BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083A06
Chromosome18 (Build37)
Map Location 49,427,392 - 49,545,921
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042323, LOC545470
Downstream geneDtwd2, Dmxl1, Tnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083A06.bB6Ng01-083A06.g
ACCDH897394DH897395
length1,1151,121
definitionDH897394|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083A06, 5' end.DH897395|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,544,799 - 49,545,921)(49,427,392 - 49,428,534)
sequence
gaattccataagcccttgtcattggttttgtgattggttctaggccaccc
gtgacagaatcaggttccgagaaagcaggatacaaagcacttttgttcag
tccattaagtaacatgctttagttttgtatgctagagtctaggaagcttc
agagcctaggtcttcatcagtcaaatattagatgctgacagcacgtatta
aaaatgaaggtttaatgcaagggaacaccaaaccatagacagacaaatag
taatcttgcaacatcatttgaatccacagcctaagctaaccctcagccag
tttattctcgatctgcttaaacaagtttgcattagacttttttttaacct
tggttttgtagaagcttaacaaatgcattgtgagtaaatagggtcttgac
tgagagttgtagtctaatggttgggcttggccacttgctgacaaccttca
agacacttcctaaatcttgggtctctccatccattgttttattttctcca
ttggccttatctctgttcatattttcccctgacataggtttttagtctag
atgaaatctcaaaatatagaattatctttttcagcatgagtatttcagga
tgatttaatgttctacaaacctattatatattttttaataactcaaagcg
ggaggcttccaggaatatcattaagctgaccccgagatacataacaatat
taaggtcagtggctatttagttttgcttttttcaattttagacattgcta
gatcactttagtttctttgttggtgacctttactgtttgattggaaaggg
acagaagctgcttttaaaagcaagctgtgatgacagaaatttctgtaata
gactttactgcagtgggatcagagttcggagaacagaggccagtgagtgg
caaggcagcctcactgcttgagttctcaaggctttctgagaaattagagg
taaccttaaatgttccatagagacacgcagagtagcctagtgaactttta
aggctctgtgtgctggctaacgttttctattgcatgtaggcaagctcaca
gaagattttgatgtatactgatggtgggagacttattcccactgtggcag
caatccactgggcag
gaattccccacagcaagtggtggtgattggttaagctcacttcttcaact
ggatattgagctggaattctctgaactgtgaggcacagagagaactctgt
gtgtgtgtgagctttcacccagatttacagaagacatatctgataaaaga
tggacctatagacagcagccatgaattacagggtgccagctcacccggga
gacttaatctaggatagcaaatgactgaatgccagatcgttcaggttcag
catgactagaggacaattttgattgaagaatgttatagattctgttcaca
gtgcacagtgtccacacacacaaatctctccttgaaaacacaaatcacac
aacctcaatctctgtagaatttgaaacgaatgtgtacatatatcacattt
atcccgaaaacaggcaggtattattgaaagacaatgtgtaaattctgatt
ctcttatttttattttcattgatctataatttttacaaacatagtatgtt
tctccatataaccatttttgtgtttgtatacatatttgcacatgaataaa
atgaaagcaattaataaaaagtccattgctacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacactccccttatttagaaggagcaaat
ttaaaatccatgcctcccctaggcttcctggcttgagaaaaaggttgaca
gtttgtgatgagttttctaccagccagcccacctctgcatttcatggtat
ccacagctgttctcattttgaccaagaaattcgatttagactgaatttta
gttgcttgccttaccaataaatcatcagcacacaagttagaaaagagctg
aggccccaaagtcaaccactgagttaacttccaacaggagatgctgatgg
tctagctttggggagctgtcccttcacgcctctcagcagtccttggctga
gggaccctgctcatttgttttactttgtgtcctccctacagcttctctag
aaagtgcaaatgaggacacatatcaatttcatacttcagaaattcccatt
atgtgaattccatacgtgtaccctcatgccaaaaaagcaattcttctgac
acactaagtgatgtgcacagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_49544799_49545921
seq2: B6Ng01-083A06.b_44_1158 (reverse)

seq1  CTGCCCAGTGGGATGCTGCCCACAGTGGG-ATAGGTCCTCCCA-CATCAA  48
      |||||||||||  ||||| |||||||||| ||| || |||||| |||| |
seq2  CTGCCCAGTGGATTGCTG-CCACAGTGGGAATAAGT-CTCCCACCATC-A  47

seq1  GTATACATCAAAAAATCTTCTGTGAGCTTTGCCTACATTGCAATAGAAAA  98
      |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  GTATACATC--AAAATCTTCTGTGAGC-TTGCCTACA-TGCAATAGAAAA  93

seq1  CGTTAGCCAGCACACAGAGCCTTAAAAGTTCACTAGGCTTACTCTGCGTT  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CGTTAGCCAGCACACAGAGCCTTAAAAGTTCACTAGGC-TACTCTGCG-T  141

seq1  GTCTCTATGGAACATTTAAGGTTACCTCTAATTTCTCAGAAAGCCTTGAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTATGGAACATTTAAGGTTACCTCTAATTTCTCAGAAAGCCTTGAG  191

seq1  AACTCAAGCAGTGAGGCTGCCTTGCCACTCACTGGCCTCTGTTCTCCGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAGCAGTGAGGCTGCCTTGCCACTCACTGGCCTCTGTTCTCCGAA  241

seq1  CTCTGATCCCACTGCAGTAAAGTCTATTACAGAAATTTCTGTCATCACAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATCCCACTGCAGTAAAGTCTATTACAGAAATTTCTGTCATCACAG  291

seq1  CTTGCTTTTTAAAAGCAGCTTCTGTCCCTTTCCAATCAAACAGTAAAGGT  348
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGC-TTTTAAAAGCAGCTTCTGTCCCTTTCCAATCAAACAGTAAAGGT  340

seq1  CACCAACAAAGAAACTAAAGTGATCTAGCAATGTCTAAAATTGAAAAAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACAAAGAAACTAAAGTGATCTAGCAATGTCTAAAATTGAAAAAAG  390

seq1  CAAAACTAAATAGCCACTGACCTTAATATTGTTATGTATCTCGGGGTCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTAAATAGCCACTGACCTTAATATTGTTATGTATCTCGGGGTCAG  440

seq1  CTTAATGATATTCCTGGAAGCCTCCCGCTTTGAGTTATTAAAAAATATAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGATATTCCTGGAAGCCTCCCGCTTTGAGTTATTAAAAAATATAT  490

seq1  AATAGGTTTGTAGAACATTAAATCATCCTGAAATACTCATGCTGAAAAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTTTGTAGAACATTAAATCATCCTGAAATACTCATGCTGAAAAAG  540

seq1  ATAATTCTATATTTTGAGATTTCATCTAGACTAAAAACCTATGTCAGGGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCTATATTTTGAGATTTCATCTAGACTAAAAACCTATGTCAGGGG  590

seq1  AAAATATGAACAGAGATAAGGCCAATGGAGAAAATAAAACAATGGATGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGAACAGAGATAAGGCCAATGGAGAAAATAAAACAATGGATGGA  640

seq1  GAGACCCAAGATTTAGGAAGTGTCTTGAAGGTTGTCAGCAAGTGGCCAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCAAGATTTAGGAAGTGTCTTGAAGGTTGTCAGCAAGTGGCCAAG  690

seq1  CCCAACCATTAGACTACAACTCTCAGTCAAGACCCTATTTACTCACAATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACCATTAGACTACAACTCTCAGTCAAGACCCTATTTACTCACAATG  740

seq1  CATTTGTTAAGCTTCTACAAAACCAAGGTTAAAAAAAAGTCTAATGCAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTTAAGCTTCTACAAAACCAAGGTTAAAAAAAAGTCTAATGCAAA  790

seq1  CTTGTTTAAGCAGATCGAGAATAAACTGGCTGAGGGTTAGCTTAGGCTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTAAGCAGATCGAGAATAAACTGGCTGAGGGTTAGCTTAGGCTGT  840

seq1  GGATTCAAATGATGTTGCAAGATTACTATTTGTCTGTCTATGGTTTGGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAAATGATGTTGCAAGATTACTATTTGTCTGTCTATGGTTTGGTG  890

seq1  TTCCCTTGCATTAAACCTTCATTTTTAATACGTGCTGTCAGCATCTAATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGCATTAAACCTTCATTTTTAATACGTGCTGTCAGCATCTAATA  940

seq1  TTTGACTGATGAAGACCTAGGCTCTGAAGCTTCCTAGACTCTAGCATACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGATGAAGACCTAGGCTCTGAAGCTTCCTAGACTCTAGCATACA  990

seq1  AAACTAAAGCATGTTACTTAATGGACTGAACAAAAGTGCTTTGTATCCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAAGCATGTTACTTAATGGACTGAACAAAAGTGCTTTGTATCCTG  1040

seq1  CTTTCTCGGAACCTGATTCTGTCACGGGTGGCCTAGAACCAATCACAAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCGGAACCTGATTCTGTCACGGGTGGCCTAGAACCAATCACAAAA  1090

seq1  CCAATGACAAGGGCTTATGGAATTC  1123
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGACAAGGGCTTATGGAATTC  1115

seq1: chr18_49427392_49428534
seq2: B6Ng01-083A06.g_68_1188

seq1  GAATTCCCCACAGCAAGTGGTGGTGATTGGTTAAGCTCACTTCTTCAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCACAGCAAGTGGTGGTGATTGGTTAAGCTCACTTCTTCAACT  50

seq1  GGATATTGAGCTGGAATTCTCTGAACTGTGAGGCACAGAGAGAACTCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTGAGCTGGAATTCTCTGAACTGTGAGGCACAGAGAGAACTCTGT  100

seq1  GTGTGTGTGAGCTTTCACCCAGATTTACAGAAGACATATCTGATAAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGAGCTTTCACCCAGATTTACAGAAGACATATCTGATAAAAGA  150

seq1  TGGACCTATAGACAGCAGCCATGAATTACAGGGTGCCAGCTCACCCGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTATAGACAGCAGCCATGAATTACAGGGTGCCAGCTCACCCGGGA  200

seq1  GACTTAATCTAGGATAGCAAATGACTGAATGCCAGATCGTTCAGGTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAATCTAGGATAGCAAATGACTGAATGCCAGATCGTTCAGGTTCAG  250

seq1  CATGACTAGAGGACAATTTTGATTGAAGAATGTTATAGATTCTGTTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTAGAGGACAATTTTGATTGAAGAATGTTATAGATTCTGTTCACA  300

seq1  GTGCACAGTGTCCACACACACAAATCTCTCCTTGAAAACACAAATCACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGTGTCCACACACACAAATCTCTCCTTGAAAACACAAATCACAC  350

seq1  AACCTCAATCTCTGTAGAATTTGAAACGAATGTGTACATATATCACATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCAATCTCTGTAGAATTTGAAACGAATGTGTACATATATCACATTT  400

seq1  ATCCCGAAAACAGGCAGGTATTATTGAAAGACAATGTGTAAATTCTGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGAAAACAGGCAGGTATTATTGAAAGACAATGTGTAAATTCTGATT  450

seq1  CTCTTATTTTTATTTTCATTGATCTATAATTTTTACAAACATAGTATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATTTTTATTTTCATTGATCTATAATTTTTACAAACATAGTATGTT  500

seq1  TCTCCATATAACCATTTTTGTGTTTGTATACATATTTGCACATGAATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATATAACCATTTTTGTGTTTGTATACATATTTGCACATGAATAAA  550

seq1  ATGAAAGCAATTAATAAAAAGTCCATTGCTACACACACACACACACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGCAATTAATAAAAAGTCCATTGCTACACACACACACACACACAC  600

seq1  ACACACACACACACACACACACACACTCCCCTTATTTAGAAGGAGCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACTCCCCTTATTTAGAAGGAGCAAAT  650

seq1  TTAAAATCCATGCCTCCCCTAGGCTTCCTGGCTTGAGAAAAAGGTTGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATCCATGCCTCCCCTAGGCTTCCTGGCTTGAGAAAAAGGTTGACA  700

seq1  GTTTGTGATGAGTTTTCTACCAGCCAGCCCACCTCTGCATTTCATGGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGATGAGTTTTCTACCAGCCAGCCCACCTCTGCATTTCATGGTAT  750

seq1  CCACAGCTGTTCTCATTTTGACCAAGAAATTCGATTTAGACTGAATTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCTGTTCTCATTTTGACCAAGAAATTCGATTTAGACTGAATTTTA  800

seq1  GTTGCTTGCCTTACCAATAAATCATCAGCACACAAGTTAGAAAAGAGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTGCCTTACCAATAAATCATCAGCACACAAGTTAGAAAAGAGCTG  850

seq1  AGGCCCCAAAGTCAACCACTGAGTTAACTTCCAACAGGAGATGCTGATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCAAAGTCAACCACTGAGTTAACTTCCAACAGGAGATGCTGATGG  900

seq1  TCTAGCTTTGGGGAGCTGTCCCCTCCACGGCCTCTCAGCAGTCCTTGGCT  950
      ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTTTGGGGAGCTGT-CCCTTCAC-GCCTCTCAGCAGTCCTTGGCT  948

seq1  GAGGGGACCCTGCTCATTTGTTTTACTTTGTGTCCTCCCTACAGCTTCTC  1000
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GA-GGGACCCTGCTCATTTGTTTTACTTTGTGTCCTCCCTACAGCTTCTC  997

seq1  TAGAAAGTGCAAATGAGGGACACCAATATCAATTTCATACCTTTCAGAAA  1050
      |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||  ||||||||
seq2  TAGAAAGTGCAAATGA-GGACAC--ATATCAATTTCATAC--TTCAGAAA  1042

seq1  ATTCCCCATTATGTGAAATCCCATAACGTGTACACTCATGCAGAGAAAAG  1100
        | ||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||  | |||||
seq2  --TTCCCATTATGTG-AATTCCAT-ACGTGTACCCTCATGC-CAAAAAAG  1087

seq1  CCAATTTCCCTTCTGATCTACCACTAAAGTTGATGTGCACAGC  1143
       |||||   |||||||     ||||||   |||||||||||||
seq2  -CAATT---CTTCTGA---CACACTAA--GTGATGTGCACAGC  1121