BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121I05
Chromosome18 (Build37)
Map Location 45,156,746 - 45,250,842
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC626309
Upstream geneSpink5, EG433178, LOC666969, EG433180, Spink12, LOC100042855, 9530002K18Rik, Spink11, Npy6r, Myot, Dcp2, Mcc, LOC100042883, Ythdc2
Downstream geneLOC225457, LOC100042900, Kcnn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121I05.bB6Ng01-121I05.g
ACCDH925176DH925177
length1,181518
definitionDH925176|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121I05, 5' end.DH925177|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,249,645 - 45,250,842)(45,156,746 - 45,157,269)
sequence
gaattcataatttacagactattgattaatgaaaaattcttgatactcca
ttttccaactttcatttaaacaaaaaccatggaagataggcttcatctca
tctgggacaaactggagctcatacactcccccaaggatgaactgaactct
atacagagtgatatatatgggtctgttttcattttcttacatgtaactat
ctaattagccatttgttgatggtgctatcttctgtctaatgtatgatttt
gtctattttatcaaaaataaggtgtctgtaggtgtgtggagctatgtcca
ggtcttcaacttcatcctattgatcatcatgtctattttatgctaataca
cctcaattttatgattacagctctgtagcacaacctaaaatctggagtga
ttatacctctagcagttctttcattgtgcaggattgttttagctatctta
tatgctttaatttttcatataaatgtggttacatttttaatttctttgaa
caattatgttggaatttcaacaaggattggattgagtctgtagatgccca
tttttataatatcaaactttacaaatctatgaaaggtgaatatcttttca
tattctatgtctcctccaagtttttattacacaagtcttccacttgcttg
attagagtcacaccaagatatatctgaggctattgaaaacattattgttt
ccctggtttctttctcaatatctttgtcatatgtatagaaaggatactgc
atcttgtgtataaatgttgtattctactacctttaatctgttaagaaaaa
tgaaattaattctctgctccttcctgtttcatagacagccacatcttatg
cagtgccagctgaatcccttagacatgatgtgaaggtcagagtgaacaga
ttcaaccatattggacatcttgctatcaaggctgccttctcatctgcatc
tggcaaagtggagattgttgccatcatgactccttcatgacctcaccaca
tggactacatattcctgtatgagtctacccatggcagttcagtagcaaag
tcagaatagaatgggaaagtgtcatcatggaagccatcaccaactcagga
gtgagatcttatgtgagatgtatgttagaatcatgggctgaatgtgggag
ccatgtgcgttccagggtgtgctggctacca
aatatttcttgtggtcattaaagacaagatgatcaatcttctttttcact
ctctgttggaagcagaggagtggccactgaaaccacagagaaattgctga
ggcatttagatgaagaaaggaggttgctaggagtgggtggagctggagga
atagactagagaatcccattagctgaactctaaggcaaacccaaaagagc
tatgagcttctagtgtgcttagggagagaattgacttgggaatttgaact
tggaaattctttgtctagatattggcctacatattttccaacctatgaat
tgatatttgttgcacacagattttagatgtgagatctgctcaataaggat
gattcatgctgtatagaatgagtataaagacaactgtgtagatcctgggt
gggcagatgtcaattcacaacctctaggagagttcaaagttgctgagaac
cagagaatggagttgtaaaaattaagtatttgcttacttgtgtgtgtgtg
tgtgtatgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_45249645_45250842
seq2: B6Ng01-121I05.b_50_1230 (reverse)

seq1  TGGTAGCCAGCACCACCCTGCAACGGCACATGTGGCTTCCCACA-TCAGC  49
      |||||||||||| ||||||| ||| |||||  |||| ||||||| |||||
seq2  TGGTAGCCAGCA-CACCCTGGAAC-GCACA--TGGC-TCCCACATTCAGC  45

seq1  CCATTTGATTCTAACATACATCTCACAT-AGATCTCACTCCTGGAAGATG  98
      |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||
seq2  CCA--TGATTCTAACATACATCTCACATAAGATCTCACTCCTG--AGTTG  91

seq1  GTGATGGGCTTCCCAATGATGACAACTTTCCCATTCTATGTCCTGACTGT  148
      ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||  | |||||| |
seq2  GTGAT-GGCTTCC--ATGATGAC-ACTTTCCCATTCTA--TTCTGACTTT  135

seq1  GCTACTGAACTTGCCATGGGTAGACTCATACAGGAATATGTAGTCCATGT  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGAAC-TGCCATGGGTAGACTCATACAGGAATATGTAGTCCATGT  184

seq1  GGTTGAGGTCAATGAAGGAGTCATTGATGGCAACAATCTCCACTTTGCCA  248
      || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GG-TGAGGTC-ATGAAGGAGTCA-TGATGGCAACAATCTCCACTTTGCCA  231

seq1  GATGCAGATGAGAAGGCAGCCTTGATAGCAAGATGTCCAATATGGTTGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGATGAGAAGGCAGCCTTGATAGCAAGATGTCCAATATGGTTGAA  281

seq1  TCTGTTCACTCTGACCTTCACATCATGTCTAAGGGATTCAGCTGGCACTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCACTCTGACCTTCACATCATGTCTAAGGGATTCAGCTGGCACTG  331

seq1  CATAAGATGTGGCTGTCTATGAAACAGGAAGGAGCAGAGAATTAATTTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGATGTGGCTGTCTATGAAACAGGAAGGAGCAGAGAATTAATTTCA  381

seq1  TTTTTCTTAACAGATTAAAGGTAGTAGAATACAACATTTATACACAAGAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTAACAGATTAAAGGTAGTAGAATACAACATTTATACACAAGAT  431

seq1  GCAGTATCCTTTCTATACATATGACAAAGATATTGAGAAAGAAACCAGGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATCCTTTCTATACATATGACAAAGATATTGAGAAAGAAACCAGGG  481

seq1  AAACAATAATGTTTTCAATAGCCTCAGATATATCTTGGTGTGACTCTAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATAATGTTTTCAATAGCCTCAGATATATCTTGGTGTGACTCTAAT  531

seq1  CAAGCAAGTGGAAGACTTGTGTAATAAAAACTTGGAGGAGACATAGAATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGTGGAAGACTTGTGTAATAAAAACTTGGAGGAGACATAGAATA  581

seq1  TGAAAAGATATTCACCTTTCATAGATTTGTAAAGTTTGATATTATAAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGATATTCACCTTTCATAGATTTGTAAAGTTTGATATTATAAAAA  631

seq1  TGGGCATCTACAGACTCAATCCAATCCTTGTTGAAATTCCAACATAATTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATCTACAGACTCAATCCAATCCTTGTTGAAATTCCAACATAATTG  681

seq1  TTCAAAGAAATTAAAAATGTAACCACATTTATATGAAAAATTAAAGCATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGAAATTAAAAATGTAACCACATTTATATGAAAAATTAAAGCATA  731

seq1  TAAGATAGCTAAAACAATCCTGCACAATGAAAGAACTGCTAGAGGTATAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATAGCTAAAACAATCCTGCACAATGAAAGAACTGCTAGAGGTATAA  781

seq1  TCACTCCAGATTTTAGGTTGTGCTACAGAGCTGTAATCATAAAATTGAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCAGATTTTAGGTTGTGCTACAGAGCTGTAATCATAAAATTGAGG  831

seq1  TGTATTAGCATAAAATAGACATGATGATCAATAGGATGAAGTTGAAGACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAGCATAAAATAGACATGATGATCAATAGGATGAAGTTGAAGACC  881

seq1  TGGACATAGCTCCACACACCTACAGACACCTTATTTTTGATAAAATAGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATAGCTCCACACACCTACAGACACCTTATTTTTGATAAAATAGAC  931

seq1  AAAATCATACATTAGACAGAAGATAGCACCATCAACAAATGGCTAATTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCATACATTAGACAGAAGATAGCACCATCAACAAATGGCTAATTAG  981

seq1  ATAGTTACATGTAAGAAAATGAAAACAGACCCATATATATCACTCTGTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACATGTAAGAAAATGAAAACAGACCCATATATATCACTCTGTAT  1031

seq1  AGAGTTCAGTTCATCCTTGGGGGAGTGTATGAGCTCCAGTTTGTCCCAGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCAGTTCATCCTTGGGGGAGTGTATGAGCTCCAGTTTGTCCCAGA  1081

seq1  TGAGATGAAGCCTATCTTCCATGGTTTTTGTTTAAATGAAAGTTGGAAAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGAAGCCTATCTTCCATGGTTTTTGTTTAAATGAAAGTTGGAAAA  1131

seq1  TGGAGTATCAAGAATTTTTCATTAATCAATAGTCTGTAAATTATGAATTC  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTATCAAGAATTTTTCATTAATCAATAGTCTGTAAATTATGAATTC  1181

seq1: chr18_45156746_45157269
seq2: B6Ng01-121I05.g_68_591

seq1  GAATTCAATATTTCTTGTGGTCATTAAAGACAAGATGATCAATCTTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATTTCTTGTGGTCATTAAAGACAAGATGATCAATCTTCTTT  50

seq1  TTCACTCTCTGTTGGAAGCAGAGGAGTGGCCACTGAAACCACAGAGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCTCTGTTGGAAGCAGAGGAGTGGCCACTGAAACCACAGAGAAAT  100

seq1  TGCTGAGGCATTTAGATGAAGAAAGGAGGTTGCTAGGAGTGGGTGGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGCATTTAGATGAAGAAAGGAGGTTGCTAGGAGTGGGTGGAGCT  150

seq1  GGAGGAATAGACTAGAGAATCCCATTAGCTGAACTCTAAGGCAAACCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAATAGACTAGAGAATCCCATTAGCTGAACTCTAAGGCAAACCCAA  200

seq1  AAGAGCTATGAGCTTCTAGTGTGCTTAGGGAGAGAATTGACTTGGGAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTATGAGCTTCTAGTGTGCTTAGGGAGAGAATTGACTTGGGAATT  250

seq1  TGAACTTGGAAATTCTTTGTCTAGATATTGGCCTACATATTTTCCAACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGGAAATTCTTTGTCTAGATATTGGCCTACATATTTTCCAACCT  300

seq1  ATGAATTGATATTTGTTGCACACAGATTTTAGATGTGAGATCTGCTCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTGATATTTGTTGCACACAGATTTTAGATGTGAGATCTGCTCAAT  350

seq1  AAGGATGATTCATGCTGTATAGAATGAGTATAAAGACAACTGTGTAGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGATTCATGCTGTATAGAATGAGTATAAAGACAACTGTGTAGATC  400

seq1  CTGGGTGGGCAGATGTCAATTCACAACCTCTAGGAGAGTTCAAAGTTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGGGCAGATGTCAATTCACAACCTCTAGGAGAGTTCAAAGTTGCT  450

seq1  GAGAACCAGAGAATGGAGTTGTAAAAATTAAGTATTTGCTTACTTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCAGAGAATGGAGTTGTAAAAATTAAGTATTTGCTTACTTGTGTG  500

seq1  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTG  524
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTG  524