BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109B23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 58,576,752 - 58,723,373
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc27a6
Upstream gene1700011I03Rik, 4930511M06Rik, 2210409D07Rik, Slc12a2, 9330166H04Rik, Fbn2
Downstream geneIsoc1, Adamts19, A730017C20Rik, 4833446K15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109B23.bB6Ng01-109B23.g
ACCDH916117DH916118
length1,1261,010
definitionDH916117|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109B23, 5' end.DH916118|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109B23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,722,247 - 58,723,373)(58,576,752 - 58,577,767)
sequence
gaattctctaatacaattctttcagccatggttaaaagtgacaatgggca
ttgaaatcaaagtctgaagcatcagtgtgaggtgaaagagggactggagg
gtggttcgatgttaaaatcttccagaggaacagaattcagttctcagtac
ccatttggcatgtccagctccaagagatctgacaccctctttctggcctc
tgagggtacccacatactcctggggcttaccaacccccaaccttaagtac
aaagaaaatcaatcttgtaagaaaggatacagaatcactagggaattatc
attgtcaattttaacaacatgaaagaggcctgactttgaaagggaattca
gaatactgatatgattttaaataatactgtctatgtttattttattttgt
ggctgttttgcctgcatgtaagtctttgcaccatgtatacccttggtgac
tgtggaggtcaaaagagtgtcctcttggaactagggttagagacaaggct
gtgtgctggaaatatatatgtttcctagaataacattgtttaaacacatt
aatgtacaaaccattgatgcctgccgtactgcagacaccttaacaaagag
gtcaatgtctaccccttctgctgctcactgaaccagccaggcactcatgc
tctgcatagatttctggtcgaaggagctgggatctgtgcttgggagacta
cgctggatgcagatcctgagagtgaagtatgtgagatcatcgcttagcta
ggtctcctgtgatgtttaataaaatccaatgcagaagaaggctcaatgca
tgtggtttgtttgggtaattggttttgtttgtttgcttgtttgtttctga
ggcagggtcttttcaagaagcatgcacaatttttctcccacattcaaggc
ccagcattatgggaagaccccagtgtgaacatgggtaagtgacattcctg
tgtgcagccctcaggacccttaggtacaactgacttctccttcttaagtc
attattgctcctctcagtcatgtttctgagacggtaaggtcaatagcaaa
gttttcacatgtccctccaacttgccatttgaatttgctttgctggtgca
aaaatgttttggtttatctgtttaac
gaattcaacaatgtacccatcactcccctacacaaccaatatatgtgctt
gattaccattgttcagagtgtgattggctgctagcgaaaaaagacatcat
ttttagaatgtaatcaccatgccccagggaggagcatgagccgaggacta
cagcatgtaggctgggtctactactgttgtgctttttacatggggtatat
caggaatgctaaaggcaaggtggcgaattagaaaagggatagtgcttgtt
tctagtttggattgatgggtttctaagggaactagctgagaagtttacac
gaatgctaaataataaggcttttttcccttttttgtaaatagaacatcag
tgtaatggtatgcagtttgttgaagcagctgcatcaggaactatgctgaa
attacattaaagcaagatgtggtgtctctgctttgctagagtcataaatc
tgaagtgagaatcttagtggtagaaacagattcacacgttgtattagagc
tgcttacaggggttggttcttctcaagaatgtgatctgcctgagtaaaat
aaggtccagtgacaggcccaaagtgggattcagctcaaggggaggtccca
aggctagacactattactgagtgatggtccagagacctgggaggtgagag
actctaaagactcaaatggagggaccttagatgaaatgccagacagtagg
gagagggaacttatagagcccacctccagcaggaagacaggacatcaagt
gagggatggggttgccatcccacagttacaactctgactcataattgttc
ctgtctgaaagaattacagggatggaaatggagaagagaaacccgaggaa
aagaaggtccagggacaggcagaaagtgggatccagctcaggggagtccc
aatgcttgataccattactgagctatgagtgctcacaaaaagggacctag
cttgactgcctctgaaagacctacagccagctgaaagagtcataggcgat
acgtgcaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_58722247_58723373
seq2: B6Ng01-109B23.b_47_1172 (reverse)

seq1  GTTAAACAGGATAACATAAACAATTTTTGCAACATGCAAAGCAAATTCAT  50
      |||||||| |||||   |||  ||||||||| || |||||||||||||| 
seq2  GTTAAACA-GATAAACCAAAACATTTTTGCACCA-GCAAAGCAAATTCAA  48

seq1  ATGGCAAGTTGGAGGGACATGTGAAAATTTTGCTATTGACTTTACAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||
seq2  ATGGCAAGTTGGAGGGACATGTGAAAACTTTGCTATTGACCTTACCGTCT  98

seq1  CAGAAACATGACTGAGAGGAGCAATAATGACTTAAGAAGGAGAAGTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGAAACATGACTGAGAGGAGCAATAATGACTTAAGAAGGAGAAGTCAG-  147

seq1  TTGTA-CTAAGGGTCCTGAAGGCTTGCACACAGGAATGTCACTTACCCAT  199
      ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCTAAGGGTCCTGAGGGC-TGCACACAGGAATGTCACTTACCCAT  196

seq1  GTTCACACTTGGGGTCTTCCC-TAATGCTGGGCCTTGAATGTGGGAG-AA  247
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTTCACAC-TGGGGTCTTCCCATAATGCTGGGCCTTGAATGTGGGAGAAA  245

seq1  AATTGTGCATGCTTCTTG-AAAGACCCTGCCTCAGAAACAAACAAGCAAA  296
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGCATGCTTCTTGAAAAGACCCTGCCTCAGAAACAAACAAGCAAA  295

seq1  CAAACAAAACCAATTACCCAAACAAACCACATGCATTGAGCCTTCTTCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAACCAATTACCCAAACAAACCACATGCATTGAGCCTTCTTCTG  345

seq1  CATTGGATTTTATTAAACATCACAGGAGACCTAGCTAAGCGATGATCTCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGATTTTATTAAACATCACAGGAGACCTAGCTAAGCGATGATCTCA  395

seq1  CATACTTCACTCTCAGGATCTGCATCCAGCGTAGTCTCCCAAGCACAGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTCACTCTCAGGATCTGCATCCAGCGTAGTCTCCCAAGCACAGAT  445

seq1  CCCAGCTCCTTCGACCAGAAATCTATGCAGAGCATGAGTGCCTGGCTGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTCCTTCGACCAGAAATCTATGCAGAGCATGAGTGCCTGGCTGGT  495

seq1  TCAGTGAGCAGCAGAAGGGGTAGACATTGACCTCTTTGTTAAGGTGTCTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAGCAGCAGAAGGGGTAGACATTGACCTCTTTGTTAAGGTGTCTG  545

seq1  CAGTACGGCAGGCATCAATGGTTTGTACATTAATGTGTTTAAACAATGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACGGCAGGCATCAATGGTTTGTACATTAATGTGTTTAAACAATGTT  595

seq1  ATTCTAGGAAACATATATATTTCCAGCACACAGCCTTGTCTCTAACCCTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGGAAACATATATATTTCCAGCACACAGCCTTGTCTCTAACCCTA  645

seq1  GTTCCAAGAGGACACTCTTTTGACCTCCACAGTCACCAAGGGTATACATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAAGAGGACACTCTTTTGACCTCCACAGTCACCAAGGGTATACATG  695

seq1  GTGCAAAGACTTACATGCAGGCAAAACAGCCACAAAATAAAATAAACATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAAGACTTACATGCAGGCAAAACAGCCACAAAATAAAATAAACATA  745

seq1  GACAGTATTATTTAAAATCATATCAGTATTCTGAATTCCCTTTCAAAGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTATTATTTAAAATCATATCAGTATTCTGAATTCCCTTTCAAAGTC  795

seq1  AGGCCTCTTTCATGTTGTTAAAATTGACAATGATAATTCCCTAGTGATTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCTTTCATGTTGTTAAAATTGACAATGATAATTCCCTAGTGATTC  845

seq1  TGTATCCTTTCTTACAAGATTGATTTTCTTTGTACTTAAGGTTGGGGGTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCCTTTCTTACAAGATTGATTTTCTTTGTACTTAAGGTTGGGGGTT  895

seq1  GGTAAGCCCCAGGAGTATGTGGGTACCCTCAGAGGCCAGAAAGAGGGTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCCCCAGGAGTATGTGGGTACCCTCAGAGGCCAGAAAGAGGGTGT  945

seq1  CAGATCTCTTGGAGCTGGACATGCCAAATGGGTACTGAGAACTGAATTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCTTGGAGCTGGACATGCCAAATGGGTACTGAGAACTGAATTCT  995

seq1  GTTCCTCTGGAAGATTTTAACATCGAACCACCCTCCAGTCCCTCTTTCAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTGGAAGATTTTAACATCGAACCACCCTCCAGTCCCTCTTTCAC  1045

seq1  CTCACACTGATGCTTCAGACTTTGATTTCAATGCCCATTGTCACTTTTAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACTGATGCTTCAGACTTTGATTTCAATGCCCATTGTCACTTTTAA  1095

seq1  CCATGGCTGAAAGAATTGTATTAGAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTGAAAGAATTGTATTAGAGAATTC  1126

seq1: chr18_58576752_58577767
seq2: B6Ng01-109B23.g_65_1074

seq1  GAATTCAACAATGTACCCATCACTCCCCTACACAACCAATATATGTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAATGTACCCATCACTCCCCTACACAACCAATATATGTGCTT  50

seq1  GATTACCATTGTTCAGAGTGTGATTGGCTGCTAGCGAAAAAAGACATCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACCATTGTTCAGAGTGTGATTGGCTGCTAGCGAAAAAAGACATCAT  100

seq1  TTTTAGAATGTAATCACCATGCCCCAGGGAGGAGCATGAGCCGAGGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAATGTAATCACCATGCCCCAGGGAGGAGCATGAGCCGAGGACTA  150

seq1  CAGCATGTAGGCTGGGTCTACTACTGTTGTGCTTTTTACATGGGGTATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGTAGGCTGGGTCTACTACTGTTGTGCTTTTTACATGGGGTATAT  200

seq1  CAGGAATGCTAAAGGCAAGGTGGCGAATTAGAAAAGGGATAGTGCTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATGCTAAAGGCAAGGTGGCGAATTAGAAAAGGGATAGTGCTTGTT  250

seq1  TCTAGTTTGGATTGATGGGTTTCTAAGGGAACTAGCTGAGAAGTTTACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTTGGATTGATGGGTTTCTAAGGGAACTAGCTGAGAAGTTTACAC  300

seq1  GAATGCTAAATAATAAGGCTTTTTTCCCTTTTTTGTAAATAGAACATCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTAAATAATAAGGCTTTTTTCCCTTTTTTGTAAATAGAACATCAG  350

seq1  TGTAATGGTATGCAGTTTGTTGAAGCAGCTGCATCAGGAACTATGCTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGGTATGCAGTTTGTTGAAGCAGCTGCATCAGGAACTATGCTGAA  400

seq1  ATTACATTAAAGCAAGATGTGGTGTCTCTGCTTTGCTAGAGTCATAAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTAAAGCAAGATGTGGTGTCTCTGCTTTGCTAGAGTCATAAATC  450

seq1  TGAAGTGAGAATCTTAGTGGTAGAAACAGATTCACACGTTGTATTAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGAGAATCTTAGTGGTAGAAACAGATTCACACGTTGTATTAGAGC  500

seq1  TGCTTACAGGGGTTGGTTCTTCTCAAGAATGTGATCTGCCTGAGTAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACAGGGGTTGGTTCTTCTCAAGAATGTGATCTGCCTGAGTAAAAT  550

seq1  AAGGTCCAGTGACAGGCCCAAAGTGGGATTCAGCTCAAGGGGAGGTCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCAGTGACAGGCCCAAAGTGGGATTCAGCTCAAGGGGAGGTCCCA  600

seq1  AGGCTAGACACTATTACTGAGTGATGGTCCAGAGACCTGGGAGGTGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGACACTATTACTGAGTGATGGTCCAGAGACCTGGGAGGTGAGAG  650

seq1  ACTCTAAAGACTCAAATGGAGGGACCTTAGATGAAATGCCAGACAGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAAAGACTCAAATGGAGGGACCTTAGATGAAATGCCAGACAGTAGG  700

seq1  GAGAGGGAACTTATAGAGCCCACCTCCAGCAGGAAGACAGGACATCAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGAACTTATAGAGCCCACCTCCAGCAGGAAGACAGGACATCAAGT  750

seq1  GAGGGATGGGGTTGCCATCCCACAGTTACAACTCTGACTCATAATTGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATGGGGTTGCCATCCCACAGTTACAACTCTGACTCATAATTGTTC  800

seq1  CTGTCTGAAAGAATTACAGGGATGGAAATGGAG-AGAGAAACCCGAGGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGAAAGAATTACAGGGATGGAAATGGAGAAGAGAAACCCGAGGAA  850

seq1  AAGAAGGTCCAGGGACAGGCAGAAAGTGGGATCCAGCTCAAGGGGAGGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  AAGAAGGTCCAGGGACAGGCAGAAAGTGGGATCCAGCTC-AGGGGA-GTC  898

seq1  CCAAGGCTTGATACCATTACTGAGGCTATGGAGTGCTCACAAAAAGGGAC  949
      |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCTTGATACCATTACTGA-GCTAT-GAGTGCTCACAAAAAGGGAC  946

seq1  CTAGCTTGACTGCCCTCTGAAAGACCCAACAAGCAGCTGAAAGAGTCATA  999
      |||||||||||| ||||||||||| || |||  |||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTGACTG-CCTCTGAAAGA-CCTACAGCCAGCTGAAAGAGTCATA  994

seq1  TGCAGATACGTGCACCC  1016
       || |||||||||||||
seq2  GGC-GATACGTGCACCC  1010