BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104B10
Chromosome18 (Build37)
Map Location 87,857,656 - 87,961,745
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC329008
Upstream geneCbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437, LOC435580, LOC546719, LOC383318, Ppia-ps18_1039.1
Downstream geneLOC100039961, LOC100039972, LOC623177, LOC665497, LOC100040003
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104B10.bB6Ng01-104B10.g
ACCDH912489DH912490
length1,0241,095
definitionDH912489|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104B10, 5' end.DH912490|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104B10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,961,026 - 87,961,745)(87,857,656 - 87,858,758)
sequence
gaattctttatatgagagtattagtaaattatgaaaaacaaaccatggat
ggtcacacaaagttcataaacttaagacctatgttgagtactgaaccttc
tttgaagcagtgatggccagggaaatgcttcctataataaattaaatagc
attaacattttagctctgagatatggtctcatttaatatttcttacatag
aaaaaaagacaagtcaacctcagcataattttggcatttttttctagatt
ataatatactgcaaatgagcccccagtaatgattggtgcaacagatttta
atactggagatacttgagatagaaaaaaatgcactttcccccacttattt
aaacatcatctcttcttttgctaaatagttcctaagtttgtgtgttctac
agctgaacttcctgcctgcctcacctctgaggtgtctgaattgcttccag
cacttcaaggcaagcagaacacagtccttaatgggagtctttaatttgtg
tttcccccaagtgaaaaatggcagggtctggaatgactgtgtggctctgt
ctcctgggtatccagacatcacagttatacctctgggagttgggaacaaa
tccctaatcagcctttcccctcaggtcaacctaggcagaaagggaaaagc
agagcctggaacatggtgaacctggtttggttcctagggagtacctaggc
taaggaggggctgagagagacaaggcctctctggatatttaggcaaggtt
ctttaagatgaagctccaccacccctatacttgaggaagagagggtcctt
acttgtccagactgctttatttgatggtgcatgtgaatgtatacagctta
tttatggtaaactaggagttaaataccttttgcagaaggaatgtccaaga
atggaaactcactggctgaacactcaggcctatctaggtacttcattagc
atggagaacattagttttgtgctacatgaatattgtatggtctctcagta
gctgtctgttactgctcaaagcag
gaattcattttttcctgactcctctcaactgagaaacaggagaagagctg
agaaattttcatgtgacatgaaaactcagcctgtcattgcatttttcaac
tcttcattatgccttcaacgtggaacataagtgctaatgaaattcctgga
gcctcactgtaactgttgattgaatttctgcacattgtgagaatcattga
atgcacttaatgtgggatgcaaggttgtattccctatgtaacagtttgaa
ttgagcacctactatgtaataactttctgagctactttactttacatgca
gtgtttacactgctcataacataattgtattaactaaaggagctagctaa
taatttatcaaggcacgaatagctgtataactagcaatccataaatttct
ctttatacaagatttatataaatcttaatatatatgtatttatcacataa
ttattttaagaatatatgttgaaattaatgcaaattatcttacatctctt
atatagtacatattatataatttcatatggaataaaagatgcaatatact
agcatagtgtcttaggtagggttttactgctgtgaacagatactgtaacc
aaagcatgtcttataaaggacaacatttgattggggctgttttacaggtt
cagaggttcagttcattatcatcaaagtggaagcatggtagcatatagac
aggcatggtacaggcagaggtgagggtcctacatcttcatctgaagtctg
ctggtggaagactgacttccaggcaactaggataagggtcttaaagccaa
cactcacagtgacacacctattccaaccaggctacacctactccacaggg
taacaccttctcatagtgccacttcctgggccaagcatatgcaaaccata
cagatagtattattataagatttaaaattgacaaatatggagagtacccc
ttctccacagatacgttgtaagtttaatcaagaggtaatgaatctgaagc
tgtctcagatttttaagcagttcatttgcacctatattggatccactaaa
gaaaacttgcctattatcatagctgtaaatctgttaatacgttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_87961026_87961745
seq2: B6Ng01-104B10.b_49_768 (reverse)

seq1  TCTCTCTCAGCCCCTCCTTAGCCTAGGTACTCCCTAGGAACCAAACCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCAGCCCCTCCTTAGCCTAGGTACTCCCTAGGAACCAAACCAGG  50

seq1  TTCACCATGTTCCAGGCTCTGCTTTTCCCTTTCTGCCTAGGTTGACCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCATGTTCCAGGCTCTGCTTTTCCCTTTCTGCCTAGGTTGACCTGA  100

seq1  GGGGAAAGGCTGATTAGGGATTTGTTCCCAACTCCCAGAGGTATAACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAGGCTGATTAGGGATTTGTTCCCAACTCCCAGAGGTATAACTGT  150

seq1  GATGTCTGGATACCCAGGAGACAGAGCCACACAGTCATTCCAGACCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTGGATACCCAGGAGACAGAGCCACACAGTCATTCCAGACCCTGC  200

seq1  CATTTTTCACTTGGGGGAAACACAAATTAAAGACTCCCATTAAGGACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCACTTGGGGGAAACACAAATTAAAGACTCCCATTAAGGACTGT  250

seq1  GTTCTGCTTGCCTTGAAGTGCTGGAAGCAATTCAGACACCTCAGAGGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTTGCCTTGAAGTGCTGGAAGCAATTCAGACACCTCAGAGGTGA  300

seq1  GGCAGGCAGGAAGTTCAGCTGTAGAACACACAAACTTAGGAACTATTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCAGGAAGTTCAGCTGTAGAACACACAAACTTAGGAACTATTTAG  350

seq1  CAAAAGAAGAGATGATGTTTAAATAAGTGGGGGAAAGTGCATTTTTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAGAGATGATGTTTAAATAAGTGGGGGAAAGTGCATTTTTTTCT  400

seq1  ATCTCAAGTATCTCCAGTATTAAAATCTGTTGCACCAATCATTACTGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGTATCTCCAGTATTAAAATCTGTTGCACCAATCATTACTGGGG  450

seq1  GCTCATTTGCAGTATATTATAATCTAGAAAAAAATGCCAAAATTATGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTTGCAGTATATTATAATCTAGAAAAAAATGCCAAAATTATGCTG  500

seq1  AGGTTGACTTGTCTTTTTTTCTATGTAAGAAATATTAAATGAGACCATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGACTTGTCTTTTTTTCTATGTAAGAAATATTAAATGAGACCATAT  550

seq1  CTCAGAGCTAAAATGTTAATGCTATTTAATTTATTATAGGAAGCATTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGCTAAAATGTTAATGCTATTTAATTTATTATAGGAAGCATTTCC  600

seq1  CTGGCCATCACTGCTTCAAAGAAGGTTCAGTACTCAACATAGGTCTTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCATCACTGCTTCAAAGAAGGTTCAGTACTCAACATAGGTCTTAAG  650

seq1  TTTATGAACTTTGTGTGACCATCCATGGTTTGTTTTTCATAATTTACTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAACTTTGTGTGACCATCCATGGTTTGTTTTTCATAATTTACTAA  700

seq1  TACTCTCATATAAAGAATTC  720
      ||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTCATATAAAGAATTC  720

seq1: chr18_87857656_87858758
seq2: B6Ng01-104B10.g_68_1162

seq1  GAATTCATTTTTTCCTGACTCCTCTCAACTGAGAAACAGGAGAAGAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTTCCTGACTCCTCTCAACTGAGAAACAGGAGAAGAGCTG  50

seq1  AGAAATTTTCATGTGACATGAAAACTCAGCCTGTCATTGCATTTTTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTTCATGTGACATGAAAACTCAGCCTGTCATTGCATTTTTCAAC  100

seq1  TCTTCATTATGCCTTCAACGTGGAACATAAGTGCTAATGAAATTCCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTATGCCTTCAACGTGGAACATAAGTGCTAATGAAATTCCTGGA  150

seq1  GCCTCACTGTAACTGTTGATTGAATTTCTGCACATTGTGAGAATCATTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACTGTAACTGTTGATTGAATTTCTGCACATTGTGAGAATCATTGA  200

seq1  ATGCACTTAATGTGGGATGCAAGGTTGTATTCCCTATGTAACAGTTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTTAATGTGGGATGCAAGGTTGTATTCCCTATGTAACAGTTTGAA  250

seq1  TTGAGCACCTACTATGTAATAACTTTCTGAGCTACTTTACTTTACATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCACCTACTATGTAATAACTTTCTGAGCTACTTTACTTTACATGCA  300

seq1  GTGTTTACACTGCTCATAACATAATTGTATTAACTAAAGGAGCTAGCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTACACTGCTCATAACATAATTGTATTAACTAAAGGAGCTAGCTAA  350

seq1  TAATTTATCAAGGCACGAATAGCTGTATAACTAGCAATCCATAAATTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTATCAAGGCACGAATAGCTGTATAACTAGCAATCCATAAATTTCT  400

seq1  CTTTATACAAGATTTATATAAATCTTAATATATATGTATTTATCACATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATACAAGATTTATATAAATCTTAATATATATGTATTTATCACATAA  450

seq1  TTATTTTAAGAATATATGTTGAAATTAATGCAAATTATCTTACATCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAAGAATATATGTTGAAATTAATGCAAATTATCTTACATCTCTT  500

seq1  ATATAGTACATATTATATAATTTCATATGGAATAAAAGATGCAATATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTACATATTATATAATTTCATATGGAATAAAAGATGCAATATACT  550

seq1  AGCATAGTGTCTTAGGTAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGATACTGTAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGTGTCTTAGGTAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGATACTGTAACC  600

seq1  AAAGCATGTCTTATAAAGGACAACATTTGATTGGGGCTGTTTTACAGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGTCTTATAAAGGACAACATTTGATTGGGGCTGTTTTACAGGTT  650

seq1  CAGAGGTTCAGTTCATTATCATCAAAGTGGAAGCATGGTAGCATATAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTTCAGTTCATTATCATCAAAGTGGAAGCATGGTAGCATATAGAC  700

seq1  AGGCATGGTACAGGCAGAGGTGAGGGTCCTACATCTTCATCTGAAGTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGGTACAGGCAGAGGTGAGGGTCCTACATCTTCATCTGAAGTCTG  750

seq1  CTGGTGGAAGACTGACTTCCAGGCAACTAGGATAAGGGTCTTAAAGCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGAAGACTGACTTCCAGGCAACTAGGATAAGGGTCTTAAAGCCAA  800

seq1  CACTCACAGTGACACACCTATTCCAACAAGGCTACACCTACTCCAACAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  CACTCACAGTGACACACCTATTCCAACCAGGCTACACCTACTCC-ACAGG  849

seq1  GTAACACCTTCTCATAGTGCCACTTCCTGGGCCAAGCATATGCAAACCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAACACCTTCTCATAGTGCCACTTCCTGGGCCAAGCATATGCAAACCA-  898

seq1  TACAGATAGTATTATTATAAAGATTTAAAATTGACAAATATGGAGAGGTA  950
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TACAGATAGTATTATTAT-AAGATTTAAAATTGACAAATATGGAGA-GTA  946

seq1  CCCCTCTCCCACAGATACGTTGTAGGTTTAATCAAGAGGGTATTGATTCT  1000
      |||||   |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||
seq2  CCCCTTCTCCACAGATACGTTGTAAGTTTAATCAAGA-GGTAATGAATCT  995

seq1  GAAAGCTGTCTCAGTATTTTAAGCAGTTCATTTTGCACCTATATTGGAT-  1049
      | ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  G-AAGCTGTCTCAGATTTTTAAGCAGTTCA-TTTGCACCTATATTGGATC  1043

seq1  CACTAAAAGAGACTTTGCTTATTTATTCATAGCTGTAAATCTGTT-ATAC  1098
      |||| ||||| |  |||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACT-AAAGAAAACTTGCCTATT--ATCATAGCTGTAAATCTGTTAATAC  1090

seq1  GTTCA  1103
      |||||
seq2  GTTCA  1095