BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123H06
Chromosome18 (Build37)
Map Location 20,923,727 - 21,053,425
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD030074E01Rik
Upstream geneDsc3, Dsc2, Dsc1, Dsg1c, Dsg1a, Dsg1b, Dsg4, LOC435558, Dsg3, Tpi-rs10, Dsg2, Ttr, LOC100040823, B4galt6
Downstream geneRnf125, Rnf138, Mep1b, EG622978, Gm944, LOC665722, LOC225264, Klhl14, 4921528I01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123H06.bB6Ng01-123H06.g
ACCDH926614DH926615
length1,1551,033
definitionDH926614|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123H06, 5' end.DH926615|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,923,727 - 20,924,886)(21,052,378 - 21,053,425)
sequence
gaattctctgcttacatgtcttatgtaggggtagatgacttctcactcta
taggaagctggatattgaatctttaactactcccgaaatagtctccagta
tgtgtttcccaatgtttcacacacctaggtagcatagaagaaatggttgg
cccctaacacagatgggcctcctgttggcgtctcccatcttgggggtttc
tcacaggacacttttcaactttgggtgtccataccctaagccccaccctc
caaagccaattctgggttgtggtctagatttacaagtcccttgtccccca
catttaggcaatcccttcccctgtgtccacagggcagtgacaccccagga
gtcaaggccctccaccaaatcacagagatcaaagacaggctccagccacc
agatacaactcaggtagtggaccaagtcacgtcaccagtggctgagagca
cctgccaagtcaccctggttgggttgtggggctgccgaggctcagtgcca
gaagatataccctggctgcctcgtggtttccctggcctggcagaaggggg
ttgcttggatgtctggctgccatctagttggcgtcaggcacaggtgctga
tctgatgtgaacccaggcagttacttcatccactttaatggaggttgggg
tggtcaacaacaccaggaacggccctctccactttgcttccaagtgttca
gcacaatgtctattaacatatacccattctccaacttggtacttgtgtgg
aacctctggggtaccttaagagacaaaagcaggaccattgttcaatccaa
ttacctctgggaaattttcttctattatcttcttagctaccacagtagct
gttttcttgctggggaatgtctcaacccatccaaggaaaacatctacaaa
cactagaagttatttgtaaccatatcttccaggtttaacgtctgtaaaat
caacttaccaataaacccaggctgttcttcggtttactctttgaccgggt
tactctggctgcataagcattttctggtttactcttggctgcatagattt
acttgctggcattcttacacttgttctactatctctcctgaccagacctg
aggtctattatatataaacttagttccttagctactgtagacaagggttt
tatcc
gaattcaaaccccaggcaatcctcctgtctcaacttcttgagtgttgaga
ttacaggcataaaccatcatacttggctctttctccagtctttatatagt
tttattcaaggggctagagaggtggcccagtggttaagagctcttgctga
agaccaaattttgattcccagcatccatgtatggtagctcagaacttctt
gtaactctgggggtaatccaagaccacataggagagagatttttaaaagt
taaaaacttttatttaagtgtactcccaagtatggcttaactggtatctt
tcaaaccaaacctagctaataagagcaggcgaagttcctttgagatttaa
tgatgaagttcctttagtgatgaagggttctcttacaaacttttgtaact
gtctgtggtgtttattttgttaaggtgtttatccacaaatagagctttac
tgttggttcacacttttacgtgccccaggcagtcttctggggactagctg
cttgtagtggaaggagctatccagaaaacctaactgagggccgagagacg
tgcactggttaaagcacaggctgccctgcacaggactgtggttccgttcc
cagcacccactgggcagcttctaagtgtctgtaactcctgtcctagggat
ccagcactgtttagcatagcactgtttgacagattgcacttacatacatg
taagtatgcatatacaactaagcaaaaaagacctcgtttgtttgagacaa
ggtctaagtagtcctggtcaactaaatagaccagggtggccttgaactca
ggtacacctgcctggggtcagaggtgaatgaactgaggacacagaccacc
aagtcatgtagcaccataccttgttatccaaacgttaggaattcttgaat
ctcctcaccttcgtcagccatagtttttggtacactcctcccatgcttta
agcagtggtctcaaccttctatgctcgaagcttgatacagttctcatatg
ggtgacccagccaacgatatcgtgctactcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_20923727_20924886
seq2: B6Ng01-123H06.b_48_1202

seq1  GAATTCTCTGCTTACATGTCTTATGTAGGGGTAGATGACTTCTCACTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTTACATGTCTTATGTAGGGGTAGATGACTTCTCACTCTA  50

seq1  TAGGAAGCTGGATATTGAATCTTTAACTACTCCCGAAATAGTCTCCAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGCTGGATATTGAATCTTTAACTACTCCCGAAATAGTCTCCAGTA  100

seq1  TGTGTTTCCCAATGTTTCACACACCTAGGTAGCATAGAAGAAATGGTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTCCCAATGTTTCACACACCTAGGTAGCATAGAAGAAATGGTTGG  150

seq1  CCCCTAACACAGATGGGCCTCCTGTTGGCGTCTCCCATCTTGGGGGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAACACAGATGGGCCTCCTGTTGGCGTCTCCCATCTTGGGGGTTTC  200

seq1  TCACAGGACACTTTTCAACTTTGGGTGTCCATACCCTAAGCCCCACCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGACACTTTTCAACTTTGGGTGTCCATACCCTAAGCCCCACCCTC  250

seq1  CAAAGCCAATTCTGGGTTGTGGTCTAGATTTACAAGTCCCTTGTCCCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAATTCTGGGTTGTGGTCTAGATTTACAAGTCCCTTGTCCCCCA  300

seq1  CATTTAGGCAATCCCTTCCCCTGTGTCCACAGGGCAGTGACACCCCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGGCAATCCCTTCCCCTGTGTCCACAGGGCAGTGACACCCCAGGA  350

seq1  GTCAAGGCCCTCCACCAAATCACAGAGATCAAAGACAGGCTCCAGCCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGCCCTCCACCAAATCACAGAGATCAAAGACAGGCTCCAGCCACC  400

seq1  AGATACAACTCAGGTAGTGGACCAAGTCACGTCACCAGTGGCTGAGAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAACTCAGGTAGTGGACCAAGTCACGTCACCAGTGGCTGAGAGCA  450

seq1  CCTGCCAAGTCACCCTGGTTGGGTTGTGGGGCTGCCGAGGCTCAGTGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAAGTCACCCTGGTTGGGTTGTGGGGCTGCCGAGGCTCAGTGCCA  500

seq1  GAAGATATACCCTGGCTGCCTCGTGGTTTCCCTGGCCTGGCAGAAGGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATATACCCTGGCTGCCTCGTGGTTTCCCTGGCCTGGCAGAAGGGGG  550

seq1  TTGCTTGGATGTCTGGCTGCCATCTAGTTGGCGTCAGGCACAGGTGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGGATGTCTGGCTGCCATCTAGTTGGCGTCAGGCACAGGTGCTGA  600

seq1  TCTGATGTGAACCCAGGCAGTTACTTCATCCACTTTAATGGAGGTTGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGTGAACCCAGGCAGTTACTTCATCCACTTTAATGGAGGTTGGGG  650

seq1  TGGTCAACAACACCAGGAACGGCCCTCTCCACTTTGCTTCCAAGTGTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAACAACACCAGGAACGGCCCTCTCCACTTTGCTTCCAAGTGTTCA  700

seq1  GCACAATGTCTATTAACATATACCCATTCTCCAACTTGGTACTTGTGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATGTCTATTAACATATACCCATTCTCCAACTTGGTACTTGTGTGG  750

seq1  AACCTCTGGGGTACCTTAAGAGACAAAAGCAGGACCATTGTTCAATCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGGGGTACCTTAAGAGACAAAAGCAGGACCATTGTTCAATCCAA  800

seq1  TTACCTCTGGAAAATTTTCTTCTATTATCTTCTTAGCTACCACAGTAGCT  850
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCTGGGAAATTTTCTTCTATTATCTTCTTAGCTACCACAGTAGCT  850

seq1  G-TTTCCTGCTGGGGAATGTCTCAACCCATCCAAGGAAAACATCTACAAA  899
      | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTTGCTGGGGAATGTCTCAACCCATCCAAGGAAAACATCTACAAA  900

seq1  CACTAGAAGTTATTTGTAACCATATCTTCCAGGTTTAACGTCTGTAAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGAAGTTATTTGTAACCATATCTTCCAGGTTTAACGTCTGTAAAAT  950

seq1  CAACTTACCAATAAACCCCAGGCTGTTCTTCCGGTTTACTCTTTTGACCG  999
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CAACTTACCAATAAA-CCCAGGCTGTTCTT-CGGTTTACTC-TTTGACCG  997

seq1  GTTTACTCTTGGCTGCATAAGCATTTTCCTGGTTTACTCTTGGCTGCATA  1049
      | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  GGTTACTC-TGGCTGCATAAGCATTTT-CTGGTTTACTCTTGGCTGCAT-  1044

seq1  AGATTTACTTGCTGGCATTCCTTACAC-TGTTCTACTATCTCTCTGAACC  1098
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||   |||
seq2  AGATTTACTTGCTGGCATT-CTTACACTTGTTCTACTATCTCTCCTGACC  1093

seq1  AGAACCTGAGGTCTATTATATATACTTTAGGTCCCTTAGCTACT-TAGAC  1147
      || |||||||||||||||||||||   |  || ||||||||||| |||||
seq2  AG-ACCTGAGGTCTATTATATATAAACTTAGTTCCTTAGCTACTGTAGAC  1142

seq1  AAGTGTTTTATCC  1160
      ||| |||||||||
seq2  AAGGGTTTTATCC  1155

seq1: chr18_21052378_21053425
seq2: B6Ng01-123H06.g_67_1099 (reverse)

seq1  TTTGAAGTAGCACTGAATAATCGTATGGCTGGGGTCACCACAATATGAGG  50
      |||| |||||||| ||   ||||| ||||| |||||||  | |||||| |
seq2  TTTG-AGTAGCAC-GA--TATCGT-TGGCT-GGGTCAC--CCATATGA-G  41

seq1  AACTGTATTCAAGCTTCGGAGCTATAGGAAGGTTGAGAACCACTGCTCTA  100
      ||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||| ||
seq2  AACTGTA-TCAAGCTTC-GAGC-ATA-GAAGGTTGAG-ACCACTGCT-TA  85

seq1  AAGCATGGGAGGAGTGTAACAATAAACTATGGGCTGACG-AGGTGAAGAG  149
      |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| |||
seq2  AAGCATGGGAGGAGTGTACCAA-AAACTAT-GGCTGACGAAGGTGAGGAG  133

seq1  AATTCAAGAATTCCTAACGTTTGGATTAACCAGGTATGGTGCTACATGAC  199
       |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  -ATTCAAGAATTCCTAACGTTTGGA-TAACAAGGTATGGTGCTACATGAC  181

seq1  TTGGTGGTCTGTGTCCTCAGTTCATTCACCTCTGACCCCAGGCAGGTGTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTCTGTGTCCTCAGTTCATTCACCTCTGACCCCAGGCAGGTGTA  231

seq1  CCTGAGTTCAAGGCCACCCTGGTCTATTTAGTTGACCAGGACTACTTAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTCAAGGCCACCCTGGTCTATTTAGTTGACCAGGACTACTTAGA  281

seq1  CCTTGTCTCAAACAAACGAGGTC-TTTTTGCTTAGTTGTATATGCATACT  348
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTCAAACAAACGAGGTCTTTTTTGCTTAGTTGTATATGCATACT  331

seq1  TACATGTATGTAAGTGC-ATCTGTC-AACAGTGCTATGCTAAACAGTGCT  396
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTATGTAAGTGCAATCTGTCAAACAGTGCTATGCTAAACAGTGCT  381

seq1  GGATCCCTAGGACAGGAGTTACAGACACTTAGAAGCTGCCCAGTGGGTGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCTAGGACAGGAGTTACAGACACTTAGAAGCTGCCCAGTGGGTGC  431

seq1  TGGGAACGGAACCACAGTCCTGTGCAGGGCAGCCTGTGCTTTAACCAGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACGGAACCACAGTCCTGTGCAGGGCAGCCTGTGCTTTAACCAGTG  481

seq1  CACGTCTCTCGGCCCTCAGTTAGGTTTTCTGGATAGCTCCTTCCACTACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCTCTCGGCCCTCAGTTAGGTTTTCTGGATAGCTCCTTCCACTACA  531

seq1  AGCAGCTAGTCCCCAGAAGACTGCCTGGGGCACGTAAAAGTGTGAACCAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTAGTCCCCAGAAGACTGCCTGGGGCACGTAAAAGTGTGAACCAA  581

seq1  CAGTAAAGCTCTATTTGTGGATAAACACCTTAACAAAATAAACACCACAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGCTCTATTTGTGGATAAACACCTTAACAAAATAAACACCACAG  631

seq1  ACAGTTACAAAAGTTTGTAAGAGAACCCTTCATCACTAAAGGAACTTCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTACAAAAGTTTGTAAGAGAACCCTTCATCACTAAAGGAACTTCAT  681

seq1  CATTAAATCTCAAAGGAACTTCGCCTGCTCTTATTAGCTAGGTTTGGTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATCTCAAAGGAACTTCGCCTGCTCTTATTAGCTAGGTTTGGTTT  731

seq1  GAAAGATACCAGTTAAGCCATACTTGGGAGTACACTTAAATAAAAGTTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATACCAGTTAAGCCATACTTGGGAGTACACTTAAATAAAAGTTTT  781

seq1  TAACTTTTAAAAATCTCTCTCCTATGTGGTCTTGGATTACCCCCAGAGTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTAAAAATCTCTCTCCTATGTGGTCTTGGATTACCCCCAGAGTT  831

seq1  ACAAGAAGTTCTGAGCTACCATACATGGATGCTGGGAATCAAAATTTGGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAGTTCTGAGCTACCATACATGGATGCTGGGAATCAAAATTTGGT  881

seq1  CTTCAGCAAGAGCTCTTAACCACTGGGCCACCTCTCTAGCCCCTTGAATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCAAGAGCTCTTAACCACTGGGCCACCTCTCTAGCCCCTTGAATA  931

seq1  AAACTATATAAAGACTGGAGAAAGAGCCAAGTATGATGGTTTATGCCTGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATATAAAGACTGGAGAAAGAGCCAAGTATGATGGTTTATGCCTGT  981

seq1  AATCTCAACACTCAAGAAGTTGAGACAGGAGGATTGCCTGGGGTTTGAAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCAACACTCAAGAAGTTGAGACAGGAGGATTGCCTGGGGTTTGAAT  1031

seq1  TC  1048
      ||
seq2  TC  1033