BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083D09
Chromosome18 (Build37)
Map Location 14,475,121 - 14,592,933
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040391, LOC382096
Upstream geneLOC665379, LOC100040358, Zfp521, LOC100040094, LOC100040103
Downstream geneLOC100040129, EG623867, Ss18, LOC100040446, Psma8, Taf4b, LOC669965, Kctd1, EG622268, LOC100040151, Aqp4, LOC665473
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083D09.bB6Ng01-083D09.g
ACCDH897538DH897539
length1,2001,135
definitionDH897538|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083D09, 5' end.DH897539|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083D09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,475,121 - 14,476,335)(14,591,773 - 14,592,933)
sequence
gaattcttcaaagaagcagtgaagctaaatgccaggttccccttaaaaca
ggaccagcctgctcaactgctgcagttctactctggggtcatttgtgaat
gaccctgcctggcctgaaggaacactggaagttagttctgatagggctca
gtgacctcaaagattccctgttcagagactgctttcagggtgttcctctg
ttccccttcccaaatgcggatagcccctacttaaccctgcaaagagccca
ccaaaatgtccctgcctttatctacctagtttaccccagtgccatcaaga
gccactcacccacaagtcctgctttctaatgtcttctttggaacccagtg
tactgagaagatgactgagagcctatttgcatgtgtctgtggtgagggta
aacataccccactcttctcaagaccactgaactacttcaaatatacctcc
gaaagacgtcaagatcaaaatctccggtttatgtcttcatgtgtattttc
atacggtatttcacattagttctccattattttgtgtactctgttatcct
gttactattaaagaaccatctctaatgcttatactctacagcacatattg
gagcatcatttgaaatggacgttggctgctatattttgggatagtcatga
ctcttaagaaatgaaaactgtaatgggagcttcccaacagaggtgacaat
gaacatcggtacctggaggatgcggtgttcttccttccaaggcctcagca
ccagctcactcattcacagggtgcctggtatgccttccccagatcccagg
caatgtggctggtgtgccttccccagatcccaggcaatgtggctggtgtg
ccttccccagatcccaggcaatgtggctggtgtgccttccccagattcca
ggcagtgtgactggtatgccttccccagacccaggcagtgaaacagtgat
ggtgaacactggaaactgaatagtcccttttgttggcaaagtttgttgtc
ctgatctgggtactgcatctacagattgtgccatttgtgatggtagctgg
ggcaggattgcaggaggctagcctgagctaacagcaagaacatgtctaaa
ggaagcttccgttgacctattcgagttaaggaaaatcacttcatctttcc
aaggcgttcataaacgggtcacactcatttgaacgtccagcttcctcacc

gaattcctgtaatgtcctttaaatctggcctgcaagcacacttggttgtc
tctctatcttggtaataggagaccccagcatgccagatttctgcagaata
aaatgttcttcgtatttacatactatttgagaccagggtatcattcttcc
tcgaatcatggacccttacaatacaatttcaagacaaattggtggttgtt
gatcaaaagttctccagggtagttgttgagatgcttactttccaatctgt
gcctggataggcaggtagggaacaatagagattgtgttctgtgcccatgg
gaagtgggcaagaggacttaacgtagcaccatgacccagacaaagtagac
accatgataatttgataattattaaagtggacagtgtggtgataattgca
tgatcgagtctgatgagtgcacagaaggtaaatttggggacaaagttatg
ctcaatggtcatgcctgggccagtagctggtttggtgggactgagcatgc
tcagttcaggctgagatgactgagagaactaggttaggttggaactgtct
ggaaatgagggacatgaaaagccaggctgtggagggctgagaagacagag
atctgaagcattcttgtagacaccaggagatactacacagacagagaaag
cttggatgcccatcacatgatgagcgtacatttaccttgaactcatctta
gggaaaagctgtgtccacctgcctcagacttcattattttcttctagtct
ttttttctaactatctgaaagattttacttagaaaccacttaaaaataac
aggtataaaatttctgtcttcagaaaacattttgctttttgagattataa
ttacatctccttcccttttccccccttcatgctctttcccactcttgttc
aaattcatggcctcttttatctaattgtatacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacactttactgctcagctatataa
tgtttcaggcaggtcatttgtactagcaactaattgcatgctctttctag
aagatcacaggagattgataataagtaattggtgcaagagacagtacaac
aggtcatgcgaatgactgcatctgtctgttagccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_14475121_14476335
seq2: B6Ng01-083D09.b_44_1243

seq1  GAATTCTTCAAAGAAGCAGTGAAGCTAAATGCCAGGTTCCCCTTAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAAAGAAGCAGTGAAGCTAAATGCCAGGTTCCCCTTAAAACA  50

seq1  GGACCAGCCTGCTCAACTGCTGCAGTTCTACTCTGGGGTCATTTGTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGCCTGCTCAACTGCTGCAGTTCTACTCTGGGGTCATTTGTGAAT  100

seq1  GACCCTGCCTGGCCTGAAGGAACACTGGAAGTTAGTTCTGATAGGGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGCCTGGCCTGAAGGAACACTGGAAGTTAGTTCTGATAGGGCTCA  150

seq1  GTGACCTCAAAGATTCCCTGTTCAGAGACTGCTTTCAGGGTGTTCCTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTCAAAGATTCCCTGTTCAGAGACTGCTTTCAGGGTGTTCCTCTG  200

seq1  TTCCCCTTCCCAAATGCGGATAGCCCCTACTTAACCCTGCAAAGAGCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTTCCCAAATGCGGATAGCCCCTACTTAACCCTGCAAAGAGCCCA  250

seq1  CCAAAATGTCCCTGCCTTTATCTACCTAGTTTACCCCAGTGCCATCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATGTCCCTGCCTTTATCTACCTAGTTTACCCCAGTGCCATCAAGA  300

seq1  GCCACTCACCCACAAGTCCTGCTTTCTAATGTCTTCTTTGGAACCCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCACCCACAAGTCCTGCTTTCTAATGTCTTCTTTGGAACCCAGTG  350

seq1  TACTGAGAAGATGACTGAGAGCCTATTTGCATGTGTCTGTGGTGAGGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGAAGATGACTGAGAGCCTATTTGCATGTGTCTGTGGTGAGGGTA  400

seq1  AACATACCCCACTCTTCTCAAGACCACTGAACTACTTCAAATATACCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACCCCACTCTTCTCAAGACCACTGAACTACTTCAAATATACCTCC  450

seq1  GAAAGACGTCAAGATCAAAATCTCCGGTTTATGTCTTCATGTGTATTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACGTCAAGATCAAAATCTCCGGTTTATGTCTTCATGTGTATTTTC  500

seq1  ATACGGTATTTCACATTAGTTCTCCATTATTTTGTGTACTCTGTTATCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGGTATTTCACATTAGTTCTCCATTATTTTGTGTACTCTGTTATCCT  550

seq1  GTTACTATTAAAGAACCATCTCTAATGCTTATACTCTACAGCACATATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTATTAAAGAACCATCTCTAATGCTTATACTCTACAGCACATATTG  600

seq1  GAGCATCATTTGAAATGGACGTTGGCTGCTATATTTTGGGATAGTCATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCATTTGAAATGGACGTTGGCTGCTATATTTTGGGATAGTCATGA  650

seq1  CTCTTAAGAAATGAAAACTGTAATGGGAGCTTCCCAACAGAGGTGACAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAGAAATGAAAACTGTAATGGGAGCTTCCCAACAGAGGTGACAAT  700

seq1  GAACATCGGTACCTGGAGGATGCGGTGTTCTTCCTTCCAAGGCCTCAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCGGTACCTGGAGGATGCGGTGTTCTTCCTTCCAAGGCCTCAGCA  750

seq1  CCAGCTCACTCATTCACAGGGTGCCTGGTATGCCTTCCCCAGATCCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCACTCATTCACAGGGTGCCTGGTATGCCTTCCCCAGATCCCAGG  800

seq1  CAATGTGGCTGGTGTGCCTTCCCCAGATCCCAGGCAATGTGGCTGGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGGCTGGTGTGCCTTCCCCAGATCCCAGGCAATGTGGCTGGTGTG  850

seq1  CCTTCCCCAGATCCCAGGCAATGTGGCTGGTGTGCCTTCCCCAGATTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCAGATCCCAGGCAATGTGGCTGGTGTGCCTTCCCCAGATTCCA  900

seq1  GGCAGTGTGACTGGTATGCCTTCCCCAGACCCCAGGCAGTGAAAACAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  GGCAGTGTGACTGGTATGCCTTCCCCAGA-CCCAGGCAGTG-AAACAGTG  948

seq1  ATGGTGAACACTGGAAACTGAATAGTCCCTTTTGTTGGCAAAGTTTGTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGAACACTGGAAACTGAATAGTCCCTTTTGTTGGCAAAGTTTGTTG  998

seq1  TCCTGATCTGGGTACTGCATCTACAGATTGTGCCATTTGTGATGGTAGCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATCTGGGTACTGCATCTACAGATTGTGCCATTTGTGATGGTAGCT  1048

seq1  GGGGCAGGATTGCCAGGAGGCTAGCCTGAGCTACACAGCAAGACCATGTC  1100
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  GGGGCAGGATTG-CAGGAGGCTAGCCTGAGCTA-ACAGCAAGAACATGTC  1096

seq1  TAAAAAGGAAGCTTCCGTTTGACTCATCCAGAGTAAAGGGAAAATCATCT  1150
      |  |||||||||||||| |||||  || | |||| || |||||||||  |
seq2  T--AAAGGAAGCTTCCG-TTGACCTATTC-GAGTTAA-GGAAAATCACTT  1141

seq1  CATTCTTTCAAAGCTGTTTCATAACAGTGTCACACTCATTTGAGACTGTC  1200
      || |||||| |||  | |||||||  | ||||||||||||||| || || 
seq2  CA-TCTTTCCAAGGCG-TTCATAAACGGGTCACACTCATTTGA-AC-GT-  1186

seq1  CCAGCTTCTCTCACC  1215
      |||||||| ||||||
seq2  CCAGCTTC-CTCACC  1200

seq1: chr18_14591773_14592933
seq2: B6Ng01-083D09.g_70_1204 (reverse)

seq1  GGGCTAACAGACAGATGCTGTCATTCTGCACTGGGCCACTGTTGGTACTG  50
      |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||     ||||| ||||||
seq2  GGGCTAACAGACAGATGCAGTCATTC-GCA-TG---ACCTGTT-GTACTG  44

seq1  TCTCTTGGCACCAATGTACTTATTATCAAAATCTTCTCCTGGTGATCTTT  100
      |||||| |||||||| |||||||||||||     |||||| |||||||| 
seq2  TCTCTT-GCACCAAT-TACTTATTATCAA-----TCTCCT-GTGATCTT-  85

seq1  CCTAGGAAAGAGCATGCCAATTAGTTGCTTAGTACCAAATGACCTGCCCT  150
       ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
seq2  -CTA-GAAAGAGCATG-CAATTAGTTGC-TAGTA-CAAATGACCTG-CCT  129

seq1  GAAAACATTATATAGGCTGAGCAGGTAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  200
      | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AAACATTATATA-GCTGAGCA-GTAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  176

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATAACAATTAGATAAAAGAG  250
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TAT-ACAATTAGATAAAAGAG  224

seq1  GCCATGAATTTGAACAAGAGTGGGAAAGAGCATGAAGGGGGGAAAAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAATTTGAACAAGAGTGGGAAAGAGCATGAAGGGGGGAAAAGGGA  274

seq1  AGGAGATGTAATTATAATCTCAAAAAGCAAAATGTTTTCTGAAGACAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGTAATTATAATCTCAAAAAGCAAAATGTTTTCTGAAGACAGAA  324

seq1  ATTTTATACCTGTTATTTTTAAGTGGTTTCTAAGTAAAATCTTTCAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATACCTGTTATTTTTAAGTGGTTTCTAAGTAAAATCTTTCAGATA  374

seq1  GTTAGAAAAAAAGACTAGAAGAAAATAATGAAGTCTGAGGCAGGTGGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAAAAAAGACTAGAAGAAAATAATGAAGTCTGAGGCAGGTGGACA  424

seq1  CAGCTTTTCCCTAAGATGAGTTCAAGGTAAATGTACGCTCATCATGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTTCCCTAAGATGAGTTCAAGGTAAATGTACGCTCATCATGTGAT  474

seq1  GGGCATCCAAGCTTTCTCTGTCTGTGTAGTATCTCCTGGTGTCTACAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCCAAGCTTTCTCTGTCTGTGTAGTATCTCCTGGTGTCTACAAGA  524

seq1  ATGCTTCAGATCTCTGTCTTCTCAGCCCTCCACAGCCTGGCTTTTCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCAGATCTCTGTCTTCTCAGCCCTCCACAGCCTGGCTTTTCATGT  574

seq1  CCCTCATTTCCAGACAGTTCCAACCTAACCTAGTTCTCTCAGTCATCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATTTCCAGACAGTTCCAACCTAACCTAGTTCTCTCAGTCATCTCA  624

seq1  GCCTGAACTGAGCATGCTCAGTCCCACCAAACCAGCTACTGGCCCAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAACTGAGCATGCTCAGTCCCACCAAACCAGCTACTGGCCCAGGCA  674

seq1  TGACCATTGAGCATAACTTTGTCCCCAAATTTACCTTCTGTGCACTCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTGAGCATAACTTTGTCCCCAAATTTACCTTCTGTGCACTCATC  724

seq1  AGACTCGATCATGCAATTATCACCACACTGTCCACTTTAATAATTATCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCGATCATGCAATTATCACCACACTGTCCACTTTAATAATTATCAA  774

seq1  ATTATCATGGTGTCTACTTTGTCTGGGTCATGGTGCTACGTTAAGTCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCATGGTGTCTACTTTGTCTGGGTCATGGTGCTACGTTAAGTCCTC  824

seq1  TTGCCCACTTCCCATGGGCACAGAACACAATCTCTATTGTTCCCTACCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCACTTCCCATGGGCACAGAACACAATCTCTATTGTTCCCTACCTG  874

seq1  CCTATCCAGGCACAGATTGGAAAGTAAGCATCTCAACAACTACCCTGGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCAGGCACAGATTGGAAAGTAAGCATCTCAACAACTACCCTGGAG  924

seq1  AACTTTTGATCAACAACCACCAATTTGTCTTGAAATTGTATTGTAAGGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTGATCAACAACCACCAATTTGTCTTGAAATTGTATTGTAAGGGT  974

seq1  CCATGATTCGAGGAAGAATGATACCCTGGTCTCAAATAGTATGTAAATAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATTCGAGGAAGAATGATACCCTGGTCTCAAATAGTATGTAAATAC  1024

seq1  GAAGAACATTTTATTCTGCAGAAATCTGGCATGCTGGGGTCTCCTATTAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACATTTTATTCTGCAGAAATCTGGCATGCTGGGGTCTCCTATTAC  1074

seq1  CAAGATAGAGAGACAACCAAGTGTGCTTGCAGGCCAGATTTAAAGGACAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAGAGAGACAACCAAGTGTGCTTGCAGGCCAGATTTAAAGGACAT  1124

seq1  TACAGGAATTC  1161
      |||||||||||
seq2  TACAGGAATTC  1135