BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109P23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 78,471,152 - 78,627,742
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc14a2, EG620155
Upstream geneSt8sia5, Loxhd1, Rnf165, 8030462N17Rik, 4930465K10Rik, Ccdc5, Atp5a1, Pstpip2, 5430411K18Rik, Cd33l3, Slc14a1
Downstream geneSetbp1, LOC100039242
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109P23.bB6Ng01-109P23.g
ACCDH916749DH916750
length1,1501,060
definitionDH916749|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109P23, 5' end.DH916750|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109P23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,626,556 - 78,627,742)(78,471,152 - 78,472,203)
sequence
gaattctctcttgaagtcttgctccacactccacagcaatgggaagactt
cactaacagataaaccaaatcccgctaacaagtacccccaaaatctctct
ccactctacagtttccaatgtaccaactcctagaaacacagcaaggcctg
ggaggggtaggagcactggatgggatttgacactgccatgacatcaactg
tctgagatattaaacaggtgactttacctgcctgtacaacagagatcatg
ataatacaaagctctcaggtagtaattcatttcaaacttttggtatataa
ccaagtacatgataaaccataagtatcgacttattctgcagcggaatagt
gtcattcaatcagaattagtctgcatgagcatcctatgaatgtcaactgg
cctttcaggcctgagctcaaactatttcttaatgctagcatctggaatac
tgttttccctacactgagtctagcccacttgctatcttgcattgggcctt
cactgataccctatacatggagggccatcagtttgtcccatcagttgtgt
cttggtcatggccatcactagtgaagtagctacggactcatactctcttg
gtaattatgcagaaagaaaacaggtctggagggattcatataggcactta
ggtgtttaattgtgagagtaacacacatgaccctggccccgcttgttaga
actactcacctgccctgcaacataaagaagaagaaaatgtccccggggaa
cccaccctttcacactttccaaagggaggaggtagcagacattggtgggg
acaattgagaaccaccgcaccctagaaagcaaaatcagtctctaattcta
ctgcacaccaaccccaaggctgtccaaaagaatgcctcgtacactggaag
cacaccatgttacttactgtcacacctctgtgacaaatgcctgacataaa
taacttgaaagaggacagtttactttgcctcatattttggagtcacccca
gtccgtgtgtttgactattttctagctacacagtggtcaaaaacactatg
tggtgagatgatgaagaggagctgtacctcagttagcagaaccgactgac
tgaaagaactggacagtggacttcaaggcatccaagtgaacacttttcca

gaattcaatacagtcagtgtgctcctcctgtgttgctaagtgtttccacg
agcactagacaatggggacagaatcctcaacctcattgcctatataatgt
atagccagagaaattctcaacaaatgactgtaagatggtcatggggattg
aacacacaaccataccaggaagtgctaggcatgctgggagatgctaggca
tgcagggatagatatgttaccaccctggcactcaacaagctcatggcaga
agaaaagaatgagtgaaatacaagaattttaatgatttcaaggcaacagt
taattaaatatggaattttaatcaatattagattttaaaaaaccatgggc
atttaaacctctggctttataaagaggagtcaccagagtttggaagctgg
aagaacttggtgttctcagggaacagacatagtggctctgtgtaactttt
tttttcttaaagatttatttatttatttatttattatgtgagtacactgt
agctgtacaaatggttgtaagccttcatgtggttgttgggaattgaaagt
ttggtcatccccacttgctcagtccctgcctgctctggcccaaagattta
tttattattataaataagtacactgtagctgacttcagacacaccagaag
agggcgtcagatcccatgacaggtggttgtgagccaccatgtggttgctg
gaatttgaactcaggacctttggaagagcaatcagtgttcttacccgctg
agccatctcaccaggctttatttattttttttttcaaatcttacttttaa
tgatgggttcttaaacacttcaacttcccttttaatctaccacccaccag
aggtagtggggaaagaaaagaatacagagaaatggacctgtttagaaatg
gttcctctacagttcagtttacaggagtcaggggtgacagttccacccac
ttgcaaacacttcatggatataccagcagttcagttggtaggaggttggg
aatagccaaacacagatcagcaacggtgcactacctagcagagaaacagg
caggcctcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_78626556_78627742
seq2: B6Ng01-109P23.b_48_1197 (reverse)

seq1  TGGAGAAAGTAGTTCACTTGGGGGATGCCTTTGAAGGTTCCACTGGTCCC  50
      |||| ||||| ||||||||   ||||||| ||||||  |||||||    |
seq2  TGGA-AAAGT-GTTCACTT---GGATGCC-TTGAAG--TCCACTG---TC  39

seq1  CAGTTTCTTTCTCAGCTCAGGTCTGTTTCTTGCTTACTTTGAGGTTAACA  100
      ||| |||||  |||| ||| ||| |||   |||| ||  ||||||  |||
seq2  CAG-TTCTT--TCAG-TCA-GTCGGTT--CTGCTAAC--TGAGGT--ACA  78

seq1  GCCTCCTCTTTCATACATTCTCACCAACATAGTGTTTTTTGACCACTGTG  150
      | |||||| ||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  G-CTCCTC-TTCAT-CA-TCTCACC-ACATAGTG-TTTTTGACCACTGTG  122

seq1  TGGCTAGAAAAATTAAGTCAAACAACCACGGACTGGGGTGACTCCAAAAA  200
      | |||||||||    |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGCTAGAAAA---TAGTCAAACA--CACGGACTGGGGTGACTCC-AAAA  166

seq1  TATGAGGCAAAGTAAACCTGTCCTTCTTTCAAGTTATTTATGTCAGGCAT  250
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATGAGGCAAAGTAAA-CTGTCC-TCTTTCAAGTTATTTATGTCAGGCA-  213

seq1  TTTGTCACAGAGGTGTGACAGTAAGTAACATGGTGTGCTTCCAGTGTACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACAGAGGTGTGACAGTAAGTAACATGGTGTGCTTCCAGTGTACG  263

seq1  AGGCATTCTTTTGGACAGCCTTGGGGTTGGTGTGCAGTAGAATTAGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTCTTTTGGACAGCCTTGGGGTTGGTGTGCAGTAGAATTAGAGAC  313

seq1  TGATTTTGCTTTCTAGGGTGCGGTGGTTCTCAATTGTCCCCACCAATGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGCTTTCTAGGGTGCGGTGGTTCTCAATTGTCCCCACCAATGTC  363

seq1  TGCTACCTCCTCCCTTTGGAAAGTGTGAAAGGGTGGGTTCCCCGGGGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTCCTCCCTTTGGAAAGTGTGAAAGGGTGGGTTCCCCGGGGACA  413

seq1  TTTTCTTCTTCTTTATGTTGCAGGGCAGGTGAGTAGTTCTAACAAGCGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCTTCTTTATGTTGCAGGGCAGGTGAGTAGTTCTAACAAGCGGG  463

seq1  GCCAGGGTCATGTGTGTTACTCTCACAATTAAACACCTAAGTGCCTATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGTCATGTGTGTTACTCTCACAATTAAACACCTAAGTGCCTATAT  513

seq1  GAATCCCTCCAGACCTGTTTTCTTTCTGCATAATTACCAAGAGAGTATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCTCCAGACCTGTTTTCTTTCTGCATAATTACCAAGAGAGTATGA  563

seq1  GTCCGTAGCTACTTCACTAGTGATGGCCATGACCAAGACACAACTGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGTAGCTACTTCACTAGTGATGGCCATGACCAAGACACAACTGATGG  613

seq1  GACAAACTGATGGCCCTCCATGTATAGGGTATCAGTGAAGGCCCAATGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACTGATGGCCCTCCATGTATAGGGTATCAGTGAAGGCCCAATGCA  663

seq1  AGATAGCAAGTGGGCTAGACTCAGTGTAGGGAAAACAGTATTCCAGATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCAAGTGGGCTAGACTCAGTGTAGGGAAAACAGTATTCCAGATGC  713

seq1  TAGCATTAAGAAATAGTTTGAGCTCAGGCCTGAAAGGCCAGTTGACATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTAAGAAATAGTTTGAGCTCAGGCCTGAAAGGCCAGTTGACATTC  763

seq1  ATAGGATGCTCATGCAGACTAATTCTGATTGAATGACACTATTCCGCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATGCTCATGCAGACTAATTCTGATTGAATGACACTATTCCGCTGC  813

seq1  AGAATAAGTCGATACTTATGGTTTATCATGTACTTGGTTATATACCAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAGTCGATACTTATGGTTTATCATGTACTTGGTTATATACCAAAA  863

seq1  GTTTGAAATGAATTACTACCTGAGAGCTTTGTATTATCATGATCTCTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAATGAATTACTACCTGAGAGCTTTGTATTATCATGATCTCTGTT  913

seq1  GTACAGGCAGGTAAAGTCACCTGTTTAATATCTCAGACAGTTGATGTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGCAGGTAAAGTCACCTGTTTAATATCTCAGACAGTTGATGTCAT  963

seq1  GGCAGTGTCAAATCCCATCCAGTGCTCCTACCCCTCCCAGGCCTTGCTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGTCAAATCCCATCCAGTGCTCCTACCCCTCCCAGGCCTTGCTGT  1013

seq1  GTTTCTAGGAGTTGGTACATTGGAAACTGTAGAGTGGAGAGAGATTTTGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTAGGAGTTGGTACATTGGAAACTGTAGAGTGGAGAGAGATTTTGG  1063

seq1  GGGTACTTGTTAGCGGGATTTGGTTTATCTGTTAGTGAAGTCTTCCCATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTTGTTAGCGGGATTTGGTTTATCTGTTAGTGAAGTCTTCCCATT  1113

seq1  GCTGTGGAGTGTGGAGCAAGACTTCAAGAGAGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGAGTGTGGAGCAAGACTTCAAGAGAGAATTC  1150

seq1: chr18_78471152_78472203
seq2: B6Ng01-109P23.g_66_1125

seq1  GAATTCAATACAGTCAGTGTGCTCCTCCTGTGTTGCTAAGTGTTTCCACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACAGTCAGTGTGCTCCTCCTGTGTTGCTAAGTGTTTCCACG  50

seq1  AGCACTAGACAATGGGGACAGAATCCTCAACCTCATTGCCTATATAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTAGACAATGGGGACAGAATCCTCAACCTCATTGCCTATATAATGT  100

seq1  ATAGCCAGAGAAATTCTCAACAAATGACTGTAAGATGGTCATGGGGATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCAGAGAAATTCTCAACAAATGACTGTAAGATGGTCATGGGGATTG  150

seq1  AACACACAACCATACCAGGAAGTGCTAGGCATGCTGGGAGATGCTAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACAACCATACCAGGAAGTGCTAGGCATGCTGGGAGATGCTAGGCA  200

seq1  TGCAGGGATAGATATGTTACCACCCTGGCACTCAACAAGCTCATGGCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGATAGATATGTTACCACCCTGGCACTCAACAAGCTCATGGCAGA  250

seq1  AGAAAAGAATGAGTGAAATACAAGAATTTTAATGATTTCAAGGCAACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAATGAGTGAAATACAAGAATTTTAATGATTTCAAGGCAACAGT  300

seq1  TAATTAAATATGGAATTTTAATCAATATTAGATTTTAAAAAACCATGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAATATGGAATTTTAATCAATATTAGATTTTAAAAAACCATGGGC  350

seq1  ATTTAAACCTCTGGCTTTATAAAGAGGAGTCACCAGAGTTTGGAAGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAACCTCTGGCTTTATAAAGAGGAGTCACCAGAGTTTGGAAGCTGG  400

seq1  AAGAACTTGGTGTTCTCAGGGAACAGACATAGTGGCTCTGTGTAACTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTGGTGTTCTCAGGGAACAGACATAGTGGCTCTGTGTAACTTTT  450

seq1  TTTTTCTTAAAGATTTATTTATTTATTTATTTATTATGTGAGTACACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTAAAGATTTATTTATTTATTTATTTATTATGTGAGTACACTGT  500

seq1  AGCTGTACAAATGGTTGTAAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTGAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTACAAATGGTTGTAAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTGAAAGT  550

seq1  TTGGTCATCCCCACTTGCTCAGTCCCTGCCTGCTCTGGCCCAAAGATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCATCCCCACTTGCTCAGTCCCTGCCTGCTCTGGCCCAAAGATTTA  600

seq1  TTTATTATTATAAATAAGTACACTGTAGCTGACTTCAGACACACCAGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATTATAAATAAGTACACTGTAGCTGACTTCAGACACACCAGAAG  650

seq1  AGGGCGTCAGATCCCATGACAGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCGTCAGATCCCATGACAGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTG  700

seq1  GAATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAATCAGTGTTCTTACCCGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAATCAGTGTTCTTACCCGCTG  750

seq1  AGCCATCTCACCA-GCTTTATTTA-TTTTTTTTTCAAATCTTACTTTTAA  798
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCTCACCAGGCTTTATTTATTTTTTTTTTCAAATCTTACTTTTAA  800

seq1  TGAT-GGTTCTTAAACACTTCAACTTCCCTTTTAATCTACCACCCACCAG  847
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGTTCTTAAACACTTCAACTTCCCTTTTAATCTACCACCCACCAG  850

seq1  AGGTAGT-GGGAAAG-AAAGAATACAGAGAAATGGACCTGTTTAGAAATG  895
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTGGGGAAAGAAAAGAATACAGAGAAATGGACCTGTTTAGAAATG  900

seq1  GTTCCTTCTACAGTTCAGTTTACAGGAGTCAGGGGTGACAGTTCCACCCA  945
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCC-TCTACAGTTCAGTTTACAGGAGTCAGGGGTGACAGTTCCACCCA  949

seq1  CTTGCAAACACTTCATGGATATACCAGCAGTTCAGTTTGGTAG--AGTTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||
seq2  CTTGCAAACACTTCATGGATATACCAGCAGTTCAG-TTGGTAGGAGGTTG  998

seq1  GG-ATAG-CAAACACAGATCAGCAACAGTGGCACTACCTAGCAGAG--AC  1039
      || |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||
seq2  GGAATAGCCAAACACAGATCAGCAACGGT-GCACTACCTAGCAGAGAAAC  1047

seq1  AGCCAGGCCTCAG  1052
      || ||||||||||
seq2  AGGCAGGCCTCAG  1060