BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110B14
Chromosome18 (Build37)
Map Location 45,160,997 - 45,302,877
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC626309
Upstream geneSpink5, EG433178, LOC666969, EG433180, Spink12, LOC100042855, 9530002K18Rik, Spink11, Npy6r, Myot, Dcp2, Mcc, LOC100042883, Ythdc2
Downstream geneLOC225457, LOC100042900, Kcnn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110B14.bB6Ng01-110B14.g
ACCDH916819DH916820
length1,1151,172
definitionDH916819|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110B14, 5' end.DH916820|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110B14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,301,749 - 45,302,877)(45,160,997 - 45,162,175)
sequence
gaattcctcagccaccatctgtgagggcagaaagctgaggtccaaagaac
acataagcaaagcccaaatcatgaaacctacgtgagtggtgaccaaggaa
tataagctcaagggcaactcctcccccccaatagagtctgttcattatcc
atccaacacaatggggctccagcttgatggatatgaatgacagtaggtgc
tgttcactgactgataactagattctggccaagtgtcttccctagatgct
gcaggcgatatatgactatgcatttccaaaaccaactctcctgtcccatt
tactcaaaggcgcttgaattctctgattcaaagcaaagacttatattgaa
gaaacgatccacatagagtgagtccctcctcctcttgaagaagattgtgt
aaaggccaatacctaggcccccttcgcagacattcaatttaattgctctg
tagcaagggccaaggggtttgggtacattgtcaaaggtgcaaattcctgg
ttttgagaattgtctatgacacataatagattctgcactttctcagccca
gaatttagaatgctgtgcctattcctccttgattgtataatcaatcatct
aatttaagctttcagccttaatgtttatttttttatgtgtatggaatgtt
tctccacctgtattcctgtgcaccacaagcctgaagtgccattaggtgcc
agaagaggacattgaacctccttaaattaaagttacagatcgctctgagc
tgccatgcattgaaactctcatcatctccagagaagttctgcttggtaca
atgatgtcgctcatgatcttttaatcttcccataccagcattcttgaggc
ctttcacttagtagtcaaccagtccagaacctctcagaagattttccaat
atagtcttctgcccagcattcagacagagctccagaaatgaaagggggac
gcgggggtgctcagtagagtgctgcgatgtcattgtccagctccttctct
atacttacccagctgcttttctctgtcacttctctataagcatctctacg
tatcatgatttcagagtgatttcagcatcagctatattcaacacattgca
tttatgtcacccaag
gaattcagtgtgaagggaggctctggcaggaggatgccggtaggtaggtt
aatggcacaaagatattggctgtgaaaaagagaattgtttgacagaagcc
aaaggacatgggaggagacttgattgtaattgattatagagaatctccga
agtacaacagggagaacactttccatgaacaacattcttttcaccccaga
caatacaagtggcagcagtaagccatctccaaagtagccggacttttctg
aaatctatgcagtgaggctcttccggaatgttcttttccactcaaatgat
accactacaaccaaggaacaagttccagccccacaccactcctatcctca
ggagaagtctgcaccatctacatttttcaatgcagacaaaaacatggttt
tataattggaatttaagcaaataagttccacttttagatcttttaatcat
ttattacaagcagttcatcagtggtgccatcaaaaaggcttggctggtaa
aaatgcttgtcaacgcccgctgtcccaagtccaatcctaaaactatcagt
ggaagggagggccagcttttgaaaggttctaatctgctcatgagtgctag
gccatgtgtgaaaacacacacatttacacacccacacacttacatattca
cacatgctcataacgtataaaattggaaagattcagcaatggccgacata
gataaagttcaggtgaaaaatcccaccactagtcctgatatcctgtttct
attagtgagcatggtgtctaaagataaggtttgaaatattttcttgtagg
cacaatatagaaatcaaatcccttataataaggacttaactccagtagta
gtaaatgtatagagaacaaataggtgttaatctagaaatcaaaattttaa
acaaatagaggcacattcttttctaaatccttgtggggaggactgtgcct
cggagatggacttccattgtgtagagctcactggttatgactccatgagc
tctgctcagcctcccctggtgctgggaatatcatgaatcccactttttta
ttggagtctttctaatagtgaaatgttgaaaggaaaaagaataaacaaag
cagagacttatataccttaattactaagccctgtgttcttgcaatgagag
atggattgtatccttggtactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_45301749_45302877
seq2: B6Ng01-110B14.b_47_1161 (reverse)

seq1  CTTGGGTGACATTAAATGCAATGTGTTTGAAATTAATTAGCTGGATGCTG  50
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||  ||||| |||||||
seq2  CTTGGGTGACA-TAAATGCAATGTG-TTGAA--TA--TAGCT-GATGCTG  43

seq1  AAATCACTCTGAAATCATGATACGTAGAGATGCTTATAGAGAAGTGACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACTCTGAAATCATGATACGTAGAGATGCTTATAGAGAAGTGACAG  93

seq1  AGAAAAGCAGCTGGGTAAGTATAGAGAAGGAGCTGGGACAATGACATCGG  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  AGAAAAGCAGCTGGGTAAGTATAGAGAAGGAGCT-GGACAATGACATC-G  141

seq1  CAGCACTCTAACTTGAGCACCCCCGCGTCCCCCTTTCATTTTCTGGAGCT  200
      ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGCACTCTA--CTGAGCACCCCCGCGTCCCCCTTTCA-TTTCTGGAGCT  188

seq1  CTGTCTGAATGCTGGGCAGGAAGACTATATTGGAAAATCTTCTGAGAGGT  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGAATGCTGGGCA-GAAGACTATATTGGAAAATCTTCTGAGAGGT  237

seq1  TCTGGACTGGTTGACTACTAAGTGGAAAGGCCTCAAGAATGCTGGTATGG  300
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTGGTTGACTACTAAGT-GAAAGGCCTCAAGAATGCTGGTATGG  286

seq1  GAAGATTAAAAGATCATGAGCGACATCATTGTACCAAGCAGAACTTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTAAAAGATCATGAGCGACATCATTGTACCAAGCAGAACTTCTCT  336

seq1  GGAGATGATGAGAGTTTCAATGCATGGCAGCTCAGAGCGATCTGTAACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGATGAGAGTTTCAATGCATGGCAGCTCAGAGCGATCTGTAACTT  386

seq1  TAATTTAAGGAGGTTCAATGTCCTCTTCTGGCACCTAATGGCACTTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAAGGAGGTTCAATGTCCTCTTCTGGCACCTAATGGCACTTCAGG  436

seq1  CTTGTGGTGCACAGGAATACAGGTGGAGAAACATTCCATACACATAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGTGCACAGGAATACAGGTGGAGAAACATTCCATACACATAAAAA  486

seq1  AATAAACATTAAGGCTGAAAGCTTAAATTAGATGATTGATTATACAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACATTAAGGCTGAAAGCTTAAATTAGATGATTGATTATACAATCA  536

seq1  AGGAGGAATAGGCACAGCATTCTAAATTCTGGGCTGAGAAAGTGCAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAATAGGCACAGCATTCTAAATTCTGGGCTGAGAAAGTGCAGAAT  586

seq1  CTATTATGTGTCATAGACAATTCTCAAAACCAGGAATTTGCACCTTTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATGTGTCATAGACAATTCTCAAAACCAGGAATTTGCACCTTTGAC  636

seq1  AATGTACCCAAACCCCTTGGCCCTTGCTACAGAGCAATTAAATTGAATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTACCCAAACCCCTTGGCCCTTGCTACAGAGCAATTAAATTGAATGT  686

seq1  CTGCGAAGGGGGCCTAGGTATTGGCCTTTACACAATCTTCTTCAAGAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGAAGGGGGCCTAGGTATTGGCCTTTACACAATCTTCTTCAAGAGGA  736

seq1  GGAGGGACTCACTCTATGTGGATCGTTTCTTCAATATAAGTCTTTGCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGACTCACTCTATGTGGATCGTTTCTTCAATATAAGTCTTTGCTTT  786

seq1  GAATCAGAGAATTCAAGCGCCTTTGAGTAAATGGGACAGGAGAGTTGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGAGAATTCAAGCGCCTTTGAGTAAATGGGACAGGAGAGTTGGTT  836

seq1  TTGGAAATGCATAGTCATATATCGCCTGCAGCATCTAGGGAAGACACTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAATGCATAGTCATATATCGCCTGCAGCATCTAGGGAAGACACTTG  886

seq1  GCCAGAATCTAGTTATCAGTCAGTGAACAGCACCTACTGTCATTCATATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATCTAGTTATCAGTCAGTGAACAGCACCTACTGTCATTCATATC  936

seq1  CATCAAGCTGGAGCCCCATTGTGTTGGATGGATAATGAACAGACTCTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGCTGGAGCCCCATTGTGTTGGATGGATAATGAACAGACTCTATT  986

seq1  GGGGGGGAGGAGTTGCCCTTGAGCTTATATTCCTTGGTCACCACTCACGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGAGGAGTTGCCCTTGAGCTTATATTCCTTGGTCACCACTCACGT  1036

seq1  AGGTTTCATGATTTGGGCTTTGCTTATGTGTTCTTTGGACCTCAGCTTTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCATGATTTGGGCTTTGCTTATGTGTTCTTTGGACCTCAGCTTTC  1086

seq1  TGCCCTCACAGATGGTGGCTGAGGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCACAGATGGTGGCTGAGGAATTC  1115

seq1: chr18_45160997_45162175
seq2: B6Ng01-110B14.g_69_1240

seq1  GAATTCAGTGTGAAGGGAGGCTCTGGCAGGAGGATGCCGGTAGGTAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTGAAGGGAGGCTCTGGCAGGAGGATGCCGGTAGGTAGGTT  50

seq1  AATGGCACAAAGATATTGGCTGTGAAAAAGAGAATTGTTTGACAGAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCACAAAGATATTGGCTGTGAAAAAGAGAATTGTTTGACAGAAGCC  100

seq1  AAAGGACATGGGAGGAGACTTGATTGTAATTGATTATAGAGAATCTCCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACATGGGAGGAGACTTGATTGTAATTGATTATAGAGAATCTCCGA  150

seq1  AGTACAACAGGGAGAACACTTTCCATGAACAACATTCTTTTCACCCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAACAGGGAGAACACTTTCCATGAACAACATTCTTTTCACCCCAGA  200

seq1  CAATACAAGTGGCAGCAGTAAGCCATCTCCAAAGTAGCCGGACTTTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAAGTGGCAGCAGTAAGCCATCTCCAAAGTAGCCGGACTTTTCTG  250

seq1  AAATCTATGCAGTGAGGCTCTTCCGGAATGTTCTTTTCCACTCAAATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTATGCAGTGAGGCTCTTCCGGAATGTTCTTTTCCACTCAAATGAT  300

seq1  ACCACTACAACCAAGGAACAAGTTCCAGCCCCACACCACTCCTATCCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTACAACCAAGGAACAAGTTCCAGCCCCACACCACTCCTATCCTCA  350

seq1  GGAGAAGTCTGCACCATCTACATTTTTCAATGCAGACAAAAACATGGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGTCTGCACCATCTACATTTTTCAATGCAGACAAAAACATGGTTT  400

seq1  TATAATTGGAATTTAAGCAAATAAGTTCCACTTTTAGATCTTTTAATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTGGAATTTAAGCAAATAAGTTCCACTTTTAGATCTTTTAATCAT  450

seq1  TTATTACAAGCAGTTCATCAGTGGTGCCATCAAAAAGGCTTGGCTGGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACAAGCAGTTCATCAGTGGTGCCATCAAAAAGGCTTGGCTGGTAA  500

seq1  AAATGCTTGTCAACGCCCGCTGTCCCAAGTCCAATCCTAAAACTATCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTGTCAACGCCCGCTGTCCCAAGTCCAATCCTAAAACTATCAGT  550

seq1  GGAAGGGAGGGCCAGCTTTTGAAAGGTTCTAATCTGCTCATGAGTGCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGAGGGCCAGCTTTTGAAAGGTTCTAATCTGCTCATGAGTGCTAG  600

seq1  GCCATGTGTGAAAACACACACATTTACACACCCACACACTTACATATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTGTGAAAACACACACATTTACACACCCACACACTTACATATTCA  650

seq1  CACATGCTCATAACGTATAAAATTGGAAAGATTCAGCAATGGCCGACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCTCATAACGTATAAAATTGGAAAGATTCAGCAATGGCCGACATA  700

seq1  GATAAAGTTCAGGTGAAAAATCCCACCACTAGTCCTGATATCCTGTTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGTTCAGGTGAAAAATCCCACCACTAGTCCTGATATCCTGTTTCT  750

seq1  ATTAGTGAGCATGGTGTCTAAAGATAAGGTTTGAAATATTTTCTTGTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGAGCATGGTGTCTAAAGATAAGGTTTGAAATATTTTCTTGTAGG  800

seq1  CACAAATATAGAAATC-AATCCCTTAATAATAAGGACTCAACTCCAGTAG  849
      ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  CAC-AATATAGAAATCAAATCCCTT-ATAATAAGGACTTAACTCCAGTAG  848

seq1  TAGTAAATGTATAGAGAACAAATAGGTGTTAATCTAGAAATCAAAATTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAATGTATAGAGAACAAATAGGTGTTAATCTAGAAATCAAAATTTT  898

seq1  AAACAAATAGAGGCACATTC-TTTCTAAATCCTTGTGGGGAGGACTGTGC  948
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATAGAGGCACATTCTTTTCTAAATCCTTGTGGGGAGGACTGTGC  948

seq1  CTCGGAGATGGACTTCCATTGTGTAGAGCTCACTGGTTATGACTCCATGG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCGGAGATGGACTTCCATTGTGTAGAGCTCACTGGTTATGACTCCAT-G  997

seq1  AGCTCCTGGCTCAGCCTCCCCT-GTGCTGGGAATATCATGAATCCCAC-T  1046
      |||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCTC--TGCTCAGCCTCCCCTGGTGCTGGGAATATCATGAATCCCACTT  1045

seq1  TTTTATTGGAGTCTTTCTAAATAGTGAAATGGTTGAAAGGAAAAAG-ATA  1095
      |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TTTTATTGGAGTCTTTCT-AATAGTGAAAT-GTTGAAAGGAAAAAGAATA  1093

seq1  AACAAAACCAGAGACCTTATATCACCTTATATAACTAAGCCCTGTGTCTG  1145
      ||| ||| |||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||   
seq2  AAC-AAAGCAGAGA-CTTATAT-ACCTTA-ATTACTAAGCCCTGTGTTCT  1139

seq1  TGGAATGAGAAGTGGATTGTATCCTTGGCTACTG  1179
      || |||||||  |||||||||||||||| |||||
seq2  TGCAATGAGAGATGGATTGTATCCTTGG-TACTG  1172