatgaggaaggagaggagagca
catacttgaataatgtgaaccttctaatctggataagacccaggaccaaa
agtagaagaggggcgataggctcacctatgagatgtgattggagttttac
ttataactcataaccatatcttgcatgtgttcatcttctgtgaaatctaa
gaagaatagatgtgatacattattgactttacagtgttccttttttaaaa
atctaaatctactctaaacttaatcagttaccacaaaataaaatatacca
cctatctaaaaatataggtagtttattcatttggtattttaaaaaacaat
gacatgtggagactttgtacagaatctgtgcctaactttgaataagtttt
tataattcaaggtatattatcttaa
gaattctagcaaactggtaaatagaaacgtggaactgagtagttagtgtg
aagttagtctcacagggtggaccagggtgtcatagctcatgtggtagaag
tttgtgagtcttgcagcagcagcagcagcagcagaagtgatggcctgtgg
cagcggtgaaaatccacatggtagataatggcaggtgccaacagatggag
tctacatggtgtagcagtggctgcaggcagtgatggccgtccacctgaca
ttggttctctgggacagtggcagcttcaccattgtcgagctgggtggtga
cggccacctgggctctatggttttcctatgtaacaattctcgggttttgg
caccaatgttatgatcttgaacgttgtgtggcttcagaaggactatacca
ggtcaaacagttccacatgtggtttattgggagcgagagaggtgccaagg
tggcagtagaaagaaaaggggggaagacacagagagagaataggggggct
tttctttatatatgggcgatacaagtaaaggtgggaggtgagccaagtgg
attctgggaatatggtggctgttgtcttggcaacaggtgttctggtccct
cctatgtgatgtcactggtttcagaggtcctgataccaacacagacactg
ctagaaactattgtggtttggtctaatgctttgaattatgttaatcgggt
tcctcaaaattgcatgagaatctgcatgtaagaaggtgagggtctctacc
cccagtttggtaaataaagttgttggcagccaatggctgagcaggtagat
agatataggacttttaagattcctgggaaagggacgaaggaggaggaagg
aggaaaggagagagccaccatgtcagaaaggagtagctggctacatttga
gatgtgcagaacagagagataccaacatgtaagagctgggtatagtggcc
cagcagggctgcagcttttgtgtaggggcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_48408472_48409651
seq2: B6Ng01-082A18.b_46_1220 (reverse)

seq1  TTAAGATAATA-ACTTTAAAATAATAAAATACTTTATTCAAAGT--AGCA  47
      ||||||||||| || ||  ||| |||||| || |||||||||||   |||
seq2  TTAAGATAATATACCTT-GAATTATAAAA-AC-TTATTCAAAGTTAGGCA  47

seq1  CAGA-TCTGTACAAAATGTCTCCACATGTCATTG-TTTTTAAAATACCAA  95
      |||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  CAGATTCTGTACAAA--GTCTCCACATGTCATTGTTTTTTAAAATACC-A  94

seq1  AATGAAATTAAACTACCTATATTTTTAGATAGGTGGTATA-TTTATTTTG  144
      ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATGAA--TAAACTACCTATATTTTTAGATAGGTGGTATATTTTATTTTG  142

seq1  TGGTAACTGATTAAGTTTAGAGTAGATTTAGATTTTTTAAAAAAGGAACA  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGGTAACTGATTAAGTTTAGAGTAGATTTAGA-TTTTTAAAAAAGGAACA  191

seq1  CTGTAAAGTCAATAATGTATTCACATCTATTCTTCTTAGATTTCACAGAA  244
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGTCAATAATGTA-TCACATCTATTCTTCTTAGATTTCACAGAA  240

seq1  GATGAACACATGCAAAGATATGGTTATGAGTTATAAGTAAAACTCCAATC  294
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACACATGC-AAGATATGGTTATGAGTTATAAGTAAAACTCCAATC  289

seq1  ACATCTCATAGGTGAGCCTATCGCCCCTCTTCTACTTTTGGTCCTGGGTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCATAGGTGAGCCTATCGCCCCTCTTCTACTTTTGGTCCTGGGTC  339

seq1  TTATCCAGATTAGAAGGTTCACATTATTCAAGTATGTGCTCTCCTCTCCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAGATTAGAAGGTTCACATTATTCAAGTATGTGCTCTCCTCTCCT  389

seq1  TCCTCATCGCCCTTTGCTCTTCCCATGTGATCTGGATAATAAACACCATT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATCGCCCTTTGCTCTTCCCATGTGATCTGGATAATAAACACCATT  439

seq1  CTGCTTTTTGTCTTTTTTTGCTTCCCTTTCTGCTTTTCAGCTTAGAAAGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTTGTCTTTTTTTGCTTCCCTTTCTGCTTTTCAGCTTAGAAAGG  489

seq1  TTCTCCTGACCTGAGATTTCCCAGGTTATCACTGACTCGTGTGTGTGTGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGACCTGAGATTTCCCAGGTTATCACTGACTCGTGTGTGTGTGT  539

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGC  589

seq1  ACTTGGGCATGTGAGAGTATGTGTGTGCATGTGTGGTGCCTGTGTGTGTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGCATGTGAGAGTATGTGTGTGCATGTGTGGTGCCTGTGTGTGTA  639

seq1  TGTTGTCTTGTTTCTTCCACTGCTTAATCCTTCATAACATGTTTTAAACT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCTTGTTTCTTCCACTGCTTAATCCTTCATAACATGTTTTAAACT  689

seq1  TTCTTACAGCTTCTTTATTTACATTCTTCACTGATTTTTTTTTATGTTGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACAGCTTCTTTATTTACATTCTTCACTGATTTTTTTTTATGTTGA  739

seq1  TGACTTTGCCCATTAACATTCTTAACTTCCTAACCTTAGTTATGTCCTGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTGCCCATTAACATTCTTAACTTCCTAACCTTAGTTATGTCCTGT  789

seq1  TCCTTGCCTGATATTTTCAGTATTTGCACTGTTTAAGTGTCTGTGTCCAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCCTGATATTTTCAGTATTTGCACTGTTTAAGTGTCTGTGTCCAC  839

seq1  GAGTGTTTATGATGACTATACCCAGTTATATTATTTCTTGGCTTTTTTTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTTATGATGACTATACCCAGTTATATTATTTCTTGGCTTTTTTTG  889

seq1  TTGTGTGATATTTATTTGTTTGTTCATTTATTTATCTTTCTAATAGTCAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGATATTTATTTGTTTGTTCATTTATTTATCTTTCTAATAGTCAC  939

seq1  ATATATTGTGCTAGTTAATAAGAACAATGTCAGAGAGACTTCCACTTTCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTGTGCTAGTTAATAAGAACAATGTCAGAGAGACTTCCACTTTCA  989

seq1  GATTTGTATTAATTTATCTAGGACTGGCTGTAGGTATAGGGCATCAGCTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTATTAATTTATCTAGGACTGGCTGTAGGTATAGGGCATCAGCTA  1039

seq1  CATGATCTTATTTAGCCCACATCTTGAAACTCTTTGTGCCATCATCCATT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCTTATTTAGCCCACATCTTGAAACTCTTTGTGCCATCATCCATT  1089

seq1  TCATGGAGTCTGTGGGTGTGATGGTAATGTGCTTGATAGGGAAGCTGTCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAGTCTGTGGGTGTGATGGTAATGTGCTTGATAGGGAAGCTGTCA  1139

seq1  GGGCCAAAGGAACCCCCTGAACTCTAATAGGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAAAGGAACCCCCTGAACTCTAATAGGAATTC  1175

seq1: chr18_48204367_48205344
seq2: B6Ng01-082A18.g_68_1049

seq1  GAATTCTAGCAAACTGGTAAATAGAAACGTGGAACTGAGTAGTTAGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGCAAACTGGTAAATAGAAACGTGGAACTGAGTAGTTAGTGTG  50

seq1  AAGTTAGTCTCACAGGGTGGACCAGGGTGTCATAGCTCATGTGGTAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGTCTCACAGGGTGGACCAGGGTGTCATAGCTCATGTGGTAGAAG  100

seq1  TTTGTGAGTCTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAAGTGATGGCCTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAGTCTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAAGTGATGGCCTGTGG  150

seq1  CAGCGGTGAAAATCCACATGGTAGATAATGGCAGGTGCCAACAGATGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGGTGAAAATCCACATGGTAGATAATGGCAGGTGCCAACAGATGGAG  200

seq1  TCTACATGGTGTAGCAGTGGCTGCAGGCAGTGATGGCCGTCCACCTGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATGGTGTAGCAGTGGCTGCAGGCAGTGATGGCCGTCCACCTGACA  250

seq1  TTGGTTCTCTGGGACAGTGGCAGCTTCACCATTGTCGAGCTGGGTGGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTCTGGGACAGTGGCAGCTTCACCATTGTCGAGCTGGGTGGTGA  300

seq1  CGGCCACCTGGGCTCTATGGTTTTCCTATGTAACAATTCTCGGGTTTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCACCTGGGCTCTATGGTTTTCCTATGTAACAATTCTCGGGTTTTGG  350

seq1  CACCAATGTTATGATCTTGAACGTTGTGTGGCTTCAGAAGGACTATACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAATGTTATGATCTTGAACGTTGTGTGGCTTCAGAAGGACTATACCA  400

seq1  GGTCAAACAGTTCCACATGTGGTTTATTGGGAGCGAGAGAGGTGCCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAACAGTTCCACATGTGGTTTATTGGGAGCGAGAGAGGTGCCAAGG  450

seq1  TGGCAGTAGAAAGAAAAGGGGGGAAGACACAGAGAGAGAATAGGGGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTAGAAAGAAAAGGGGGGAAGACACAGAGAGAGAATAGGGGGGCT  500

seq1  TTTCTTTATATATGGGCGATACAAGTAAAGGTGGGAGGTGAGCCAAGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTATATATGGGCGATACAAGTAAAGGTGGGAGGTGAGCCAAGTGG  550

seq1  ATTCTGGGAATATGGTGGCTGTTGTCTTGGCAACAGGTGTTCTGGTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGAATATGGTGGCTGTTGTCTTGGCAACAGGTGTTCTGGTCCCT  600

seq1  CCTATGTGATGTCACTGGTTTCAGAGGTCCTGATACCAACACAGACACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTGATGTCACTGGTTTCAGAGGTCCTGATACCAACACAGACACTG  650

seq1  CTAGAAACTATTGTGGTTTGGTCTAATGC-TTGAATTATGTTAATCGGGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAACTATTGTGGTTTGGTCTAATGCTTTGAATTATGTTAATCGGGT  700

seq1  TCCTC-AAATTGCATGAGAATCTGCATGTAAGAAGGTGAGGGTCTCTACC  748
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAAATTGCATGAGAATCTGCATGTAAGAAGGTGAGGGTCTCTACC  750

seq1  CCCAG-TTGGTAAATAAAGTTGTTGGCAGCCAATGGCTGAGCAGGTAGAT  797
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTTGGTAAATAAAGTTGTTGGCAGCCAATGGCTGAGCAGGTAGAT  800

seq1  AGATATAGGACTTTTAGGATTCCTGGGAAAGGGACGAAGGAGGAGGAAGG  847
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGGACTTTTAAGATTCCTGGGAAAGGGACGAAGGAGGAGGAAGG  850

seq1  AGG-AAGGAGAGAGCCACCATGTCAGGAAAGGAGTAGCT-GCCACATTTG  895
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||
seq2  AGGAAAGGAGAGAGCCACCATGTCA-GAAAGGAGTAGCTGGCTACATTTG  899

seq1  AGATGTGCAGAACAGAGAGATAGCCAACATGTAAGAGCTGGGTATAGTGG  945
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGCAGAACAGAGAGATA-CCAACATGTAAGAGCTGGGTATAGTGG  948

seq1  CCCAGCAGGGCTGCAGC-TTTGGGTAGGGGCAGC  978
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  CCCAGCAGGGCTGCAGCTTTTGTGTAGGGGCAGC  982