BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105E17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,852,586 - 70,995,034
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCcdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
Downstream geneDcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105E17.bB6Ng01-105E17.g
ACCDH913358DH913359
length1,152974
definitionDH913358|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105E17, 5' end.DH913359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,993,879 - 70,995,034)(70,852,586 - 70,853,561)
sequence
gaattcttggcattccagctgtttctgatagttcctgctgactcagaact
ggcagaggctgggctgtttctgctggatcatgctcctgtggctgattcat
gtttgttgacccttttgaactagactgttggcatcctgacactactaatt
tggactgctggtattctgacaaatggagactgggttcaccccaaacaact
acttctaaacaggtccacatccccttgtcttaattaccatctttcctccc
ctaccttaggatggtaggctaggataagtaggttttgaaaatctaagcct
acacctctgtcatgagtgatattaactaaactagatcagagaagctgaag
agatagctcataaaaccagatggattgtcgtctcatacaaactcttgatt
cctttcccctatagtgtactgcttattgtttccagtagagcctatggcaa
atgttggtcacataaaaagccaaaagaaaatatgaaactcaaaaacaaaa
aaacaaacaaacaaaacaggaaagctggggccaccagaaacattgagcca
tatacaccttcccatataactctaatatagcagtgtcattatgcccagta
tttacatacattttgtcattttgcttatgttccgaataagaacaataaga
gcttgtgctgttaccatgcaaatattgacttctcactatacagaatccat
ccctttgtaaagagagagcagaagctgaaggaatacattaacttttccat
ttacacattgcagccaaaaagcaagcatttaaccagctgtgatactacat
ataagacacaaatgctctataataaaatgctcaaatcaagtggtaggttt
ctgactcctcacaaagaaacacaataaactaacaagaagggtgttagcca
ttcaacaagataaatgaactgtaatcctagcccggtagtcttaatctacc
ttgctgaagtaaaaattataccagccatgcaaatccactgataatagtca
gttagtcatctgtaaaatcaaaagtttttcagtgagcatagaaagtctga
aaacactctaacactggcgaatctaagagtcattgatggaattgaatgtc
tagaaaaggaactctcaggccaaaagggggagtatggtggggtacgggca
gt
gaattctttcccagaaatggcatcatgagctcctgggcacccagttctta
gagctgaagtagatgagaaatagatatttgtaaacaataaacagtttggg
aggctacggtccagctttctgtgagctattcacttagttaaaatgtgctt
agtctatttccattatcaccaattttaaatgacaggaattaaaacagtgc
ttgcttatacatcaagtataattttatagaaaattatgcttttctaaaat
gggtcattctgtactctgcatagcctgcctctggttgagcagagacaatg
gtttattaatgtccacattctgtgggttcctctatgacacaactcctgta
atgctacatgtacctgtaattataccaaggatgtaaggccaatctatgag
gtcaattattgctatcccattaaagccacctctatgtttgctcacagatg
aatggattttttttttaaaaggccgatcttccaaaataggaggggcttat
cagctgataagaccataagcttgtgctgtttcttctttttgtactttatc
tagtagagctccatgcttgttatgcttgtagcttactgagccaagtgagt
ttcttgggtccattgacctttgatggttatgagagttcgctcctagaagt
gtcagcatgtattctggggtgcccggttcctagagctgggttagatgaga
aacagatgtgaagtccagaaagcaaggtgtatggaagcatggcaagcaaa
tatagttcaggttcatccttgaagcaacctcttcatgaacttaggagctc
tggggcttgggaggatcctcactgccctaatgacctctttctgccatttc
ttatcttaacctgtaacaacacatttaaagaaccagatgagctcaatggc
aacccactgaatataaatagatatataccaaaagaatatactggggatga
tttacttcaatagaggatgttctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70993879_70995034
seq2: B6Ng01-105E17.b_41_1192 (reverse)

seq1  ACTGCCC-TA-CCCACC-TACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGAGTTCCCCTT  47
      ||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||   |||||  ||||
seq2  ACTGCCCGTACCCCACCATACTCCCCC-TTTTGGCCTGAGAGTT--CCTT  47

seq1  TTCTAGCACTTCTAATTCCATCAATGACTTCTCTAGATTCGCCAGTGTTA  97
      |||||| || |  ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  TTCTAG-ACATTCAATTCCATCAATGAC-TCT-TAGATTCGCCAGTGTTA  94

seq1  GAGTG-TTTCTGAC-TTCTATTGCTCAACTG-AAAACTTTTGATTTTTAC  144
      ||||| |||| ||| ||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||
seq2  GAGTGTTTTCAGACTTTCTA-TGCTC-ACTGAAAAACTTTTGA-TTTTAC  141

seq1  AGATGACTAACTGGCTATTATCAGTGGATTTGCATGGCTGGTAATAATTT  194
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGATGACTAACTGACTATTATCAGTGGATTTGCATGGCTGGT-ATAATTT  190

seq1  TTACTTCAGCAAGGTAGATTAAGACTACCGGGCTAGGATTACAGTTCATT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCAGCAAGGTAGATTAAGACTACCGGGCTAGGATTACAGTTCATT  240

seq1  TATCTTGTTGAATGGCTAACACCCTTCTTGTTAGTTTATTGTGGTTTCTT  294
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATCTTGTTGAATGGCTAACACCCTTCTTGTTAGTTTATTGT-GTTTCTT  289

seq1  TGTGAGGAGTCAG-AACCTACCACTTGATTTGAGCATTTTATTATAGAGC  343
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGAGTCAGAAACCTACCACTTGATTTGAGCATTTTATTATAGAGC  339

seq1  ATTTGTGTCTTATATGTAGTATCACAGCTGGTTAAATGCTTGCTTTTTGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTCTTATATGTAGTATCACAGCTGGTTAAATGCTTGCTTTTTGG  389

seq1  CTGCAATGTGTAAATGGAAAAGTTAATGTATTCCTTCAGCTTCTGCTCTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATGTGTAAATGGAAAAGTTAATGTATTCCTTCAGCTTCTGCTCTC  439

seq1  TCTTTACAAAGGGATGGATTCTGTATAGTGAGAAGTCAATATTTGCATGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACAAAGGGATGGATTCTGTATAGTGAGAAGTCAATATTTGCATGG  489

seq1  TAACAGCACAAGCTCTTATTGTTCTTATTCGGAACATAAGCAAAATGACA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCACAAGCTCTTATTGTTCTTATTCGGAACATAAGCAAAATGACA  539

seq1  AAATGTATGTAAATACTGGGCATAATGACACTGCTATATTAGAGTTATAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATGTAAATACTGGGCATAATGACACTGCTATATTAGAGTTATAT  589

seq1  GGGAAGGTGTATATGGCTCAATGTTTCTGGTGGCCCCAGCTTTCCTGTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTGTATATGGCTCAATGTTTCTGGTGGCCCCAGCTTTCCTGTTT  639

seq1  TGTTTGTTTGTTTTTTTGTTTTTGAGTTTCATATTTTCTTTTGGCTTTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTTTTTTGTTTTTGAGTTTCATATTTTCTTTTGGCTTTTT  689

seq1  ATGTGACCAACATTTGCCATAGGCTCTACTGGAAACAATAAGCAGTACAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACCAACATTTGCCATAGGCTCTACTGGAAACAATAAGCAGTACAC  739

seq1  TATAGGGGAAAGGAATCAAGAGTTTGTATGAGACGACAATCCATCTGGTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGGAAAGGAATCAAGAGTTTGTATGAGACGACAATCCATCTGGTT  789

seq1  TTATGAGCTATCTCTTCAGCTTCTCTGATCTAGTTTAGTTAATATCACTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGCTATCTCTTCAGCTTCTCTGATCTAGTTTAGTTAATATCACTC  839

seq1  ATGACAGAGGTGTAGGCTTAGATTTTCAAAACCTACTTATCCTAGCCTAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGAGGTGTAGGCTTAGATTTTCAAAACCTACTTATCCTAGCCTAC  889

seq1  CATCCTAAGGTAGGGGAGGAAAGATGGTAATTAAGACAAGGGGATGTGGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAAGGTAGGGGAGGAAAGATGGTAATTAAGACAAGGGGATGTGGA  939

seq1  CCTGTTTAGAAGTAGTTGTTTGGGGTGAACCCAGTCTCCATTTGTCAGAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTAGAAGTAGTTGTTTGGGGTGAACCCAGTCTCCATTTGTCAGAA  989

seq1  TACCAGCAGTCCAAATTAGTAGTGTCAGGATGCCAACAGTCTAGTTCAAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCAGTCCAAATTAGTAGTGTCAGGATGCCAACAGTCTAGTTCAAA  1039

seq1  AGGGTCAACAAACATGAATCAGCCACAGGAGCATGATCCAGCAGAAACAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAACAAACATGAATCAGCCACAGGAGCATGATCCAGCAGAAACAG  1089

seq1  CCCAGCCTCTGCCAGTTCTGAGTCAGCAGGAACTATCAGAAACAGCTGGA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTCTGCCAGTTCTGAGTCAGCAGGAACTATCAGAAACAGCTGGA  1139

seq1  ATGCCAAGAATTC  1156
      |||||||||||||
seq2  ATGCCAAGAATTC  1152

seq1: chr18_70852586_70853561
seq2: B6Ng01-105E17.g_70_1043

seq1  GAATTCTTTCCCAGAAATGGCATCATGAGCTCCTGGGCACCCAGTTCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCAGAAATGGCATCATGAGCTCCTGGGCACCCAGTTCTTA  50

seq1  GAGCTGAAGTAGATGAGAAATAGATATTTGTAAACAATAAACAGTTTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAAGTAGATGAGAAATAGATATTTGTAAACAATAAACAGTTTGGG  100

seq1  AGGCTACGGTCCAGCTTTCTGTGAGCTATTCACTTAGTTAAAATGTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACGGTCCAGCTTTCTGTGAGCTATTCACTTAGTTAAAATGTGCTT  150

seq1  AGTCTATTTCCATTATCACCAATTTTAAATGACAGGAATTAAAACAGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATTTCCATTATCACCAATTTTAAATGACAGGAATTAAAACAGTGC  200

seq1  TTGCTTATACATCAAGTATAATTTTATAGAAAATTATGCTTTTCTAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTATACATCAAGTATAATTTTATAGAAAATTATGCTTTTCTAAAAT  250

seq1  GGGTCATTCTGTACTCTGCATAGCCTGCCTCTGGTTGAGCAGAGACAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATTCTGTACTCTGCATAGCCTGCCTCTGGTTGAGCAGAGACAATG  300

seq1  GTTTATTAATGTCCACATTCTGTGGGTTCCTCTATGACACAACTCCTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTAATGTCCACATTCTGTGGGTTCCTCTATGACACAACTCCTGTA  350

seq1  ATGCTACATGTACCTGTAATTATACCAAGGATGTAAGGCCAATCTATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTACATGTACCTGTAATTATACCAAGGATGTAAGGCCAATCTATGAG  400

seq1  GTCAATTATTGCTATCCCATTAAAGCCACCTCTATGTTTGCTCACAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTATTGCTATCCCATTAAAGCCACCTCTATGTTTGCTCACAGATG  450

seq1  AATGGATTTTTTTTTTAAAAGGCCGATCTTCCAAAATAGGAGGGGCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATTTTTTTTTTAAAAGGCCGATCTTCCAAAATAGGAGGGGCTTAT  500

seq1  CAGCTGATAAGACCATAAGCTTGTGCTGTTTCTTCTTTTTGTACTTTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGATAAGACCATAAGCTTGTGCTGTTTCTTCTTTTTGTACTTTATC  550

seq1  TAGTAGAGCTCCATGCTTGTTATGCTTGTAGCTTACTGAGCCAAGTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGAGCTCCATGCTTGTTATGCTTGTAGCTTACTGAGCCAAGTGAGT  600

seq1  TTCTTGGGTCCATTGACCTTTGATGGTTATGAGAGTTCGCTCCTAGAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGGTCCATTGACCTTTGATGGTTATGAGAGTTCGCTCCTAGAAGT  650

seq1  GTCAGCATGTATTCTGGGGTGCCCGGTTCCTAGAGCTGGGTTAGATGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCATGTATTCTGGGGTGCCCGGTTCCTAGAGCTGGGTTAGATGAGA  700

seq1  AACAGATGTGAAGTCCAG-AAGCAAGGTGTATGGAAGCATGGCAAGCAAA  749
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATGTGAAGTCCAGAAAGCAAGGTGTATGGAAGCATGGCAAGCAAA  750

seq1  TATAGTTCAGGTTCATCCTTGAAGCAACCTCTTCATGAACTTAGGAGCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTCAGGTTCATCCTTGAAGCAACCTCTTCATGAACTTAGGAGCTC  800

seq1  TGGGGCTTGGGAGGATCCTCACTGCCCTAATGACCTC-TTCTGCCATTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGGCTTGGGAGGATCCTCACTGCCCTAATGACCTCTTTCTGCCATTTC  850

seq1  TTAGCTTAACCTGTAACAACACATTTAAAGAACCAGATGAGCTCAATTGC  898
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTATCTTAACCTGTAACAACACATTTAAAGAACCAGATGAGCTCAATGGC  900

seq1  AACCCACTGAATAATAAATAGAATATATACCAAAGAGAATATACTGGGGA  948
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AACCCACTGAAT-ATAAATAG-ATATATACCAAA-AGAATATACTGGGGA  947

seq1  TGATTTACTTCCATAGAGGATGTCTCTT  976
      ||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TGATTTACTTCAATAGAGGATGT-TCTT  974